# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.25302 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.046 0.023 0.027 0.032 0.059 0.083 0.046 0.683 2 V 0.065 0.024 0.021 0.054 0.062 0.121 0.034 0.618 3 T 0.172 0.033 0.023 0.025 0.045 0.089 0.065 0.548 4 R 0.024 0.012 0.017 0.033 0.040 0.125 0.052 0.697 5 K 0.030 0.013 0.021 0.016 0.026 0.113 0.061 0.720 6 A 0.148 0.031 0.029 0.039 0.036 0.127 0.109 0.482 7 P 0.108 0.019 0.024 0.016 0.026 0.115 0.036 0.657 8 S 0.163 0.020 0.020 0.015 0.024 0.088 0.057 0.613 9 R 0.036 0.011 0.017 0.015 0.028 0.148 0.026 0.718 10 D 0.052 0.009 0.018 0.013 0.031 0.112 0.051 0.715 11 E 0.065 0.010 0.022 0.040 0.042 0.160 0.090 0.571 12 P 0.030 0.006 0.026 0.021 0.041 0.131 0.098 0.647 13 C 0.040 0.009 0.029 0.037 0.060 0.130 0.075 0.620 14 S 0.072 0.011 0.027 0.032 0.055 0.113 0.049 0.640 15 S 0.087 0.013 0.016 0.027 0.040 0.108 0.050 0.659 16 T 0.034 0.013 0.020 0.032 0.055 0.127 0.036 0.684 17 S 0.062 0.018 0.015 0.027 0.043 0.120 0.031 0.685 18 R 0.098 0.023 0.019 0.067 0.053 0.102 0.037 0.602 19 P 0.048 0.016 0.013 0.031 0.049 0.117 0.034 0.693 20 A 0.056 0.008 0.021 0.031 0.040 0.109 0.072 0.663 21 L 0.280 0.013 0.011 0.023 0.028 0.081 0.092 0.474 22 E 0.231 0.015 0.008 0.011 0.017 0.065 0.053 0.600 23 E 0.024 0.006 0.036 0.028 0.160 0.156 0.029 0.561 24 D 0.003 0.001 0.047 0.058 0.264 0.073 0.039 0.515 25 V 0.003 0.001 0.096 0.313 0.416 0.042 0.023 0.107 26 I 0.001 0.001 0.108 0.185 0.421 0.024 0.032 0.228 27 Y 0.001 0.001 0.115 0.467 0.347 0.012 0.010 0.048 28 H 0.002 0.001 0.225 0.227 0.356 0.023 0.026 0.141 29 V 0.004 0.001 0.135 0.367 0.271 0.028 0.027 0.167 30 K 0.057 0.004 0.138 0.179 0.217 0.054 0.040 0.311 31 Y 0.125 0.008 0.044 0.085 0.092 0.084 0.043 0.519 32 D 0.027 0.008 0.026 0.056 0.075 0.105 0.022 0.682 33 D 0.017 0.004 0.028 0.028 0.048 0.097 0.055 0.722 34 Y 0.194 0.009 0.025 0.046 0.035 0.127 0.090 0.475 35 P 0.712 0.006 0.007 0.007 0.007 0.032 0.028 0.202 36 E 0.067 0.005 0.006 0.007 0.023 0.098 0.012 0.781 37 N 0.005 0.002 0.014 0.009 0.063 0.072 0.010 0.826 38 G 0.017 0.006 0.044 0.203 0.322 0.085 0.043 0.281 39 V 0.007 0.003 0.054 0.220 0.239 0.058 0.044 0.377 40 V 0.006 0.004 0.094 0.305 0.312 0.034 0.038 0.209 41 Q 0.009 0.004 0.105 0.195 0.317 0.047 0.054 0.269 42 M 0.027 0.005 0.123 0.173 0.136 0.066 0.067 0.403 43 N 0.157 0.033 0.054 0.121 0.132 0.059 0.089 0.356 44 S 0.101 0.035 0.021 0.024 0.050 0.067 0.048 0.654 45 R 0.024 0.047 0.045 0.069 0.105 0.114 0.043 0.552 46 D 0.017 0.091 0.035 0.053 0.077 0.092 0.049 0.586 47 V 0.040 0.266 0.039 0.072 0.066 0.072 0.058 0.387 48 R 0.098 0.349 0.048 0.043 0.052 0.051 0.135 0.224 49 A 0.059 0.170 0.027 0.033 0.040 0.042 0.423 0.206 50 R 0.025 0.303 0.040 0.040 