# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.25302 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.008 0.068 0.836 2 V 0.049 0.008 0.005 0.002 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.153 0.010 0.084 0.672 3 T 0.028 0.013 0.002 0.002 0.008 0.005 0.005 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.003 0.133 0.008 0.128 0.643 4 R 0.039 0.010 0.003 0.001 0.004 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.220 0.006 0.051 0.647 5 K 0.043 0.014 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.155 0.009 0.176 0.579 6 A 0.153 0.011 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.006 0.002 0.003 0.003 0.002 0.003 0.112 0.012 0.111 0.562 7 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.987 8 S 0.023 0.004 0.003 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.137 0.005 0.118 0.689 9 R 0.116 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.214 0.006 0.064 0.582 10 D 0.104 0.011 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.011 0.085 0.611 11 E 0.166 0.008 0.006 0.001 0.006 0.003 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.002 0.003 0.004 0.004 0.006 0.207 0.010 0.160 0.398 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.984 13 C 0.014 0.005 0.004 0.002 0.009 0.003 0.004 0.003 0.003 0.003 0.005 0.002 0.013 0.008 0.013 0.005 0.246 0.006 0.150 0.503 14 S 0.086 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.172 0.006 0.101 0.595 15 S 0.100 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.002 0.148 0.006 0.087 0.611 16 T 0.050 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.008 0.246 0.522 17 S 0.117 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.019 0.202 0.570 18 R 0.095 0.008 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.062 0.011 0.262 0.522 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.991 20 A 0.024 0.005 0.003 0.002 0.014 0.010 0.007 0.003 0.002 0.004 0.006 0.001 0.009 0.003 0.002 0.001 0.072 0.007 0.224 0.602 21 L 0.158 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.006 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.007 0.112 0.605 22 E 0.104 0.032 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.035 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.005 0.098 0.554 23 E 0.092 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.011 0.164 0.581 24 D 0.175 0.008 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.198 0.018 0.132 0.461 25 V 0.175 0.007 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.543 0.012 0.076 0.166 26 I 0.004 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.844 0.001 0.045 0.091 27 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.881 0.001 0.016 0.070 28 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.879 0.001 0.021 0.077 29 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.006 0.003 0.858 0.001 0.026 0.092 30 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.849 0.001 0.021 0.115 31 Y 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.004 0.002 0.004 0.004 0.011 0.019 0.010 0.542 0.002 0.091 0.256 32 D 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.008 0.016 0.009 0.003 0.367 0.004 0.116 0.453 33 D 0.068 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.076 0.014 0.099 0.724 34 Y 0.451 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.021 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.049 0.012 0.090 0.324 35 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.977 36 E 0.018 0.007 0.001 0.001 0.022 0.002 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 0.120 0.779 37 N 0.395 0.033 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.044 0.052 0.416 38 G 0.532 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.048 0.040 0.180 39 V 0.115 0.008 0.146 0.004 0.018 0.004 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.153 0.007 0.207 0.313 40 V 0.002 0.002 0.001 0.002 0.006 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.797 0.001 0.024 0.126 41 Q 0.005 0.005 0.002 0.002 0.050 0.050 0.063 0.012 0.002 0.002 0.003 0.002 0.012 0.018 0.027 0.013 0.276 0.004 0.068 0.384 42 M 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.002 0.004 0.001 0.007 0.005 0.004 0.004 0.784 0.001 0.037 0.133 43 N 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.327 0.002 0.168 0.448 44 S 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.363 0.003 0.059 0.535 45 R 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.008 0.311 0.504 46 D 0.163 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.029 0.289 0.465 47 V 0.196 0.040 0.041 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.017 0.129 0.510 48 R 0.037 0.066 0.004 0.001 0.012 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.251 0.007 0.229 0.374 49 A 0.005 0.019 0.002 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 0.027 0.914 50 R 0.043 0.187 0.003 0.001 0.001 0.004 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.283 0.009 0.080 0.374 51 A 0.139 0.431 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.196 