# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.37887 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.003 0.021 0.670 0.005 0.016 0.007 0.001 0.001 0.015 0.133 0.026 0.046 0.058 2 V 0.003 0.037 0.649 0.004 0.039 0.018 0.001 0.001 0.016 0.088 0.044 0.021 0.080 3 T 0.003 0.025 0.627 0.009 0.070 0.021 0.002 0.001 0.021 0.068 0.046 0.056 0.050 4 R 0.002 0.023 0.310 0.008 0.181 0.045 0.001 0.001 0.018 0.120 0.200 0.026 0.064 5 K 0.002 0.026 0.387 0.010 0.062 0.028 0.001 0.001 0.012 0.179 0.232 0.025 0.036 6 A 0.002 0.039 0.521 0.003 0.043 0.013 0.001 0.001 0.009 0.252 0.042 0.048 0.028 7 P 0.002 0.038 0.582 0.004 0.040 0.022 0.001 0.001 0.009 0.130 0.096 0.014 0.063 8 S 0.003 0.056 0.426 0.011 0.096 0.031 0.001 0.001 0.011 0.122 0.167 0.046 0.029 9 R 0.003 0.029 0.399 0.010 0.075 0.033 0.001 0.001 0.009 0.148 0.230 0.023 0.040 10 D 0.003 0.034 0.464 0.009 0.042 0.017 0.001 0.001 0.009 0.205 0.148 0.027 0.040 11 E 0.003 0.029 0.527 0.005 0.022 0.013 0.001 0.001 0.010 0.225 0.052 0.077 0.036 12 P 0.004 0.048 0.527 0.008 0.024 0.016 0.002 0.001 0.014 0.111 0.086 0.019 0.140 13 C 0.007 0.059 0.478 0.019 0.045 0.020 0.002 0.001 0.017 0.129 0.069 0.110 0.046 14 S 0.007 0.030 0.505 0.009 0.044 0.026 0.002 0.001 0.018 0.124 0.088 0.042 0.103 15 S 0.006 0.046 0.352 0.011 0.079 0.033 0.003 0.001 0.016 0.148 0.178 0.051 0.077 16 T 0.003 0.030 0.389 0.010 0.038 0.025 0.001 0.001 0.011 0.189 0.217 0.043 0.043 17 S 0.002 0.029 0.425 0.005 0.029 0.015 0.001 0.001 0.007 0.271 0.164 0.020 0.032 18 R 0.001 0.034 0.520 0.003 0.019 0.010 0.001 0.001 0.005 0.281 0.068 0.032 0.025 19 P 0.001 0.047 0.521 0.003 0.031 0.026 0.001 0.001 0.006 0.169 0.128 0.013 0.055 20 A 0.002 0.051 0.472 0.008 0.070 0.041 0.001 0.001 0.006 0.143 0.139 0.032 0.036 21 L 0.002 0.018 0.472 0.008 0.088 0.048 0.001 0.001 0.005 0.147 0.124 0.025 0.061 22 E 0.004 0.012 0.245 0.020 0.150 0.084 0.001 0.001 0.004 0.123 0.276 0.026 0.055 23 E 0.015 0.013 0.194 0.040 0.111 0.045 0.001 0.001 0.008 0.159 0.272 0.052 0.090 24 D 0.080 0.011 0.220 0.042 0.046 0.024 0.003 0.001 0.014 0.101 0.106 0.130 0.223 25 V 0.283 0.009 0.113 0.035 0.011 0.013 0.024 0.008 0.046 0.021 0.024 0.149 0.264 26 I 0.546 0.002 0.031 0.027 0.002 0.003 0.045 0.012 0.034 0.004 0.006 0.102 0.186 27 Y 0.636 0.001 0.012 0.031 0.001 0.002 0.071 0.012 0.023 0.003 0.002 0.128 0.080 28 H 0.667 0.001 0.006 0.017 0.001 0.001 0.105 0.017 0.024 0.002 0.001 0.077 0.082 29 V 0.624 0.002 0.009 0.010 0.001 0.001 0.097 0.023 0.029 0.002 0.001 0.061 0.142 30 K 0.451 0.003 0.041 0.012 0.001 0.002 0.040 0.031 0.100 0.006 0.002 0.217 0.095 31 Y 0.197 0.010 0.092 0.017 0.010 0.006 0.045 0.020 0.070 0.023 0.025 0.065 0.420 32 D 0.019 0.007 0.225 0.058 0.023 0.011 0.009 0.002 0.028 0.098 0.334 0.110 0.075 33 D 0.004 0.014 0.136 0.011 0.028 0.012 0.001 0.001 0.008 0.317 0.421 0.018 0.029 34 