# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.25302 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.022 0.005 0.016 0.015 0.022 0.046 0.004 0.871 2 V 0.024 0.009 0.030 0.029 0.043 0.051 0.003 0.812 3 T 0.026 0.014 0.026 0.048 0.071 0.112 0.005 0.699 4 R 0.070 0.023 0.037 0.046 0.099 0.074 0.010 0.641 5 K 0.097 0.042 0.035 0.031 0.070 0.145 0.023 0.556 6 A 0.225 0.022 0.035 0.044 0.046 0.134 0.013 0.481 7 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 8 S 0.024 0.007 0.019 0.040 0.114 0.112 0.005 0.680 9 R 0.204 0.010 0.028 0.026 0.047 0.091 0.014 0.580 10 D 0.138 0.027 0.019 0.030 0.055 0.087 0.019 0.625 11 E 0.266 0.013 0.052 0.044 0.054 0.103 0.009 0.458 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 13 C 0.023 0.007 0.063 0.082 0.181 0.140 0.006 0.498 14 S 0.084 0.019 0.038 0.049 0.061 0.106 0.006 0.637 15 S 0.067 0.017 0.025 0.029 0.068 0.061 0.006 0.728 16 T 0.119 0.014 0.024 0.021 0.046 0.277 0.009 0.490 17 S 0.185 0.021 0.020 0.016 0.027 0.211 0.029 0.490 18 R 0.163 0.023 0.023 0.031 0.039 0.206 0.011 0.506 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 20 A 0.021 0.009 0.012 0.034 0.106 0.223 0.004 0.590 21 L 0.176 0.016 0.009 0.019 0.046 0.139 0.011 0.584 22 E 0.134 0.029 0.011 0.030 0.071 0.103 0.012 0.609 23 E 0.126 0.024 0.018 0.032 0.039 0.131 0.017 0.612 24 D 0.191 0.018 0.024 0.056 0.045 0.140 0.034 0.491 25 V 0.171 0.011 0.137 0.198 0.224 0.090 0.023 0.147 26 I 0.036 0.003 0.109 0.220 0.458 0.070 0.003 0.101 27 Y 0.003 0.001 0.128 0.409 0.415 0.009 0.001 0.033 28 H 0.002 0.001 0.103 0.344 0.434 0.010 0.001 0.106 29 V 0.001 0.001 0.188 0.343 0.390 0.009 0.001 0.068 30 K 0.002 0.001 0.101 0.287 0.457 0.028 0.001 0.123 31 Y 0.004 0.002 0.060 0.173 0.453 0.040 0.002 0.267 32 D 0.012 0.003 0.041 0.086 0.217 0.133 0.005 0.504 33 D 0.045 0.003 0.012 0.024 0.044 0.100 0.018 0.754 34 Y 0.296 0.006 0.015 0.034 0.043 0.201 0.016 0.389 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 36 E 0.008 0.004 0.015 0.042 0.111 0.184 0.007 0.630 37 N 0.204 0.011 0.025 0.039 0.039 0.119 0.025 0.538 38 G 0.452 0.010 0.055 0.075 0.082 0.089 0.022 0.213 39 V 0.098 0.004 0.096 0.082 0.149 0.108 0.003 0.461 40 V 0.007 0.003 0.138 0.426 0.344 0.021 0.002 0.059 41 Q 0.010 0.003 0.048 0.156 0.382 0.027 0.001 0.372 42 M 0.005 0.004 0.162 0.303 0.439 0.015 0.002 0.070 43 N 0.007 0.009 0.052 0.195 0.272 0.088 0.002 0.376 44 S 0.018 0.008 0.042 0.065 0.253 0.049 0.005 0.559 45 R 0.040 0.011 0.022 0.029 0.056 0.305 0.007 0.531 46 D 0.155 0.011 0.009 0.014 0.019 0.297 0.023 0.471 47 V 0.160 0.107 0.031 0.027 0.028 0.101 0.013 0.534 48 R 0.033 0.181 0.065 0.061 0.098 0.135 0.009 0.418 49 A 0.003 0.023 0.005 0.006 0.011 0.028 0.001 0.924 50 R 0.027 0.364 0.023 0.047 