# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.25302 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.006 0.025 0.645 0.007 0.012 0.031 0.001 0.001 0.022 0.112 0.035 0.054 0.048 2 V 0.006 0.027 0.642 0.005 0.022 0.050 0.002 0.001 0.028 0.072 0.049 0.026 0.071 3 T 0.006 0.029 0.534 0.012 0.056 0.066 0.002 0.001 0.029 0.094 0.092 0.033 0.045 4 R 0.006 0.023 0.434 0.007 0.077 0.080 0.002 0.002 0.029 0.141 0.107 0.045 0.046 5 K 0.006 0.035 0.438 0.008 0.051 0.040 0.002 0.002 0.020 0.172 0.133 0.022 0.072 6 A 0.003 0.025 0.599 0.004 0.024 0.016 0.001 0.001 0.013 0.186 0.055 0.048 0.027 7 P 0.002 0.025 0.634 0.004 0.040 0.019 0.001 0.001 0.010 0.106 0.097 0.011 0.051 8 S 0.003 0.027 0.501 0.006 0.079 0.027 0.001 0.001 0.007 0.134 0.172 0.023 0.019 9 R 0.002 0.019 0.420 0.005 0.072 0.026 0.001 0.001 0.008 0.175 0.226 0.019 0.025 10 D 0.002 0.029 0.430 0.005 0.038 0.014 0.001 0.001 0.005 0.236 0.195 0.013 0.029 11 E 0.003 0.030 0.582 0.004 0.013 0.010 0.001 0.001 0.009 0.230 0.051 0.053 0.016 12 P 0.004 0.051 0.613 0.005 0.026 0.019 0.002 0.001 0.013 0.100 0.065 0.013 0.089 13 C 0.006 0.052 0.509 0.011 0.045 0.029 0.002 0.002 0.014 0.134 0.101 0.065 0.031 14 S 0.008 0.040 0.491 0.010 0.054 0.036 0.002 0.002 0.015 0.130 0.101 0.030 0.081 15 S 0.008 0.035 0.392 0.011 0.077 0.049 0.002 0.001 0.010 0.144 0.186 0.035 0.050 16 T 0.005 0.026 0.362 0.007 0.049 0.033 0.002 0.001 0.010 0.175 0.260 0.038 0.031 17 S 0.004 0.026 0.437 0.004 0.030 0.018 0.001 0.001 0.006 0.265 0.148 0.016 0.045 18 R 0.002 0.022 0.574 0.002 0.017 0.017 0.001 0.001 0.006 0.240 0.068 0.033 0.018 19 P 0.002 0.039 0.531 0.002 0.032 0.030 0.001 0.001 0.005 0.169 0.138 0.011 0.039 20 A 0.002 0.044 0.561 0.004 0.036 0.031 0.001 0.001 0.005 0.185 0.080 0.030 0.022 21 L 0.002 0.024 0.549 0.005 0.048 0.033 0.001 0.001 0.003 0.175 0.087 0.014 0.059 22 E 0.005 0.013 0.260 0.015 0.175 0.092 0.001 0.001 0.002 0.134 0.258 0.020 0.025 23 E 0.010 0.007 0.104 0.037 0.204 0.057 0.001 0.001 0.002 0.127 0.380 0.032 0.039 24 D 0.072 0.008 0.198 0.035 0.064 0.025 0.004 0.001 0.007 0.138 0.156 0.062 0.229 25 V 0.298 0.003 0.107 0.024 0.005 0.007 0.017 0.003 0.020 0.035 0.008 0.247 0.225 26 I 0.538 0.002 0.026 0.025 0.001 0.003 0.065 0.009 0.017 0.004 0.003 0.100 0.209 27 Y 0.701 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.057 0.010 0.014 0.001 0.001 0.139 0.060 28 H 0.796 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 0.052 0.008 0.010 0.001 0.001 0.052 0.059 29 V 0.704 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.057 0.006 0.019 0.001 0.001 0.089 0.114 30 K 0.590 0.002 0.026 0.023 0.001 0.001 0.045 0.006 0.034 0.002 0.002 0.115 0.152 31 Y 0.324 0.004 0.094 0.010 0.008 0.004 0.013 0.003 0.023 0.017 0.015 0.164 0.321 32 D 0.050 0.006 0.133 0.019 0.020 0.006 0.005 0.002 0.017 0.145 0.258 0.208 0.130 33 D 0.012 0.025 0.203 0.003 0.014 0.002 