# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.48049 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.011 0.002 0.001 0.024 0.014 0.016 0.136 0.001 0.001 0.017 0.778 2 K 0.019 0.004 0.001 0.018 0.015 0.023 0.112 0.002 0.001 0.025 0.780 3 A 0.113 0.010 0.001 0.019 0.030 0.027 0.174 0.007 0.001 0.045 0.574 4 P 0.096 0.014 0.001 0.028 0.023 0.030 0.099 0.003 0.001 0.036 0.671 5 S 0.102 0.011 0.001 0.039 0.025 0.051 0.089 0.003 0.001 0.069 0.611 6 R 0.027 0.012 0.001 0.040 0.030 0.045 0.112 0.002 0.001 0.035 0.695 7 D 0.039 0.011 0.001 0.029 0.031 0.045 0.099 0.002 0.001 0.093 0.650 8 E 0.067 0.012 0.001 0.027 0.053 0.054 0.138 0.002 0.001 0.115 0.531 9 P 0.027 0.008 0.001 0.028 0.034 0.043 0.133 0.001 0.001 0.088 0.638 10 C 0.047 0.009 0.001 0.046 0.047 0.076 0.122 0.002 0.001 0.102 0.548 11 S 0.086 0.009 0.001 0.039 0.044 0.072 0.099 0.003 0.001 0.049 0.598 12 S 0.064 0.006 0.001 0.038 0.032 0.053 0.084 0.002 0.001 0.043 0.678 13 T 0.021 0.006 0.001 0.030 0.034 0.046 0.157 0.001 0.001 0.024 0.681 14 S 0.031 0.016 0.001 0.017 0.027 0.044 0.115 0.003 0.001 0.021 0.726 15 R 0.240 0.025 0.001 0.014 0.037 0.042 0.088 0.007 0.001 0.035 0.510 16 P 0.097 0.026 0.001 0.017 0.031 0.039 0.112 0.003 0.001 0.043 0.629 17 A 0.042 0.020 0.005 0.020 0.026 0.040 0.173 0.003 0.001 0.052 0.617 18 L 0.160 0.045 0.006 0.019 0.032 0.048 0.108 0.009 0.002 0.055 0.517 19 E 0.227 0.029 0.003 0.020 0.036 0.054 0.132 0.006 0.001 0.090 0.404 20 E 0.013 0.014 0.001 0.041 0.090 0.118 0.146 0.001 0.001 0.047 0.528 21 D 0.007 0.007 0.001 0.076 0.122 0.373 0.072 0.001 0.001 0.042 0.299 22 V 0.005 0.002 0.001 0.067 0.255 0.501 0.038 0.001 0.001 0.029 0.103 23 I 0.001 0.001 0.001 0.078 0.360 0.379 0.024 0.001 0.001 0.026 0.132 24 Y 0.001 0.001 0.001 0.117 0.377 0.415 0.018 0.001 0.001 0.012 0.059 25 H 0.001 0.001 0.001 0.101 0.338 0.404 0.024 0.001 0.001 0.022 0.109 26 V 0.003 0.003 0.001 0.071 0.377 0.357 0.033 0.001 0.001 0.031 0.125 27 K 0.062 0.015 0.001 0.066 0.173 0.358 0.053 0.004 0.001 0.037 0.230 28 Y 0.180 0.019 0.001 0.074 0.094 0.140 0.050 0.004 0.001 0.055 0.382 29 D 0.022 0.013 0.001 0.065 0.059 0.106 0.131 0.001 0.001 0.030 0.573 30 D 0.009 0.026 0.003 0.022 0.020 0.035 0.192 0.001 0.001 0.054 0.637 31 Y 0.338 0.017 0.008 0.013 0.037 0.052 0.081 0.013 0.003 0.178 0.260 32 P 0.487 0.014 0.002 0.006 0.011 0.009 0.077 0.003 0.001 0.038 0.352 33 E 0.046 0.008 0.001 0.010 0.015 0.028 0.066 0.001 0.001 0.016 0.809 34 N 0.006 0.005 0.001 0.011 0.037 0.081 0.122 0.001 0.001 0.020 0.717 35 G 0.015 0.007 0.001 0.028 0.157 0.521 0.041 0.001 0.001 0.033 0.197 36 V 0.004 0.002 0.001 0.017 0.328 0.311 0.052 0.001 0.001 0.027 0.257 37 V 0.003 0.003 0.001 0.040 0.447 0.330 0.034 0.001 0.001 0.020 0.121 38 Q 0.008 0.007 0.001 0.050 0.208 0.325 0.083 0.001 0.001 0.044 0.275 39 M 0.020 0.018 0.003 0.046 0.249 0.285 0.062 0.001 0.001 0.045 0.271 40 N 0.142 0.054 0.002 0.022 0.103 0.270 0.057 0.007 0.001 0.021 0.322 41 S 0.266 0.083 0.001 0.018 0.053 0.083 0.044 0.006 0.001 0.028 0.417 42 R 0.033 0.050 0.001 0.034 0.048 0.066 0.173 0.002 0.001 0.043 0.549 43 D 0.014 0.154 0.002 0.023 0.020 0.065 0.128 0.003 0.001 0.055 0.536 44 V 0.024 0.554 0.003 0.005 0.022 0.009 0.023 0.006 0.001 0.021 0.333 45 R 0.126 0.657 0.003 