# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.25302 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.083 0.068 0.145 0.256 0.013 0.116 0.017 0.008 0.028 0.019 0.037 0.052 0.100 0.005 0.004 0.049 2 V 0.078 0.074 0.152 0.313 0.015 0.091 0.017 0.012 0.005 0.004 0.074 0.057 0.084 0.007 0.006 0.010 3 T 0.012 0.075 0.121 0.225 0.026 0.219 0.026 0.017 0.007 0.006 0.037 0.103 0.093 0.011 0.011 0.010 4 R 0.015 0.093 0.071 0.276 0.009 0.069 0.010 0.034 0.012 0.005 0.182 0.037 0.136 0.005 0.019 0.028 5 K 0.040 0.151 0.171 0.326 0.007 0.020 0.015 0.007 0.031 0.007 0.017 0.069 0.058 0.010 0.008 0.063 6 A 0.068 0.023 0.336 0.237 0.013 0.133 0.029 0.007 0.004 0.004 0.012 0.016 0.086 0.003 0.013 0.017 7 P 0.017 0.145 0.247 0.211 0.015 0.142 0.013 0.018 0.004 0.005 0.079 0.015 0.057 0.005 0.005 0.022 8 S 0.027 0.093 0.036 0.231 0.024 0.284 0.014 0.018 0.012 0.007 0.087 0.094 0.050 0.010 0.005 0.008 9 R 0.017 0.192 0.139 0.179 0.009 0.075 0.018 0.031 0.014 0.004 0.121 0.074 0.082 0.006 0.021 0.017 10 D 0.027 0.164 0.197 0.319 0.003 0.025 0.012 0.008 0.026 0.005 0.015 0.066 0.056 0.004 0.014 0.059 11 E 0.067 0.024 0.406 0.296 0.009 0.049 0.024 0.003 0.005 0.004 0.015 0.012 0.049 0.004 0.005 0.029 12 P 0.027 0.064 0.376 0.354 0.013 0.066 0.012 0.010 0.002 0.002 0.020 0.009 0.026 0.003 0.004 0.012 13 C 0.014 0.100 0.074 0.552 0.016 0.136 0.008 0.012 0.008 0.006 0.020 0.019 0.019 0.003 0.003 0.009 14 S 0.021 0.120 0.076 0.366 0.012 0.233 0.008 0.014 0.010 0.007 0.056 0.027 0.035 0.002 0.004 0.009 15 S 0.023 0.121 0.092 0.209 0.016 0.208 0.015 0.012 0.011 0.008 0.155 0.074 0.040 0.004 0.003 0.010 16 T 0.022 0.222 0.138 0.242 0.006 0.075 0.009 0.019 0.009 0.003 0.080 0.110 0.039 0.003 0.011 0.011 17 S 0.017 0.132 0.258 0.410 0.002 0.022 0.006 0.006 0.014 0.003 0.016 0.032 0.037 0.002 0.008 0.036 18 R 0.058 0.027 0.313 0.352 0.008 0.101 0.014 0.003 0.004 0.004 0.018 0.015 0.059 0.002 0.003 0.018 19 P 0.034 0.087 0.184 0.361 0.015 0.138 0.009 0.010 0.003 0.003 0.080 0.016 0.048 0.003 0.002 0.009 20 A 0.015 0.132 0.055 0.476 0.023 0.134 0.008 0.012 0.007 0.003 0.040 0.051 0.029 0.003 0.003 0.008 21 L 0.015 0.100 0.077 0.228 0.021 0.217 0.009 0.041 0.007 0.008 0.098 0.058 0.102 0.002 0.009 0.010 22 E 0.018 0.098 0.077 0.103 0.027 0.246 0.023 0.021 0.024 0.010 0.161 0.049 0.096 0.016 0.005 0.026 23 E 0.041 0.194 0.112 0.241 0.001 0.046 0.006 0.038 0.010 0.002 0.085 0.091 0.080 0.001 0.044 0.008 24 D 0.020 0.283 0.217 0.226 0.001 0.010 0.002 0.001 0.039 0.002 0.002 0.022 0.031 0.001 0.003 0.143 25 V 0.089 0.003 0.386 0.441 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.018 0.001 0.001 0.005 26 I 0.002 0.111 0.613 0.260 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 27 Y 0.001 0.002 0.005 0.988 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 H 0.001 0.003 0.091 0.899 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.002 0.002 0.012 0.975 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 K 0.001 0.011 0.007 0.883 0.024 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Y 0.001 0.011 0.002 0.197 0.066 0.678 0.001 0.015 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.001 0.449 0.004 0.104 0.007 0.081 0.001 0.081 0.016 0.007 0.205 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 33 D 0.023 0.210 0.023 0.228 0.003 0.044 0.004 0.014 0.133 0.014 0.053 0.197 0.023 0.002 0.005 0.024 34 Y 0.036 0.037 0.500 0.089 0.008 0.093 0.025 0.004 0.003 0.003 0.030 0.061 0.087 0.001 0.008 0.014 