# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.19244 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.030 0.091 0.140 0.362 0.004 0.066 0.011 0.004 0.009 0.002 0.038 0.053 0.153 0.003 0.005 0.030 2 V 0.025 0.050 0.201 0.323 0.009 0.085 0.014 0.006 0.003 0.002 0.033 0.041 0.186 0.005 0.004 0.013 3 T 0.013 0.096 0.110 0.292 0.020 0.167 0.024 0.014 0.006 0.002 0.026 0.038 0.160 0.012 0.007 0.014 4 R 0.018 0.062 0.065 0.368 0.009 0.097 0.013 0.020 0.006 0.003 0.118 0.034 0.142 0.008 0.018 0.018 5 K 0.027 0.211 0.149 0.319 0.005 0.022 0.008 0.011 0.024 0.004 0.015 0.060 0.059 0.004 0.010 0.071 6 A 0.063 0.014 0.221 0.386 0.015 0.100 0.040 0.003 0.008 0.003 0.013 0.014 0.089 0.008 0.006 0.019 7 P 0.025 0.110 0.273 0.208 0.015 0.147 0.008 0.042 0.002 0.002 0.052 0.018 0.068 0.006 0.011 0.011 8 S 0.011 0.167 0.025 0.302 0.019 0.250 0.011 0.016 0.031 0.007 0.042 0.051 0.037 0.010 0.006 0.014 9 R 0.057 0.118 0.103 0.333 0.003 0.063 0.010 0.017 0.010 0.003 0.129 0.048 0.063 0.003 0.020 0.020 10 D 0.032 0.226 0.241 0.326 0.003 0.020 0.009 0.004 0.020 0.003 0.008 0.034 0.021 0.002 0.004 0.046 11 E 0.049 0.009 0.281 0.535 0.011 0.046 0.017 0.003 0.002 0.001 0.007 0.005 0.023 0.003 0.002 0.005 12 P 0.012 0.083 0.269 0.438 0.012 0.109 0.004 0.023 0.003 0.001 0.010 0.008 0.016 0.002 0.003 0.007 13 C 0.009 0.049 0.023 0.677 0.014 0.131 0.004 0.008 0.014 0.005 0.030 0.014 0.014 0.002 0.002 0.006 14 S 0.026 0.134 0.075 0.377 0.013 0.187 0.006 0.020 0.008 0.004 0.053 0.057 0.028 0.003 0.003 0.008 15 S 0.015 0.131 0.061 0.196 0.020 0.325 0.017 0.016 0.014 0.004 0.092 0.048 0.039 0.004 0.006 0.012 16 T 0.029 0.153 0.099 0.200 0.007 0.100 0.016 0.020 0.008 0.003 0.201 0.075 0.051 0.004 0.013 0.020 17 S 0.035 0.263 0.193 0.251 0.003 0.022 0.013 0.009 0.024 0.003 0.019 0.075 0.029 0.002 0.011 0.049 18 R 0.058 0.015 0.302 0.308 0.009 0.117 0.027 0.004 0.008 0.003 0.020 0.027 0.075 0.004 0.005 0.017 19 P 0.032 0.112 0.212 0.195 0.015 0.197 0.008 0.029 0.004 0.002 0.066 0.031 0.073 0.005 0.005 0.013 20 A 0.016 0.104 0.039 0.348 0.020 0.138 0.010 0.020 0.017 0.004 0.117 0.094 0.051 0.007 0.007 0.009 21 L 0.026 0.091 0.074 0.185 0.005 0.193 0.006 0.022 0.013 0.003 0.065 0.147 0.139 0.001 0.010 0.020 22 E 0.027 0.098 0.093 0.135 0.034 0.129 0.040 0.008 0.016 0.007 0.143 0.069 0.138 0.024 0.005 0.035 23 E 0.062 0.118 0.125 0.233 0.002 0.050 0.005 0.050 0.006 0.001 0.059 0.134 0.100 0.002 0.045 0.007 24 D 0.010 0.191 0.226 0.292 0.002 0.025 0.008 0.001 0.036 0.004 0.006 0.015 0.038 0.001 0.002 0.142 25 V 0.112 0.017 0.228 0.570 0.001 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.021 0.001 0.002 0.005 26 I 0.004 0.111 0.419 0.440 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 27 Y 0.001 0.008 0.012 0.973 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 H 0.002 0.006 0.105 0.882 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.001 0.001 0.035 0.903 0.025 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 K 0.001 0.070 0.007 0.833 0.010 0.070 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Y 0.001 0.021 0.001 0.302 0.028 0.596 0.001 0.006 0.005 0.004 0.029 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 32 D 0.007 0.317 0.016 0.194 0.015 0.105 0.002 0.032 0.005 0.002 0.231 0.062 0.008 0.001 0.002 0.001 33 D 0.008 0.347 0.045 0.337 0.006 0.032 0.006 0.017 0.032 0.007 0.034 0.089 0.013 0.001 0.007 0.018 34 Y 0.033 0.029 0.267 0.167 0.030 0.210 0.047 0.007 0.015 0.008 