# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.19244 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.186 0.142 0.040 0.011 0.323 0.011 0.018 0.086 0.044 0.079 0.060 2 V 0.203 0.136 0.032 0.007 0.312 0.010 0.024 0.112 0.066 0.051 0.049 3 T 0.138 0.137 0.053 0.024 0.242 0.036 0.052 0.129 0.065 0.064 0.060 4 R 0.135 0.187 0.060 0.020 0.211 0.023 0.052 0.129 0.067 0.069 0.048 5 K 0.066 0.117 0.088 0.061 0.101 0.051 0.069 0.097 0.073 0.200 0.078 6 A 0.108 0.313 0.154 0.018 0.241 0.010 0.013 0.033 0.023 0.054 0.033 7 P 0.097 0.238 0.092 0.024 0.179 0.022 0.040 0.108 0.104 0.057 0.041 8 S 0.080 0.179 0.110 0.039 0.152 0.032 0.052 0.114 0.100 0.097 0.045 9 R 0.097 0.171 0.061 0.019 0.187 0.022 0.051 0.128 0.109 0.106 0.048 10 D 0.107 0.130 0.087 0.037 0.167 0.029 0.042 0.065 0.059 0.198 0.080 11 E 0.082 0.358 0.161 0.018 0.240 0.010 0.014 0.033 0.025 0.034 0.025 12 P 0.147 0.185 0.064 0.018 0.260 0.019 0.037 0.087 0.069 0.066 0.049 13 C 0.107 0.245 0.122 0.027 0.214 0.020 0.027 0.068 0.049 0.077 0.045 14 S 0.098 0.196 0.086 0.030 0.186 0.027 0.037 0.111 0.084 0.091 0.053 15 S 0.109 0.154 0.078 0.027 0.196 0.022 0.033 0.122 0.097 0.112 0.049 16 T 0.071 0.142 0.071 0.027 0.147 0.027 0.052 0.168 0.132 0.119 0.044 17 S 0.091 0.128 0.073 0.032 0.148 0.032 0.047 0.095 0.081 0.207 0.067 18 R 0.076 0.332 0.186 0.021 0.206 0.013 0.016 0.043 0.034 0.048 0.026 19 P 0.085 0.196 0.103 0.028 0.155 0.024 0.040 0.117 0.114 0.086 0.051 20 A 0.080 0.300 0.151 0.019 0.179 0.016 0.026 0.082 0.052 0.065 0.030 21 L 0.077 0.199 0.084 0.014 0.148 0.017 0.037 0.157 0.132 0.092 0.043 22 E 0.116 0.057 0.026 0.016 0.128 0.017 0.035 0.256 0.201 0.099 0.049 23 E 0.051 0.126 0.065 0.026 0.121 0.054 0.084 0.245 0.149 0.058 0.020 24 D 0.185 0.101 0.026 0.009 0.226 0.013 0.038 0.091 0.039 0.188 0.086 25 V 0.254 0.131 0.009 0.001 0.547 0.002 0.009 0.008 0.009 0.005 0.024 26 I 0.306 0.050 0.005 0.004 0.543 0.020 0.025 0.009 0.004 0.006 0.028 27 Y 0.183 0.153 0.014 0.003 0.615 0.004 0.004 0.004 0.002 0.003 0.014 28 H 0.351 0.020 0.002 0.001 0.608 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 29 V 0.167 0.205 0.034 0.003 0.552 0.003 0.003 0.004 0.002 0.003 0.024 30 K 0.291 0.121 0.022 0.006 0.392 0.008 0.009 0.013 0.008 0.025 0.104 31 Y 0.160 0.173 0.058 0.027 0.258 0.022 0.016 0.065 0.055 0.086 0.081 32 D 0.080 0.126 0.057 0.037 0.152 0.039 0.087 0.177 0.098 0.099 0.048 33 D 0.081 0.143 0.078 0.032 0.145 0.025 0.043 0.122 