# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.25302 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.024 0.003 0.001 0.014 0.016 0.027 0.073 0.001 0.001 0.002 0.838 2 V 0.030 0.003 0.002 0.026 0.024 0.045 0.073 0.001 0.001 0.001 0.796 3 T 0.023 0.005 0.001 0.037 0.032 0.055 0.167 0.001 0.001 0.004 0.676 4 R 0.068 0.014 0.001 0.048 0.038 0.063 0.084 0.001 0.001 0.007 0.675 5 K 0.052 0.019 0.002 0.050 0.027 0.056 0.130 0.001 0.001 0.006 0.656 6 A 0.137 0.013 0.003 0.053 0.056 0.080 0.106 0.001 0.001 0.005 0.546 7 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.980 8 S 0.035 0.008 0.001 0.033 0.073 0.162 0.109 0.001 0.001 0.003 0.575 9 R 0.182 0.036 0.002 0.040 0.042 0.063 0.075 0.001 0.001 0.009 0.549 10 D 0.109 0.027 0.003 0.028 0.029 0.069 0.104 0.002 0.001 0.011 0.618 11 E 0.203 0.025 0.005 0.059 0.053 0.059 0.124 0.002 0.001 0.006 0.463 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.975 13 C 0.030 0.013 0.002 0.044 0.108 0.257 0.080 0.001 0.001 0.002 0.462 14 S 0.095 0.030 0.001 0.041 0.059 0.080 0.072 0.002 0.001 0.004 0.617 15 S 0.088 0.020 0.001 0.028 0.041 0.067 0.060 0.002 0.001 0.005 0.687 16 T 0.110 0.027 0.003 0.029 0.032 0.047 0.194 0.002 0.001 0.009 0.546 17 S 0.146 0.013 0.004 0.019 0.013 0.028 0.144 0.002 0.001 0.014 0.615 18 R 0.137 0.011 0.012 0.029 0.021 0.029 0.203 0.002 0.001 0.006 0.551 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.978 20 A 0.019 0.007 0.001 0.020 0.042 0.102 0.146 0.001 0.001 0.002 0.661 21 L 0.151 0.028 0.001 0.021 0.030 0.055 0.107 0.001 0.001 0.007 0.598 22 E 0.099 0.032 0.001 0.016 0.030 0.053 0.089 0.002 0.001 0.004 0.674 23 E 0.052 0.022 0.001 0.010 0.021 0.029 0.136 0.001 0.001 0.004 0.724 24 D 0.162 0.024 0.002 0.017 0.050 0.060 0.131 0.002 0.001 0.008 0.543 25 V 0.229 0.046 0.010 0.042 0.197 0.200 0.057 0.002 0.001 0.007 0.210 26 I 0.041 0.023 0.008 0.111 0.282 0.325 0.063 0.001 0.001 0.005 0.140 27 Y 0.011 0.007 0.001 0.070 0.417 0.426 0.012 0.001 0.001 0.001 0.055 28 H 0.010 0.004 0.001 0.113 0.255 0.496 0.011 0.001 0.001 0.001 0.109 29 V 0.003 0.003 0.001 0.088 0.413 0.401 0.014 0.001 0.001 0.001 0.076 30 K 0.002 0.001 0.001 0.087 0.278 0.481 0.021 0.001 0.001 0.001 0.128 31 Y 0.006 0.002 0.001 0.073 0.237 0.464 0.018 0.001 0.001 0.001 0.199 32 D 0.010 0.004 0.001 0.071 0.112 0.234 0.076 0.001 0.001 0.003 0.491 33 D 0.037 0.003 0.001 0.024 0.027 0.065 0.229 0.001 0.001 0.013 0.600 34 Y 0.305 0.005 0.002 0.032 0.029 0.053 0.185 0.001 0.001 0.011 0.377 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.969 36 E 0.007 0.002 0.001 0.006 0.016 0.029 0.257 0.001 0.001 0.002 0.681 37 N 0.309 0.016 0.001 0.012 0.042 0.071 0.082 0.001 0.001 0.041 0.424 38 G 0.496 0.015 0.006 0.028 0.106 0.089 0.048 0.002 0.001 0.027 0.184 39 V 0.061 0.006 0.023 0.031 0.053 0.056 0.174 0.001 0.001 0.004 0.591 40 V 0.020 0.002 0.001 0.080 0.366 0.480 0.014 0.001 0.001 0.001 0.037 41 Q 0.009 0.006 0.001 0.071 0.140 0.312 0.062 0.001 0.001 0.001 0.397 42 M 0.012 0.006 0.001 0.155 0.270 0.451 0.014 0.001 0.001 0.002 0.089 43 N 0.004 0.006 0.001 0.055 0.173 0.216 0.165 0.001 0.001 0.002 0.377 44 S 0.015 0.004 0.001 0.033 0.098 0.228 0.046 0.001 0.001 0.003 0.573 45 R 0.012 0.009 0.001 0.024 0.071 0.145 0.329 0.001 0.001 0.006 0.402 46 D 0.203 0.010 0.002 0.018 0.021 0.031 0.236 0.001 0.001 0.037 0.441 47 V 0.268 0.063 0.014 0.032 0.036 0.078 0.123 0.002 0.001 0.012 0.372 48 R 0.059 0.054 0.010 0.057 0.092 0.099 0.241 0.001 0.001 0.008 0.380 49 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.969 50 R 0.019 0.052 0.001 0.027 0.111 0.342 0.087 0.001 0.001 0.003 0.356 51 A 0.185 