# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.19244 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.430 0.216 0.126 0.094 0.063 0.033 0.021 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 2 V 0.144 0.086 0.137 0.177 0.183 0.136 0.070 0.037 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 3 T 0.307 0.175 0.149 0.131 0.107 0.061 0.042 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 4 R 0.401 0.200 0.133 0.105 0.072 0.041 0.024 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.448 0.206 0.120 0.092 0.066 0.033 0.019 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 A 0.261 0.197 0.161 0.142 0.106 0.063 0.039 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 7 P 0.210 0.133 0.153 0.158 0.144 0.097 0.056 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 8 S 0.455 0.207 0.112 0.087 0.066 0.032 0.023 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.276 0.171 0.140 0.145 0.108 0.071 0.042 0.022 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 10 D 0.251 0.142 0.133 0.138 0.127 0.086 0.062 0.031 0.018 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 11 E 0.218 0.168 0.145 0.144 0.122 0.082 0.052 0.033 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 12 P 0.171 0.104 0.117 0.134 0.145 0.120 0.084 0.058 0.037 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 13 C 0.122 0.097 0.120 0.147 0.159 0.129 0.092 0.063 0.036 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 14 S 0.196 0.133 0.127 0.141 0.136 0.101 0.069 0.043 0.028 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 15 S 0.219 0.140 0.132 0.132 0.131 0.095 0.067 0.039 0.025 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 16 T 0.307 0.175 0.132 0.127 0.104 0.064 0.041 0.022 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 17 S 0.352 0.191 0.133 0.116 0.091 0.050 0.032 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 18 R 0.294 0.176 0.141 0.135 0.112 0.067 0.039 0.018 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 19 P 0.380 0.207 0.145 0.115 0.076 0.040 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.308 0.195 0.160 0.130 0.099 0.052 0.034 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.155 0.147 0.173 0.212 0.148 0.089 0.045 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.324 0.221 0.168 0.123 0.077 0.041 0.029 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.314 0.278 0.161 0.102 0.063 0.039 0.023 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 D 0.083 0.126 0.133 0.151 0.186 0.130 0.088 0.056 0.031 0.009 0.004 0.002 0.002 0.001 25 V 0.012 0.008 0.020 0.041 0.089 0.136 0.196 0.201 0.124 0.082 0.047 0.030 0.012 0.003 26 I 0.025 0.025 0.036 0.085 0.150 0.136 0.110 0.154 0.105 0.075 0.052 0.028 0.013 0.007 27 Y 0.012 0.009 0.011 0.016 0.027 0.047 0.071 0.121 0.144 0.190 0.172 0.115 0.049 0.018 28 H 0.017 0.021 0.031 0.089 0.129 0.116 0.123 0.177 0.119 0.077 0.057 0.028 0.011 0.006 29 V 0.014 0.010 0.013 0.020 0.036 0.055 0.088 0.121 0.161 0.167 0.159 0.100 0.040 0.017 30 K 0.034 0.036 0.063 0.139 0.189 0.173 0.148 0.116 0.052 0.027 0.014 0.006 0.002 0.001 31 Y 0.017 0.023 0.051 0.086 0.119 0.150 0.178 0.150 0.088 0.086 0.033 0.012 0.006 0.002 32 D 0.287 0.206 0.142 0.147 0.096 0.057 0.029 0.016 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 33 D 0.540 0.236 0.104 0.056 0.031 0.015 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 Y 0.178 0.139 0.175 0.216 0.133 0.085 0.045 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 P 0.466 0.198 0.137 0.087 0.057 0.027 0.018 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.589 0.188 0.087 0.057 0.036 0.020 0.013 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 N 0.374 0.188 0.134 0.110 0.071 0.050 0.038 0.016 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 38 G 0.105 0.083 0.126 0.135 0.155 0.137 0.119 0.065 0.038 0.019 0.009 0.005 0.003 0.001 39 V 0.048 0.039 0.062 0.080 0.148 0.152 0.128 0.124 0.083 0.061 0.040 0.021 0.011 0.004 40 V 0.069 0.054 0.059 0.083 0.132 0.130 0.112 0.125 0.090 0.066 0.044 0.021 0.011 0.004 41 Q 0.109 0.097 0.105 0.151 0.164 0.108 0.083 0.071 0.052 0.028 0.017 0.007 0.004 0.002 42 M 0.052 0.028 0.038 0.058 0.110 0.125 0.132 0.134 0.124 0.084 0.057 0.038 0.015 0.005 43 N 0.152 0.146 0.153 0.178 0.122 0.096 0.073 0.035 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 44 S 0.122 0.088 0.113 0.150 0.155 0.118 0.086 0.064 0.052 0.031 0.013 0.006 0.003 0.001 45 R 0.239 0.193 0.148 0.146 0.105 0.076 0.045 0.022 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 46 D 0.171 0.225 0.184 0.136 0.115 0.073 0.047 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 47 V 0.029 0.019 0.031 0.056 0.110 0.157 0.196 0.184 0.116 0.061 0.025 0.011 0.004 0.001 48 R 0.065 0.069 0.111 0.184 0.218 0.152 0.078 0.064 0.030 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 49 A 0.253 0.072 0.059 0.079 0.103 0.100 0.086 0.083 0.067 0.047 0.028 0.014 0.006 0.003 50 R 0.055 0.064 0.089 0.171 0.179 0.165 0.099 0.087 