# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.25302 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.466 0.202 0.067 0.119 0.059 0.032 0.024 0.013 0.009 0.006 0.002 2 V 0.088 0.053 0.031 0.083 0.095 0.124 0.166 0.133 0.104 0.071 0.052 3 T 0.179 0.305 0.077 0.157 0.110 0.050 0.053 0.029 0.020 0.014 0.008 4 R 0.124 0.094 0.058 0.127 0.131 0.135 0.147 0.091 0.050 0.027 0.016 5 K 0.489 0.212 0.097 0.121 0.045 0.017 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 6 A 0.062 0.046 0.029 0.094 0.094 0.141 0.201 0.128 0.100 0.066 0.039 7 P 0.296 0.209 0.066 0.153 0.106 0.057 0.052 0.026 0.019 0.011 0.006 8 S 0.135 0.118 0.077 0.130 0.113 0.114 0.125 0.064 0.058 0.043 0.025 9 R 0.155 0.143 0.092 0.173 0.146 0.094 0.089 0.048 0.032 0.019 0.010 10 D 0.334 0.169 0.066 0.127 0.089 0.061 0.067 0.036 0.026 0.016 0.009 11 E 0.200 0.124 0.065 0.154 0.129 0.101 0.094 0.058 0.038 0.024 0.012 12 P 0.187 0.118 0.058 0.129 0.102 0.101 0.122 0.068 0.056 0.038 0.020 13 C 0.048 0.051 0.038 0.096 0.104 0.131 0.174 0.135 0.106 0.075 0.042 14 S 0.240 0.198 0.108 0.160 0.106 0.063 0.056 0.029 0.020 0.014 0.007 15 S 0.199 0.128 0.065 0.126 0.112 0.090 0.105 0.069 0.049 0.036 0.022 16 T 0.323 0.194 0.060 0.129 0.095 0.060 0.057 0.035 0.023 0.015 0.008 17 S 0.320 0.182 0.056 0.136 0.090 0.068 0.070 0.035 0.023 0.014 0.006 18 R 0.229 0.154 0.063 0.139 0.112 0.098 0.096 0.048 0.034 0.019 0.008 19 P 0.430 0.161 0.060 0.117 0.078 0.053 0.051 0.023 0.015 0.008 0.004 20 A 0.174 0.131 0.060 0.122 0.107 0.099 0.122 0.069 0.054 0.041 0.023 21 L 0.084 0.196 0.065 0.149 0.129 0.108 0.125 0.061 0.042 0.025 0.016 22 E 0.361 0.238 0.083 0.132 0.088 0.041 0.030 0.015 0.007 0.003 0.002 23 E 0.598 0.123 0.075 0.093 0.046 0.030 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 24 D 0.098 0.104 0.066 0.231 0.191 0.147 0.090 0.034 0.022 0.012 0.005 25 V 0.005 0.007 0.013 0.023 0.032 0.063 0.160 0.196 0.209 0.165 0.127 26 I 0.014 0.054 0.151 0.249 0.232 0.133 0.085 0.035 0.025 0.017 0.005 27 Y 0.006 0.018 0.090 0.052 0.063 0.079 0.145 0.153 0.169 0.138 0.085 28 H 0.025 0.058 0.089 0.253 0.246 0.109 0.111 0.043 0.035 0.022 0.009 29 V 0.005 0.005 0.012 0.013 0.012 0.028 0.077 0.105 0.240 0.269 0.234 30 K 0.036 0.121 0.120 0.326 0.257 0.061 0.045 0.016 0.010 0.006 0.002 31 Y 0.017 0.031 0.032 0.064 0.061 0.102 0.200 0.148 0.164 0.112 0.070 32 D 0.165 0.130 0.085 0.217 0.176 0.082 0.070 0.031 0.024 0.015 0.006 33 D 0.423 0.257 0.079 0.116 0.058 0.026 0.023 