Y 0.002 0.020 0.509 0.001 0.020 0.004 0.001 0.001 0.004 0.315 0.034 0.049 0.042 35 P 0.001 0.015 0.420 0.010 0.048 0.027 0.001 0.001 0.004 0.149 0.259 0.008 0.058 36 E 0.003 0.008 0.083 0.012 0.061 0.015 0.001 0.001 0.002 0.126 0.653 0.027 0.010 37 N 0.013 0.009 0.219 0.023 0.038 0.010 0.001 0.001 0.003 0.286 0.308 0.012 0.078 38 G 0.039 0.013 0.294 0.019 0.017 0.016 0.007 0.001 0.010 0.138 0.124 0.249 0.073 39 V 0.263 0.012 0.118 0.012 0.007 0.009 0.030 0.008 0.039 0.012 0.012 0.039 0.439 40 V 0.348 0.007 0.038 0.019 0.003 0.008 0.045 0.007 0.018 0.008 0.004 0.402 0.094 41 Q 0.459 0.005 0.022 0.012 0.002 0.005 0.045 0.007 0.020 0.005 0.003 0.099 0.316 42 M 0.284 0.011 0.063 0.029 0.003 0.008 0.042 0.008 0.029 0.019 0.007 0.208 0.289 43 N 0.080 0.007 0.307 0.037 0.005 0.010 0.011 0.003 0.060 0.045 0.018 0.232 0.186 44 S 0.023 0.009 0.233 0.019 0.125 0.036 0.004 0.001 0.012 0.099 0.212 0.041 0.186 45 R 0.013 0.008 0.135 0.029 0.110 0.036 0.002 0.001 0.011 0.135 0.415 0.070 0.036 46 D 0.013 0.036 0.297 0.005 0.070 0.030 0.003 0.001 0.012 0.201 0.136 0.073 0.125 47 V 0.008 0.063 0.626 0.003 0.009 0.025 0.001 0.001 0.016 0.132 0.012 0.027 0.076 48 R 0.001 0.005 0.863 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.004 0.043 0.002 0.049 0.018 49 A 0.002 0.008 0.153 0.010 0.262 0.233 0.001 0.001 0.005 0.047 0.191 0.004 0.084 50 R 0.005 0.004 0.130 0.037 0.192 0.287 0.001 0.001 0.008 0.043 0.248 0.030 0.017 51 A 0.012 0.009 0.124 0.010 0.312 0.317 0.003 0.001 0.019 0.043 0.050 0.019 0.081 52 R 0.019 0.022 0.169 0.016 0.142 0.252 0.011 0.002 0.026 0.055 0.059 0.048 0.178 53 T 0.069 0.020 0.086 0.013 0.043 0.172 0.015 0.004 0.058 0.028 0.053 0.348 0.091 54 I 0.119 0.031 0.139 0.014 0.017 0.126 0.024 0.009 0.038 0.035 0.057 0.048 0.343 55 I 0.060 0.036 0.371 0.033 0.009 0.068 0.010 0.006 0.041 0.079 0.022 0.207 0.058 56 K 0.009 0.004 0.694 0.007 0.008 0.037 0.002 0.001 0.034 0.057 0.012 0.053 0.084 57 W 0.003 0.005 0.174 0.027 0.184 0.278 0.002 0.001 0.012 0.047 0.211 0.005 0.053 58 Q 0.006 0.006 0.142 0.029 0.259 0.226 0.002 0.001 0.014 0.080 0.162 0.061 0.014 59 D 0.023 0.026 0.148 0.004 0.258 0.184 0.005 0.003 0.028 0.067 0.051 0.021 0.183 60 L 0.019 0.088 0.399 0.009 0.050 0.067 0.006 0.006 0.048 0.071 0.037 0.072 0.128 61 E 0.018 0.019 0.428 0.028 0.031 0.048 0.004 0.002 0.027 0.088 0.082 0.174 0.052 62 V 0.011 0.008 0.102 0.043 0.053 0.022 0.001 0.002 0.023 0.100 0.562 0.011 0.063 63 G 0.011 0.002 0.184 0.126 0.012 0.007 0.002 0.001 0.017 0.161 0.441 0.019 0.017 64 Q 0.057 0.006 0.324 0.043 0.013 0.005 0.025 0.015 0.106 0.176 0.018 0.143 0.069 65 V 0.115 0.005 0.037 0.010 0.001 0.001 0.159 0.174 0.272 0.008 0.002 0.017 0.197 66 V 0.114 0.002 0.007 0.014 0.001 0.001 0.176 0.381 0.208 0.001 0.001 0.083 0.012 67 M 0.118 0.001 0.012 0.009 0.001 0.001 0.251 0.436 0.114 0.002 0.001 0.016 0.040 68 