# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.37887 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.350 0.178 0.070 0.137 0.091 0.052 0.054 0.031 0.019 0.011 0.007 2 V 0.127 0.064 0.037 0.072 0.080 0.085 0.148 0.117 0.118 0.088 0.063 3 T 0.196 0.248 0.090 0.189 0.112 0.058 0.046 0.026 0.017 0.011 0.006 4 R 0.114 0.093 0.066 0.147 0.135 0.120 0.134 0.085 0.055 0.033 0.018 5 K 0.271 0.233 0.104 0.183 0.092 0.048 0.033 0.018 0.010 0.006 0.003 6 A 0.079 0.062 0.043 0.098 0.098 0.123 0.169 0.121 0.099 0.069 0.038 7 P 0.240 0.187 0.085 0.180 0.116 0.064 0.056 0.034 0.019 0.012 0.006 8 S 0.149 0.125 0.072 0.119 0.100 0.092 0.117 0.082 0.068 0.049 0.027 9 R 0.166 0.137 0.080 0.181 0.138 0.095 0.090 0.053 0.032 0.019 0.010 10 D 0.268 0.172 0.084 0.154 0.095 0.071 0.067 0.040 0.025 0.016 0.008 11 E 0.120 0.106 0.061 0.158 0.146 0.129 0.122 0.074 0.045 0.025 0.015 12 P 0.172 0.117 0.057 0.125 0.104 0.081 0.114 0.092 0.065 0.046 0.026 13 C 0.038 0.034 0.030 0.072 0.085 0.142 0.205 0.130 0.125 0.093 0.045 14 S 0.198 0.254 0.135 0.200 0.099 0.047 0.034 0.017 0.010 0.005 0.003 15 S 0.173 0.107 0.051 0.125 0.109 0.104 0.125 0.085 0.058 0.040 0.022 16 T 0.261 0.166 0.048 0.126 0.100 0.076 0.087 0.058 0.039 0.025 0.014 17 S 0.258 0.232 0.071 0.162 0.095 0.062 0.055 0.032 0.018 0.011 0.005 18 R 0.195 0.150 0.071 0.157 0.125 0.107 0.093 0.049 0.027 0.016 0.008 19 P 0.458 0.170 0.057 0.116 0.069 0.041 0.043 0.024 0.012 0.006 0.003 20 A 0.167 0.129 0.061 0.129 0.103 0.099 0.122 0.076 0.054 0.040 0.019 21 L 0.063 0.194 0.074 0.163 0.133 0.117 0.113 0.063 0.040 0.028 0.012 22 E 0.298 0.244 0.093 0.166 0.089 0.048 0.031 0.017 0.008 0.005 0.002 23 E 0.369 0.133 0.082 0.149 0.088 0.068 0.059 0.030 0.013 0.006 0.003 24 D 0.166 0.165 0.091 0.238 0.138 0.074 0.063 0.035 0.017 0.009 0.004 25 V 0.004 0.006 0.010 0.016 0.030 0.075 0.167 0.152 0.220 0.197 0.123 26 I 0.021 0.053 0.120 0.205 0.197 0.150 0.107 0.065 0.041 0.028 0.013 27 Y 0.006 0.009 0.045 0.036 0.044 0.127 0.231 0.160 0.168 0.131 0.043 28 H 0.017 0.046 0.075 0.230 0.198 0.129 0.138 0.083 0.046 0.023 0.014 29 V 0.003 0.001 0.005 0.004 0.008 0.017 0.064 0.118 0.221 0.286 0.273 30 K 0.035 0.112 0.150 0.327 0.214 0.078 0.044 0.021 0.011 0.006 0.003 31 Y 0.006 0.010 0.017 0.022 0.036 0.070 0.175 0.178 0.185 0.184 0.115 32 D 0.162 0.153 0.101 0.207 0.154 0.089 0.065 0.032 0.020 0.010 0.006 33 D 0.519 0.182 0.075 0.101 0.045 0.026 0.028 0.013 0.007 0.004 0.002 34 Y 0.038 0.044 0.025 0.063 0.069 0.120 0.157 0.115 0.145 0.136 0.089 35 P 0.242 0.288 0.049 0.127 0.089 0.059 0.067 0.038 0.023 0.013 0.007 36 E 0.282 0.164 0.093 0.165 0.099 0.075 0.056 0.031 0.018 0.010 0.006 37 N 0.299 0.150 0.076 0.143 0.107 0.074 0.069 0.041 0.022 0.012 0.008 38 G 0.109 0.106 0.031 0.137 0.124 0.112 0.154 0.108 0.064 0.037 0.017 39 V 0.027 0.023 0.022 0.054 0.073 