0.009 0.005 0.003 0.001 34 Y 0.060 0.042 0.026 0.072 0.077 0.102 0.162 0.143 0.130 0.105 0.080 35 P 0.173 0.248 0.074 0.169 0.120 0.076 0.069 0.033 0.021 0.012 0.005 36 E 0.259 0.237 0.100 0.165 0.104 0.053 0.043 0.021 0.011 0.006 0.003 37 N 0.478 0.152 0.063 0.099 0.072 0.051 0.039 0.021 0.013 0.009 0.004 38 G 0.119 0.112 0.040 0.176 0.147 0.143 0.140 0.058 0.037 0.019 0.009 39 V 0.016 0.026 0.029 0.072 0.071 0.088 0.150 0.139 0.176 0.140 0.093 40 V 0.018 0.035 0.049 0.090 0.121 0.177 0.214 0.126 0.086 0.055 0.030 41 Q 0.051 0.128 0.150 0.322 0.180 0.075 0.049 0.019 0.014 0.009 0.004 42 M 0.005 0.004 0.005 0.009 0.012 0.023 0.068 0.145 0.214 0.232 0.282 43 N 0.092 0.353 0.086 0.226 0.140 0.039 0.031 0.013 0.009 0.007 0.003 44 S 0.093 0.099 0.064 0.161 0.123 0.113 0.121 0.074 0.069 0.051 0.034 45 R 0.379 0.166 0.084 0.166 0.111 0.042 0.029 0.010 0.007 0.004 0.002 46 D 0.212 0.216 0.060 0.212 0.134 0.067 0.057 0.023 0.012 0.006 0.002 47 V 0.007 0.009 0.010 0.020 0.021 0.043 0.107 0.129 0.227 0.231 0.197 48 R 0.022 0.048 0.064 0.200 0.222 0.172 0.153 0.057 0.036 0.018 0.008 49 A 0.058 0.082 0.270 0.176 0.114 0.081 0.083 0.044 0.044 0.033 0.015 50 R 0.021 0.035 0.069 0.138 0.156 0.174 0.188 0.090 0.066 0.043 0.020 51 A 0.004 0.006 0.015 0.018 0.017 0.035 0.107 0.167 0.225 0.225 0.181 52 R 0.010 0.026 0.092 0.191 0.217 0.159 0.136 0.068 0.050 0.039 0.012 53 T 0.051 0.088 0.294 0.211 0.162 0.082 0.066 0.022 0.014 0.008 0.003 54 I 0.028 0.043 0.055 0.146 0.119 0.149 0.208 0.087 0.084 0.050 0.031 55 I 0.006 0.005 0.008 0.010 0.011 0.024 0.080 0.130 0.241 0.260 0.226 56 K 0.040 0.319 0.190 0.266 0.137 0.026 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 57 W 0.021 0.042 0.043 0.107 0.097 0.171 0.177 0.120 0.106 0.063 0.053 58 Q 0.468 0.174 0.087 0.137 0.076 0.023 0.019 0.007 0.005 0.004 0.002 59 D 0.092 0.241 0.048 0.274 0.195 0.069 0.050 0.018 0.008 0.003 0.001 60 L 0.004 0.004 0.006 0.010 0.010 0.025 0.059 0.083 0.226 0.234 0.337 61 E 0.150 0.316 0.104 0.284 0.117 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 62 V 0.046 0.094 0.075 0.129 0.095 0.091 0.115 0.098 0.114 0.075 0.068 63 G 0.238 0.143 0.040 0.176 0.159 0.089 0.071 0.027 0.028 0.018 0.011 64 Q 0.075 0.178 0.062 0.205 0.171 0.114 0.109 0.040 0.029 0.013 0.006 65 V 0.021 0.030 0.038 0.122 0.161 0.138 0.162 0.130 0.106 0.057 0.035 66 V 0.004 0.008 0.015 0.035 0.046 0.081 0.177 0.170 0.200 0.160 0.103 67 M 0.002 0.012 0.029 0.068 0.074 0.076 0.153 0.194 0.184 