# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.25302 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.159 0.125 0.064 0.033 0.234 0.023 0.031 0.088 0.054 0.118 0.070 2 V 0.146 0.174 0.054 0.015 0.276 0.016 0.027 0.110 0.070 0.059 0.053 3 T 0.157 0.136 0.066 0.029 0.265 0.037 0.041 0.098 0.056 0.057 0.058 4 R 0.085 0.168 0.077 0.036 0.167 0.043 0.076 0.151 0.099 0.063 0.034 5 K 0.082 0.090 0.071 0.045 0.100 0.039 0.062 0.089 0.075 0.267 0.079 6 A 0.078 0.341 0.184 0.015 0.252 0.010 0.012 0.034 0.023 0.032 0.019 7 P 0.111 0.227 0.077 0.020 0.180 0.026 0.045 0.115 0.085 0.059 0.056 8 S 0.110 0.131 0.081 0.045 0.166 0.039 0.054 0.116 0.099 0.098 0.060 9 R 0.052 0.144 0.061 0.056 0.097 0.065 0.107 0.183 0.117 0.082 0.037 10 D 0.078 0.084 0.074 0.043 0.105 0.024 0.032 0.066 0.066 0.335 0.092 11 E 0.070 0.357 0.175 0.015 0.246 0.010 0.014 0.037 0.024 0.031 0.021 12 P 0.156 0.218 0.077 0.019 0.228 0.020 0.033 0.069 0.050 0.056 0.074 13 C 0.103 0.240 0.099 0.036 0.203 0.036 0.042 0.071 0.060 0.062 0.047 14 S 0.111 0.182 0.098 0.035 0.200 0.030 0.043 0.107 0.070 0.069 0.055 15 S 0.088 0.105 0.063 0.031 0.129 0.037 0.057 0.167 0.138 0.130 0.054 16 T 0.067 0.201 0.096 0.037 0.149 0.035 0.067 0.128 0.088 0.097 0.035 17 S 0.084 0.122 0.087 0.038 0.123 0.024 0.035 0.080 0.087 0.228 0.091 18 R 0.053 0.366 0.202 0.019 0.193 0.012 0.018 0.043 0.038 0.035 0.020 19 P 0.098 0.260 0.086 0.017 0.164 0.021 0.044 0.097 0.072 0.081 0.060 20 A 0.118 0.207 0.108 0.037 0.178 0.030 0.048 0.081 0.064 0.082 0.047 21 L 0.083 0.283 0.143 0.042 0.119 0.036 0.040 0.115 0.053 0.049 0.037 22 E 0.062 0.042 0.037 0.028 0.082 0.031 0.041 0.261 0.234 0.136 0.045 23 E 0.053 0.121 0.062 0.023 0.084 0.045 0.087 0.281 0.154 0.072 0.019 24 D 0.141 0.084 0.020 0.009 0.187 0.015 0.034 0.100 0.061 0.247 0.101 25 V 0.292 0.076 0.007 0.002 0.505 0.006 0.023 0.038 0.015 0.013 0.023 26 I 0.315 0.065 0.004 0.003 0.517 0.012 0.026 0.020 0.008 0.005 0.024 27 Y 0.188 0.088 0.009 0.003 0.673 0.008 0.011 0.003 0.001 0.004 0.012 28 H 0.334 0.029 0.002 0.001 0.596 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.030 29 V 0.283 0.116 0.014 0.002 0.538 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 30 K 0.269 0.144 0.015 0.005 0.481 0.006 0.010 0.003 0.002 0.005 0.061 31 Y 0.277 0.124 0.033 0.041 0.242 0.017 0.011 0.015 0.020 0.044 0.175 32 D 0.042 0.080 0.063 0.164 0.090 0.142 0.127 0.123 0.089 0.055 0.025 33 D 0.064 0.089 0.078 0.037 