0.025 0.035 0.088 0.005 0.009 0.025 35 P 0.022 0.054 0.060 0.029 0.099 0.200 0.045 0.031 0.002 0.003 0.278 0.025 0.106 0.029 0.009 0.010 36 E 0.007 0.117 0.012 0.035 0.129 0.016 0.064 0.085 0.006 0.005 0.106 0.081 0.012 0.290 0.032 0.004 37 N 0.009 0.045 0.064 0.044 0.001 0.006 0.003 0.125 0.084 0.005 0.004 0.019 0.016 0.001 0.538 0.036 38 G 0.059 0.010 0.171 0.051 0.001 0.004 0.004 0.001 0.051 0.031 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.603 39 V 0.654 0.006 0.183 0.064 0.003 0.069 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 40 V 0.001 0.472 0.151 0.351 0.001 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 41 Q 0.003 0.011 0.023 0.930 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 42 M 0.011 0.015 0.390 0.531 0.018 0.016 0.002 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 43 N 0.001 0.024 0.007 0.208 0.016 0.718 0.001 0.010 0.003 0.003 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 44 S 0.004 0.044 0.003 0.040 0.062 0.209 0.003 0.009 0.003 0.003 0.602 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 45 R 0.007 0.240 0.011 0.051 0.002 0.019 0.001 0.059 0.007 0.002 0.125 0.446 0.010 0.001 0.017 0.002 46 D 0.025 0.174 0.164 0.132 0.003 0.035 0.024 0.003 0.090 0.009 0.013 0.069 0.052 0.003 0.007 0.197 47 V 0.159 0.019 0.482 0.162 0.002 0.019 0.012 0.004 0.003 0.002 0.027 0.012 0.072 0.001 0.005 0.020 48 R 0.019 0.053 0.301 0.153 0.016 0.301 0.017 0.004 0.003 0.003 0.012 0.041 0.065 0.003 0.001 0.009 49 A 0.012 0.024 0.043 0.220 0.023 0.112 0.004 0.019 0.002 0.002 0.418 0.025 0.088 0.002 0.004 0.003 50 R 0.004 0.176 0.031 0.269 0.006 0.063 0.004 0.008 0.015 0.004 0.025 0.297 0.078 0.002 0.003 0.016 51 A 0.033 0.015 0.037 0.142 0.003 0.127 0.009 0.005 0.005 0.003 0.117 0.068 0.418 0.002 0.006 0.009 52 R 0.011 0.319 0.166 0.137 0.001 0.014 0.002 0.004 0.006 0.001 0.025 0.080 0.208 0.001 0.003 0.022 53 T 0.017 0.013 0.067 0.661 0.001 0.023 0.003 0.001 0.002 0.001 0.005 0.014 0.178 0.001 0.001 0.016 54 I 0.008 0.014 0.642 0.219 0.007 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.072 0.002 0.001 0.007 55 I 0.003 0.018 0.054 0.830 0.011 0.023 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.040 0.001 0.001 0.002 56 K 0.001 0.020 0.014 0.128 0.058 0.657 0.005 0.012 0.002 0.003 0.008 0.010 0.070 0.006 0.001 0.004 57 W 0.004 0.014 0.003 0.022 0.043 0.051 0.011 0.014 0.002 0.002 0.737 0.016 0.046 0.029 0.006 0.002 58 Q 0.004 0.233 0.007 0.029 0.001 0.012 0.001 0.067 0.011 0.003 0.026 0.460 0.055 0.001 0.080 0.009 59 D 0.023 0.033 0.046 0.043 0.002 0.007 0.034 0.001 0.067 0.009 0.008 0.011 0.073 0.008 0.004 0.632 60 L 0.242 0.006 0.629 0.031 0.001 0.006 0.009 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.040 0.001 0.014 0.008 61 E 0.004 0.026 0.174 0.047 0.354 0.114 0.112 0.005 0.002 0.004 0.006 0.009 0.011 0.125 0.001 0.006 62 V 0.017 0.072 0.019 0.356 0.006 0.023 0.003 0.359 0.003 0.001 0.035 0.003 0.006 0.001 0.095 0.001 63 G 0.003 0.100 0.042 0.376 0.001 0.021 0.001 0.002 0.283 0.044 0.002 0.013 0.006 0.001 0.001 0.105 64 Q 0.528 0.020 0.078 0.364 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 65 V 0.003 0.005 0.525 0.454 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.001 0.007 0.044 0.913 0.010 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 M 0.001 0.009 0.003 0.957 0.014 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.001 0.023 0.006 0.915 0.015 0.025 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 