# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.19244 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.703 0.218 0.055 0.018 0.005 0.001 0.001 2 V 0.520 0.219 0.146 0.089 0.023 0.003 0.001 3 T 0.594 0.245 0.107 0.041 0.010 0.002 0.001 4 R 0.606 0.252 0.095 0.037 0.009 0.001 0.001 5 K 0.636 0.265 0.065 0.025 0.008 0.001 0.001 6 A 0.445 0.289 0.154 0.081 0.026 0.005 0.001 7 P 0.372 0.234 0.212 0.129 0.044 0.008 0.001 8 S 0.572 0.270 0.105 0.039 0.012 0.002 0.001 9 R 0.334 0.235 0.220 0.149 0.050 0.012 0.001 10 D 0.407 0.274 0.156 0.100 0.051 0.013 0.001 11 E 0.312 0.299 0.187 0.125 0.058 0.018 0.001 12 P 0.243 0.220 0.200 0.181 0.116 0.037 0.002 13 C 0.234 0.232 0.242 0.179 0.087 0.025 0.001 14 S 0.344 0.264 0.202 0.126 0.050 0.013 0.001 15 S 0.438 0.243 0.161 0.102 0.045 0.011 0.001 16 T 0.521 0.248 0.126 0.072 0.027 0.006 0.001 17 S 0.619 0.239 0.085 0.040 0.014 0.003 0.001 18 R 0.545 0.248 0.124 0.060 0.019 0.004 0.001 19 P 0.543 0.271 0.119 0.049 0.015 0.003 0.001 20 A 0.418 0.261 0.178 0.101 0.034 0.007 0.001 21 L 0.365 0.248 0.201 0.124 0.050 0.012 0.001 22 E 0.449 0.282 0.147 0.080 0.032 0.009 0.001 23 E 0.502 0.300 0.114 0.056 0.022 0.006 0.001 24 D 0.229 0.346 0.235 0.125 0.048 0.015 0.002 25 V 0.020 0.044 0.096 0.217 0.346 0.246 0.031 26 I 0.021 0.086 0.205 0.308 0.229 0.135 0.016 27 Y 0.011 0.036 0.063 0.133 0.318 0.389 0.049 28 H 0.020 0.100 0.244 0.330 0.211 0.088 0.008 29 V 0.010 0.023 0.051 0.139 0.296 0.424 0.057 30 K 0.071 0.279 0.299 0.210 0.110 0.029 0.001 31 Y 0.042 0.088 0.185 0.334 0.259 0.089 0.003 32 D 0.379 0.421 0.130 0.048 0.020 0.003 0.001 33 D 0.454 0.350 0.129 0.053 0.011 0.002 0.001 34 Y 0.215 0.158 0.266 0.240 0.107 0.014 0.001 35 P 0.648 0.281 0.051 0.015 0.004 0.001 0.001 36 E 0.499 0.271 0.126 0.074 0.025 0.005 0.001 37 N 0.530 0.313 0.105 0.038 0.011 0.002 0.001 38 G 0.178 0.245 0.232 0.206 0.103 0.032 0.003 39 V 0.112 0.129 0.188 0.220 0.227 0.110 0.014 40 V 0.077 0.145 0.216 0.257 0.207 0.091 0.007 41 Q 0.155 0.303 0.269 0.168 0.076 0.027 0.002 42 M 0.054 0.066 0.133 0.283 0.286 0.161 0.018 43 N 0.274 0.348 0.181 0.109 0.065 0.021 0.002 44 S 0.211 0.245 0.214 0.200 0.089 0.038 0.004 45 R 0.361 0.292 0.187 0.105 0.042 0.012 0.001 46 D 0.177 0.287 0.248 0.186 0.069 0.029 0.005 47 V 0.051 0.039 0.066 0.148 0.323 0.295 0.078 48 R 0.061 0.141 0.185 0.215 0.202 0.167 0.028 49 A 0.066 0.092 0.117 0.171 0.235 0.241 0.078 50 R 0.040 0.070 0.140 