0.001 0.001 0.004 0.322 0.272 0.052 0.089 34 Y 0.003 0.047 0.558 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.248 0.047 0.037 0.043 35 P 0.002 0.031 0.573 0.005 0.048 0.005 0.001 0.001 0.002 0.143 0.124 0.014 0.052 36 E 0.001 0.008 0.073 0.011 0.090 0.007 0.001 0.001 0.001 0.120 0.667 0.012 0.010 37 N 0.002 0.006 0.074 0.029 0.057 0.004 0.001 0.001 0.001 0.182 0.622 0.006 0.017 38 G 0.017 0.014 0.241 0.023 0.016 0.006 0.002 0.001 0.004 0.368 0.091 0.189 0.028 39 V 0.087 0.015 0.218 0.006 0.005 0.005 0.013 0.002 0.009 0.021 0.010 0.030 0.579 40 V 0.164 0.007 0.042 0.008 0.002 0.004 0.028 0.004 0.022 0.008 0.003 0.650 0.058 41 Q 0.253 0.016 0.067 0.024 0.004 0.005 0.042 0.005 0.030 0.007 0.005 0.077 0.464 42 M 0.144 0.016 0.143 0.029 0.004 0.003 0.025 0.004 0.049 0.015 0.004 0.448 0.115 43 N 0.034 0.011 0.411 0.037 0.004 0.004 0.011 0.002 0.039 0.058 0.016 0.052 0.321 44 S 0.024 0.013 0.358 0.015 0.077 0.042 0.005 0.001 0.017 0.132 0.141 0.062 0.113 45 R 0.008 0.007 0.192 0.022 0.141 0.070 0.002 0.001 0.012 0.135 0.320 0.051 0.038 46 D 0.007 0.020 0.305 0.004 0.131 0.086 0.002 0.002 0.018 0.155 0.172 0.046 0.052 47 V 0.005 0.041 0.497 0.004 0.044 0.145 0.002 0.002 0.028 0.108 0.043 0.012 0.070 48 R 0.006 0.029 0.517 0.007 0.017 0.152 0.001 0.001 0.016 0.100 0.019 0.105 0.030 49 A 0.005 0.017 0.155 0.007 0.046 0.499 0.001 0.001 0.010 0.046 0.071 0.008 0.133 50 R 0.005 0.008 0.070 0.029 0.081 0.655 0.001 0.001 0.004 0.036 0.080 0.020 0.009 51 A 0.009 0.002 0.052 0.006 0.104 0.698 0.002 0.001 0.005 0.018 0.048 0.007 0.047 52 R 0.030 0.003 0.060 0.027 0.170 0.541 0.003 0.001 0.005 0.023 0.074 0.025 0.039 53 T 0.064 0.003 0.040 0.010 0.127 0.497 0.008 0.003 0.012 0.032 0.110 0.046 0.047 54 I 0.077 0.010 0.089 0.016 0.092 0.379 0.009 0.004 0.018 0.034 0.151 0.020 0.101 55 I 0.062 0.022 0.249 0.017 0.032 0.211 0.009 0.003 0.041 0.099 0.057 0.143 0.056 56 K 0.013 0.017 0.490 0.010 0.022 0.106 0.003 0.002 0.024 0.108 0.078 0.026 0.099 57 W 0.006 0.008 0.316 0.011 0.114 0.312 0.001 0.001 0.009 0.106 0.073 0.017 0.025 58 Q 0.003 0.004 0.102 0.014 0.224 0.272 0.001 0.001 0.008 0.073 0.269 0.020 0.010 59 D 0.004 0.012 0.093 0.002 0.252 0.251 0.001 0.001 0.010 0.052 0.265 0.007 0.048 60 L 0.007 0.039 0.466 0.008 0.085 0.129 0.002 0.002 0.034 0.095 0.038 0.050 0.045 61 E 0.007 0.019 0.542 0.011 0.029 0.044 0.002 0.002 0.036 0.115 0.052 0.065 0.078 62 V 0.004 0.011 0.208 0.041 0.072 0.046 0.002 0.001 0.026 0.106 0.399 0.010 0.075 63 G 0.006 0.003 0.147 0.096 0.018 0.011 0.002 0.003 0.025 0.333 0.310 0.035 0.010 64 Q 0.073 0.007 0.270 0.044 0.010 0.015 0.019 0.019 0.117 0.145 0.023 0.085 0.174 65 V 0.178 0.002 0.018 0.008 0.001 0.005 0.156 0.185 0.231 0.006 0.002 0.048 0.159 66 V 0.196 0.001 0.005 0.027 0.001 0.004 0.206 0.433 0.069 0.002 0.001 0.032 0.024 67 M 0.272 0.001 0.007 0.016 0.002 0.005 0.163 0.300 0.137 0.002 