0.074 0.209 0.049 34 Y 0.133 0.248 0.134 0.011 0.284 0.011 0.016 0.059 0.027 0.050 0.027 35 P 0.071 0.140 0.205 0.031 0.088 0.030 0.036 0.206 0.130 0.031 0.032 36 E 0.035 0.085 0.058 0.061 0.045 0.083 0.187 0.256 0.116 0.056 0.018 37 N 0.026 0.244 0.114 0.136 0.046 0.075 0.072 0.045 0.031 0.167 0.043 38 G 0.035 0.117 0.102 0.096 0.061 0.028 0.012 0.023 0.025 0.317 0.182 39 V 0.237 0.178 0.017 0.003 0.519 0.003 0.005 0.007 0.006 0.010 0.016 40 V 0.157 0.179 0.019 0.004 0.613 0.005 0.005 0.004 0.002 0.003 0.008 41 Q 0.330 0.048 0.006 0.001 0.573 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.028 42 M 0.182 0.273 0.068 0.011 0.376 0.014 0.010 0.006 0.004 0.012 0.044 43 N 0.101 0.360 0.172 0.029 0.203 0.016 0.018 0.012 0.010 0.023 0.056 44 S 0.162 0.124 0.043 0.018 0.165 0.014 0.020 0.105 0.167 0.105 0.076 45 R 0.013 0.075 0.042 0.060 0.039 0.110 0.137 0.213 0.211 0.084 0.016 46 D 0.125 0.137 0.066 0.013 0.235 0.009 0.030 0.115 0.050 0.163 0.056 47 V 0.182 0.154 0.023 0.004 0.302 0.010 0.024 0.097 0.074 0.086 0.044 48 R 0.088 0.343 0.106 0.021 0.275 0.014 0.014 0.075 0.022 0.015 0.027 49 A 0.123 0.071 0.015 0.003 0.154 0.008 0.024 0.415 0.148 0.016 0.024 50 R 0.034 0.064 0.017 0.004 0.052 0.010 0.034 0.541 0.125 0.089 0.030 51 A 0.088 0.048 0.004 0.001 0.071 0.003 0.020 0.527 0.152 0.044 0.043 52 R 0.032 0.025 0.006 0.007 0.050 0.030 0.074 0.606 0.135 0.022 0.014 53 T 0.079 0.099 0.016 0.003 0.159 0.008 0.021 0.478 0.079 0.047 0.011 54 I 0.167 0.085 0.010 0.002 0.266 0.004 0.028 0.293 0.044 0.069 0.032 55 I 0.115 0.260 0.083 0.015 0.274 0.020 0.038 0.117 0.025 0.024 0.027 56 K 0.109 0.230 0.078 0.019 0.197 0.017 0.030 0.137 0.047 0.060 0.075 57 W 0.099 0.068 0.028 0.013 0.114 0.014 0.051 0.293 0.221 0.053 0.047 58 Q 0.013 0.034 0.030 0.049 0.025 0.108 0.171 0.293 0.188 0.071 0.018 59 D 0.136 0.131 0.047 0.008 0.228 0.007 0.026 0.131 0.048 0.186 0.052 60 L 0.229 0.166 0.037 0.004 0.422 0.007 0.018 0.051 0.028 0.016 0.022 61 E 0.185 0.117 0.068 0.034 0.249 0.045 0.042 0.076 0.033 0.055 0.097 62 V 0.116 0.191 0.052 0.078 0.149 0.061 0.119 0.069 0.050 0.054 0.061 63 G 0.025 0.025 0.050 0.308 0.029 0.144 0.069 0.023 0.018 0.245 0.064 64 Q 0.100 0.369 0.112 0.014 0.320 0.005 0.010 0.011 0.010 0.028 0.021 65 V 0.358 0.039 0.002 0.001 0.585 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.004 66 V 0.212 0.087 0.008 0.002 0.654 0.006 0.006 0.004 0.002 0.002 0.016 67 M 0.417 0.036 0.005 0.002 0.442 0.003 