0.044 0.023 0.013 0.007 0.003 0.001 51 A 0.034 0.016 0.019 0.033 0.061 0.123 0.170 0.202 0.163 0.102 0.045 0.021 0.007 0.004 52 R 0.077 0.116 0.141 0.197 0.172 0.131 0.070 0.044 0.026 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 53 T 0.259 0.156 0.154 0.138 0.101 0.078 0.051 0.026 0.017 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 54 I 0.029 0.033 0.074 0.141 0.225 0.196 0.138 0.094 0.041 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 55 I 0.107 0.063 0.075 0.116 0.171 0.155 0.125 0.096 0.058 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 56 K 0.374 0.231 0.150 0.100 0.064 0.033 0.033 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 57 W 0.127 0.082 0.150 0.216 0.193 0.109 0.053 0.035 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.388 0.194 0.147 0.144 0.063 0.038 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 D 0.398 0.267 0.157 0.075 0.045 0.027 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.113 0.066 0.098 0.148 0.202 0.166 0.104 0.061 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 61 E 0.312 0.263 0.182 0.111 0.059 0.030 0.025 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.066 0.034 0.070 0.151 0.198 0.177 0.108 0.094 0.054 0.026 0.012 0.007 0.003 0.001 63 G 0.041 0.059 0.090 0.173 0.159 0.163 0.123 0.083 0.049 0.031 0.017 0.007 0.003 0.002 64 Q 0.030 0.033 0.056 0.079 0.105 0.142 0.149 0.132 0.116 0.072 0.043 0.022 0.014 0.009 65 V 0.005 0.004 0.007 0.013 0.026 0.052 0.085 0.118 0.174 0.155 0.161 0.122 0.051 0.028 66 V 0.002 0.002 0.002 0.003 0.007 0.013 0.032 0.049 0.104 0.178 0.220 0.219 0.106 0.063 67 M 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.009 0.019 0.037 0.086 0.169 0.201 0.229 0.147 0.091 68 L 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.009 0.024 0.046 0.095 0.184 0.199 0.200 0.148 0.083 69 N 0.005 0.007 0.010 0.018 0.031 0.044 0.073 0.122 0.161 0.174 0.155 0.100 0.060 0.039 70 Y 0.008 0.012 0.018 0.039 0.072 0.079 0.090 0.129 0.161 0.151 0.120 0.064 0.031 0.027 71 N 0.012 0.029 0.058 0.104 0.129 0.175 0.171 0.130 0.078 0.055 0.032 0.016 0.006 0.005 72 P 0.028 0.051 0.107 0.116 0.149 0.155 0.151 0.105 0.068 0.040 0.018 0.007 0.004 0.001 73 D 0.479 0.264 0.112 0.063 0.040 0.017 0.011 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 N 0.349 0.255 0.163 0.115 0.059 0.031 0.014 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 P 0.219 0.116 0.159 0.160 0.129 0.102 0.075 0.024 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.264 0.266 0.191 0.137 0.071 0.035 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 E 0.359 0.189 0.134 0.103 0.087 0.055 0.035 0.018 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 78 R 0.072 0.063 0.094 0.144 0.168 0.171 0.121 0.077 0.043 0.024 0.013 0.007 0.004 0.001 79 G 0.048 0.049 0.068 0.103 0.136 0.140 0.142 0.117 0.083 0.057 0.031 0.015 0.008 0.003 80 F 0.024 0.016 0.024 0.036 0.074 0.099 0.111 0.141 0.135 0.132 0.094 0.070 0.029 0.016 81 W 0.021 0.017 0.022 0.026 0.048 0.069 0.077 0.110 0.136 0.152 0.157 0.092 0.053 0.021 82 Y 0.013 0.010 0.012 0.027 0.049 0.068 0.112 0.152 0.177 0.150 0.120 0.067 0.030 0.014 83 D 0.016 0.017 0.024 0.063 0.117 0.107 0.114 0.139 0.134 0.102 0.084 0.048 0.018 0.016 84 A 0.026 0.019 0.020 0.022 0.039 0.061 0.103 0.110 0.146 0.156 0.146 0.090 0.044 0.018 85 E 0.041 0.054 0.093 0.164 0.182 0.147 0.112 0.096 0.056 0.029 0.015 0.007 0.003 0.001 86 I 0.013 0.013 0.025 0.047 0.094 0.122 0.146 0.172 0.169 0.127 0.043 0.018 0.007 0.003 87 S 0.108 0.128 0.162 0.239 0.146 0.109 0.055 0.027 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 88 R 0.431 0.226 0.143 0.081 0.047 0.029 0.027 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.117 0.119 0.173 0.196 0.178 0.111 0.063 0.026 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 90 R 0.414 0.198 0.146 0.111 0.077 0.030 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 E 0.624 0.195 0.081 0.050 0.027 0.013 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 T 0.407 0.178 0.149 0.125 0.072 0.037 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 R 0.520 0.185 0.117 0.083 0.051 0.023 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 T 0.498 0.209 0.121 0.079 0.049 0.022 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.207 0.126 0.162 0.180 0.150 0.090 0.048 0.021 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 96 R 0.412 0.196 0.133 0.114 0.070 0.039 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 E 0.507 0.232 0.110 0.062 0.042 0.022 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.124 0.070 0.118 0.165 0.190 0.147 0.082 0.055 0.028 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 99 Y 0.139 0.108 0.133 0.167 0.178 0.121 0.076 0.043 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 100 A 0.249 0.106 0.111 0.120 0.132 0.108 0.079 0.045 0.025 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 101 N 0.400 0.218 0.128 0.097 0.065 0.037 0.027 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001