N 0.006 0.043 0.030 0.752 0.021 0.117 0.002 0.010 0.006 0.003 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 70 Y 0.006 0.134 0.069 0.714 0.006 0.019 0.001 0.015 0.005 0.007 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 71 N 0.001 0.004 0.004 0.030 0.005 0.941 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 72 P 0.001 0.021 0.002 0.006 0.009 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 73 D 0.002 0.310 0.008 0.032 0.001 0.004 0.001 0.019 0.004 0.001 0.011 0.585 0.004 0.002 0.013 0.002 74 N 0.019 0.017 0.255 0.084 0.002 0.054 0.034 0.004 0.048 0.012 0.009 0.039 0.249 0.004 0.038 0.130 75 P 0.125 0.031 0.194 0.051 0.005 0.080 0.013 0.008 0.003 0.003 0.126 0.018 0.277 0.005 0.010 0.051 76 K 0.055 0.169 0.060 0.108 0.022 0.090 0.011 0.011 0.009 0.003 0.129 0.191 0.115 0.010 0.006 0.011 77 E 0.011 0.046 0.085 0.102 0.119 0.049 0.208 0.013 0.003 0.003 0.039 0.063 0.076 0.168 0.008 0.007 78 R 0.015 0.084 0.131 0.146 0.002 0.027 0.014 0.168 0.012 0.002 0.018 0.018 0.066 0.001 0.273 0.023 79 G 0.026 0.022 0.119 0.210 0.003 0.012 0.010 0.001 0.112 0.061 0.016 0.009 0.044 0.001 0.002 0.351 80 F 0.539 0.007 0.157 0.175 0.002 0.052 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.018 0.030 0.001 0.001 0.004 81 W 0.006 0.120 0.287 0.358 0.010 0.111 0.004 0.004 0.003 0.001 0.032 0.017 0.041 0.001 0.001 0.005 82 Y 0.007 0.055 0.020 0.519 0.002 0.237 0.001 0.008 0.002 0.001 0.022 0.073 0.051 0.001 0.001 0.002 83 D 0.006 0.057 0.039 0.223 0.003 0.269 0.003 0.003 0.005 0.002 0.129 0.057 0.197 0.001 0.001 0.006 84 A 0.010 0.038 0.033 0.209 0.001 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.227 0.276 0.176 0.001 0.001 0.002 85 E 0.003 0.037 0.058 0.190 0.003 0.075 0.004 0.001 0.002 0.001 0.009 0.228 0.380 0.002 0.001 0.007 86 I 0.002 0.011 0.048 0.124 0.001 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 0.035 0.005 0.735 0.001 0.002 0.008 87 S 0.002 0.060 0.041 0.107 0.003 0.060 0.006 0.002 0.001 0.001 0.008 0.059 0.622 0.003 0.002 0.023 88 R 0.007 0.016 0.028 0.068 0.007 0.054 0.014 0.002 0.001 0.001 0.050 0.020 0.687 0.016 0.005 0.023 89 K 0.010 0.048 0.070 0.050 0.004 0.054 0.012 0.009 0.003 0.001 0.060 0.093 0.501 0.027 0.031 0.026 90 R 0.018 0.070 0.065 0.055 0.001 0.026 0.010 0.004 0.007 0.002 0.043 0.069 0.492 0.009 0.043 0.087 91 E 0.045 0.030 0.125 0.057 0.002 0.051 0.016 0.002 0.003 0.002 0.022 0.052 0.487 0.012 0.009 0.084 92 T 0.038 0.043 0.225 0.073 0.003 0.069 0.016 0.004 0.002 0.001 0.039 0.028 0.417 0.006 0.013 0.025 93 R 0.013 0.073 0.170 0.189 0.004 0.063 0.010 0.006 0.003 0.002 0.061 0.084 0.288 0.004 0.006 0.024 94 T 0.010 0.031 0.042 0.106 0.008 0.295 0.011 0.005 0.003 0.002 0.035 0.091 0.341 0.008 0.004 0.010 95 A 0.006 0.036 0.030 0.065 0.004 0.051 0.006 0.006 0.002 0.001 0.256 0.047 0.469 0.005 0.010 0.008 96 R 0.007 0.097 0.024 0.096 0.001 0.017 0.003 0.004 0.006 0.001 0.021 0.212 0.480 0.003 0.006 0.021 97 E 0.016 0.012 0.070 0.092 0.003 0.018 0.016 0.001 0.003 0.001 0.013 0.021 0.684 0.009 0.005 0.035 98 L 0.013 0.017 0.211 0.090 0.019 0.036 0.036 0.007 0.001 0.001 0.020 0.020 0.451 0.040 0.019 0.018 99 Y 0.010 0.063 0.077 0.172 0.058 0.050 0.065 0.030 0.007 0.005 0.026 0.027 0.267 0.064 0.037 0.040 100 A 0.024 0.045 0.066 0.141 0.062 0.075 0.090 0.052 0.016 0.019 0.035 0.023 0.178 0.057 0.050 0.067 101 N 0.048 0.070 0.076 0.068 0.032 0.119 0.056 0.072 0.034 0.022 0.074 0.034 0.132 0.028 0.064 0.070