# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.19244 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.023 0.015 0.012 0.012 0.016 0.038 0.004 0.881 2 V 0.055 0.040 0.048 0.056 0.126 0.084 0.008 0.581 3 T 0.070 0.064 0.045 0.061 0.086 0.109 0.010 0.554 4 R 0.072 0.080 0.032 0.048 0.074 0.061 0.012 0.620 5 K 0.109 0.073 0.043 0.038 0.060 0.116 0.020 0.539 6 A 0.132 0.043 0.031 0.032 0.043 0.085 0.014 0.619 7 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.992 8 S 0.038 0.011 0.018 0.024 0.045 0.206 0.010 0.647 9 R 0.404 0.018 0.026 0.015 0.024 0.063 0.021 0.429 10 D 0.163 0.037 0.029 0.026 0.039 0.133 0.018 0.555 11 E 0.249 0.017 0.042 0.045 0.050 0.143 0.012 0.442 12 P 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.982 13 C 0.040 0.009 0.047 0.069 0.191 0.099 0.006 0.540 14 S 0.109 0.024 0.036 0.056 0.073 0.108 0.011 0.584 15 S 0.093 0.033 0.036 0.059 0.089 0.098 0.010 0.581 16 T 0.079 0.025 0.031 0.036 0.054 0.143 0.013 0.619 17 S 0.130 0.018 0.018 0.016 0.025 0.195 0.036 0.562 18 R 0.260 0.020 0.032 0.030 0.043 0.190 0.018 0.406 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 20 A 0.019 0.010 0.013 0.023 0.062 0.235 0.004 0.635 21 L 0.207 0.029 0.017 0.027 0.049 0.104 0.012 0.554 22 E 0.106 0.059 0.018 0.046 0.067 0.101 0.010 0.594 23 E 0.107 0.046 0.027 0.057 0.064 0.114 0.015 0.570 24 D 0.201 0.063 0.041 0.071 0.087 0.089 0.021 0.428 25 V 0.097 0.032 0.105 0.204 0.235 0.049 0.012 0.266 26 I 0.012 0.006 0.169 0.321 0.334 0.027 0.003 0.128 27 Y 0.004 0.002 0.131 0.382 0.358 0.011 0.002 0.109 28 H 0.003 0.001 0.140 0.310 0.428 0.013 0.001 0.102 29 V 0.002 0.001 0.187 0.292 0.359 0.016 0.001 0.142 30 K 0.001 0.001 0.161 0.249 0.438 0.025 0.001 0.123 31 Y 0.006 0.002 0.096 0.173 0.336 0.062 0.002 0.322 32 D 0.006 0.004 0.057 0.086 0.196 0.245 0.004 0.403 33 D 0.033 0.004 0.014 0.021 0.052 0.203 0.019 0.655 34 Y 0.203 0.017 0.028 0.037 0.059 0.241 0.013 0.401 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.991 36 E 0.010 0.010 0.004 0.011 0.025 0.138 0.002 0.800 37 N 0.340 0.051 0.012 0.021 0.073 0.059 0.022 0.421 38 G 0.559 0.020 0.040 0.051 0.060 0.077 0.021 0.173 39 V 0.043 0.011 0.130 0.194 0.159 0.067 0.007 0.388 40 V 0.004 0.001 0.101 0.466 0.365 0.011 0.001 0.050 41 Q 0.005 0.005 0.083 0.169 0.265 0.036 0.003 0.434 42 M 0.005 0.003 0.361 0.178 0.296 0.027 0.002 0.128 43 N 0.004 0.005 0.097 0.223 0.242 0.156 0.003 0.270 44 S 0.022 0.007 0.117 0.067 0.209 0.053 0.010 0.515 45 R 0.016 0.007 0.028 0.021 0.031 0.409 0.010 0.478 46 D 0.142 0.005 0.020 0.013 0.018 0.424 0.035 0.342 47 V 0.150 0.094 0.045 0.020 0.047 0.137 0.012 0.495 48 R 0.041 0.073 0.045 0.064 0.120 0.256 0.004 0.398 49 A 0.002 0.012 0.003 0.004 0.008 0.030 0.001 0.940 50 R 0.035 0.212 0.019 