0.003 0.005 0.003 0.010 0.074 68 L 0.213 0.103 0.022 0.017 0.397 0.022 0.022 0.028 0.020 0.046 0.109 69 N 0.340 0.051 0.019 0.008 0.368 0.007 0.014 0.027 0.012 0.076 0.079 70 Y 0.058 0.245 0.078 0.071 0.160 0.068 0.059 0.074 0.059 0.101 0.028 71 N 0.224 0.115 0.046 0.006 0.542 0.003 0.005 0.018 0.012 0.017 0.013 72 P 0.030 0.028 0.008 0.002 0.043 0.006 0.022 0.331 0.490 0.019 0.020 73 D 0.036 0.050 0.024 0.013 0.053 0.039 0.263 0.258 0.082 0.155 0.027 74 N 0.127 0.300 0.080 0.006 0.285 0.005 0.006 0.046 0.021 0.092 0.032 75 P 0.056 0.102 0.044 0.009 0.123 0.011 0.018 0.353 0.208 0.051 0.025 76 K 0.027 0.022 0.023 0.009 0.031 0.011 0.061 0.477 0.288 0.039 0.011 77 E 0.056 0.043 0.031 0.010 0.062 0.018 0.094 0.376 0.122 0.160 0.028 78 R 0.040 0.404 0.129 0.037 0.095 0.045 0.067 0.074 0.032 0.050 0.027 79 G 0.065 0.059 0.054 0.089 0.059 0.040 0.017 0.043 0.035 0.362 0.177 80 F 0.111 0.303 0.057 0.006 0.431 0.004 0.007 0.027 0.013 0.026 0.017 81 W 0.339 0.056 0.011 0.006 0.443 0.008 0.017 0.038 0.014 0.026 0.042 82 Y 0.078 0.312 0.105 0.038 0.244 0.051 0.045 0.044 0.021 0.032 0.031 83 D 0.304 0.080 0.015 0.004 0.532 0.003 0.003 0.021 0.006 0.009 0.023 84 A 0.126 0.148 0.024 0.003 0.311 0.008 0.018 0.211 0.117 0.012 0.021 85 E 0.144 0.172 0.010 0.002 0.267 0.007 0.019 0.249 0.029 0.052 0.048 86 I 0.254 0.044 0.003 0.001 0.140 0.003 0.012 0.315 0.133 0.029 0.066 87 S 0.014 0.023 0.005 0.007 0.028 0.030 0.066 0.717 0.082 0.020 0.008 88 R 0.058 0.040 0.010 0.004 0.071 0.005 0.021 0.634 0.075 0.071 0.011 89 K 0.027 0.039 0.011 0.003 0.051 0.005 0.029 0.598 0.165 0.058 0.015 90 R 0.025 0.044 0.019 0.009 0.041 0.013 0.034 0.609 0.153 0.039 0.016 91 E 0.053 0.040 0.011 0.003 0.056 0.005 0.033 0.531 0.110 0.135 0.023 92 T 0.052 0.113 0.032 0.007 0.090 0.008 0.024 0.477 0.091 0.077 0.027 93 R 0.037 0.073 0.029 0.014 0.061 0.021 0.042 0.555 0.091 0.054 0.023 94 T 0.043 0.104 0.028 0.005 0.074 0.005 0.016 0.530 0.091 0.078 0.026 95 A 0.029 0.017 0.003 0.001 0.028 0.003 0.016 0.697 0.157 0.034 0.014 96 R 0.011 0.019 0.007 0.005 0.019 0.012 0.035 0.699 0.165 0.023 0.006 97 E 0.042 0.031 0.006 0.001 0.049 0.003 0.021 0.664 0.114 0.061 0.008 98 L 0.036 0.062 0.008 0.001 0.063 0.003 0.040 0.610 0.123 0.042 0.011 99 Y 0.077 0.037 0.019 0.014 0.077 0.024 0.100 0.373 0.118 0.110 0.051 100 A 0.069 0.190 0.071 0.028 0.123 0.034 0.061 0.221 0.078 0.092 0.034 101 N 0.091 0.097 0.098 0.042 0.135 0.024 0.054 0.147 0.077 0.170 0.064