# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.19244 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.238 0.245 0.260 0.062 0.084 0.050 0.025 0.004 0.028 0.004 0.001 2 V 0.398 0.231 0.223 0.068 0.029 0.027 0.006 0.001 0.015 0.001 0.002 3 T 0.357 0.244 0.190 0.101 0.042 0.026 0.010 0.002 0.027 0.002 0.001 4 R 0.431 0.170 0.184 0.097 0.048 0.021 0.025 0.002 0.018 0.002 0.002 5 K 0.282 0.165 0.180 0.238 0.043 0.031 0.034 0.006 0.018 0.003 0.001 6 A 0.034 0.231 0.436 0.009 0.038 0.012 0.009 0.001 0.227 0.003 0.001 7 P 0.209 0.007 0.684 0.015 0.002 0.019 0.001 0.001 0.003 0.001 0.059 8 S 0.152 0.241 0.325 0.159 0.032 0.052 0.013 0.007 0.017 0.001 0.001 9 R 0.216 0.305 0.272 0.103 0.053 0.019 0.011 0.002 0.016 0.002 0.002 10 D 0.134 0.188 0.266 0.195 0.072 0.060 0.045 0.005 0.028 0.004 0.002 11 E 0.018 0.301 0.397 0.006 0.030 0.011 0.005 0.001 0.230 0.002 0.001 12 P 0.082 0.007 0.819 0.009 0.003 0.029 0.001 0.001 0.003 0.001 0.049 13 C 0.078 0.379 0.357 0.062 0.044 0.036 0.006 0.005 0.032 0.001 0.001 14 S 0.244 0.234 0.342 0.066 0.062 0.022 0.005 0.002 0.017 0.003 0.003 15 S 0.188 0.223 0.207 0.156 0.113 0.048 0.023 0.005 0.031 0.004 0.001 16 T 0.233 0.260 0.194 0.169 0.064 0.030 0.020 0.003 0.022 0.003 0.002 17 S 0.183 0.191 0.218 0.228 0.065 0.042 0.036 0.009 0.019 0.007 0.003 18 R 0.041 0.316 0.381 0.015 0.060 0.014 0.010 0.001 0.156 0.004 0.001 19 P 0.182 0.013 0.724 0.015 0.003 0.024 0.001 0.001 0.004 0.001 0.034 20 A 0.120 0.179 0.512 0.069 0.029 0.056 0.006 0.003 0.022 0.001 0.002 21 L 0.129 0.203 0.494 0.052 0.034 0.036 0.005 0.001 0.039 0.003 0.003 22 E 0.388 0.093 0.333 0.066 0.039 0.031 0.018 0.002 0.020 0.006 0.005 23 E 0.463 0.066 0.177 0.192 0.031 0.023 0.026 0.004 0.013 0.003 0.003 24 D 0.100 0.256 0.187 0.232 0.104 0.039 0.039 0.011 0.029 0.003 0.001 25 V 0.023 0.669 0.217 0.022 0.031 0.018 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 26 I 0.015 0.796 0.133 0.010 0.018 0.021 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 27 Y 0.009 0.720 0.108 0.014 0.112 0.018 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 28 H 0.005 0.776 0.118 0.005 0.054 0.028 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 29 V 0.002 0.831 0.103 0.002 0.023 0.031 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 30 K 0.007 0.571 0.269 0.004 0.012 0.127 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 31 Y 0.034 0.498 0.221 0.020 0.069 0.082 0.011 0.001 0.061 0.002 0.001 32 D 0.352 0.152 0.200 0.098 0.061 0.049 0.046 0.003 0.028 0.008 0.004 33 D 0.154 0.076 0.109 0.377 0.068 0.047 0.093 0.031 0.019 0.024 0.002 34 Y 0.037 0.171 0.441 0.017 0.030 0.019 0.020 0.002 0.245 0.017 0.001 35 P 0.578 0.004 0.331 0.020 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.004 0.051 36 E 0.579 0.030 0.087 0.237 0.011 0.020 0.017 0.007 0.008 0.003 0.002 37 N 0.106 0.049 0.164 0.531 0.023 0.013 0.085 0.014 0.008 0.006 0.001 38 G 0.044 0.060 0.135 0.047 0.091 0.017 0.198 0.316 0.010 0.080 0.001 39 V 0.060 0.472 0.372 0.027 0.028 0.024 0.003 0.001 0.011 0.001 0.003 40 V 0.035 0.688 0.194 0.013 0.027 0.022 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 41 Q 0.021 0.445 0.365 0.013 0.044 0.088 0.003 0.001 0.019 0.001 0.002 42 M 0.036 0.664 0.177 0.025 0.045 0.025 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 43 N 0.016 0.274 0.373 0.015 0.104 0.077 0.018 0.001 0.114 0.008 0.001 44 S 0.604 0.029 0.233 0.050 0.024 0.013 0.005 0.001 0.011 0.006 0.024 45 R 0.728 0.026 0.064 0.137 0.013 0.009 0.013 0.004 0.004 0.002 0.001 46 D 0.244 0.074 0.162 0.368 0.032 0.043 0.049 0.006 0.018 0.002 0.002 47 V 0.196 0.212 0.417 0.103 0.012 0.028 0.014 0.002 0.012 0.001 0.002 48 R 0.065 0.321 0.429 0.010 0.021 0.032 0.008 0.001 0.109 0.004 0.001 49 A 0.686 0.004 0.255 0.018 0.002 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.022 50 R 0.503 0.045 0.073 0.275 0.034 0.021 0.019 0.016 0.010 0.003 0.001 51 A 0.430 0.130 0.236 0.097 0.035 0.024 0.021 0.004 0.021 0.002 