# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.25302 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.420 0.185 0.155 0.093 0.069 0.034 0.020 0.010 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 2 V 0.205 0.094 0.107 0.147 0.159 0.121 0.073 0.046 0.024 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 3 T 0.250 0.147 0.126 0.146 0.132 0.076 0.052 0.034 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 4 R 0.309 0.144 0.127 0.133 0.103 0.078 0.047 0.029 0.014 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 5 K 0.413 0.193 0.139 0.098 0.075 0.038 0.021 0.010 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 6 A 0.226 0.115 0.137 0.150 0.148 0.094 0.057 0.036 0.018 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 7 P 0.259 0.149 0.140 0.147 0.122 0.079 0.048 0.029 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 8 S 0.205 0.104 0.113 0.137 0.142 0.118 0.073 0.048 0.031 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 9 R 0.242 0.147 0.125 0.154 0.129 0.084 0.051 0.032 0.018 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 10 D 0.390 0.202 0.142 0.102 0.072 0.039 0.023 0.013 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 11 E 0.192 0.138 0.149 0.157 0.139 0.092 0.057 0.036 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 12 P 0.122 0.082 0.100 0.127 0.153 0.146 0.110 0.083 0.041 0.020 0.010 0.004 0.001 0.001 13 C 0.141 0.103 0.106 0.159 0.163 0.126 0.082 0.058 0.029 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 14 S 0.310 0.164 0.144 0.131 0.101 0.061 0.038 0.022 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 15 S 0.249 0.123 0.132 0.137 0.132 0.095 0.053 0.032 0.024 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 16 T 0.324 0.163 0.138 0.130 0.097 0.064 0.038 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 17 S 0.390 0.182 0.139 0.110 0.081 0.047 0.025 0.012 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 18 R 0.365 0.179 0.156 0.125 0.095 0.041 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 P 0.380 0.192 0.167 0.113 0.073 0.038 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.276 0.148 0.147 0.142 0.136 0.073 0.037 0.025 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.220 0.180 0.146 0.188 0.129 0.068 0.034 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 22 E 0.360 0.238 0.140 0.109 0.079 0.038 0.017 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.186 0.197 0.170 0.174 0.125 0.074 0.036 0.016 0.010 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 24 D 0.104 0.100 0.116 0.149 0.169 0.140 0.095 0.048 0.043 0.019 0.011 0.003 0.001 0.001 25 V 0.007 0.008 0.016 0.045 0.091 0.137 0.130 0.173 0.139 0.119 0.085 0.028 0.016 0.005 26 I 0.012 0.018 0.027 0.061 0.090 0.100 0.129 0.143 0.145 0.097 0.075 0.066 0.022 0.013 27 Y 0.006 0.004 0.007 0.015 0.019 0.038 0.059 0.142 0.169 0.231 0.158 0.090 0.046 0.017 28 H 0.006 0.010 0.018 0.035 0.072 0.078 0.117 0.187 0.168 0.124 0.082 0.056 0.024 0.022 29 V 0.010 0.005 0.009 0.014 0.024 0.054 0.060 0.110 0.119 0.196 0.188 0.112 0.075 0.023 30 K 0.039 0.065 0.110 0.182 0.194 0.109 0.114 0.059 0.064 0.030 0.015 0.012 0.003 0.004 31 Y 0.017 0.017 0.025 0.065 0.096 0.165 0.136 0.145 0.155 0.108 0.054 0.011 0.004 0.002 32 D 0.134 0.219 0.184 0.190 0.137 0.068 0.032 0.019 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 