35 P 0.012 0.026 0.111 0.030 0.049 0.291 0.020 0.022 0.002 0.004 0.184 0.042 0.186 0.006 0.004 0.012 36 E 0.006 0.054 0.010 0.020 0.072 0.020 0.056 0.025 0.007 0.002 0.127 0.036 0.028 0.524 0.006 0.006 37 N 0.003 0.037 0.028 0.027 0.001 0.004 0.004 0.059 0.009 0.001 0.003 0.021 0.024 0.001 0.769 0.009 38 G 0.017 0.007 0.088 0.017 0.001 0.005 0.002 0.001 0.084 0.018 0.004 0.003 0.030 0.001 0.001 0.721 39 V 0.796 0.008 0.100 0.047 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.015 0.001 0.001 0.002 40 V 0.005 0.126 0.508 0.311 0.001 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.008 0.013 0.001 0.002 0.003 41 Q 0.003 0.010 0.049 0.878 0.012 0.027 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 42 M 0.006 0.036 0.165 0.766 0.004 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 43 N 0.002 0.010 0.011 0.146 0.032 0.768 0.002 0.004 0.001 0.009 0.003 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 44 S 0.002 0.021 0.002 0.016 0.015 0.321 0.003 0.012 0.001 0.001 0.581 0.007 0.012 0.003 0.001 0.001 45 R 0.001 0.257 0.003 0.022 0.001 0.009 0.002 0.016 0.009 0.001 0.058 0.599 0.008 0.001 0.011 0.001 46 D 0.027 0.088 0.116 0.086 0.001 0.005 0.007 0.001 0.092 0.003 0.004 0.048 0.064 0.001 0.012 0.446 47 V 0.049 0.005 0.875 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.010 48 R 0.009 0.002 0.157 0.030 0.010 0.755 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 49 A 0.001 0.035 0.001 0.037 0.001 0.071 0.001 0.004 0.001 0.001 0.824 0.003 0.023 0.001 0.001 0.001 50 R 0.001 0.111 0.001 0.041 0.001 0.013 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.804 0.015 0.001 0.001 0.001 51 A 0.008 0.006 0.071 0.054 0.001 0.054 0.006 0.002 0.001 0.001 0.049 0.026 0.710 0.001 0.006 0.005 52 R 0.003 0.071 0.305 0.055 0.001 0.023 0.015 0.002 0.001 0.001 0.025 0.068 0.408 0.004 0.004 0.014 53 T 0.009 0.017 0.018 0.195 0.001 0.033 0.005 0.003 0.001 0.001 0.043 0.028 0.624 0.002 0.008 0.012 54 I 0.010 0.074 0.203 0.158 0.008 0.020 0.041 0.001 0.006 0.001 0.009 0.014 0.272 0.025 0.004 0.154 55 I 0.015 0.066 0.259 0.500 0.003 0.010 0.014 0.005 0.001 0.001 0.002 0.007 0.090 0.001 0.014 0.014 56 K 0.002 0.004 0.023 0.023 0.017 0.841 0.005 0.004 0.001 0.007 0.004 0.002 0.058 0.002 0.001 0.007 57 W 0.002 0.011 0.002 0.005 0.005 0.034 0.003 0.008 0.001 0.001 0.892 0.003 0.023 0.009 0.001 0.001 58 Q 0.001 0.152 0.005 0.009 0.001 0.002 0.001 0.014 0.012 0.001 0.011 0.733 0.016 0.001 0.038 0.002 59 D 0.022 0.011 0.096 0.032 0.001 0.003 0.015 0.001 0.040 0.003 0.005 0.009 0.147 0.005 0.014 0.595 60 L 0.102 0.004 0.806 0.025 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.033 0.001 0.002 0.011 61 E 0.008 0.008 0.059 0.019 0.522 0.131 0.148 0.003 0.001 0.004 0.006 0.003 0.016 0.070 0.001 0.003 62 V 0.003 0.045 0.006 0.074 0.002 0.019 0.001 0.737 0.003 0.001 0.041 0.003 0.008 0.001 0.057 0.001 63 G 0.002 0.051 0.016 0.113 0.001 0.013 0.001 0.002 0.643 0.069 0.004 0.023 0.010 0.001 0.001 0.052 64 Q 0.625 0.042 0.095 0.219 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.004 65 V 0.005 0.002 0.668 0.318 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.001 0.008 0.134 0.845 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 67 M 0.001 0.002 0.002 0.987 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.001 0.006 0.010 0.926 0.029 0.019 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 69 N 0.002 0.042 0.009 0.635 0.061 0.214 0.002 0.010 0.003 0.004 0.007 