0.245 0.003 0.029 0.038 0.064 0.073 0.002 0.001 0.004 0.357 52 R 0.112 0.462 0.004 0.024 0.096 0.094 0.033 0.002 0.001 0.005 0.169 53 T 0.099 0.389 0.004 0.039 0.122 0.081 0.045 0.006 0.001 0.003 0.213 54 I 0.181 0.325 0.009 0.045 0.064 0.115 0.019 0.011 0.001 0.002 0.230 55 I 0.078 0.220 0.012 0.073 0.200 0.221 0.038 0.007 0.001 0.004 0.147 56 K 0.027 0.137 0.009 0.035 0.116 0.110 0.099 0.013 0.001 0.002 0.451 57 W 0.053 0.091 0.007 0.055 0.080 0.198 0.020 0.005 0.001 0.002 0.489 58 Q 0.022 0.048 0.003 0.051 0.144 0.185 0.229 0.003 0.001 0.004 0.311 59 D 0.132 0.026 0.008 0.033 0.027 0.039 0.152 0.004 0.001 0.010 0.569 60 L 0.244 0.094 0.009 0.123 0.120 0.179 0.049 0.002 0.001 0.010 0.171 61 E 0.049 0.060 0.007 0.075 0.177 0.095 0.255 0.003 0.001 0.006 0.274 62 V 0.017 0.015 0.002 0.034 0.063 0.089 0.045 0.003 0.001 0.002 0.730 63 G 0.049 0.009 0.002 0.096 0.158 0.475 0.039 0.003 0.001 0.008 0.160 64 Q 0.237 0.005 0.012 0.182 0.142 0.125 0.079 0.002 0.001 0.007 0.209 65 V 0.010 0.002 0.003 0.230 0.180 0.187 0.049 0.001 0.001 0.002 0.337 66 V 0.002 0.001 0.001 0.385 0.211 0.357 0.007 0.001 0.001 0.001 0.036 67 M 0.002 0.001 0.001 0.385 0.181 0.359 0.009 0.001 0.001 0.002 0.060 68 L 0.005 0.001 0.001 0.303 0.228 0.352 0.011 0.001 0.001 0.002 0.097 69 N 0.008 0.002 0.001 0.130 0.268 0.417 0.036 0.001 0.001 0.002 0.137 70 Y 0.014 0.004 0.002 0.092 0.174 0.274 0.101 0.001 0.001 0.008 0.331 71 N 0.012 0.002 0.001 0.036 0.073 0.083 0.432 0.001 0.001 0.005 0.355 72 P 0.024 0.001 0.001 0.008 0.006 0.013 0.031 0.001 0.001 0.012 0.905 73 D 0.009 0.002 0.002 0.009 0.002 0.005 0.750 0.001 0.001 0.018 0.205 74 N 0.300 0.005 0.001 0.007 0.005 0.008 0.437 0.001 0.001 0.051 0.185 75 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.993 76 K 0.011 0.005 0.003 0.014 0.019 0.040 0.480 0.001 0.001 0.009 0.418 77 E 0.458 0.017 0.001 0.013 0.009 0.009 0.240 0.001 0.001 0.012 0.239 78 R 0.293 0.193 0.002 0.019 0.051 0.072 0.058 0.006 0.001 0.008 0.297 79 G 0.196 0.088 0.015 0.101 0.066 0.074 0.029 0.011 0.001 0.048 0.371 80 F 0.107 0.018 0.064 0.094 0.165 0.113 0.110 0.004 0.001 0.004 0.321 81 W 0.048 0.004 0.002 0.041 0.176 0.313 0.066 0.001 0.001 0.001 0.348 82 Y 0.017 0.009 0.001 0.080 0.262 0.429 0.053 0.001 0.001 0.002 0.147 83 D 0.014 0.013 0.001 0.152 0.184 0.274 0.075 0.001 0.001 0.004 0.281 84 A 0.014 0.013 0.001 0.102 0.260 0.360 0.056 0.001 0.001 0.005 0.187 85 E 0.013 0.021 0.001 0.079 0.229 0.324 0.163 0.001 0.001 0.007 0.163 86 I 0.034 0.058 0.002 0.068 0.238 0.325 0.061 0.001 0.001 0.005 0.207 87 S 0.026 0.127 0.003 0.043 0.242 0.370 0.046 0.001 0.001 0.004 0.138 88 R 0.030 0.098 0.003 0.022 0.173 0.298 0.056 0.003 0.001 0.005 0.312 89 K 0.071 0.079 0.006 0.017 0.074 0.170 0.082 0.005 0.001 0.003 0.491 90 R 0.126 0.054 0.007 0.015 0.044 0.074 0.094 0.005 0.001 0.007 0.573 91 E 0.074 0.076 0.012 0.016 0.039 0.055 0.107 0.005 0.001 0.003 0.611 92 T 0.124 0.102 0.007 0.022 0.036 0.097 0.080 0.006 0.001 0.004 0.523 93 R 0.146 0.103 0.009 0.035 0.041 0.056 0.041 0.005 0.001 0.011 0.553 94 T 0.024 0.044 0.008 0.010 0.010 0.015 0.279 0.003 0.001 0.002 0.606 95 A 0.118 0.097 0.004 0.030 0.025 0.062 0.089 0.002 0.001 0.007 0.566 96 R 0.038 0.256 0.003 0.021 0.038 0.065 0.126 0.002 0.001 0.006 0.443 97 E 0.123 0.226 0.008 0.016 0.027 0.033 0.270 0.003 0.001 0.004 0.290 98 L 0.144 0.535 0.003 0.022 0.078 0.065 0.024 0.005 0.001 0.002 0.121 99 Y 0.046 0.484 0.007 0.023 0.123 0.124 0.029 0.007 0.001 0.002 0.156 100 A 0.064 0.340 0.011 0.036 0.180 0.154 0.023 0.010 0.001 0.001 0.181 101 N 0.077 0.170 0.004 0.025 0.106 0.199 0.046 0.018 0.001 0.003 0.353