# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.48049 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.806 0.121 0.057 0.013 0.003 0.001 0.001 2 K 0.736 0.183 0.068 0.011 0.002 0.001 0.001 3 A 0.281 0.228 0.192 0.188 0.088 0.022 0.001 4 P 0.416 0.270 0.171 0.100 0.033 0.008 0.001 5 S 0.544 0.269 0.111 0.053 0.018 0.004 0.001 6 R 0.428 0.234 0.164 0.112 0.049 0.011 0.001 7 D 0.438 0.245 0.158 0.107 0.040 0.012 0.001 8 E 0.501 0.244 0.147 0.071 0.028 0.008 0.001 9 P 0.350 0.267 0.183 0.121 0.059 0.019 0.001 10 C 0.287 0.231 0.194 0.173 0.088 0.025 0.002 11 S 0.446 0.305 0.138 0.079 0.025 0.007 0.001 12 S 0.384 0.211 0.173 0.142 0.073 0.016 0.001 13 T 0.551 0.236 0.132 0.060 0.017 0.004 0.001 14 S 0.630 0.232 0.096 0.030 0.009 0.002 0.001 15 R 0.487 0.305 0.120 0.066 0.018 0.003 0.001 16 P 0.546 0.279 0.120 0.041 0.012 0.002 0.001 17 A 0.500 0.300 0.117 0.065 0.016 0.002 0.001 18 L 0.492 0.314 0.111 0.065 0.017 0.002 0.001 19 E 0.595 0.265 0.097 0.035 0.007 0.001 0.001 20 E 0.514 0.291 0.128 0.050 0.014 0.002 0.001 21 D 0.245 0.390 0.199 0.124 0.034 0.008 0.001 22 V 0.015 0.044 0.117 0.269 0.401 0.149 0.005 23 I 0.042 0.136 0.301 0.279 0.166 0.069 0.007 24 Y 0.023 0.082 0.128 0.208 0.282 0.247 0.029 25 H 0.042 0.149 0.278 0.281 0.170 0.071 0.009 26 V 0.023 0.040 0.062 0.183 0.329 0.314 0.049 27 K 0.070 0.209 0.358 0.227 0.102 0.030 0.003 28 Y 0.054 0.081 0.125 0.325 0.282 0.125 0.007 29 D 0.357 0.306 0.225 0.083 0.023 0.006 0.001 30 D 0.619 0.294 0.067 0.016 0.004 0.001 0.001 31 Y 0.172 0.188 0.239 0.259 0.115 0.025 0.001 32 P 0.379 0.303 0.182 0.091 0.034 0.011 0.001 33 E 0.394 0.298 0.162 0.109 0.029 0.006 0.001 34 N 0.619 0.226 0.110 0.032 0.011 0.003 0.001 35 G 0.111 0.227 0.255 0.223 0.140 0.041 0.003 36 V 0.054 0.063 0.136 0.224 0.315 0.190 0.018 37 V 0.070 0.173 0.216 0.275 0.181 0.080 0.005 38 Q 0.145 0.329 0.269 0.168 0.066 0.021 0.002 39 M 0.041 0.063 0.128 0.282 0.326 0.151 0.010 40 N 0.184 0.337 0.232 0.160 0.060 0.023 0.003 41 S 0.166 0.249 0.203 0.235 0.112 0.033 0.003 42 R 0.384 0.303 0.179 0.095 0.029 0.009 0.001 43 D 0.151 0.262 0.318 0.164 0.074 0.027 0.003 44 V 0.027 0.048 0.073 0.180 0.316 0.309 0.049 45 R 0.035 0.106 0.211 0.294 0.213 0.121 0.020 46 A 0.090 0.218 0.263 0.199 0.135 0.077 0.018 47 R 0.029 0.081 0.166 0.271 0.262 0.156 0.036 48 A 0.015 0.026 0.039 0.096 0.261 0.438 0.125 49 R 0.038 0.092 0.198 0.263 0.244 0.138 0.028 50 T 0.086 0.259 0.286 0.213 0.102 0.048 0.007 51 I 0.053 0.122 0.198 0.260 0.220 0.135 0.011 52 I 0.043 0.067 0.101 0.264 0.321 0.182 0.021 53 K 0.220 0.402 0.249 0.094 0.026 0.008 0.001 54 W 0.122 0.170 0.204 0.319 0.153 0.032 0.002 55 Q 0.456 0.342 0.130 0.056 0.012 0.004 0.001 56 D 0.415 0.338 0.140 0.072 0.027 0.007 0.001 57 L 0.109 0.119 0.200 0.304 0.213 0.053 0.002 58 E 0.284 0.376 0.221 0.089 0.021 0.009 0.001 59 V 0.084 0.150 0.210 0.261 0.205 0.080 0.009 60 G 0.086 0.180 0.201 0.233 0.170 0.110 0.021 61 Q 0.077 0.157 0.215 0.233 0.173 0.111 0.034 62 V 0.035 0.065 0.107 0.176 0.244 0.255 0.117 63 V 0.015 0.024 0.043 0.088 0.176 0.378 0.276 64 M 0.016 0.023 0.032 0.065 0.138 0.357 0.369 65 L 0.034 0.050 0.064 0.123 0.190 0.286 0.253 66 N 0.042 0.060 0.076 0.130 0.209 0.300 0.182 67 Y 0.064 0.089 0.146 0.235 0.216 0.188 0.061 68 N 0.155 0.194 0.192 0.169 0.160 0.111 0.019 69 P 0.208 0.189 0.218 0.203 0.121 0.054 0.006 70 D 0.543 0.275 0.107 0.051 0.017 0.005 0.001 71 N 0.476 0.281 0.129 0.075 0.030 0.008 0.001 72 P 0.336 0.196 0.193 0.164 0.088 0.022 0.001 73 K 0.613 0.249 0.093 0.035 0.007 0.002 0.001 74 E 0.361 0.279 0.184 0.110 0.052 0.013 0.001 75 R 0.129 0.159 0.201 0.261 0.165 0.078 0.008 76 G 0.136 0.172 0.211 0.206 0.165 0.095 0.014 77 F 0.107 0.142 0.170 0.210 0.184 0.148 0.039 78 W 0.080 0.088 0.121 0.156 0.213 0.249 0.092 79 Y 0.079 0.103 0.120 0.192 0.200 0.219 0.086 80 D 0.168 0.161 0.179 0.179 0.149 0.120 0.042 81 A 0.129 0.116 0.126 0.193 0.206 0.182 0.048 82 E 0.184 0.262 0.270 0.160 0.081 0.036 0.006 83 I 0.124 0.107 0.146 0.225 0.251 0.137 0.010 84 S 0.240 0.265 0.219 0.179 0.074 0.021 0.001 85 R 0.565 0.297 0.098 0.030 0.007 0.002 0.001 86 K 0.505 0.280 0.133 0.062 0.017 0.002 0.001 87 R 0.574 0.244 0.114 0.056 0.011 0.001 0.001 88 E 0.767 0.171 0.047 0.013 0.002 0.001 0.001 89 T 0.806 0.134 0.049 0.009 0.002 0.001 0.001 90 R 0.806 0.151 0.035 0.006 0.001 0.001 0.001