# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.37887 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.107 0.078 0.240 0.289 0.012 0.047 0.008 0.007 0.032 0.007 0.029 0.034 0.051 0.003 0.005 0.051 2 V 0.077 0.053 0.196 0.381 0.029 0.098 0.014 0.010 0.006 0.004 0.032 0.028 0.050 0.005 0.004 0.013 3 T 0.015 0.110 0.146 0.253 0.051 0.229 0.023 0.029 0.008 0.006 0.031 0.033 0.041 0.010 0.006 0.009 4 R 0.017 0.102 0.041 0.457 0.013 0.067 0.008 0.048 0.017 0.004 0.128 0.024 0.040 0.003 0.017 0.012 5 K 0.026 0.150 0.168 0.443 0.004 0.022 0.004 0.008 0.042 0.005 0.014 0.055 0.016 0.001 0.004 0.038 6 A 0.107 0.020 0.271 0.378 0.017 0.097 0.011 0.004 0.006 0.004 0.015 0.013 0.039 0.002 0.003 0.014 7 P 0.020 0.106 0.224 0.297 0.024 0.182 0.006 0.017 0.003 0.002 0.050 0.021 0.034 0.002 0.002 0.009 8 S 0.012 0.091 0.026 0.286 0.041 0.302 0.012 0.021 0.010 0.004 0.089 0.052 0.035 0.008 0.004 0.007 9 R 0.018 0.162 0.091 0.239 0.011 0.091 0.010 0.046 0.015 0.004 0.129 0.084 0.055 0.004 0.025 0.015 10 D 0.024 0.211 0.166 0.297 0.004 0.038 0.007 0.008 0.043 0.005 0.018 0.062 0.041 0.001 0.008 0.066 11 E 0.108 0.031 0.349 0.310 0.010 0.054 0.013 0.004 0.007 0.002 0.021 0.014 0.048 0.003 0.004 0.024 12 P 0.027 0.079 0.366 0.289 0.008 0.122 0.006 0.011 0.003 0.002 0.021 0.017 0.031 0.002 0.004 0.011 13 C 0.011 0.080 0.069 0.603 0.011 0.108 0.005 0.010 0.006 0.003 0.033 0.019 0.029 0.002 0.003 0.008 14 S 0.022 0.104 0.072 0.358 0.019 0.225 0.007 0.013 0.009 0.004 0.054 0.047 0.049 0.002 0.004 0.011 15 S 0.022 0.087 0.085 0.278 0.037 0.143 0.014 0.019 0.010 0.004 0.157 0.054 0.063 0.009 0.005 0.014 16 T 0.018 0.158 0.125 0.251 0.013 0.105 0.012 0.033 0.011 0.004 0.051 0.114 0.060 0.006 0.025 0.014 17 S 0.022 0.148 0.167 0.308 0.004 0.055 0.010 0.011 0.032 0.005 0.032 0.039 0.075 0.002 0.014 0.074 18 R 0.098 0.048 0.210 0.280 0.009 0.129 0.013 0.007 0.011 0.005 0.042 0.035 0.074 0.004 0.006 0.031 19 P 0.042 0.085 0.205 0.248 0.007 0.186 0.006 0.010 0.004 0.002 0.073 0.043 0.065 0.002 0.006 0.016 20 A 0.014 0.139 0.121 0.401 0.011 0.099 0.007 0.008 0.006 0.002 0.060 0.063 0.045 0.002 0.005 0.017 21 L 0.023 0.103 0.198 0.239 0.028 0.136 0.020 0.012 0.005 0.003 0.066 0.060 0.079 0.004 0.006 0.018 22 E 0.019 0.055 0.133 0.107 0.036 0.230 0.029 0.028 0.009 0.003 0.158 0.047 0.100 0.019 0.008 0.020 23 E 0.020 0.177 0.085 0.164 0.001 0.033 0.004 0.066 0.012 0.002 0.145 0.118 0.082 0.003 0.074 0.015 24 D 0.010 0.336 0.143 0.244 0.001 0.007 0.001 0.001 0.036 0.001 0.002 0.033 0.012 0.001 0.003 0.171 25 V 0.192 0.008 0.462 0.232 0.001 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.011 26 I 0.002 0.110 0.663 0.218 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 Y 0.001 0.004 0.009 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 H 0.001 0.002 0.060 0.935 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.001 0.001 0.009 0.967 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 K 0.001 0.030 0.003 0.707 0.088 0.162 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Y 0.001 0.006 0.001 0.079 0.018 0.822 0.001 0.019 0.001 0.002 0.048 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.002 0.191 0.001 0.040 0.004 0.041 0.001 0.034 0.012 0.004 0.561 0.102 0.003 0.001 0.002 0.001 33 D 0.018 0.356 0.030 0.130 0.002 0.010 0.002 0.003 0.048 0.003 0.017 0.336 0.012 0.001 0.005 0.029 34 Y 0.056 0.006 0.656 0.017 0.007 0.066 0.038 0.001 0.001 0.003 0.007 0.017 0.105 0.002 0.004 0.016 