0.005 0.020 0.018 0.014 0.006 0.001 0.055 0.095 46 A 0.037 0.073 0.001 0.005 0.008 0.018 0.040 0.003 0.001 0.516 0.298 47 R 0.021 0.453 0.015 0.023 0.022 0.018 0.053 0.003 0.004 0.201 0.187 48 A 0.054 0.428 0.012 0.032 0.026 0.044 0.056 0.006 0.005 0.104 0.234 49 R 0.028 0.284 0.015 0.040 0.043 0.057 0.037 0.008 0.003 0.119 0.367 50 T 0.032 0.157 0.007 0.048 0.059 0.108 0.098 0.008 0.003 0.116 0.364 51 I 0.035 0.158 0.019 0.084 0.045 0.051 0.116 0.006 0.006 0.130 0.349 52 I 0.048 0.096 0.032 0.080 0.039 0.039 0.128 0.013 0.012 0.088 0.424 53 K 0.187 0.143 0.018 0.031 0.019 0.029 0.088 0.027 0.009 0.064 0.386 54 W 0.302 0.067 0.014 0.037 0.019 0.023 0.059 0.023 0.006 0.065 0.386 55 Q 0.066 0.042 0.007 0.073 0.033 0.048 0.130 0.006 0.003 0.057 0.536 56 D 0.014 0.025 0.011 0.086 0.027 0.068 0.146 0.004 0.003 0.063 0.551 57 L 0.023 0.014 0.017 0.096 0.125 0.115 0.124 0.007 0.003 0.072 0.404 58 E 0.097 0.018 0.006 0.078 0.067 0.121 0.143 0.011 0.002 0.086 0.371 59 V 0.022 0.012 0.002 0.098 0.083 0.062 0.082 0.002 0.001 0.052 0.586 60 G 0.004 0.007 0.001 0.169 0.098 0.147 0.137 0.001 0.001 0.071 0.365 61 Q 0.001 0.007 0.001 0.325 0.116 0.282 0.059 0.001 0.001 0.081 0.128 62 V 0.001 0.001 0.001 0.224 0.227 0.277 0.039 0.001 0.001 0.150 0.081 63 V 0.001 0.002 0.001 0.438 0.207 0.227 0.010 0.001 0.001 0.097 0.018 64 M 0.002 0.001 0.001 0.481 0.162 0.187 0.009 0.001 0.001 0.122 0.036 65 L 0.004 0.001 0.001 0.568 0.134 0.114 0.013 0.001 0.001 0.105 0.060 66 N 0.004 0.001 0.001 0.342 0.089 0.167 0.099 0.001 0.001 0.074 0.223 67 Y 0.017 0.008 0.002 0.076 0.049 0.062 0.128 0.003 0.001 0.060 0.594 68 N 0.567 0.010 0.001 0.026 0.024 0.024 0.040 0.010 0.001 0.108 0.188 69 P 0.039 0.006 0.001 0.023 0.010 0.011 0.144 0.001 0.001 0.032 0.731 70 D 0.014 0.014 0.001 0.015 0.004 0.007 0.174 0.001 0.001 0.029 0.739 71 N 0.134 0.054 0.003 0.007 0.010 0.012 0.108 0.009 0.001 0.080 0.583 72 P 0.306 0.041 0.010 0.008 0.011 0.010 0.142 0.007 0.003 0.125 0.338 73 K 0.154 0.026 0.005 0.012 0.011 0.023 0.078 0.005 0.001 0.058 0.626 74 E 0.085 0.014 0.002 0.016 0.022 0.020 0.131 0.004 0.001 0.064 0.641 75 R 0.013 0.022 0.002 0.050 0.047 0.069 0.223 0.002 0.001 0.057 0.516 76 G 0.009 0.051 0.002 0.069 0.117 0.194 0.141 0.002 0.001 0.053 0.362 77 F 0.014 0.062 0.001 0.083 0.307 0.365 0.032 0.004 0.001 0.034 0.096 78 W 0.011 0.103 0.002 0.074 0.233 0.270 0.037 0.003 0.001 0.054 0.213 79 Y 0.008 0.263 0.002 0.098 0.243 0.181 0.023 0.003 0.001 0.046 0.132 80 D 0.020 0.050 0.001 0.055 0.119 0.243 0.033 0.004 0.001 0.372 0.103 81 A 0.012 0.161 0.008 0.062 0.255 0.137 0.040 0.002 0.002 0.168 0.152 82 E 0.031 0.206 0.007 0.056 0.149 0.215 0.045 0.005 0.002 0.082 0.202 83 I 0.070 0.228 0.010 0.029 0.091 0.166 0.033 0.009 0.003 0.072 0.290 84 S 0.093 0.110 0.005 0.028 0.097 0.152 0.062 0.005 0.003 0.069 0.377 85 R 0.059 0.039 0.003 0.017 0.056 0.105 0.101 0.004 0.001 0.141 0.473 86 K 0.075 0.014 0.004 0.017 0.055 0.063 0.113 0.003 0.002 0.110 0.544 87 R 0.083 0.007 0.002 0.015 0.036 0.054 0.089 0.002 0.001 0.040 0.670 88 E 0.023 0.003 0.001 0.008 0.022 0.042 0.066 0.001 0.001 0.017 0.818 89 T 0.015 0.004 0.001 0.010 0.031 0.049 0.123 0.001 0.001 0.026 0.743 90 R 0.025 0.010 0.001 0.026 0.050 0.081 0.123 0.001 0.001 0.042 0.641