0.099 0.028 0.042 0.072 0.124 0.323 0.043 34 Y 0.140 0.292 0.106 0.009 0.351 0.008 0.008 0.028 0.019 0.019 0.018 35 P 0.076 0.151 0.118 0.019 0.102 0.035 0.065 0.188 0.153 0.054 0.038 36 E 0.063 0.053 0.049 0.033 0.061 0.055 0.317 0.153 0.109 0.071 0.036 37 N 0.072 0.258 0.134 0.120 0.107 0.058 0.044 0.023 0.027 0.105 0.052 38 G 0.065 0.101 0.066 0.136 0.095 0.056 0.061 0.048 0.046 0.226 0.099 39 V 0.266 0.103 0.009 0.003 0.562 0.002 0.006 0.012 0.010 0.009 0.019 40 V 0.145 0.113 0.009 0.002 0.679 0.009 0.010 0.011 0.006 0.004 0.014 41 Q 0.373 0.059 0.006 0.002 0.491 0.003 0.007 0.006 0.002 0.005 0.046 42 M 0.207 0.229 0.047 0.013 0.403 0.010 0.008 0.005 0.004 0.018 0.056 43 N 0.162 0.311 0.124 0.029 0.247 0.014 0.011 0.009 0.004 0.024 0.066 44 S 0.119 0.109 0.034 0.022 0.176 0.014 0.017 0.115 0.257 0.067 0.069 45 R 0.015 0.055 0.034 0.037 0.030 0.113 0.174 0.229 0.229 0.076 0.010 46 D 0.067 0.068 0.026 0.013 0.115 0.008 0.033 0.158 0.103 0.349 0.059 47 V 0.154 0.145 0.044 0.009 0.239 0.008 0.016 0.081 0.098 0.143 0.062 48 R 0.077 0.331 0.229 0.013 0.189 0.015 0.012 0.079 0.025 0.013 0.016 49 A 0.086 0.173 0.040 0.010 0.143 0.021 0.046 0.267 0.165 0.031 0.019 50 R 0.053 0.047 0.019 0.012 0.080 0.032 0.119 0.384 0.144 0.090 0.021 51 A 0.142 0.062 0.015 0.007 0.186 0.009 0.025 0.286 0.110 0.099 0.059 52 R 0.134 0.164 0.027 0.008 0.270 0.020 0.036 0.190 0.079 0.036 0.036 53 T 0.139 0.150 0.029 0.007 0.420 0.018 0.057 0.098 0.031 0.028 0.023 54 I 0.348 0.078 0.010 0.006 0.351 0.007 0.019 0.051 0.020 0.024 0.086 55 I 0.141 0.270 0.061 0.013 0.388 0.019 0.017 0.023 0.012 0.020 0.036 56 K 0.175 0.284 0.077 0.013 0.324 0.011 0.015 0.022 0.008 0.018 0.054 57 W 0.199 0.114 0.030 0.022 0.173 0.015 0.019 0.112 0.136 0.069 0.112 58 Q 0.027 0.117 0.071 0.050 0.084 0.133 0.144 0.194 0.119 0.044 0.017 59 D 0.158 0.066 0.018 0.009 0.204 0.008 0.020 0.095 0.073 0.289 0.061 60 L 0.216 0.165 0.043 0.010 0.319 0.015 0.014 0.073 0.066 0.045 0.033 61 E 0.132 0.140 0.249 0.026 0.238 0.055 0.040 0.060 0.019 0.019 0.022 62 V 0.062 0.193 0.041 0.025 0.079 0.031 0.173 0.201 0.156 0.024 0.016 63 G 0.041 0.032 0.037 0.071 0.039 0.046 0.034 0.076 0.051 0.447 0.126 64 Q 0.082 0.351 0.036 0.007 0.385 0.009 0.045 0.028 0.014 0.025 0.017 65 V 0.372 0.033 0.002 0.001 0.556 0.002 0.004 0.005 0.002 0.002 0.021 66 V 0.151 0.152 0.012 0.005 0.621 0.010 0.013 0.009 0.004 0.003 0.020 67 M 0.353 0.031 0.002 0.001 0.593 