35 P 0.009 0.019 0.100 0.015 0.055 0.200 0.026 0.031 0.001 0.001 0.356 0.014 0.123 0.034 0.008 0.008 36 E 0.003 0.103 0.005 0.023 0.039 0.012 0.075 0.038 0.014 0.002 0.118 0.128 0.015 0.393 0.027 0.006 37 N 0.011 0.028 0.055 0.025 0.001 0.002 0.004 0.055 0.012 0.002 0.003 0.023 0.021 0.001 0.728 0.031 38 G 0.036 0.005 0.177 0.035 0.001 0.019 0.002 0.001 0.075 0.025 0.004 0.002 0.028 0.001 0.001 0.590 39 V 0.623 0.041 0.155 0.130 0.002 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.015 0.001 0.001 0.003 40 V 0.002 0.057 0.285 0.631 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 41 Q 0.002 0.007 0.059 0.894 0.007 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 42 M 0.002 0.016 0.056 0.880 0.006 0.023 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 43 N 0.002 0.020 0.005 0.080 0.068 0.789 0.002 0.006 0.002 0.004 0.007 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 44 S 0.003 0.019 0.003 0.022 0.030 0.090 0.002 0.023 0.001 0.001 0.782 0.009 0.008 0.006 0.001 0.001 45 R 0.002 0.213 0.009 0.029 0.001 0.008 0.001 0.031 0.011 0.004 0.049 0.585 0.011 0.001 0.041 0.005 46 D 0.019 0.037 0.253 0.087 0.002 0.008 0.013 0.001 0.040 0.002 0.005 0.029 0.054 0.003 0.006 0.441 47 V 0.155 0.008 0.718 0.071 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.021 0.001 0.003 0.012 48 R 0.007 0.013 0.345 0.139 0.004 0.398 0.006 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.060 0.001 0.001 0.008 49 A 0.004 0.023 0.014 0.508 0.018 0.106 0.002 0.008 0.001 0.001 0.240 0.008 0.066 0.002 0.001 0.001 50 R 0.001 0.181 0.010 0.467 0.001 0.036 0.001 0.006 0.005 0.001 0.018 0.226 0.039 0.001 0.002 0.003 51 A 0.007 0.010 0.051 0.254 0.004 0.152 0.011 0.002 0.009 0.002 0.038 0.037 0.404 0.003 0.005 0.011 52 R 0.007 0.185 0.229 0.264 0.002 0.015 0.004 0.004 0.001 0.001 0.011 0.028 0.229 0.002 0.003 0.014 53 T 0.017 0.013 0.057 0.649 0.003 0.062 0.004 0.002 0.003 0.001 0.008 0.010 0.146 0.002 0.003 0.018 54 I 0.008 0.050 0.396 0.409 0.006 0.019 0.008 0.001 0.002 0.001 0.007 0.005 0.059 0.003 0.002 0.025 55 I 0.004 0.025 0.089 0.819 0.011 0.010 0.005 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.018 0.001 0.002 0.004 56 K 0.002 0.013 0.022 0.124 0.116 0.632 0.008 0.007 0.003 0.003 0.006 0.004 0.040 0.009 0.001 0.008 57 W 0.005 0.017 0.003 0.047 0.047 0.088 0.008 0.041 0.003 0.001 0.683 0.008 0.022 0.022 0.003 0.002 58 Q 0.003 0.294 0.011 0.042 0.001 0.005 0.001 0.087 0.015 0.007 0.019 0.400 0.020 0.002 0.084 0.007 59 D 0.023 0.017 0.098 0.071 0.016 0.007 0.042 0.001 0.079 0.003 0.004 0.008 0.030 0.012 0.006 0.581 60 L 0.101 0.004 0.843 0.020 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.006 61 E 0.001 0.003 0.084 0.017 0.662 0.064 0.098 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 0.002 0.041 0.001 0.003 62 V 0.013 0.040 0.006 0.198 0.004 0.049 0.001 0.570 0.003 0.001 0.080 0.002 0.003 0.001 0.029 0.002 63 G 0.002 0.081 0.007 0.070 0.001 0.021 0.001 0.005 0.512 0.190 0.010 0.093 0.002 0.001 0.001 0.005 64 Q 0.359 0.114 0.074 0.435 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 65 V 0.010 0.004 0.682 0.270 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.003 0.020 0.364 0.607 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 M 0.001 0.002 0.005 0.938 0.035 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.001 0.022 0.017 0.850 0.023 0.050 0.001 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 N 0.001 0.032 0.005 0.685 