0.075 0.154 0.008 0.302 51 A 0.069 0.660 0.029 0.027 0.042 0.052 0.012 0.110 52 R 0.048 0.688 0.036 0.045 0.043 0.036 0.015 0.088 53 T 0.085 0.562 0.064 0.091 0.070 0.027 0.018 0.082 54 I 0.067 0.440 0.076 0.068 0.110 0.022 0.014 0.203 55 I 0.032 0.321 0.121 0.202 0.210 0.022 0.014 0.078 56 K 0.038 0.213 0.054 0.123 0.180 0.067 0.026 0.299 57 W 0.083 0.147 0.085 0.060 0.222 0.037 0.015 0.352 58 Q 0.057 0.109 0.027 0.068 0.096 0.176 0.022 0.446 59 D 0.149 0.049 0.008 0.017 0.021 0.063 0.037 0.656 60 L 0.420 0.093 0.068 0.053 0.061 0.050 0.039 0.216 61 E 0.148 0.052 0.049 0.107 0.106 0.220 0.035 0.284 62 V 0.029 0.019 0.064 0.054 0.076 0.044 0.014 0.701 63 G 0.033 0.031 0.157 0.223 0.198 0.091 0.016 0.252 64 Q 0.060 0.006 0.271 0.140 0.165 0.094 0.011 0.254 65 V 0.005 0.003 0.334 0.133 0.146 0.029 0.002 0.348 66 V 0.003 0.001 0.507 0.215 0.226 0.013 0.001 0.032 67 M 0.003 0.002 0.503 0.185 0.186 0.013 0.001 0.106 68 L 0.001 0.002 0.528 0.148 0.252 0.014 0.001 0.054 69 N 0.004 0.007 0.351 0.186 0.259 0.038 0.003 0.153 70 Y 0.023 0.007 0.371 0.099 0.231 0.066 0.010 0.193 71 N 0.028 0.003 0.033 0.056 0.100 0.347 0.007 0.425 72 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 73 D 0.010 0.003 0.005 0.008 0.022 0.561 0.007 0.384 74 N 0.366 0.006 0.003 0.007 0.006 0.359 0.015 0.238 75 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 76 K 0.013 0.010 0.013 0.043 0.110 0.383 0.006 0.422 77 E 0.273 0.025 0.020 0.023 0.030 0.194 0.017 0.419 78 R 0.119 0.110 0.022 0.069 0.101 0.067 0.016 0.496 79 G 0.196 0.049 0.073 0.192 0.144 0.050 0.040 0.255 80 F 0.185 0.008 0.184 0.122 0.142 0.089 0.018 0.250 81 W 0.015 0.003 0.050 0.172 0.203 0.039 0.003 0.515 82 Y 0.013 0.002 0.051 0.245 0.532 0.051 0.001 0.105 83 D 0.004 0.003 0.037 0.307 0.374 0.037 0.001 0.235 84 A 0.005 0.004 0.044 0.276 0.510 0.025 0.001 0.135 85 E 0.014 0.006 0.021 0.243 0.490 0.130 0.002 0.095 86 I 0.054 0.019 0.025 0.187 0.413 0.106 0.005 0.192 87 S 0.025 0.151 0.029 0.298 0.330 0.045 0.004 0.119 88 R 0.040 0.121 0.024 0.154 0.235 0.049 0.020 0.357 89 K 0.089 0.083 0.029 0.050 0.129 0.131 0.024 0.465 90 R 0.132 0.121 0.014 0.045 0.073 0.123 0.020 0.473 91 E 0.088 0.189 0.020 0.038 0.047 0.141 0.022 0.455 92 T 0.074 0.233 0.027 0.049 0.060 0.083 0.023 0.451 93 R 0.105 0.161 0.042 0.052 0.067 0.082 0.018 0.472 94 T 0.053 0.084 0.016 0.028 0.049 0.367 0.016 0.387 95 A 0.118 0.106 0.024 0.026 0.061 0.113 0.016 0.536 96 R 0.055 0.231 0.028 0.052 0.056 0.213 0.017 0.348 97 E 0.148 0.124 0.039 0.048 0.079 0.211 0.021 0.330 98 L 0.129 0.288 0.072 0.149 0.187 0.046 0.011 0.118 99 Y 0.061 0.140 0.070 0.206 0.315 0.040 0.014 0.154 100 A 0.039 0.081 0.135 0.227 0.275 0.030 0.012 0.200 101 N 0.033 0.064 0.057 0.136 0.237 0.071 0.016 0.387