L 0.149 0.001 0.022 0.008 0.001 0.001 0.122 0.300 0.315 0.005 0.002 0.043 0.030 69 N 0.076 0.009 0.180 0.020 0.004 0.003 0.060 0.088 0.354 0.038 0.014 0.049 0.106 70 Y 0.015 0.020 0.536 0.018 0.008 0.004 0.008 0.011 0.105 0.182 0.021 0.038 0.035 71 N 0.001 0.004 0.839 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.016 0.088 0.009 0.011 0.022 72 P 0.001 0.004 0.148 0.002 0.091 0.025 0.001 0.001 0.004 0.092 0.623 0.002 0.011 73 D 0.001 0.023 0.087 0.003 0.081 0.029 0.001 0.001 0.002 0.227 0.538 0.007 0.004 74 N 0.001 0.024 0.489 0.001 0.070 0.012 0.001 0.001 0.002 0.316 0.030 0.013 0.042 75 P 0.001 0.011 0.430 0.004 0.066 0.058 0.001 0.001 0.002 0.074 0.305 0.005 0.044 76 K 0.001 0.019 0.193 0.012 0.236 0.068 0.001 0.001 0.004 0.104 0.318 0.027 0.017 77 E 0.009 0.013 0.205 0.011 0.089 0.042 0.001 0.001 0.005 0.239 0.288 0.031 0.067 78 R 0.014 0.013 0.215 0.016 0.026 0.013 0.001 0.001 0.005 0.213 0.371 0.058 0.053 79 G 0.030 0.016 0.308 0.017 0.011 0.014 0.002 0.001 0.006 0.154 0.273 0.087 0.081 80 F 0.215 0.016 0.223 0.010 0.007 0.014 0.010 0.003 0.014 0.039 0.035 0.132 0.284 81 W 0.493 0.008 0.049 0.012 0.003 0.009 0.013 0.002 0.007 0.010 0.008 0.169 0.216 82 Y 0.527 0.004 0.023 0.026 0.002 0.012 0.015 0.001 0.006 0.008 0.007 0.228 0.142 83 D 0.308 0.003 0.043 0.022 0.002 0.010 0.008 0.001 0.006 0.010 0.007 0.078 0.503 84 A 0.285 0.003 0.053 0.027 0.006 0.048 0.009 0.001 0.006 0.017 0.018 0.290 0.237 85 E 0.348 0.005 0.023 0.008 0.010 0.046 0.008 0.001 0.006 0.008 0.010 0.176 0.351 86 I 0.282 0.005 0.026 0.025 0.016 0.092 0.006 0.001 0.003 0.009 0.027 0.101 0.406 87 S 0.176 0.004 0.074 0.066 0.019 0.137 0.004 0.001 0.006 0.022 0.061 0.246 0.185 88 R 0.102 0.006 0.084 0.014 0.042 0.190 0.002 0.001 0.007 0.049 0.071 0.102 0.330 89 K 0.038 0.007 0.177 0.018 0.034 0.216 0.002 0.001 0.007 0.047 0.120 0.086 0.247 90 R 0.019 0.009 0.204 0.021 0.081 0.222 0.002 0.001 0.005 0.063 0.137 0.118 0.119 91 E 0.018 0.013 0.201 0.010 0.070 0.181 0.002 0.001 0.008 0.077 0.180 0.065 0.174 92 T 0.013 0.015 0.372 0.008 0.032 0.117 0.001 0.001 0.008 0.103 0.112 0.092 0.124 93 R 0.014 0.029 0.382 0.016 0.029 0.111 0.001 0.001 0.008 0.134 0.082 0.093 0.100 94 T 0.013 0.009 0.491 0.012 0.030 0.069 0.001 0.001 0.010 0.076 0.058 0.086 0.145 95 A 0.016 0.006 0.187 0.058 0.111 0.173 0.002 0.001 0.011 0.038 0.228 0.021 0.146 96 R 0.035 0.007 0.154 0.063 0.112 0.177 0.009 0.002 0.027 0.056 0.111 0.189 0.057 97 E 0.101 0.012 0.098 0.014 0.097 0.120 0.033 0.007 0.036 0.026 0.029 0.056 0.372 98 L 0.187 0.019 0.071 0.022 0.023 0.064 0.071 0.019 0.051 0.019 0.022 0.272 0.160 99 Y 0.217 0.021 0.103 0.015 0.009 0.039 0.045 0.017 0.059 0.023 0.028 0.220 0.204 100 A 0.159 0.032 0.284 0.017 0.008 0.031 0.014 0.011 0.059 0.084 0.028 0.112 0.160 101 N 0.007 0.003 0.797 0.008 0.003 0.007 0.001 0.001 0.009 0.064 0.010 0.045 0.045