# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.37887 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.068 0.024 0.003 0.035 0.036 0.052 0.120 0.006 0.001 0.050 0.605 2 V 0.116 0.025 0.002 0.020 0.037 0.044 0.075 0.008 0.001 0.034 0.638 3 T 0.116 0.012 0.001 0.029 0.031 0.041 0.097 0.004 0.001 0.056 0.612 4 R 0.036 0.009 0.001 0.032 0.022 0.040 0.136 0.002 0.001 0.040 0.680 5 K 0.028 0.012 0.001 0.026 0.024 0.026 0.116 0.002 0.001 0.035 0.730 6 A 0.110 0.021 0.002 0.023 0.037 0.046 0.153 0.007 0.001 0.059 0.540 7 P 0.136 0.023 0.001 0.017 0.025 0.036 0.092 0.005 0.001 0.039 0.625 8 S 0.161 0.014 0.001 0.028 0.028 0.052 0.094 0.004 0.001 0.060 0.559 9 R 0.032 0.013 0.001 0.029 0.030 0.051 0.117 0.002 0.001 0.027 0.698 10 D 0.031 0.011 0.001 0.023 0.036 0.054 0.099 0.002 0.001 0.057 0.686 11 E 0.065 0.011 0.001 0.031 0.076 0.079 0.131 0.003 0.001 0.099 0.506 12 P 0.024 0.007 0.001 0.030 0.046 0.058 0.130 0.001 0.001 0.078 0.628 13 C 0.039 0.006 0.001 0.044 0.059 0.086 0.116 0.002 0.001 0.082 0.565 14 S 0.090 0.008 0.001 0.039 0.049 0.080 0.093 0.003 0.001 0.046 0.592 15 S 0.067 0.004 0.001 0.033 0.029 0.048 0.074 0.002 0.001 0.039 0.704 16 T 0.021 0.005 0.001 0.023 0.024 0.033 0.157 0.001 0.001 0.022 0.712 17 S 0.033 0.015 0.001 0.015 0.019 0.033 0.107 0.003 0.001 0.019 0.754 18 R 0.236 0.025 0.001 0.012 0.028 0.033 0.089 0.006 0.001 0.034 0.537 19 P 0.085 0.030 0.001 0.016 0.027 0.036 0.117 0.003 0.001 0.043 0.641 20 A 0.042 0.026 0.006 0.018 0.026 0.038 0.180 0.003 0.001 0.055 0.605 21 L 0.209 0.060 0.006 0.017 0.030 0.046 0.103 0.010 0.002 0.061 0.457 22 E 0.242 0.031 0.003 0.018 0.035 0.050 0.125 0.006 0.001 0.091 0.398 23 E 0.013 0.017 0.002 0.040 0.092 0.124 0.147 0.001 0.001 0.049 0.515 24 D 0.007 0.007 0.001 0.071 0.123 0.392 0.071 0.001 0.001 0.044 0.283 25 V 0.005 0.002 0.001 0.066 0.268 0.494 0.038 0.001 0.001 0.029 0.098 26 I 0.001 0.001 0.001 0.076 0.368 0.384 0.022 0.001 0.001 0.025 0.123 27 Y 0.001 0.001 0.001 0.113 0.387 0.410 0.018 0.001 0.001 0.012 0.057 28 H 0.001 0.001 0.001 0.101 0.336 0.414 0.023 0.001 0.001 0.022 0.103 29 V 0.003 0.003 0.001 0.068 0.379 0.362 0.032 0.001 0.001 0.032 0.121 30 K 0.056 0.013 0.001 0.068 0.188 0.370 0.049 0.003 0.001 0.039 0.215 31 Y 0.155 0.015 0.001 0.078 0.101 0.148 0.051 0.003 0.001 0.061 0.387 32 D 0.019 0.010 0.001 0.067 0.062 0.109 0.132 0.001 0.001 0.031 0.568 33 D 0.010 0.022 0.003 0.021 0.020 0.035 0.190 0.001 