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 68 L 0.217 0.125 0.017 0.010 0.453 0.014 0.010 0.015 0.010 0.020 0.111 69 N 0.324 0.090 0.023 0.013 0.273 0.013 0.032 0.022 0.013 0.060 0.138 70 Y 0.061 0.266 0.175 0.040 0.180 0.035 0.039 0.027 0.034 0.115 0.029 71 N 0.101 0.323 0.129 0.004 0.417 0.001 0.001 0.006 0.004 0.005 0.010 72 P 0.013 0.022 0.004 0.002 0.021 0.007 0.031 0.490 0.388 0.014 0.007 73 D 0.011 0.026 0.019 0.011 0.022 0.018 0.099 0.520 0.187 0.077 0.009 74 N 0.056 0.105 0.045 0.009 0.082 0.006 0.016 0.409 0.108 0.127 0.039 75 P 0.042 0.038 0.012 0.006 0.059 0.012 0.029 0.547 0.162 0.071 0.023 76 K 0.020 0.099 0.046 0.009 0.041 0.022 0.064 0.498 0.157 0.036 0.008 77 E 0.060 0.030 0.031 0.016 0.064 0.030 0.097 0.314 0.096 0.196 0.066 78 R 0.031 0.429 0.157 0.046 0.105 0.028 0.072 0.060 0.027 0.031 0.012 79 G 0.064 0.045 0.043 0.091 0.044 0.038 0.024 0.058 0.040 0.322 0.232 80 F 0.072 0.314 0.092 0.020 0.284 0.012 0.020 0.067 0.035 0.052 0.031 81 W 0.309 0.112 0.016 0.005 0.440 0.008 0.010 0.037 0.016 0.016 0.033 82 Y 0.129 0.240 0.069 0.019 0.331 0.040 0.021 0.060 0.022 0.027 0.041 83 D 0.287 0.123 0.035 0.006 0.409 0.005 0.007 0.051 0.019 0.015 0.044 84 A 0.079 0.121 0.033 0.006 0.159 0.015 0.018 0.312 0.202 0.035 0.020 85 E 0.097 0.104 0.017 0.005 0.305 0.009 0.044 0.317 0.064 0.022 0.016 86 I 0.184 0.074 0.011 0.005 0.172 0.008 0.026 0.324 0.090 0.046 0.060 87 S 0.061 0.107 0.052 0.023 0.124 0.036 0.054 0.375 0.084 0.050 0.034 88 R 0.051 0.187 0.065 0.012 0.122 0.015 0.039 0.342 0.107 0.041 0.018 89 K 0.064 0.135 0.050 0.013 0.124 0.018 0.051 0.297 0.120 0.087 0.041 90 R 0.085 0.156 0.060 0.011 0.163 0.014 0.040 0.268 0.109 0.057 0.038 91 E 0.078 0.108 0.034 0.012 0.121 0.020 0.055 0.306 0.124 0.094 0.047 92 T 0.122 0.156 0.047 0.014 0.184 0.016 0.032 0.247 0.091 0.056 0.035 93 R 0.065 0.089 0.056 0.019 0.110 0.040 0.057 0.282 0.153 0.098 0.032 94 T 0.098 0.169 0.088 0.015 0.202 0.018 0.061 0.203 0.067 0.056 0.025 95 A 0.159 0.082 0.019 0.011 0.147 0.019 0.041 0.223 0.133 0.092 0.075 96 R 0.057 0.123 0.042 0.020 0.141 0.045 0.102 0.234 0.111 0.091 0.033 97 E 0.222 0.087 0.010 0.003 0.503 0.006 0.022 0.068 0.029 0.027 0.024 98 L 0.232 0.106 0.011 0.003 0.551 0.007 0.010 0.028 0.011 0.012 0.029 99 Y 0.283 0.099 0.023 0.010 0.375 0.018 0.028 0.039 0.011 0.033 0.080 100 A 0.152 0.240 0.071 0.031 0.267 0.025 0.025 0.044 0.026 0.055 0.064 101 N 0.106 0.195 0.154 0.072 0.217 0.039 0.036 0.045 0.026 0.068 0.043