0.002 0.048 0.045 68 L 0.351 0.002 0.028 0.047 0.005 0.004 0.130 0.110 0.142 0.010 0.007 0.059 0.105 69 N 0.146 0.014 0.161 0.020 0.008 0.004 0.048 0.036 0.233 0.057 0.031 0.145 0.099 70 Y 0.042 0.042 0.394 0.006 0.007 0.003 0.014 0.010 0.105 0.147 0.029 0.033 0.167 71 N 0.004 0.010 0.761 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.021 0.118 0.014 0.034 0.024 72 P 0.001 0.010 0.200 0.003 0.087 0.018 0.001 0.001 0.005 0.190 0.463 0.004 0.019 73 D 0.001 0.014 0.140 0.002 0.042 0.007 0.001 0.001 0.001 0.291 0.492 0.007 0.002 74 N 0.001 0.021 0.508 0.001 0.028 0.006 0.001 0.001 0.002 0.350 0.063 0.008 0.010 75 P 0.002 0.047 0.459 0.002 0.083 0.033 0.001 0.001 0.002 0.137 0.199 0.004 0.031 76 K 0.003 0.034 0.229 0.008 0.113 0.032 0.001 0.001 0.002 0.151 0.391 0.024 0.012 77 E 0.007 0.019 0.222 0.018 0.117 0.038 0.001 0.001 0.003 0.191 0.312 0.017 0.054 78 R 0.016 0.015 0.190 0.030 0.054 0.024 0.002 0.001 0.004 0.201 0.334 0.065 0.064 79 G 0.061 0.012 0.270 0.016 0.012 0.013 0.005 0.002 0.007 0.174 0.101 0.093 0.233 80 F 0.134 0.007 0.099 0.013 0.002 0.004 0.006 0.002 0.007 0.030 0.006 0.538 0.151 81 W 0.317 0.004 0.022 0.006 0.002 0.006 0.032 0.003 0.011 0.004 0.004 0.051 0.539 82 Y 0.341 0.003 0.035 0.162 0.004 0.014 0.022 0.003 0.008 0.011 0.006 0.338 0.054 83 D 0.330 0.001 0.041 0.032 0.003 0.012 0.017 0.001 0.007 0.008 0.009 0.079 0.457 84 A 0.430 0.001 0.033 0.014 0.004 0.011 0.017 0.001 0.005 0.006 0.006 0.266 0.206 85 E 0.542 0.002 0.018 0.014 0.005 0.015 0.021 0.001 0.005 0.003 0.005 0.181 0.187 86 I 0.416 0.003 0.036 0.013 0.010 0.026 0.013 0.001 0.008 0.007 0.008 0.188 0.271 87 S 0.231 0.007 0.091 0.084 0.017 0.069 0.014 0.001 0.011 0.033 0.075 0.168 0.198 88 R 0.099 0.011 0.200 0.016 0.019 0.050 0.005 0.001 0.007 0.072 0.084 0.132 0.305 89 K 0.042 0.009 0.342 0.017 0.015 0.054 0.003 0.001 0.007 0.084 0.059 0.168 0.200 90 R 0.034 0.014 0.311 0.015 0.038 0.091 0.003 0.001 0.007 0.072 0.091 0.131 0.193 91 E 0.019 0.019 0.342 0.012 0.043 0.138 0.003 0.001 0.012 0.082 0.089 0.105 0.135 92 T 0.027 0.021 0.333 0.027 0.053 0.090 0.003 0.001 0.012 0.066 0.085 0.063 0.219 93 R 0.025 0.021 0.358 0.025 0.027 0.064 0.003 0.001 0.021 0.110 0.047 0.193 0.107 94 T 0.022 0.018 0.410 0.022 0.019 0.040 0.003 0.001 0.019 0.061 0.053 0.050 0.283 95 A 0.038 0.012 0.331 0.044 0.044 0.104 0.005 0.002 0.029 0.066 0.043 0.114 0.169 96 R 0.045 0.008 0.196 0.087 0.034 0.109 0.009 0.004 0.040 0.071 0.057 0.229 0.111 97 E 0.122 0.008 0.111 0.020 0.033 0.086 0.021 0.016 0.048 0.023 0.033 0.116 0.363 98 L 0.199 0.007 0.075 0.039 0.021 0.072 0.048 0.019 0.098 0.020 0.019 0.200 0.184 99 Y 0.217 0.021 0.094 0.017 0.017 0.036 0.041 0.015 0.068 0.025 0.034 0.175 0.240 100 A 0.108 0.039 0.207 0.015 0.013 0.018 0.019 0.011 0.054 0.057 0.031 0.151 0.275 101 N 0.012 0.010 0.601 0.014 0.004 0.007 0.002 0.002 0.021 0.140 0.026 0.059 0.101