# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.25302 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.009 0.010 0.069 0.058 0.151 0.006 0.091 0.030 0.004 0.001 0.004 0.003 0.006 0.006 0.047 0.031 0.106 0.101 0.129 0.136 0.003 2 V 0.008 0.010 0.062 0.076 0.141 0.005 0.049 0.019 0.003 0.001 0.003 0.003 0.006 0.005 0.061 0.044 0.113 0.070 0.131 0.189 0.002 3 T 0.007 0.008 0.077 0.065 0.130 0.007 0.066 0.022 0.005 0.002 0.003 0.003 0.006 0.005 0.053 0.030 0.085 0.054 0.151 0.219 0.002 4 R 0.005 0.005 0.065 0.074 0.107 0.009 0.053 0.015 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.003 0.048 0.034 0.214 0.054 0.115 0.184 0.001 5 K 0.005 0.006 0.037 0.039 0.167 0.008 0.180 0.016 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.045 0.035 0.096 0.098 0.107 0.142 0.001 6 A 0.003 0.004 0.082 0.071 0.040 0.002 0.024 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.045 0.022 0.056 0.048 0.250 0.333 0.001 7 P 0.002 0.003 0.025 0.028 0.160 0.004 0.027 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.037 0.133 0.085 0.118 0.336 0.001 8 S 0.002 0.003 0.055 0.053 0.053 0.013 0.104 0.023 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.044 0.028 0.149 0.073 0.159 0.230 0.001 9 R 0.002 0.002 0.042 0.049 0.072 0.011 0.111 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.018 0.236 0.051 0.133 0.214 0.001 10 D 0.003 0.004 0.029 0.032 0.114 0.007 0.198 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.020 0.031 0.073 0.107 0.176 0.179 0.001 11 E 0.003 0.004 0.103 0.076 0.049 0.003 0.019 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.044 0.019 0.085 0.049 0.174 0.354 0.001 12 P 0.003 0.005 0.026 0.036 0.245 0.005 0.038 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.041 0.113 0.058 0.152 0.223 0.001 13 C 0.004 0.005 0.090 0.102 0.061 0.006 0.052 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.078 0.027 0.086 0.053 0.151 0.255 0.001 14 S 0.003 0.003 0.033 0.049 0.133 0.005 0.043 0.022 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.025 0.029 0.077 0.052 0.198 0.317 0.001 15 S 0.002 0.003 0.039 0.049 0.068 0.007 0.080 0.020 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.035 0.030 0.216 0.074 0.180 0.184 0.001 16 T 0.003 0.003 0.037 0.048 0.069 0.016 0.176 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 0.019 0.154 0.071 0.138 0.207 0.001 17 S 0.002 0.003 0.030 0.032 0.088 0.004 0.091 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.022 0.081 0.113 0.281 0.218 0.001 18 R 0.001 0.002 0.060 0.050 0.041 0.003 0.016 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.012 0.081 0.050 0.196 0.449 0.001 19 P 0.001 0.002 0.020 0.026 0.156 0.004 0.042 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.027 0.136 0.070 0.159 0.314 0.001 20 A 0.002 0.003 0.093 0.076 0.055 0.006 0.060 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.014 0.138 0.073 0.133 0.271 0.001 21 L 0.004 0.005 0.059 0.060 0.135 0.006 0.061 0.028 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.092 0.063 0.164 0.286 0.001 22 E 0.004 0.005 0.075 0.061 0.087 0.003 0.087 0.022 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.013 0.367 0.057 0.074 0.119 0.001 23 E 0.012 0.026 0.056 0.083 0.195 0.009 0.338 0.022 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.009 0.076 0.053 0.030 0.069 0.001 24 D 0.072 0.128 0.112 0.134 0.294 0.002 0.081 0.009 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.002 0.013 0.015 0.029 0.034 0.027 0.032 0.002 25 V 0.206 0.345 0.075 0.135 0.130 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.005 