33 D 0.450 0.270 0.131 0.074 0.039 0.016 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 Y 0.177 0.158 0.177 0.177 0.159 0.084 0.036 0.017 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 35 P 0.444 0.225 0.138 0.088 0.049 0.028 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.495 0.232 0.138 0.061 0.041 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 N 0.344 0.196 0.151 0.116 0.090 0.048 0.027 0.014 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 38 G 0.167 0.122 0.125 0.133 0.156 0.115 0.077 0.051 0.027 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 39 V 0.040 0.042 0.051 0.098 0.170 0.159 0.141 0.125 0.078 0.051 0.026 0.013 0.006 0.002 40 V 0.086 0.049 0.058 0.107 0.112 0.146 0.134 0.098 0.072 0.059 0.043 0.022 0.010 0.004 41 Q 0.129 0.095 0.133 0.135 0.153 0.108 0.093 0.049 0.046 0.023 0.018 0.011 0.004 0.003 42 M 0.051 0.020 0.034 0.055 0.094 0.135 0.120 0.140 0.116 0.112 0.059 0.037 0.022 0.004 43 N 0.128 0.117 0.143 0.195 0.156 0.098 0.074 0.037 0.025 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 44 S 0.138 0.084 0.092 0.135 0.154 0.131 0.091 0.062 0.050 0.038 0.016 0.006 0.002 0.001 45 R 0.245 0.153 0.122 0.134 0.123 0.092 0.056 0.034 0.022 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 46 D 0.138 0.134 0.126 0.162 0.157 0.105 0.072 0.054 0.029 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 47 V 0.031 0.019 0.032 0.063 0.118 0.180 0.161 0.164 0.125 0.067 0.024 0.010 0.006 0.002 48 R 0.053 0.060 0.102 0.161 0.209 0.156 0.116 0.064 0.041 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 49 A 0.188 0.091 0.086 0.108 0.108 0.110 0.089 0.072 0.060 0.048 0.025 0.010 0.005 0.002 50 R 0.054 0.060 0.084 0.147 0.185 0.158 0.146 0.101 0.034 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 51 A 0.019 0.013 0.027 0.048 0.082 0.135 0.217 0.190 0.135 0.078 0.036 0.014 0.006 0.002 52 R 0.055 0.092 0.134 0.180 0.203 0.154 0.087 0.049 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 53 T 0.168 0.152 0.144 0.163 0.157 0.090 0.047 0.032 0.020 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 54 I 0.030 0.031 0.050 0.152 0.205 0.169 0.162 0.111 0.058 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 55 I 0.033 0.031 0.066 0.108 0.159 0.213 0.165 0.111 0.063 0.029 0.013 0.006 0.003 0.001 56 K 0.261 0.193 0.166 0.164 0.110 0.047 0.029 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 57 W 0.117 0.091 0.110 0.173 0.167 0.142 0.089 0.047 0.032 0.019 0.009 0.002 0.001 0.001 58 Q 0.365 0.184 0.142 0.110 0.089 0.056 0.029 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 59 D 0.267 0.192 0.170 0.147 0.126 0.049 0.023 0.011 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.098 0.051 0.078 0.149 0.189 0.179 0.113 0.065 0.038 0.025 0.008 0.003 0.002 0.001 61 E 0.231 0.187 0.182 0.152 0.108 0.064 0.039 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 62 V 0.045 0.039 0.056 0.123 0.187 0.178 0.120 0.101 0.067 0.054 0.018 0.008 0.004 0.002 63 G 0.053 0.075 0.085 0.156 0.172 0.148 0.118 0.075 0.053 0.031 0.019 0.009 0.004 0.002 64 Q 0.032 0.046 0.072 0.106 0.124 0.123 0.137 0.092 0.093 0.078 0.054 0.023 0.012 0.009 65 V 0.006 0.006 0.014 0.026 0.050 0.089 0.125 0.129 0.164 0.141 0.137 0.060 0.031 0.022 66 V 0.003 0.002 0.004 0.009 0.017 0.034 0.047 0.070 0.108 0.153 