0.001 0.051 0.648 34 Y 0.348 0.019 0.007 0.012 0.037 0.049 0.078 0.012 0.002 0.165 0.271 35 P 0.422 0.014 0.001 0.006 0.012 0.011 0.088 0.003 0.001 0.045 0.398 36 E 0.040 0.008 0.001 0.011 0.018 0.032 0.069 0.001 0.001 0.019 0.802 37 N 0.008 0.005 0.001 0.011 0.043 0.100 0.120 0.001 0.001 0.024 0.688 38 G 0.012 0.005 0.001 0.025 0.170 0.533 0.040 0.001 0.001 0.030 0.184 39 V 0.003 0.001 0.001 0.017 0.339 0.348 0.046 0.001 0.001 0.025 0.221 40 V 0.002 0.002 0.001 0.037 0.468 0.347 0.028 0.001 0.001 0.016 0.099 41 Q 0.006 0.005 0.001 0.049 0.225 0.347 0.081 0.001 0.001 0.039 0.247 42 M 0.016 0.014 0.002 0.044 0.266 0.317 0.060 0.001 0.001 0.043 0.236 43 N 0.155 0.047 0.002 0.023 0.111 0.278 0.055 0.007 0.001 0.020 0.301 44 S 0.304 0.072 0.001 0.018 0.054 0.085 0.040 0.006 0.001 0.026 0.393 45 R 0.032 0.040 0.001 0.033 0.048 0.069 0.166 0.002 0.001 0.038 0.571 46 D 0.014 0.131 0.001 0.022 0.021 0.071 0.132 0.002 0.001 0.050 0.554 47 V 0.025 0.507 0.003 0.005 0.026 0.011 0.026 0.006 0.001 0.021 0.369 48 R 0.145 0.613 0.003 0.005 0.024 0.022 0.017 0.007 0.001 0.060 0.104 49 A 0.041 0.075 0.001 0.005 0.009 0.021 0.043 0.003 0.001 0.467 0.332 50 R 0.022 0.419 0.014 0.024 0.026 0.022 0.058 0.003 0.004 0.198 0.210 51 A 0.057 0.384 0.012 0.034 0.030 0.055 0.062 0.006 0.004 0.109 0.247 52 R 0.026 0.250 0.014 0.043 0.050 0.064 0.039 0.008 0.003 0.118 0.385 53 T 0.029 0.141 0.006 0.052 0.068 0.123 0.099 0.007 0.003 0.110 0.363 54 I 0.033 0.145 0.017 0.092 0.050 0.058 0.115 0.006 0.006 0.124 0.354 55 I 0.044 0.095 0.029 0.092 0.045 0.045 0.128 0.012 0.011 0.083 0.416 56 K 0.176 0.158 0.017 0.034 0.021 0.032 0.088 0.028 0.008 0.057 0.381 57 W 0.337 0.076 0.013 0.037 0.020 0.026 0.055 0.025 0.006 0.058 0.347 58 Q 0.075 0.045 0.007 0.072 0.034 0.050 0.121 0.006 0.003 0.055 0.532 59 D 0.018 0.025 0.014 0.081 0.029 0.072 0.144 0.005 0.003 0.062 0.546 60 L 0.034 0.010 0.017 0.080 0.116 0.120 0.124 0.007 0.003 0.066 0.422 61 E 0.119 0.011 0.005 0.062 0.056 0.096 0.153 0.010 0.002 0.070 0.417 62 V 0.018 0.006 0.001 0.079 0.069 0.056 0.087 0.001 0.001 0.044 0.639 63 G 0.002 0.004 0.001 0.156 0.085 0.127 0.159 0.001 0.001 0.060 0.406 64 Q 0.001 0.003 0.001 0.352 0.108 0.277 0.060 0.001 0.001 0.076 0.122 65 V 0.001 0.001 0.001 0.248 0.205 0.253 0.041 0.001 0.001 0.177 0.076 66 V 0.001 0.001 0.001 0.558 0.162 0.168 0.008 0.001 0.001 0.089 0.013 67 M 0.001 0.001 0.001 0.579 0.123 0.148 0.006 0.001 0.001 