0.007 0.028 0.004 0.013 0.006 0.006 0.005 0.011 0.008 0.007 26 I 0.355 0.403 0.028 0.032 0.111 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.022 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 27 Y 0.370 0.444 0.032 0.051 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.040 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 28 H 0.311 0.457 0.009 0.020 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.014 0.039 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 29 V 0.358 0.431 0.036 0.033 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.015 0.043 0.003 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 30 K 0.229 0.426 0.030 0.091 0.128 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.026 0.004 0.011 0.006 0.002 0.001 0.004 0.005 0.014 31 Y 0.145 0.174 0.083 0.111 0.246 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.015 0.005 0.110 0.016 0.024 0.006 0.011 0.024 0.007 32 D 0.088 0.079 0.132 0.177 0.141 0.008 0.053 0.005 0.001 0.001 0.005 0.006 0.012 0.008 0.062 0.011 0.085 0.014 0.041 0.063 0.006 33 D 0.028 0.019 0.041 0.043 0.278 0.004 0.186 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.022 0.028 0.114 0.094 0.048 0.081 0.002 34 Y 0.008 0.005 0.091 0.069 0.047 0.001 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.033 0.006 0.049 0.034 0.314 0.314 0.001 35 P 0.001 0.001 0.023 0.013 0.048 0.002 0.009 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.643 0.047 0.039 0.137 0.001 36 E 0.001 0.003 0.010 0.028 0.025 0.021 0.441 0.011 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.236 0.026 0.032 0.117 0.001 37 N 0.002 0.005 0.009 0.007 0.060 0.002 0.692 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.048 0.059 0.022 0.061 0.001 38 G 0.023 0.054 0.222 0.098 0.079 0.002 0.076 0.013 0.001 0.001 0.004 0.005 0.013 0.006 0.043 0.034 0.061 0.164 0.040 0.055 0.008 39 V 0.088 0.101 0.050 0.023 0.450 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 0.016 0.014 0.029 0.011 0.022 0.094 0.020 0.011 0.030 0.011 0.014 40 V 0.116 0.114 0.232 0.117 0.044 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.010 0.014 0.050 0.019 0.229 0.006 0.008 0.003 0.009 0.008 0.009 41 Q 0.106 0.121 0.017 0.062 0.361 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.037 0.028 0.055 0.027 0.042 0.056 0.013 0.009 0.017 0.007 0.027 42 M 0.088 0.079 0.156 0.133 0.047 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.023 0.021 0.074 0.030 0.249 0.014 0.015 0.007 0.017 0.022 0.009 43 N 0.036 0.048 0.038 0.073 0.365 0.001 0.017 0.012 0.002 0.001 0.011 0.009 0.014 0.012 0.034 0.080 0.027 0.030 0.056 0.127 0.007 44 S 0.024 0.020 0.104 0.061 0.148 0.002 0.032 0.015 0.005 0.001 0.004 0.002 0.005 0.003 0.127 0.020 0.239 0.051 0.055 0.078 0.003 45 R 0.013 0.013 0.069 0.057 0.068 0.031 0.263 0.075 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.033 0.013 0.164 0.038 0.045 0.098 0.001 46 D 0.009 0.008 0.044 0.051 0.086 0.017 0.224 0.072 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.021 0.023 0.095 0.106 0.124 0.105 0.002 47 V 0.008 0.012 0.032 0.054 0.140 0.004 0.077 0.046 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.003 0.038 0.034 0.147 0.099 0.144 0.145 0.002 48 R 0.007 0.009 0.084 0.096 0.045 0.004 0.028 0.122 0.003 0.001 0.003 0.003 0.003 0.004 0.043 0.012 0.106 0.033 0.187 0.206 0.002 49 A 0.003 0.005 0.010 0.012 0.173 0.007 0.025 0.215 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.027 0.401 0.028 0.027 0.045 0.001 50 R 0.004 0.007 0.032 0.028 0.019 0.015 0.130 0.547 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.056 