# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.25302 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.715 0.211 0.050 0.017 0.006 0.001 0.001 2 V 0.527 0.234 0.140 0.075 0.020 0.003 0.001 3 T 0.533 0.229 0.156 0.065 0.015 0.003 0.001 4 R 0.505 0.240 0.155 0.077 0.020 0.003 0.001 5 K 0.705 0.231 0.044 0.014 0.004 0.001 0.001 6 A 0.380 0.230 0.192 0.136 0.051 0.011 0.001 7 P 0.439 0.285 0.171 0.076 0.022 0.006 0.001 8 S 0.360 0.231 0.194 0.136 0.061 0.017 0.001 9 R 0.374 0.260 0.185 0.116 0.050 0.014 0.001 10 D 0.403 0.282 0.155 0.097 0.047 0.015 0.001 11 E 0.259 0.250 0.199 0.165 0.093 0.031 0.002 12 P 0.212 0.214 0.205 0.193 0.125 0.048 0.003 13 C 0.184 0.188 0.244 0.215 0.124 0.042 0.002 14 S 0.380 0.289 0.189 0.098 0.033 0.010 0.001 15 S 0.401 0.219 0.173 0.131 0.059 0.016 0.001 16 T 0.588 0.229 0.103 0.054 0.021 0.005 0.001 17 S 0.662 0.218 0.074 0.033 0.010 0.003 0.001 18 R 0.562 0.246 0.114 0.055 0.018 0.004 0.001 19 P 0.416 0.283 0.175 0.088 0.030 0.007 0.001 20 A 0.269 0.211 0.238 0.181 0.080 0.021 0.001 21 L 0.417 0.268 0.175 0.091 0.038 0.011 0.001 22 E 0.488 0.266 0.132 0.075 0.029 0.009 0.001 23 E 0.556 0.274 0.100 0.046 0.019 0.005 0.001 24 D 0.279 0.371 0.210 0.094 0.033 0.011 0.002 25 V 0.019 0.045 0.104 0.248 0.356 0.203 0.025 26 I 0.020 0.101 0.236 0.311 0.206 0.113 0.011 27 Y 0.011 0.036 0.064 0.149 0.324 0.375 0.042 28 H 0.020 0.111 0.259 0.336 0.195 0.074 0.006 29 V 0.010 0.024 0.056 0.169 0.311 0.383 0.047 30 K 0.091 0.325 0.288 0.180 0.094 0.022 0.001 31 Y 0.042 0.087 0.178 0.347 0.256 0.086 0.004 32 D 0.383 0.426 0.126 0.043 0.019 0.003 0.001 33 D 0.415 0.365 0.144 0.061 0.012 0.003 0.001 34 Y 0.158 0.137 0.267 0.258 0.154 0.025 0.001 35 P 0.498 0.323 0.112 0.047 0.016 0.004 0.001 36 E 0.449 0.271 0.148 0.088 0.034 0.010 0.001 37 N 0.510 0.308 0.120 0.046 0.012 0.003 0.001 38 G 0.179 0.219 0.216 0.207 0.130 0.045 0.005 39 V 0.118 0.134 0.184 0.220 0.213 0.113 0.018 40 V 0.080 0.144 0.209 0.250 0.208 0.099 0.009 41 Q 0.159 0.324 0.270 0.156 0.066 0.022 0.002 42 M 0.051 0.063 0.128 0.290 0.289 0.161 0.019 43 N 0.260 0.347 0.190 0.114 0.066 0.021 0.002 44 S 0.198 0.235 0.220 0.211 0.093 0.039 0.004 45 R 0.413 0.313 0.157 0.077 0.031 0.008 0.001 46 D 0.189 0.305 0.246 0.171 0.062 0.023 0.004 47 V 0.047 0.038 0.070 0.156 0.336 0.282 0.070 48 R 0.059 0.144 0.197 0.224 0.203 0.149 0.024 49 A 0.082 0.122 0.141 0.178 0.224 0.199 0.055 50 R 0.037 0.068 0.138 