# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.37887 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.057 0.019 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.077 0.135 0.602 2 V 0.053 0.015 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.071 0.114 0.594 3 T 0.147 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.080 0.083 0.100 0.564 4 R 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.047 0.131 0.708 5 K 0.027 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.050 0.116 0.709 6 A 0.106 0.015 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.102 0.125 0.550 7 P 0.055 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.053 0.121 0.669 8 S 0.105 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.061 0.112 0.641 9 R 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.042 0.123 0.693 10 D 0.053 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.057 0.121 0.687 11 E 0.042 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.107 0.125 0.539 12 P 0.035 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.067 0.126 0.673 13 C 0.038 0.005 0.002 0.001 0.004 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.152 0.098 0.120 0.566 14 S 0.064 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.067 0.112 0.605 15 S 0.138 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.069 0.114 0.604 16 T 0.022 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.036 0.150 0.723 17 S 0.055 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.049 0.129 0.701 18 R 0.171 0.042 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.090 0.106 0.530 19 P 0.047 0.021 0.007 0.001 0.015 0.007 0.002 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.051 0.149 0.653 20 A 0.037 0.006 0.010 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.040 0.035 0.119 0.728 21 L 0.431 0.013 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.036 0.087 0.059 0.349 22 E 0.130 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.036 0.132 0.645 23 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.211 0.018 0.147 0.612 24 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.545 0.053 0.092 0.267 25 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.788 0.037 0.025 0.118 26 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.004 0.003 0.003 0.776 0.020 0.022 0.149 27 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.003 0.920 0.008 0.007 0.047 28 H 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.853 0.030 0.015 0.088 29 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.804 0.028 0.026 0.110 30 K 0.018 0.004 0.001 0.001 0.004 0.007 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.711 0.054 0.032 0.139 31 Y 0.130 0.008 0.001 0.001 0.006 0.018 0.037 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.225 0.098 0.079 0.386 32 D 0.015 0.009 0.001 0.001 0.003 0.009 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.065 0.113 0.695 33 D 0.020 0.010 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.044 0.102 0.784 34 Y 0.124 0.017 0.014 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.158 0.094 0.544 35 P 0.234 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.059 0.069 0.596 36 E 0.064 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.024 0.037 0.102 0.742 37 N 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.058 0.040 0.158 0.701 38 G 0.027 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.020 0.035 0.009 0.007 0.009 0.011 0.007 0.322 0.128 0.076 0.321 39 V 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.014 0.006 0.012 0.014 0.014 0.010 0.206 0.101 0.089 0.493 40 V 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.024 0.027 0.008 0.682 0.026 0.032 0.176 41 Q 0.009 0.009 0.001 0.001 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.020 0.011 0.507 0.053 0.052 0.283 42 M 0.008 0.002 0.003 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.575 0.046 0.059 0.286 43 N 0.217 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.099 0.066 0.346 44 S 0.182 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.081 0.101 0.490 45 R 0.014 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.031 0.125 0.636 46 D 0.013 0.151 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.185 0.073 0.091 0.459 47 V 0.020 0.309 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.050 0.079 0.428 48 R 0.081 0.622 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.075 0.058 0.028 0.116 49 A 0.029 0.165 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.043 0.435 0.044 0.267 50 R 0.035 0.305 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.132 0.288 0.048 0.173 51 A 0.172 0.428 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.054 0.044 0.240 52 R 0.091 0.195 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.079 0.056 0.440 53 T 0.092 0.269 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.049 0.066 0.364 54 I 0.033 0.077 0.006 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.037 0.116 0.635 55 I 0.018 0.030 0.022 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.244 0.046 0.146 0.478 56 K 0.375 0.176 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.063 0.057 0.253 57 W 0.410 0.071 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.088 0.067 0.303 58 Q 0.055 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.039 0.142 0.640 59 D 0.024 0.013 0.003 0.001 0.007 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.041 0.124 0.614 60 L 0.032 0.008 0.011 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.203 0.075 0.168 0.467 61 E 0.151 0.020 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.311 0.080 0.100 0.318 62 V 0.026 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.137 0.051 0.168 0.596 63 G 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.426 0.042 0.136 0.379 64 Q 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.706 0.051 0.057 0.154 65 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.768 0.050 0.032 0.127 66 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.911 0.022 0.010 0.038 67 M 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.828 0.051 0.016 0.075 68 L 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.789 0.020 0.022 0.145 69 N 0.019 0.008 0.001 0.001 0.019 0.049 0.063 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.495 0.082 0.070 0.179 70 Y 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.346 0.026 0.129 0.473 71 N 0.565 0.041 0.001 0.001 0.003 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.125 0.040 0.160 72 P 0.028 0.019 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.051 0.172 0.675 73 D 0.014 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.017 0.073 0.857 74 N 0.187 0.075 0.017 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.023 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.090 0.088 0.482 75 P 0.217 0.041 0.023 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.141 0.081 0.443 76 K 0.231 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.032 0.073 0.610 77 E 0.068 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.023 0.021 0.086 0.774 78 R 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.082 0.031 0.158 0.692 79 G 0.021 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.006 0.003 0.004 0.007 0.016 0.013 0.226 0.091 0.090 0.459 80 F 0.028 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.003 0.002 0.003 0.005 0.006 0.009 0.450 0.087 0.061 0.270 81 W 0.007 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.002 0.467 0.064 0.068 0.334 82 Y 0.020 0.120 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.001 0.518 0.052 0.045 0.225 83 D 0.056 0.099 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.310 0.068 0.259 84 A 0.026 0.194 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.213 0.135 0.070 0.354 85 E 0.087 0.285 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.212 0.078 0.065 0.257 86 I 0.041 0.122 0.011 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.082 0.081 0.484 87 S 0.151 0.194 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.084 0.066 0.335 88 R 0.081 0.049 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.156 0.091 0.549 89 K 0.046 0.082 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.132 0.104 0.533 90 R 0.106 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.269 0.080 0.430 91 E 0.036 0.094 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.076 0.116 0.582 92 T 0.071 0.120 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.030 0.108 0.612 93 R 0.027 0.083 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.050 0.142 0.574 94 T 0.195 0.320 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.083 0.086 0.270 95 A 0.299 0.199 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.067 0.068 0.315 96 R 0.098 0.101 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.068 0.104 0.456 97 E 0.030 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.265 0.200 0.078 0.393 98 L 0.041 0.014 0.004 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.381 0.106 0.108 0.319 99 Y 0.031 0.008 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.379 0.071 0.103 0.387 100 A 0.022 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.198 0.035 0.112 0.615 101 N 0.045 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.104 0.149 0.470