0.007 0.086 0.013 0.015 0.031 0.001 51 A 0.011 0.017 0.011 0.030 0.076 0.006 0.077 0.462 0.005 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.023 0.025 0.146 0.030 0.035 0.031 0.001 52 R 0.016 0.014 0.049 0.023 0.026 0.010 0.084 0.594 0.008 0.001 0.003 0.003 0.007 0.009 0.030 0.009 0.073 0.013 0.015 0.012 0.002 53 T 0.033 0.044 0.033 0.066 0.063 0.020 0.101 0.417 0.013 0.003 0.002 0.004 0.009 0.015 0.028 0.015 0.069 0.022 0.021 0.020 0.003 54 I 0.044 0.046 0.028 0.062 0.108 0.007 0.078 0.240 0.018 0.006 0.005 0.008 0.021 0.033 0.061 0.025 0.114 0.031 0.041 0.020 0.005 55 I 0.036 0.039 0.093 0.102 0.042 0.012 0.061 0.195 0.011 0.003 0.008 0.009 0.024 0.033 0.066 0.016 0.086 0.033 0.059 0.065 0.005 56 K 0.010 0.016 0.017 0.030 0.219 0.012 0.079 0.146 0.019 0.006 0.002 0.003 0.006 0.011 0.021 0.063 0.087 0.096 0.059 0.098 0.003 57 W 0.006 0.005 0.055 0.028 0.042 0.005 0.080 0.091 0.037 0.006 0.004 0.002 0.004 0.005 0.096 0.017 0.307 0.049 0.081 0.081 0.002 58 Q 0.005 0.005 0.036 0.033 0.052 0.084 0.258 0.125 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 0.012 0.163 0.041 0.047 0.105 0.001 59 D 0.005 0.004 0.015 0.022 0.079 0.023 0.376 0.031 0.009 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.021 0.101 0.163 0.096 0.031 0.002 60 L 0.006 0.006 0.076 0.081 0.045 0.003 0.040 0.012 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.032 0.013 0.052 0.032 0.346 0.237 0.002 61 E 0.005 0.004 0.059 0.043 0.085 0.005 0.021 0.012 0.007 0.004 0.003 0.003 0.003 0.006 0.049 0.031 0.119 0.083 0.158 0.296 0.003 62 V 0.004 0.006 0.028 0.045 0.123 0.003 0.043 0.004 0.004 0.001 0.003 0.002 0.004 0.005 0.060 0.128 0.202 0.015 0.106 0.211 0.003 63 G 0.018 0.028 0.065 0.034 0.231 0.006 0.265 0.013 0.001 0.001 0.008 0.007 0.016 0.017 0.063 0.048 0.024 0.054 0.042 0.055 0.006 64 Q 0.063 0.070 0.278 0.190 0.031 0.002 0.007 0.007 0.001 0.001 0.013 0.015 0.038 0.049 0.119 0.033 0.013 0.010 0.018 0.018 0.028 65 V 0.060 0.082 0.008 0.009 0.216 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.026 0.029 0.088 0.252 0.053 0.115 0.003 0.001 0.007 0.002 0.045 66 V 0.118 0.097 0.065 0.051 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.051 0.108 0.341 0.120 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 67 M 0.088 0.140 0.010 0.035 0.086 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.045 0.082 0.356 0.027 0.051 0.002 0.002 0.002 0.002 0.031 68 L 0.088 0.088 0.028 0.029 0.019 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.025 0.041 0.112 0.313 0.208 0.015 0.004 0.002 0.002 0.003 0.017 69 N 0.119 0.101 0.045 0.085 0.062 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.050 0.039 0.071 0.193 0.092 0.050 0.009 0.008 0.017 0.017 0.029 70 Y 0.066 0.053 0.047 0.061 0.203 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.039 0.061 0.090 0.128 0.034 0.047 0.044 0.074 0.008 71 N 0.012 0.013 0.060 0.064 0.046 0.002 0.011 0.002 0.002 0.001 0.007 0.010 0.009 0.022 0.072 0.050 0.039 0.033 0.247 0.294 0.003 72 P 0.001 0.001 0.016 0.007 0.056 0.003 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.028 0.658 0.035 0.039 0.108 0.001 73 D 0.001 0.001 0.012 0.012 0.017 0.030 0.445 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.012 0.170 0.070 0.027 0.128 0.001 74 N 0.001 0.001 0.019 0.015 0.026 0.002 0.035 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 0.083 0.043 0.218 0.519 0.001 75 P 0.001 0.001 0.014 0.006 0.059 0.002 0.027 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.637 0.101 0.030 0.075 0.001 76 K 0.004 0.008 0.060 