# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.19244 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.136 0.180 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.042 0.081 0.489 2 V 0.160 0.110 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.058 0.077 0.530 3 T 0.153 0.063 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.076 0.088 0.556 4 R 0.041 0.022 0.006 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.073 0.119 0.665 5 K 0.059 0.023 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.040 0.128 0.675 6 A 0.228 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.048 0.090 0.564 7 P 0.128 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.029 0.114 0.689 8 S 0.074 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.035 0.105 0.718 9 R 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.016 0.176 0.736 10 D 0.096 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.040 0.127 0.628 11 E 0.086 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.085 0.106 0.149 0.539 12 P 0.034 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.085 0.139 0.641 13 C 0.066 0.018 0.005 0.001 0.007 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.190 0.126 0.100 0.471 14 S 0.061 0.018 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.072 0.119 0.574 15 S 0.117 0.015 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.047 0.092 0.645 16 T 0.028 0.020 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.036 0.115 0.718 17 S 0.056 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.030 0.112 0.690 18 R 0.267 0.075 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.063 0.089 0.447 19 P 0.116 0.051 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.051 0.101 0.636 20 A 0.108 0.033 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.040 0.079 0.093 0.624 21 L 0.254 0.037 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.124 0.087 0.448 22 E 0.214 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.158 0.093 0.451 23 E 0.012 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.067 0.131 0.616 24 D 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.397 0.092 0.087 0.395 25 V 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.705 0.072 0.045 0.157 26 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.719 0.090 0.021 0.149 27 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.887 0.029 0.008 0.068 28 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.884 0.029 0.008 0.061 29 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.846 0.040 0.015 0.058 30 K 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.787 0.058 0.025 0.111 31 Y 0.266 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.048 0.082 0.391 32 D 0.008 0.002 0.002 0.002 0.023 0.058 0.052 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.037 0.113 0.574 33 D 0.008 0.002 0.002 0.001 0.027 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.017 0.115 0.750 34 Y 0.248 0.005 0.007 0.001 0.030 0.002 0.001 0.002 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.183 0.082 0.404 35 P 0.378 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.042 0.076 0.485 36 E 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.020 0.078 0.842 37 N 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.010 0.010 0.005 0.004 0.003 0.002 0.001 0.086 0.029 0.141 0.639 38 G 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.134 0.038 0.007 0.006 0.005 0.007 0.012 0.272 0.091 0.070 0.258 39 V 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.035 0.022 0.073 0.006 0.089 0.034 0.016 0.011 0.216 0.090 0.056 0.338 40 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.057 0.063 0.027 0.006 0.608 0.043 0.027 0.148 41 Q 0.004 0.002 0.002 0.001 0.016 0.006 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.033 0.008 0.545 0.029 0.037 0.282 42 M 0.018 0.002 0.004 0.001 0.015 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.599 0.029 0.050 0.270 43 N 0.328 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.068 0.060 0.363 44 S 0.281 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.046 0.070 0.543 45 R 0.013 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.018 0.156 0.708 46 D 0.026 0.074 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.035 0.120 0.588 47 V 0.015 0.200 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.023 0.162 0.532 48 R 0.068 0.723 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.047 0.060 0.022 0.069 49 A 0.019 0.143 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.663 0.028 0.118 50 R 0.027 0.434 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.294 0.028 0.088 51 A 0.086 0.566 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.054 0.041 0.120 52 R 0.026 0.148 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.193 0.132 0.065 0.415 53 T 0.037 0.184 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.260 0.060 0.086 0.360 54 I 0.048 0.094 0.024 0.001 0.005 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.073 0.104 0.496 55 I 0.072 0.050 0.074 0.001 0.014 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.086 0.107 0.411 56 K 0.397 0.049 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.038 0.044 0.411 57 W 0.399 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.031 0.057 0.478 58 Q 0.021 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.036 0.104 0.713 59 D 0.008 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.028 0.076 0.748 60 L 0.019 0.001 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.172 0.070 0.127 0.574 61 E 0.214 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.202 0.154 0.087 0.313 62 V 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.099 0.060 0.177 0.646 63 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.349 0.035 0.120 0.490 64 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.849 0.033 0.030 0.072 65 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.524 0.105 0.049 0.306 66 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.936 0.038 0.003 0.014 67 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.002 0.663 0.159 0.016 0.140 68 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.886 0.031 0.015 0.057 69 N 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.015 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.335 0.051 0.097 0.472 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.607 0.034 0.094 0.253 71 N 0.412 0.007 0.001 0.001 0.004 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.169 0.115 0.222 72 P 0.042 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.049 0.202 0.651 73 D 0.010 0.008 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.014 0.145 0.790 74 N 0.231 0.020 0.005 0.001 0.023 0.013 0.002 0.003 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.105 0.123 0.429 75 P 0.121 0.011 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.082 0.109 0.646 76 K 0.184 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.026 0.023 0.071 0.678 77 E 0.051 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.021 0.053 0.084 0.765 78 R 0.020 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.146 0.048 0.152 0.599 79 G 0.022 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.008 0.007 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.178 0.080 0.097 0.539 80 F 0.035 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.016 0.003 0.013 0.008 0.005 0.004 0.429 0.086 0.070 0.266 81 W 0.008 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.011 0.008 0.005 0.433 0.061 0.072 0.346 82 Y 0.006 0.074 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.007 0.004 0.590 0.068 0.049 0.186 83 D 0.033 0.216 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.270 0.214 0.062 0.183 84 A 0.015 0.229 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.378 0.086 0.066 0.218 85 E 0.050 0.359 0.007 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.271 0.072 0.039 0.190 86 I 0.064 0.322 0.015 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.259 0.070 0.050 0.208 87 S 0.114 0.265 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.076 0.060 0.320 88 R 0.135 0.112 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.319 0.046 0.313 89 K 0.052 0.156 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.175 0.086 0.487 90 R 0.081 0.082 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.237 0.074 0.456 91 E 0.027 0.244 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.158 0.066 0.458 92 T 0.087 0.352 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.032 0.075 0.407 93 R 0.054 0.388 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.049 0.051 0.409 94 T 0.133 0.620 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.046 0.026 0.139 95 A 0.154 0.455 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.067 0.041 0.246 96 R 0.193 0.271 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.090 0.045 0.280 97 E 0.098 0.074 0.028 0.001 0.004 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.193 0.067 0.410 98 L 0.124 0.024 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.096 0.101 0.500 99 Y 0.091 0.015 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.043 0.089 0.657 100 A 0.030 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.025 0.092 0.781 101 N 0.050 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.032 0.105 0.700