0.001 52 R 0.452 0.239 0.186 0.070 0.019 0.014 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 53 T 0.301 0.318 0.187 0.075 0.057 0.034 0.010 0.001 0.016 0.001 0.001 54 I 0.217 0.530 0.138 0.031 0.038 0.023 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 55 I 0.124 0.550 0.190 0.027 0.050 0.039 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 56 K 0.079 0.388 0.349 0.020 0.021 0.111 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 57 W 0.506 0.121 0.236 0.044 0.026 0.028 0.008 0.001 0.027 0.002 0.001 58 Q 0.713 0.031 0.049 0.136 0.018 0.011 0.030 0.002 0.006 0.003 0.001 59 D 0.226 0.041 0.056 0.446 0.030 0.021 0.148 0.015 0.014 0.004 0.001 60 L 0.144 0.391 0.288 0.082 0.022 0.014 0.028 0.004 0.024 0.002 0.001 61 E 0.054 0.318 0.395 0.043 0.037 0.088 0.022 0.001 0.033 0.004 0.004 62 V 0.093 0.319 0.356 0.138 0.032 0.017 0.017 0.002 0.022 0.001 0.004 63 G 0.025 0.080 0.074 0.035 0.347 0.009 0.039 0.238 0.006 0.147 0.001 64 Q 0.020 0.579 0.206 0.024 0.129 0.021 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 65 V 0.006 0.713 0.212 0.004 0.022 0.035 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 66 V 0.006 0.868 0.067 0.002 0.028 0.022 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 67 M 0.005 0.698 0.185 0.004 0.020 0.077 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 68 L 0.031 0.705 0.122 0.017 0.039 0.033 0.003 0.001 0.048 0.001 0.001 69 N 0.025 0.316 0.226 0.048 0.185 0.100 0.046 0.004 0.044 0.006 0.001 70 Y 0.050 0.528 0.168 0.092 0.070 0.050 0.011 0.004 0.018 0.005 0.003 71 N 0.017 0.154 0.385 0.016 0.061 0.104 0.028 0.001 0.208 0.026 0.001 72 P 0.898 0.001 0.038 0.023 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 73 D 0.337 0.010 0.025 0.577 0.006 0.014 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 74 N 0.048 0.139 0.316 0.056 0.031 0.022 0.034 0.003 0.340 0.008 0.001 75 P 0.358 0.005 0.547 0.017 0.001 0.013 0.002 0.001 0.003 0.001 0.051 76 K 0.651 0.029 0.165 0.109 0.009 0.018 0.006 0.003 0.006 0.003 0.002 77 E 0.589 0.050 0.152 0.142 0.012 0.023 0.011 0.002 0.013 0.002 0.003 78 R 0.110 0.074 0.258 0.431 0.016 0.014 0.072 0.004 0.019 0.002 0.001 79 G 0.017 0.023 0.049 0.013 0.067 0.007 0.083 0.558 0.003 0.180 0.001 80 F 0.048 0.430 0.352 0.037 0.068 0.043 0.006 0.002 0.011 0.002 0.001 81 W 0.076 0.520 0.239 0.056 0.036 0.052 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 82 Y 0.084 0.556 0.138 0.049 0.099 0.034 0.006 0.001 0.030 0.002 0.001 83 D 0.087 0.198 0.388 0.039 0.067 0.157 0.024 0.001 0.037 0.001 0.002 84 A 0.595 0.168 0.117 0.048 0.040 0.016 0.003 0.001 0.009 0.001 0.002 85 E 0.599 0.229 0.081 0.030 0.028 0.021 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 86 I 0.600 0.206 0.094 0.042 0.020 0.021 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 87 S 0.687 0.110 0.066 0.058 0.040 0.012 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 88 R 0.562 0.101 0.124 0.093 0.050 0.023 0.018 0.001 0.027 0.002 0.001 89 K 0.674 0.060 0.121 0.100 0.010 0.013 0.011 0.001 0.008 0.001 0.001 90 R 0.522 0.107 0.158 0.122 0.031 0.020 0.017 0.003 0.018 0.002 0.001 91 E 0.467 0.109 0.209 0.113 0.027 0.038 0.019 0.001 0.015 0.001 0.001 92 T 0.547 0.163 0.135 0.086 0.022 0.022 0.010 0.001 0.013 0.001 0.001 93 R 0.610 0.105 0.134 0.065 0.038 0.021 0.011 0.002 0.012 0.002 0.001 94 T 0.570 0.142 0.116 0.090 0.032 0.023 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 95 A 0.748 0.065 0.089 0.056 0.014 0.012 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 96 R 0.753 0.072 0.057 0.070 0.019 0.009 0.009 0.001 0.009 0.001 0.001 97 E 0.590 0.122 0.132 0.069 0.033 0.016 0.012 0.001 0.022 0.001 0.001 98 L 0.576 0.131 0.167 0.070 0.014 0.021 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 99 Y 0.349 0.269 0.122 0.164 0.037 0.016 0.013 0.001 0.027 0.001 0.001 100 A 0.256 0.133 0.193 0.139 0.119 0.033 0.061 0.018 0.027 0.020 0.001 101 N 0.184 0.139 0.228 0.217 0.072 0.053 0.056 0.009 0.031 0.010 0.001