0.007 0.034 0.189 52 R 0.057 0.474 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.275 0.012 0.032 0.144 53 T 0.148 0.378 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.041 0.053 0.198 54 I 0.145 0.358 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.134 0.026 0.025 0.285 55 I 0.064 0.258 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.031 0.011 0.003 0.001 0.309 0.027 0.049 0.209 56 K 0.045 0.140 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.007 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.113 0.020 0.088 0.523 57 W 0.062 0.156 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.263 0.012 0.061 0.366 58 Q 0.042 0.257 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.018 0.254 0.301 59 D 0.438 0.046 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.126 0.083 0.258 60 L 0.504 0.038 0.199 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.019 0.080 0.134 61 E 0.040 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.007 0.385 0.441 62 V 0.018 0.017 0.007 0.002 0.032 0.009 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.004 0.082 0.695 63 G 0.039 0.025 0.003 0.001 0.003 0.012 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.539 0.017 0.151 0.181 64 Q 0.204 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.505 0.015 0.101 0.149 65 V 0.013 0.010 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.668 0.002 0.041 0.245 66 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.001 0.010 0.013 67 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.843 0.001 0.014 0.122 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.937 0.001 0.013 0.040 69 N 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.018 0.005 0.662 0.002 0.034 0.258 70 Y 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.665 0.003 0.101 0.211 71 N 0.033 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.018 0.003 0.003 0.004 0.002 0.003 0.093 0.006 0.562 0.255 72 P 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.001 0.031 0.882 73 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.645 0.340 74 N 0.293 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.019 0.526 0.134 75 P 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 76 K 0.075 0.080 0.008 0.001 0.008 0.007 0.001 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.067 0.011 0.200 0.527 77 E 0.620 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.018 0.023 0.267 78 R 0.284 0.221 0.009 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.038 0.040 0.288 79 G 0.213 0.033 0.013 0.003 0.003 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.075 0.069 0.417 80 F 0.104 0.012 0.080 0.003 0.002 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.216 0.010 0.243 0.301 81 W 0.007 0.005 0.006 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.435 0.002 0.054 0.479 82 Y 0.004 0.004 0.001 0.001 0.012 0.008 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.750 0.002 0.052 0.143 83 D 0.005 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.637 0.002 0.047 0.283 84 A 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.004 0.720 0.004 0.061 0.177 85 E 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.004 0.003 0.766 0.004 0.067 0.117 86 I 0.016 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 0.014 0.013 0.006 0.708 0.004 0.049 0.155 87 S 0.009 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.002 0.006 0.006 0.003 0.003 0.806 0.007 0.036 0.087 88 R 0.026 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.004 0.003 0.004 0.005 0.004 0.004 0.389 0.012 0.059 0.438 89 K 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.143 0.011 0.130 0.664 90 R 0.015 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.106 0.011 0.048 0.795 91 E 0.060 0.014 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.025 0.122 0.631 92 T 0.047 0.032 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.004 0.002 0.004 0.003 0.003 0.002 0.111 0.020 0.125 0.622 93 R 0.073 0.024 0.004 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.297 0.020 0.083 0.474 94 T 0.022 0.023 0.003 0.001 0.004 0.005 0.002 0.002 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.007 0.253 0.572 95 A 0.041 0.020 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.330 0.013 0.049 0.534 96 R 0.024 0.027 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.217 0.013 0.265 0.442 97 E 0.115 0.018 0.020 0.001 0.007 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.169 0.030 0.206 0.418 98 L 0.051 0.072 0.005 0.001 0.002 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.004 0.004 0.644 0.009 0.035 0.150 99 Y 0.025 0.071 0.005 0.001 0.011 0.007 0.007 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.015 0.016 0.009 0.008 0.546 0.009 0.050 0.208 100 A 0.010 0.039 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.005 0.003 0.003 0.002 0.006 0.008 0.007 0.006 0.611 0.006 0.032 0.245 101 N 0.019 0.042 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.008 0.007 0.003 0.005 0.004 0.005 0.005 0.378 0.014 0.088 0.396