0.190 0.246 0.207 0.107 51 A 0.013 0.025 0.031 0.052 0.152 0.416 0.310 52 R 0.045 0.104 0.235 0.273 0.196 0.108 0.040 53 T 0.065 0.216 0.243 0.249 0.141 0.076 0.010 54 I 0.022 0.059 0.134 0.272 0.305 0.190 0.018 55 I 0.030 0.042 0.081 0.212 0.345 0.259 0.030 56 K 0.104 0.364 0.280 0.163 0.066 0.022 0.001 57 W 0.072 0.136 0.246 0.324 0.166 0.054 0.003 58 Q 0.281 0.364 0.203 0.111 0.033 0.007 0.001 59 D 0.208 0.317 0.230 0.160 0.063 0.020 0.001 60 L 0.085 0.064 0.136 0.293 0.311 0.103 0.009 61 E 0.332 0.431 0.155 0.056 0.020 0.005 0.001 62 V 0.170 0.218 0.197 0.218 0.131 0.058 0.008 63 G 0.135 0.210 0.217 0.212 0.154 0.064 0.009 64 Q 0.102 0.188 0.203 0.229 0.174 0.088 0.016 65 V 0.030 0.054 0.098 0.162 0.296 0.266 0.094 66 V 0.018 0.025 0.038 0.083 0.174 0.384 0.277 67 M 0.009 0.010 0.018 0.043 0.085 0.314 0.521 68 L 0.009 0.015 0.023 0.043 0.114 0.337 0.458 69 N 0.020 0.035 0.053 0.088 0.184 0.314 0.306 70 Y 0.024 0.040 0.057 0.109 0.194 0.364 0.211 71 N 0.072 0.134 0.170 0.207 0.214 0.160 0.042 72 P 0.139 0.142 0.161 0.219 0.202 0.119 0.018 73 D 0.398 0.347 0.134 0.069 0.038 0.013 0.001 74 N 0.375 0.281 0.168 0.114 0.043 0.017 0.002 75 P 0.363 0.185 0.184 0.154 0.087 0.024 0.002 76 K 0.601 0.264 0.085 0.035 0.012 0.003 0.001 77 E 0.481 0.272 0.121 0.076 0.036 0.012 0.002 78 R 0.148 0.210 0.232 0.228 0.117 0.058 0.007 79 G 0.100 0.117 0.143 0.193 0.230 0.178 0.038 80 F 0.034 0.059 0.098 0.160 0.220 0.300 0.130 81 W 0.028 0.039 0.079 0.141 0.225 0.291 0.198 82 Y 0.011 0.025 0.043 0.075 0.191 0.395 0.259 83 D 0.026 0.061 0.102 0.164 0.223 0.262 0.163 84 A 0.011 0.019 0.036 0.095 0.191 0.434 0.215 85 E 0.046 0.171 0.210 0.243 0.205 0.109 0.017 86 I 0.015 0.037 0.077 0.176 0.348 0.315 0.031 87 S 0.100 0.251 0.268 0.215 0.133 0.032 0.001 88 R 0.294 0.354 0.198 0.108 0.037 0.009 0.001 89 K 0.255 0.242 0.252 0.175 0.066 0.010 0.001 90 R 0.458 0.292 0.147 0.076 0.023 0.004 0.001 91 E 0.590 0.268 0.089 0.039 0.012 0.002 0.001 92 T 0.627 0.250 0.083 0.031 0.008 0.001 0.001 93 R 0.592 0.253 0.106 0.039 0.009 0.001 0.001 94 T 0.493 0.281 0.144 0.063 0.016 0.003 0.001 95 A 0.341 0.209 0.216 0.159 0.062 0.012 0.001 96 R 0.510 0.280 0.127 0.057 0.022 0.004 0.001 97 E 0.572 0.311 0.079 0.027 0.009 0.002 0.001 98 L 0.231 0.182 0.230 0.222 0.106 0.028 0.001 99 Y 0.361 0.235 0.207 0.131 0.050 0.014 0.001 100 A 0.669 0.192 0.082 0.039 0.014 0.004 0.001 101 N 0.794 0.161 0.030 0.010 0.003 0.001 0.001