0.116 0.026 68 L 0.003 0.001 0.001 0.644 0.106 0.090 0.010 0.001 0.001 0.100 0.045 69 N 0.003 0.001 0.001 0.408 0.079 0.151 0.090 0.001 0.001 0.075 0.192 70 Y 0.016 0.008 0.002 0.086 0.046 0.059 0.134 0.003 0.001 0.067 0.578 71 N 0.565 0.011 0.001 0.027 0.023 0.022 0.041 0.010 0.001 0.112 0.185 72 P 0.041 0.006 0.001 0.024 0.010 0.011 0.146 0.001 0.001 0.035 0.725 73 D 0.015 0.013 0.001 0.014 0.004 0.007 0.173 0.001 0.001 0.030 0.741 74 N 0.131 0.051 0.003 0.006 0.009 0.012 0.108 0.008 0.001 0.076 0.594 75 P 0.281 0.039 0.010 0.008 0.012 0.011 0.150 0.006 0.002 0.125 0.356 76 K 0.146 0.025 0.005 0.013 0.012 0.026 0.081 0.005 0.001 0.059 0.626 77 E 0.082 0.013 0.002 0.017 0.024 0.022 0.136 0.004 0.001 0.067 0.632 78 R 0.012 0.019 0.002 0.055 0.053 0.080 0.220 0.001 0.001 0.056 0.501 79 G 0.008 0.038 0.001 0.072 0.127 0.219 0.134 0.002 0.001 0.052 0.346 80 F 0.012 0.041 0.001 0.083 0.324 0.394 0.028 0.004 0.001 0.028 0.084 81 W 0.010 0.061 0.001 0.075 0.258 0.311 0.035 0.003 0.001 0.044 0.202 82 Y 0.008 0.136 0.002 0.112 0.299 0.238 0.025 0.003 0.001 0.041 0.136 83 D 0.017 0.024 0.001 0.060 0.144 0.310 0.038 0.003 0.001 0.286 0.115 84 A 0.011 0.077 0.006 0.074 0.306 0.170 0.046 0.002 0.001 0.141 0.167 85 E 0.021 0.053 0.006 0.085 0.203 0.286 0.055 0.003 0.002 0.088 0.198 86 I 0.056 0.078 0.008 0.036 0.109 0.200 0.056 0.006 0.002 0.072 0.377 87 S 0.110 0.067 0.003 0.030 0.079 0.122 0.069 0.006 0.002 0.056 0.457 88 R 0.055 0.037 0.002 0.021 0.055 0.086 0.092 0.003 0.001 0.082 0.565 89 K 0.027 0.025 0.002 0.021 0.050 0.062 0.089 0.002 0.001 0.073 0.648 90 R 0.027 0.014 0.002 0.019 0.052 0.069 0.100 0.003 0.001 0.112 0.602 91 E 0.025 0.027 0.003 0.021 0.059 0.068 0.121 0.002 0.001 0.071 0.600 92 T 0.052 0.057 0.003 0.026 0.064 0.081 0.098 0.003 0.001 0.073 0.543 93 R 0.062 0.063 0.004 0.030 0.060 0.090 0.106 0.004 0.001 0.078 0.502 94 T 0.061 0.108 0.005 0.030 0.046 0.090 0.107 0.004 0.001 0.053 0.494 95 A 0.062 0.063 0.003 0.032 0.061 0.109 0.097 0.004 0.001 0.070 0.498 96 R 0.030 0.028 0.002 0.063 0.113 0.227 0.112 0.003 0.001 0.082 0.340 97 E 0.010 0.008 0.001 0.080 0.145 0.272 0.081 0.001 0.001 0.064 0.337 98 L 0.010 0.004 0.001 0.104 0.240 0.294 0.057 0.001 0.001 0.046 0.241 99 Y 0.016 0.004 0.001 0.098 0.166 0.245 0.071 0.002 0.001 0.041 0.356 100 A 0.020 0.007 0.001 0.079 0.135 0.150 0.079 0.002 0.001 0.031 0.495 101 N 0.046 0.013 0.001 0.050 0.085 0.129 0.104 0.003 0.001 0.040 0.529