0.058 0.049 0.275 0.209 51 A 0.050 0.338 0.032 0.040 0.094 0.057 0.109 0.280 52 R 0.048 0.145 0.041 0.127 0.162 0.062 0.104 0.313 53 T 0.027 0.157 0.054 0.106 0.152 0.065 0.074 0.365 54 I 0.034 0.083 0.055 0.078 0.138 0.099 0.085 0.429 55 I 0.024 0.033 0.095 0.179 0.115 0.090 0.106 0.357 56 K 0.116 0.107 0.026 0.049 0.062 0.075 0.101 0.463 57 W 0.217 0.098 0.026 0.024 0.030 0.065 0.078 0.461 58 Q 0.053 0.077 0.025 0.069 0.081 0.085 0.057 0.553 59 D 0.012 0.022 0.034 0.026 0.077 0.088 0.089 0.652 60 L 0.039 0.021 0.060 0.086 0.084 0.148 0.135 0.427 61 E 0.322 0.040 0.039 0.067 0.064 0.070 0.121 0.278 62 V 0.033 0.032 0.023 0.022 0.055 0.109 0.046 0.680 63 G 0.004 0.011 0.111 0.045 0.202 0.129 0.044 0.455 64 Q 0.008 0.009 0.184 0.234 0.289 0.054 0.117 0.107 65 V 0.005 0.008 0.221 0.199 0.179 0.049 0.145 0.193 66 V 0.005 0.004 0.407 0.190 0.262 0.020 0.053 0.058 67 M 0.008 0.004 0.342 0.166 0.302 0.028 0.064 0.085 68 L 0.021 0.005 0.310 0.164 0.200 0.056 0.081 0.164 69 N 0.019 0.006 0.201 0.148 0.217 0.081 0.067 0.262 70 Y 0.030 0.004 0.048 0.040 0.073 0.127 0.036 0.642 71 N 0.332 0.016 0.032 0.028 0.036 0.140 0.092 0.326 72 P 0.040 0.009 0.012 0.012 0.018 0.188 0.029 0.693 73 D 0.032 0.007 0.005 0.005 0.009 0.085 0.012 0.844 74 N 0.296 0.040 0.009 0.018 0.021 0.108 0.108 0.403 75 P 0.100 0.025 0.013 0.015 0.025 0.141 0.056 0.624 76 K 0.181 0.021 0.016 0.025 0.051 0.100 0.058 0.548 77 E 0.036 0.009 0.014 0.026 0.045 0.107 0.037 0.727 78 R 0.014 0.010 0.055 0.069 0.272 0.140 0.042 0.398 79 G 0.008 0.011 0.064 0.097 0.295 0.069 0.040 0.416 80 F 0.007 0.016 0.104 0.338 0.365 0.036 0.018 0.115 81 W 0.004 0.024 0.137 0.185 0.357 0.032 0.031 0.230 82 Y 0.017 0.046 0.077 0.330 0.318 0.033 0.046 0.132 83 D 0.051 0.065 0.093 0.170 0.189 0.043 0.218 0.170 84 A 0.014 0.108 0.070 0.177 0.231 0.052 0.117 0.232 85 E 0.032 0.125 0.080 0.135 0.300 0.044 0.052 0.232 86 I 0.051 0.085 0.064 0.224 0.194 0.056 0.076 0.250 87 S 0.075 0.105 0.041 0.101 0.157 0.054 0.069 0.398 88 R 0.068 0.041 0.019 0.072 0.113 0.058 0.236 0.392 89 K 0.050 0.043 0.013 0.042 0.058 0.117 0.124 0.553 90 R 0.025 0.018 0.016 0.063 0.083 0.092 0.134 0.569 91 E 0.018 0.036 0.014 0.044 0.066 0.106 0.076 0.641 92 T 0.085 0.113 0.019 0.044 0.079 0.093 0.065 0.502 93 R 0.050 0.077 0.023 0.070 0.063 0.111 0.030 0.577 94 T 0.080 0.255 0.015 0.030 0.050 0.058 0.067 0.445 95 A 0.112 0.246 0.036 0.045 0.065 0.090 0.092 0.314 96 R 0.046 0.117 0.038 0.110 0.182 0.057 0.093 0.357 97 E 0.023 0.019 0.055 0.145 0.237 0.065 0.117 0.338 98 L 0.017 0.009 0.055 0.176 0.279 0.095 0.059 0.310 99 Y 0.033 0.006 0.038 0.176 0.316 0.063 0.045 0.323 100 A 0.018 0.003 0.021 0.076 0.124 0.084 0.032 0.642 101 N 0.047 0.009 0.022 0.078 0.128 0.103 0.051 0.563