0.057 0.029 0.036 0.371 0.092 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.007 0.201 0.025 0.035 0.046 0.001 77 E 0.009 0.013 0.024 0.043 0.135 0.010 0.323 0.046 0.009 0.006 0.001 0.002 0.003 0.002 0.016 0.017 0.138 0.063 0.067 0.072 0.001 78 R 0.020 0.034 0.067 0.094 0.144 0.003 0.178 0.022 0.002 0.002 0.003 0.003 0.008 0.002 0.026 0.022 0.094 0.066 0.068 0.139 0.002 79 G 0.067 0.103 0.086 0.113 0.229 0.002 0.059 0.014 0.002 0.001 0.008 0.006 0.016 0.005 0.022 0.029 0.037 0.089 0.045 0.060 0.007 80 F 0.164 0.180 0.123 0.111 0.195 0.001 0.012 0.013 0.001 0.001 0.010 0.010 0.028 0.007 0.019 0.020 0.019 0.017 0.036 0.023 0.011 81 W 0.262 0.304 0.074 0.086 0.155 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.007 0.009 0.029 0.004 0.013 0.007 0.007 0.004 0.013 0.006 0.007 82 Y 0.292 0.309 0.076 0.129 0.075 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.008 0.009 0.029 0.005 0.018 0.004 0.009 0.002 0.006 0.004 0.009 83 D 0.217 0.379 0.031 0.078 0.140 0.001 0.007 0.020 0.001 0.001 0.010 0.015 0.032 0.006 0.014 0.007 0.010 0.004 0.008 0.006 0.013 84 A 0.200 0.450 0.049 0.055 0.116 0.001 0.009 0.037 0.001 0.001 0.005 0.006 0.016 0.002 0.021 0.005 0.012 0.005 0.003 0.004 0.004 85 E 0.195 0.402 0.070 0.131 0.065 0.002 0.009 0.063 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.001 0.015 0.003 0.009 0.004 0.003 0.006 0.004 86 I 0.271 0.220 0.037 0.052 0.243 0.001 0.010 0.071 0.003 0.001 0.006 0.006 0.013 0.002 0.012 0.005 0.022 0.005 0.008 0.006 0.005 87 S 0.151 0.147 0.138 0.167 0.078 0.004 0.034 0.123 0.004 0.001 0.003 0.005 0.014 0.003 0.044 0.004 0.033 0.008 0.013 0.022 0.004 88 R 0.067 0.061 0.029 0.090 0.351 0.003 0.054 0.089 0.006 0.001 0.003 0.003 0.007 0.002 0.016 0.011 0.113 0.026 0.029 0.036 0.003 89 K 0.031 0.034 0.066 0.094 0.205 0.005 0.077 0.129 0.007 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.046 0.008 0.098 0.039 0.067 0.079 0.002 90 R 0.016 0.014 0.052 0.070 0.196 0.006 0.080 0.134 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.008 0.212 0.047 0.052 0.077 0.001 91 E 0.013 0.010 0.042 0.084 0.270 0.006 0.079 0.100 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.008 0.167 0.039 0.062 0.086 0.001 92 T 0.008 0.012 0.037 0.080 0.248 0.004 0.086 0.091 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.011 0.063 0.053 0.145 0.131 0.001 93 R 0.012 0.012 0.108 0.155 0.128 0.004 0.028 0.097 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 0.005 0.262 0.033 0.041 0.070 0.001 94 T 0.012 0.023 0.026 0.079 0.333 0.006 0.096 0.111 0.006 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.023 0.022 0.061 0.030 0.063 0.097 0.001 95 A 0.024 0.029 0.078 0.074 0.267 0.002 0.060 0.094 0.003 0.001 0.004 0.002 0.004 0.001 0.057 0.014 0.162 0.024 0.044 0.054 0.002 96 R 0.061 0.092 0.113 0.165 0.123 0.009 0.096 0.141 0.003 0.001 0.004 0.004 0.013 0.005 0.044 0.009 0.037 0.031 0.020 0.025 0.004 97 E 0.132 0.133 0.053 0.082 0.263 0.004 0.038 0.062 0.004 0.001 0.010 0.012 0.025 0.015 0.027 0.031 0.028 0.014 0.035 0.015 0.015 98 L 0.197 0.206 0.095 0.118 0.095 0.002 0.014 0.022 0.002 0.001 0.009 0.014 0.069 0.029 0.062 0.008 0.012 0.008 0.016 0.010 0.011 99 Y 0.187 0.168 0.075 0.154 0.120 0.002 0.012 0.015 0.002 0.001 0.026 0.022 0.038 0.035 0.033 0.018 0.013 0.013 0.024 0.016 0.030 100 A 0.136 0.134 0.061 0.111 0.174 0.002 0.014 0.013 0.004 0.001 0.013 0.021 0.066 0.050 0.068 0.027 0.030 0.013 0.026 0.024 0.013 101 N 0.067 0.090 0.083 0.125 0.150 0.003 0.040 0.019 0.004 0.002 0.015 0.013 0.031 0.036 0.094 0.036 0.034 0.028 0.049 0.068 0.014