0.128 0.081 68 L 0.002 0.006 0.018 0.022 0.028 0.040 0.107 0.168 0.227 0.227 0.155 69 N 0.008 0.014 0.035 0.076 0.080 0.085 0.166 0.157 0.162 0.139 0.078 70 Y 0.009 0.015 0.025 0.048 0.056 0.083 0.173 0.183 0.186 0.144 0.077 71 N 0.045 0.114 0.054 0.146 0.137 0.127 0.160 0.085 0.063 0.048 0.019 72 P 0.126 0.089 0.036 0.133 0.137 0.129 0.153 0.091 0.056 0.034 0.016 73 D 0.600 0.201 0.050 0.069 0.037 0.014 0.011 0.007 0.005 0.004 0.002 74 N 0.218 0.296 0.045 0.147 0.115 0.061 0.061 0.026 0.016 0.010 0.006 75 P 0.125 0.091 0.031 0.074 0.086 0.095 0.150 0.120 0.097 0.066 0.066 76 K 0.410 0.210 0.101 0.154 0.064 0.032 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 77 E 0.287 0.158 0.137 0.196 0.092 0.063 0.038 0.015 0.008 0.004 0.002 78 R 0.036 0.029 0.022 0.074 0.107 0.137 0.197 0.170 0.113 0.070 0.042 79 G 0.073 0.079 0.083 0.134 0.132 0.148 0.152 0.073 0.066 0.041 0.019 80 F 0.012 0.022 0.092 0.076 0.088 0.102 0.162 0.128 0.139 0.121 0.059 81 W 0.019 0.028 0.074 0.072 0.074 0.094 0.155 0.126 0.151 0.136 0.070 82 Y 0.011 0.021 0.041 0.055 0.071 0.094 0.178 0.169 0.153 0.131 0.076 83 D 0.024 0.062 0.072 0.132 0.118 0.119 0.151 0.102 0.096 0.077 0.047 84 A 0.025 0.015 0.030 0.044 0.065 0.092 0.175 0.160 0.159 0.144 0.091 85 E 0.133 0.182 0.158 0.259 0.172 0.040 0.027 0.014 0.008 0.005 0.002 86 I 0.010 0.014 0.021 0.036 0.031 0.064 0.144 0.128 0.208 0.202 0.143 87 S 0.076 0.105 0.099 0.205 0.184 0.095 0.108 0.052 0.038 0.027 0.012 88 R 0.278 0.268 0.198 0.127 0.061 0.025 0.021 0.010 0.006 0.004 0.001 89 K 0.093 0.086 0.084 0.138 0.128 0.189 0.161 0.058 0.033 0.021 0.008 90 R 0.309 0.179 0.117 0.152 0.076 0.054 0.061 0.026 0.016 0.009 0.003 91 E 0.263 0.114 0.148 0.142 0.116 0.079 0.077 0.037 0.014 0.007 0.003 92 T 0.155 0.170 0.234 0.161 0.098 0.064 0.061 0.025 0.017 0.010 0.004 93 R 0.026 0.028 0.056 0.077 0.083 0.189 0.253 0.118 0.088 0.052 0.029 94 T 0.310 0.193 0.290 0.136 0.038 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 95 A 0.103 0.090 0.123 0.183 0.173 0.159 0.099 0.037 0.019 0.010 0.004 96 R 0.108 0.083 0.120 0.125 0.136 0.113 0.129 0.070 0.056 0.041 0.020 97 E 0.045 0.084 0.127 0.281 0.218 0.128 0.079 0.021 0.011 0.004 0.002 98 L 0.008 0.009 0.063 0.025 0.026 0.037 0.106 0.134 0.217 0.210 0.166 99 Y 0.029 0.088 0.095 0.215 0.229 0.104 0.127 0.052 0.035 0.018 0.009 100 A 0.011 0.020 0.046 0.048 0.038 0.070 0.120 0.104 0.202 0.186 0.155 101 N 0.147 0.120 0.122 0.264 0.193 0.066 0.048 0.018 0.012 0.008 0.003