0.241 0.149 0.097 0.068 67 M 0.002 0.001 0.002 0.004 0.007 0.012 0.030 0.068 0.118 0.151 0.202 0.240 0.105 0.058 68 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.015 0.035 0.149 0.158 0.178 0.220 0.126 0.080 0.024 69 N 0.003 0.005 0.008 0.014 0.026 0.047 0.079 0.180 0.166 0.147 0.165 0.089 0.041 0.029 70 Y 0.009 0.013 0.020 0.035 0.059 0.086 0.093 0.160 0.139 0.163 0.128 0.060 0.022 0.012 71 N 0.038 0.072 0.097 0.134 0.171 0.153 0.103 0.068 0.089 0.038 0.019 0.010 0.003 0.004 72 P 0.076 0.077 0.080 0.147 0.167 0.147 0.091 0.068 0.087 0.038 0.015 0.003 0.001 0.001 73 D 0.316 0.318 0.191 0.104 0.038 0.015 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 N 0.520 0.249 0.147 0.040 0.021 0.013 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 P 0.304 0.176 0.175 0.137 0.123 0.044 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.614 0.248 0.081 0.030 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 E 0.365 0.251 0.142 0.085 0.082 0.037 0.017 0.009 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 78 R 0.070 0.073 0.107 0.151 0.174 0.145 0.123 0.077 0.034 0.020 0.016 0.006 0.002 0.001 79 G 0.063 0.048 0.061 0.084 0.121 0.160 0.149 0.115 0.090 0.050 0.030 0.020 0.006 0.004 80 F 0.014 0.013 0.021 0.045 0.072 0.093 0.104 0.161 0.149 0.145 0.097 0.055 0.023 0.009 81 W 0.015 0.019 0.022 0.041 0.062 0.079 0.101 0.144 0.159 0.121 0.100 0.083 0.036 0.018 82 Y 0.012 0.007 0.014 0.026 0.034 0.060 0.087 0.096 0.144 0.175 0.160 0.105 0.045 0.035 83 D 0.012 0.014 0.025 0.044 0.095 0.103 0.121 0.132 0.152 0.108 0.088 0.053 0.026 0.027 84 A 0.025 0.009 0.012 0.019 0.027 0.057 0.070 0.082 0.095 0.149 0.177 0.130 0.111 0.035 85 E 0.060 0.077 0.096 0.180 0.179 0.103 0.136 0.071 0.049 0.023 0.014 0.007 0.003 0.003 86 I 0.020 0.016 0.027 0.060 0.096 0.163 0.162 0.135 0.115 0.099 0.072 0.024 0.010 0.003 87 S 0.101 0.093 0.126 0.179 0.179 0.136 0.091 0.049 0.029 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 88 R 0.304 0.179 0.127 0.145 0.112 0.051 0.034 0.023 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 89 K 0.383 0.186 0.132 0.118 0.091 0.045 0.023 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 90 R 0.451 0.192 0.156 0.093 0.058 0.024 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 E 0.409 0.134 0.162 0.112 0.100 0.048 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 92 T 0.435 0.128 0.123 0.119 0.121 0.040 0.016 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 93 R 0.252 0.123 0.112 0.203 0.162 0.065 0.036 0.029 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 94 T 0.448 0.209 0.121 0.099 0.060 0.031 0.015 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.143 0.090 0.118 0.179 0.193 0.117 0.062 0.049 0.026 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 96 R 0.201 0.101 0.088 0.147 0.141 0.125 0.075 0.057 0.029 0.020 0.011 0.003 0.002 0.001 97 E 0.115 0.102 0.117 0.172 0.196 0.110 0.070 0.040 0.038 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 98 L 0.042 0.017 0.027 0.059 0.082 0.136 0.129 0.176 0.126 0.106 0.054 0.027 0.017 0.004 99 Y 0.062 0.053 0.078 0.145 0.178 0.149 0.115 0.074 0.063 0.036 0.021 0.017 0.006 0.004 100 A 0.055 0.019 0.023 0.047 0.064 0.112 0.113 0.125 0.125 0.150 0.092 0.048 0.021 0.006 101 N 0.134 0.117 0.119 0.149 0.152 0.110 0.082 0.048 0.041 0.020 0.014 0.008 0.003 0.002