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 70 Y 0.005 0.180 0.014 0.713 0.004 0.021 0.001 0.025 0.005 0.004 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 71 N 0.003 0.017 0.005 0.030 0.002 0.896 0.001 0.002 0.003 0.008 0.005 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 72 P 0.002 0.009 0.007 0.006 0.003 0.043 0.002 0.002 0.001 0.001 0.900 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 73 D 0.002 0.277 0.010 0.044 0.001 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.013 0.626 0.010 0.001 0.005 0.001 74 N 0.007 0.007 0.041 0.046 0.004 0.092 0.020 0.002 0.011 0.005 0.009 0.035 0.647 0.007 0.014 0.051 75 P 0.005 0.010 0.103 0.013 0.003 0.058 0.024 0.003 0.001 0.001 0.204 0.015 0.547 0.002 0.004 0.008 76 K 0.007 0.125 0.023 0.046 0.003 0.026 0.006 0.009 0.004 0.002 0.036 0.339 0.350 0.003 0.007 0.012 77 E 0.016 0.008 0.027 0.040 0.054 0.017 0.130 0.003 0.010 0.002 0.012 0.012 0.164 0.452 0.006 0.045 78 R 0.006 0.039 0.317 0.041 0.001 0.005 0.015 0.049 0.002 0.001 0.006 0.006 0.086 0.002 0.411 0.013 79 G 0.020 0.021 0.187 0.109 0.001 0.017 0.006 0.004 0.082 0.035 0.007 0.007 0.069 0.002 0.004 0.429 80 F 0.652 0.009 0.092 0.164 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.007 0.031 0.001 0.001 0.006 81 W 0.008 0.068 0.291 0.552 0.013 0.023 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.017 0.002 0.001 0.006 82 Y 0.004 0.016 0.033 0.779 0.003 0.131 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.004 0.015 0.001 0.002 0.001 83 D 0.002 0.306 0.045 0.470 0.002 0.119 0.001 0.004 0.006 0.003 0.014 0.007 0.016 0.001 0.001 0.004 84 A 0.010 0.014 0.026 0.777 0.001 0.020 0.001 0.004 0.001 0.001 0.127 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 85 E 0.007 0.030 0.274 0.536 0.009 0.049 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.036 0.042 0.001 0.001 0.003 86 I 0.003 0.022 0.032 0.703 0.025 0.096 0.010 0.002 0.001 0.001 0.016 0.006 0.074 0.003 0.001 0.005 87 S 0.002 0.235 0.039 0.482 0.021 0.113 0.010 0.013 0.002 0.001 0.009 0.018 0.041 0.003 0.003 0.006 88 R 0.010 0.087 0.057 0.388 0.012 0.227 0.009 0.030 0.012 0.010 0.050 0.012 0.064 0.003 0.008 0.018 89 K 0.025 0.149 0.168 0.239 0.013 0.081 0.016 0.013 0.012 0.010 0.128 0.047 0.066 0.005 0.007 0.023 90 R 0.043 0.095 0.099 0.166 0.014 0.179 0.014 0.015 0.007 0.004 0.084 0.101 0.142 0.006 0.010 0.019 91 E 0.022 0.157 0.146 0.139 0.026 0.060 0.042 0.019 0.010 0.005 0.129 0.068 0.099 0.036 0.009 0.031 92 T 0.025 0.100 0.114 0.126 0.007 0.218 0.016 0.033 0.011 0.004 0.030 0.098 0.135 0.002 0.064 0.016 93 R 0.026 0.086 0.179 0.117 0.007 0.044 0.013 0.012 0.020 0.018 0.197 0.036 0.144 0.004 0.004 0.094 94 T 0.088 0.095 0.067 0.129 0.008 0.160 0.011 0.011 0.007 0.004 0.038 0.245 0.118 0.007 0.006 0.009 95 A 0.009 0.037 0.142 0.107 0.002 0.178 0.006 0.017 0.004 0.002 0.154 0.033 0.280 0.003 0.015 0.010 96 R 0.007 0.300 0.099 0.239 0.001 0.014 0.002 0.003 0.007 0.001 0.018 0.144 0.144 0.001 0.004 0.015 97 E 0.029 0.008 0.123 0.591 0.003 0.016 0.003 0.002 0.002 0.001 0.020 0.008 0.172 0.005 0.002 0.016 98 L 0.005 0.010 0.625 0.226 0.010 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.082 0.002 0.002 0.006 99 Y 0.003 0.032 0.059 0.630 0.101 0.062 0.018 0.005 0.002 0.002 0.004 0.004 0.054 0.012 0.002 0.011 100 A 0.007 0.025 0.023 0.264 0.316 0.183 0.041 0.039 0.003 0.005 0.021 0.005 0.038 0.016 0.007 0.005 101 N 0.006 0.179 0.025 0.105 0.060 0.125 0.016 0.226 0.024 0.025 0.100 0.026 0.032 0.012 0.022 0.017