# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.19244 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.024 0.012 0.011 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.008 0.068 0.808 2 V 0.027 0.018 0.008 0.002 0.023 0.023 0.009 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.208 0.007 0.072 0.593 3 T 0.030 0.021 0.004 0.001 0.010 0.016 0.019 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.153 0.007 0.116 0.602 4 R 0.045 0.021 0.003 0.001 0.002 0.003 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.006 0.226 0.010 0.091 0.565 5 K 0.044 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.130 0.014 0.105 0.664 6 A 0.075 0.015 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.092 0.011 0.094 0.677 7 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 8 S 0.034 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.007 0.136 0.682 9 R 0.301 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.012 0.043 0.550 10 D 0.190 0.022 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.016 0.106 0.561 11 E 0.128 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.109 0.009 0.111 0.610 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.988 13 C 0.031 0.007 0.004 0.001 0.009 0.004 0.013 0.003 0.002 0.002 0.004 0.001 0.006 0.004 0.005 0.003 0.240 0.008 0.138 0.516 14 S 0.075 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.005 0.111 0.644 15 S 0.049 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.006 0.134 0.620 16 T 0.048 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.100 0.008 0.171 0.648 17 S 0.080 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.017 0.317 0.487 18 R 0.215 0.017 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.042 0.022 0.167 0.500 19 P 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.985 20 A 0.044 0.014 0.005 0.001 0.011 0.006 0.005 0.001 0.011 0.008 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.053 0.010 0.205 0.614 21 L 0.271 0.025 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.013 0.096 0.516 22 E 0.133 0.042 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.011 0.092 0.657 23 E 0.217 0.021 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.019 0.091 0.553 24 D 0.124 0.017 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.190 0.009 0.218 0.433 25 V 0.084 0.007 0.012 0.002 0.007 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.654 0.007 0.069 0.145 26 I 0.010 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.865 0.001 0.030 0.074 27 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.001 0.009 0.034 28 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.941 0.001 0.007 0.038 29 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.010 0.010 0.012 0.821 0.001 0.024 0.102 30 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.883 0.001 0.021 0.081 31 Y 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.003 0.009 0.006 0.006 0.012 0.014 0.015 0.515 0.002 0.054 0.315 32 D 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.073 0.251 0.016 0.275 0.002 0.070 0.289 33 D 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.002 0.014 0.007 0.001 0.001 0.080 0.010 0.188 0.669 34 Y 0.156 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.109 0.122 0.003 0.012 0.003 0.001 0.001 0.017 0.028 0.166 0.365 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 36 E 0.007 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.269 0.642 37 N 0.358 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.039 0.030 0.544 38 G 0.448 0.011 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.024 0.124 0.323 39 V 0.052 0.003 0.049 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 0.005 0.168 0.552 40 V 0.006 0.002 0.001 0.002 0.023 0.122 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.691 0.001 0.023 0.095 41 Q 0.009 0.005 0.002 0.001 0.025 0.038 0.061 0.015 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.019 0.008 0.011 0.261 0.003 0.073 0.448 42 M 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.003 0.002 0.004 0.002 0.016 0.007 0.003 0.003 0.824 0.001 0.020 0.096 43 N 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.034 0.014 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.314 0.003 0.172 0.413 44 S 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.327 0.004 0.064 0.547 45 R 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.007 0.328 0.459 46 D 0.191 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.035 0.181 0.542 47 V 0.293 0.077 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.030 0.095 0.390 48 R 0.041 0.077 0.008 0.002 0.011 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.280 0.006 0.202 0.356 49 A 0.006 0.028 0.006 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.034 0.878 50 R 0.044 0.124 0.004 0.001 0.005 0.023 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.330 0.010 0.077 0.356 51 A 0.069 0.254 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.011 0.082 0.377 52 R 0.079 0.297 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.439 0.013 0.022 0.136 53 T 0.056 0.317 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.348 0.011 0.038 0.218 54 I 0.068 0.316 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.383 0.017 0.024 0.174 55 I 0.058 0.246 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.001 0.482 0.016 0.033 0.134 56 K 0.054 0.199 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.303 0.021 0.060 0.332 57 W 0.052 0.112 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.003 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.267 0.019 0.023 0.477 58 Q 0.061 0.070 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.007 0.006 0.001 0.190 0.022 0.203 0.414 59 D 0.267 0.032 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.054 0.063 0.079 0.475 60 L 0.368 0.109 0.029 0.013 0.002 0.001 0.002 0.001 0.010 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.150 0.043 0.042 0.212 61 E 0.040 0.029 0.006 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.295 0.009 0.207 0.392 62 V 0.020 0.017 0.011 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.007 0.094 0.664 63 G 0.053 0.008 0.005 0.004 0.002 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.446 0.012 0.102 0.354 64 Q 0.087 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.485 0.006 0.230 0.171 65 V 0.023 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.693 0.002 0.033 0.232 66 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.001 0.016 0.048 67 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 0.875 0.001 0.016 0.075 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.003 0.875 0.001 0.013 0.090 69 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.030 0.016 0.037 0.020 0.651 0.001 0.036 0.199 70 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.578 0.001 0.118 0.292 71 N 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.006 0.039 0.004 0.003 0.004 0.001 0.002 0.164 0.002 0.313 0.426 72 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.001 0.044 0.896 73 D 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 0.662 0.297 74 N 0.383 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.051 0.289 0.260 75 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 76 K 0.009 0.017 0.007 0.001 0.025 0.008 0.007 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 0.614 0.279 77 E 0.291 0.022 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.019 0.065 0.551 78 R 0.229 0.213 0.004 0.002 0.004 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.022 0.030 0.446 79 G 0.343 0.035 0.032 0.002 0.003 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.078 0.055 0.299 80 F 0.090 0.013 0.063 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.229 0.010 0.130 0.457 81 W 0.017 0.011 0.024 0.004 0.008 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.538 0.007 0.040 0.342 82 Y 0.024 0.012 0.003 0.002 0.011 0.016 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.673 0.004 0.059 0.171 83 D 0.011 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.653 0.003 0.049 0.259 84 A 0.017 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.691 0.005 0.047 0.201 85 E 0.018 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.604 0.004 0.163 0.164 86 I 0.032 0.084 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.491 0.005 0.076 0.295 87 S 0.026 0.215 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.512 0.009 0.048 0.166 88 R 0.056 0.208 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.021 0.060 0.450 89 K 0.102 0.262 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.032 0.065 0.431 90 R 0.118 0.224 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.049 0.102 0.379 91 E 0.146 0.192 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.032 0.106 0.473 92 T 0.107 0.245 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.035 0.095 0.421 93 R 0.093 0.274 0.016 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.022 0.089 0.408 94 T 0.037 0.231 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.012 0.206 0.472 95 A 0.062 0.262 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.025 0.051 0.500 96 R 0.048 0.315 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.014 0.188 0.375 97 E 0.120 0.342 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.022 0.234 0.232 98 L 0.112 0.723 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.012 0.014 0.103 99 Y 0.109 0.660 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.072 0.024 0.020 0.095 100 A 0.143 0.480 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.045 0.026 0.208 101 N 0.141 0.327 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.059 0.043 0.352