0.191 0.252 0.215 0.098 51 A 0.015 0.032 0.041 0.067 0.182 0.405 0.259 52 R 0.053 0.119 0.253 0.262 0.178 0.097 0.037 53 T 0.066 0.196 0.249 0.264 0.143 0.072 0.010 54 I 0.033 0.079 0.147 0.267 0.281 0.177 0.017 55 I 0.037 0.046 0.090 0.233 0.333 0.234 0.027 56 K 0.142 0.411 0.252 0.129 0.049 0.016 0.001 57 W 0.077 0.132 0.241 0.322 0.172 0.054 0.003 58 Q 0.331 0.371 0.179 0.089 0.026 0.005 0.001 59 D 0.292 0.355 0.192 0.109 0.039 0.012 0.001 60 L 0.102 0.069 0.144 0.295 0.290 0.090 0.009 61 E 0.361 0.414 0.148 0.053 0.018 0.005 0.001 62 V 0.207 0.232 0.190 0.197 0.114 0.052 0.008 63 G 0.167 0.210 0.205 0.200 0.145 0.062 0.010 64 Q 0.147 0.211 0.204 0.196 0.149 0.076 0.017 65 V 0.060 0.086 0.133 0.185 0.254 0.203 0.079 66 V 0.039 0.046 0.063 0.120 0.203 0.332 0.199 67 M 0.023 0.024 0.036 0.073 0.124 0.345 0.375 68 L 0.027 0.040 0.056 0.092 0.179 0.336 0.271 69 N 0.042 0.076 0.100 0.138 0.228 0.266 0.150 70 Y 0.052 0.079 0.101 0.164 0.229 0.275 0.100 71 N 0.141 0.195 0.196 0.191 0.164 0.095 0.019 72 P 0.253 0.193 0.175 0.183 0.128 0.060 0.008 73 D 0.511 0.306 0.106 0.048 0.022 0.007 0.001 74 N 0.445 0.264 0.154 0.095 0.030 0.011 0.001 75 P 0.407 0.183 0.178 0.137 0.073 0.019 0.002 76 K 0.614 0.259 0.081 0.032 0.011 0.003 0.001 77 E 0.462 0.274 0.127 0.081 0.040 0.013 0.002 78 R 0.135 0.214 0.246 0.229 0.113 0.056 0.007 79 G 0.077 0.101 0.136 0.198 0.252 0.194 0.043 80 F 0.024 0.049 0.090 0.159 0.230 0.319 0.130 81 W 0.019 0.032 0.075 0.141 0.225 0.306 0.202 82 Y 0.008 0.020 0.039 0.074 0.196 0.404 0.260 83 D 0.019 0.052 0.091 0.160 0.227 0.275 0.176 84 A 0.010 0.016 0.030 0.086 0.172 0.445 0.242 85 E 0.051 0.174 0.196 0.239 0.202 0.118 0.019 86 I 0.021 0.049 0.106 0.196 0.333 0.268 0.028 87 S 0.130 0.284 0.250 0.194 0.112 0.028 0.001 88 R 0.403 0.343 0.150 0.070 0.027 0.007 0.001 89 K 0.303 0.215 0.222 0.177 0.070 0.012 0.001 90 R 0.643 0.255 0.071 0.023 0.007 0.001 0.001 91 E 0.530 0.288 0.111 0.054 0.015 0.003 0.001 92 T 0.621 0.259 0.079 0.030 0.010 0.002 0.001 93 R 0.370 0.240 0.213 0.128 0.041 0.007 0.001 94 T 0.565 0.280 0.107 0.036 0.010 0.002 0.001 95 A 0.305 0.248 0.236 0.152 0.048 0.011 0.001 96 R 0.332 0.299 0.189 0.119 0.048 0.012 0.001 97 E 0.180 0.275 0.229 0.184 0.090 0.039 0.003 98 L 0.121 0.090 0.141 0.251 0.254 0.128 0.015 99 Y 0.189 0.234 0.250 0.192 0.092 0.040 0.004 100 A 0.347 0.217 0.174 0.140 0.084 0.034 0.004 101 N 0.551 0.267 0.105 0.051 0.018 0.007 0.001