0.034 0.120 0.095 0.006 0.479 51 A 0.118 0.503 0.018 0.030 0.071 0.050 0.009 0.201 52 R 0.046 0.655 0.040 0.046 0.052 0.030 0.009 0.121 53 T 0.099 0.561 0.026 0.050 0.060 0.023 0.025 0.157 54 I 0.102 0.473 0.033 0.059 0.115 0.011 0.018 0.190 55 I 0.050 0.285 0.115 0.191 0.153 0.036 0.016 0.154 56 K 0.024 0.112 0.071 0.117 0.112 0.104 0.017 0.442 57 W 0.053 0.092 0.140 0.093 0.245 0.040 0.014 0.323 58 Q 0.019 0.045 0.028 0.034 0.037 0.292 0.017 0.528 59 D 0.278 0.022 0.031 0.019 0.030 0.101 0.093 0.425 60 L 0.354 0.118 0.088 0.043 0.050 0.070 0.022 0.254 61 E 0.067 0.027 0.063 0.085 0.093 0.284 0.011 0.369 62 V 0.030 0.014 0.053 0.051 0.114 0.073 0.007 0.659 63 G 0.054 0.009 0.178 0.137 0.225 0.104 0.009 0.285 64 Q 0.087 0.007 0.143 0.122 0.088 0.112 0.012 0.429 65 V 0.019 0.006 0.479 0.072 0.114 0.058 0.004 0.249 66 V 0.007 0.002 0.671 0.107 0.104 0.028 0.001 0.079 67 M 0.002 0.001 0.691 0.073 0.125 0.023 0.001 0.084 68 L 0.001 0.001 0.681 0.114 0.147 0.015 0.001 0.040 69 N 0.002 0.002 0.412 0.094 0.229 0.033 0.002 0.227 70 Y 0.010 0.002 0.268 0.089 0.186 0.134 0.005 0.306 71 N 0.006 0.002 0.032 0.050 0.046 0.557 0.003 0.304 72 P 0.004 0.001 0.006 0.004 0.013 0.018 0.001 0.953 73 D 0.010 0.002 0.001 0.003 0.005 0.801 0.007 0.172 74 N 0.853 0.001 0.001 0.003 0.002 0.058 0.030 0.052 75 P 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.988 76 K 0.008 0.011 0.004 0.025 0.042 0.607 0.002 0.302 77 E 0.388 0.022 0.009 0.026 0.043 0.114 0.024 0.374 78 R 0.258 0.092 0.022 0.064 0.136 0.081 0.017 0.331 79 G 0.138 0.019 0.070 0.152 0.224 0.065 0.013 0.318 80 F 0.035 0.005 0.114 0.310 0.259 0.065 0.009 0.203 81 W 0.006 0.001 0.113 0.242 0.286 0.027 0.002 0.323 82 Y 0.001 0.001 0.092 0.403 0.442 0.011 0.001 0.049 83 D 0.003 0.002 0.147 0.167 0.295 0.071 0.001 0.312 84 A 0.004 0.003 0.133 0.220 0.459 0.019 0.002 0.160 85 E 0.005 0.003 0.119 0.280 0.427 0.053 0.002 0.112 86 I 0.012 0.007 0.070 0.241 0.325 0.052 0.004 0.287 87 S 0.006 0.013 0.058 0.279 0.515 0.032 0.002 0.095 88 R 0.013 0.048 0.020 0.104 0.209 0.110 0.006 0.490 89 K 0.039 0.082 0.045 0.103 0.285 0.126 0.012 0.308 90 R 0.057 0.123 0.024 0.081 0.131 0.156 0.018 0.411 91 E 0.096 0.148 0.016 0.046 0.075 0.142 0.024 0.452 92 T 0.098 0.241 0.026 0.043 0.098 0.094 0.019 0.381 93 R 0.070 0.222 0.048 0.049 0.090 0.098 0.014 0.408 94 T 0.028 0.143 0.025 0.034 0.062 0.246 0.014 0.448 95 A 0.057 0.235 0.053 0.034 0.117 0.079 0.014 0.411 96 R 0.024 0.316 0.019 0.025 0.044 0.134 0.009 0.430 97 E 0.071 0.338 0.023 0.024 0.032 0.203 0.018 0.291 98 L 0.082 0.716 0.013 0.014 0.025 0.022 0.008 0.119 99 Y 0.089 0.712 0.014 0.017 0.045 0.013 0.012 0.097 100 A 0.140 0.490 0.028 0.029 0.046 0.032 0.040 0.194 101 N 0.186 0.200 0.033 0.027 0.032 0.044 0.068 0.410