0.056 0.174 0.001 0.012 0.014 0.007 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 70 Y 0.019 0.327 0.026 0.556 0.003 0.019 0.001 0.017 0.007 0.002 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 71 N 0.005 0.006 0.006 0.023 0.009 0.910 0.001 0.001 0.004 0.013 0.005 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 72 P 0.006 0.025 0.004 0.018 0.007 0.024 0.001 0.009 0.001 0.001 0.890 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 73 D 0.001 0.630 0.008 0.053 0.001 0.002 0.001 0.004 0.012 0.001 0.003 0.272 0.002 0.001 0.005 0.006 74 N 0.046 0.010 0.493 0.075 0.005 0.067 0.049 0.002 0.010 0.007 0.006 0.012 0.123 0.003 0.020 0.073 75 P 0.055 0.027 0.307 0.038 0.009 0.139 0.010 0.010 0.001 0.001 0.214 0.014 0.137 0.006 0.004 0.030 76 K 0.018 0.196 0.029 0.117 0.016 0.104 0.010 0.020 0.013 0.002 0.121 0.251 0.066 0.013 0.011 0.013 77 E 0.007 0.028 0.072 0.049 0.122 0.050 0.242 0.011 0.006 0.004 0.046 0.041 0.051 0.236 0.014 0.020 78 R 0.015 0.112 0.199 0.093 0.001 0.014 0.008 0.203 0.007 0.003 0.013 0.020 0.056 0.002 0.227 0.025 79 G 0.025 0.028 0.190 0.281 0.002 0.015 0.006 0.002 0.169 0.027 0.012 0.012 0.028 0.001 0.002 0.202 80 F 0.500 0.010 0.214 0.210 0.002 0.024 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.006 0.018 0.001 0.001 0.004 81 W 0.004 0.045 0.268 0.474 0.020 0.141 0.004 0.004 0.001 0.002 0.009 0.006 0.017 0.002 0.001 0.004 82 Y 0.002 0.039 0.015 0.849 0.005 0.061 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 83 D 0.004 0.047 0.038 0.589 0.011 0.189 0.004 0.004 0.010 0.005 0.029 0.023 0.040 0.001 0.001 0.003 84 A 0.010 0.083 0.057 0.738 0.002 0.009 0.001 0.005 0.002 0.001 0.033 0.016 0.040 0.001 0.001 0.003 85 E 0.005 0.012 0.095 0.664 0.014 0.107 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.025 0.056 0.001 0.001 0.005 86 I 0.009 0.031 0.089 0.401 0.011 0.175 0.008 0.008 0.001 0.001 0.073 0.015 0.168 0.002 0.004 0.005 87 S 0.002 0.170 0.017 0.372 0.018 0.131 0.014 0.017 0.006 0.004 0.038 0.081 0.115 0.005 0.004 0.006 88 R 0.014 0.059 0.052 0.280 0.024 0.088 0.021 0.028 0.008 0.004 0.086 0.031 0.246 0.018 0.022 0.020 89 K 0.022 0.094 0.131 0.166 0.008 0.071 0.013 0.017 0.023 0.006 0.069 0.080 0.192 0.013 0.019 0.076 90 R 0.055 0.055 0.134 0.118 0.004 0.111 0.017 0.008 0.011 0.004 0.063 0.067 0.272 0.005 0.025 0.051 91 E 0.041 0.097 0.200 0.133 0.006 0.069 0.021 0.006 0.005 0.003 0.087 0.070 0.185 0.013 0.009 0.056 92 T 0.032 0.139 0.108 0.163 0.003 0.185 0.009 0.008 0.006 0.001 0.026 0.094 0.184 0.002 0.020 0.021 93 R 0.010 0.061 0.308 0.259 0.007 0.022 0.013 0.004 0.004 0.002 0.095 0.021 0.149 0.004 0.002 0.040 94 T 0.028 0.047 0.089 0.163 0.028 0.322 0.021 0.009 0.003 0.002 0.025 0.102 0.120 0.025 0.007 0.011 95 A 0.007 0.033 0.073 0.111 0.002 0.125 0.009 0.017 0.005 0.001 0.311 0.036 0.232 0.006 0.019 0.013 96 R 0.010 0.303 0.039 0.252 0.001 0.013 0.003 0.005 0.016 0.003 0.023 0.177 0.112 0.002 0.011 0.031 97 E 0.039 0.019 0.233 0.386 0.003 0.041 0.006 0.001 0.005 0.001 0.007 0.015 0.170 0.003 0.003 0.070 98 L 0.014 0.024 0.571 0.247 0.005 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.087 0.002 0.002 0.012 99 Y 0.003 0.037 0.136 0.522 0.114 0.061 0.028 0.007 0.001 0.001 0.005 0.003 0.050 0.016 0.002 0.012 100 A 0.005 0.022 0.037 0.313 0.206 0.151 0.037 0.085 0.003 0.004 0.034 0.005 0.045 0.032 0.013 0.007 101 N 0.011 0.123 0.030 0.165 0.024 0.146 0.011 0.187 0.055 0.033 0.080 0.039 0.035 0.005 0.034 0.021