0.094 0.138 0.146 0.166 0.152 0.105 40 V 0.042 0.048 0.075 0.126 0.123 0.143 0.175 0.111 0.080 0.053 0.024 41 Q 0.040 0.105 0.125 0.296 0.191 0.096 0.076 0.037 0.019 0.010 0.005 42 M 0.008 0.004 0.006 0.007 0.015 0.025 0.077 0.121 0.198 0.239 0.299 43 N 0.100 0.256 0.086 0.262 0.158 0.058 0.040 0.020 0.011 0.006 0.003 44 S 0.141 0.143 0.078 0.118 0.101 0.101 0.125 0.071 0.057 0.041 0.023 45 R 0.439 0.214 0.064 0.131 0.069 0.037 0.025 0.011 0.006 0.003 0.002 46 D 0.569 0.210 0.036 0.094 0.038 0.019 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 47 V 0.025 0.026 0.019 0.030 0.040 0.064 0.116 0.122 0.203 0.190 0.164 48 R 0.033 0.077 0.066 0.194 0.197 0.165 0.134 0.068 0.038 0.018 0.009 49 A 0.063 0.056 0.182 0.151 0.116 0.124 0.125 0.081 0.052 0.032 0.017 50 R 0.018 0.031 0.063 0.124 0.159 0.142 0.196 0.137 0.070 0.035 0.024 51 A 0.006 0.007 0.016 0.030 0.041 0.043 0.140 0.212 0.206 0.190 0.109 52 R 0.019 0.033 0.140 0.179 0.178 0.158 0.132 0.068 0.048 0.032 0.013 53 T 0.043 0.087 0.329 0.223 0.137 0.076 0.059 0.025 0.012 0.006 0.003 54 I 0.023 0.026 0.064 0.088 0.114 0.107 0.190 0.157 0.105 0.077 0.048 55 I 0.011 0.008 0.017 0.017 0.029 0.060 0.150 0.146 0.217 0.206 0.138 56 K 0.052 0.230 0.309 0.250 0.096 0.032 0.018 0.007 0.003 0.002 0.001 57 W 0.030 0.019 0.052 0.069 0.109 0.170 0.227 0.129 0.093 0.068 0.035 58 Q 0.451 0.204 0.098 0.118 0.053 0.029 0.025 0.012 0.006 0.003 0.001 59 D 0.057 0.119 0.078 0.211 0.153 0.120 0.136 0.065 0.034 0.017 0.010 60 L 0.010 0.005 0.011 0.010 0.019 0.034 0.081 0.106 0.188 0.213 0.322 61 E 0.170 0.354 0.174 0.192 0.070 0.023 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 62 V 0.050 0.041 0.064 0.102 0.122 0.110 0.172 0.131 0.096 0.063 0.049 63 G 0.195 0.125 0.057 0.127 0.099 0.084 0.110 0.071 0.063 0.044 0.024 64 Q 0.039 0.071 0.067 0.175 0.129 0.140 0.154 0.089 0.075 0.042 0.020 65 V 0.015 0.029 0.054 0.085 0.096 0.141 0.177 0.145 0.115 0.092 0.051 66 V 0.002 0.005 0.011 0.022 0.033 0.054 0.141 0.182 0.225 0.192 0.133 67 M 0.003 0.004 0.013 0.020 0.031 0.035 0.092 0.176 0.217 0.231 0.179 68 L 0.003 0.006 0.019 0.030 0.036 0.049 0.101 0.139 0.215 0.233 0.169 69 N 0.005 0.007 0.017 0.040 0.065 0.081 0.164 0.193 0.181 0.142 0.106 70 Y 0.008 0.007 0.015 0.022 0.034 0.046 0.111 0.176 0.213 0.207 0.162 71 N 0.025 0.076 0.073 0.151 0.144 0.105 0.153 0.113 0.077 0.049 0.033 72 P 0.122 0.071 0.044 0.095 0.101 0.105 0.161 0.097 0.097 0.064 0.043 73 D 0.537 0.176 0.053 0.095 0.050 0.031 0.029 0.013 0.008 0.004 0.003 74 N 0.241 0.261 0.065 0.167 0.095 0.059 0.053 0.025 0.016 0.009 0.006 75 P 0.121 0.128 0.031 0.070 0.069 0.068 0.109 0.098 0.106 0.100 0.101 76 K 0.321 0.234 0.071 0.162 0.097 0.048 0.031 0.016 0.010 0.005 0.003 77 E 0.308 0.217 0.117 0.155 0.070 0.051 0.038 0.019 0.012 0.009 0.004 78 R 0.036 0.051 0.031 0.128 0.127 0.167 0.181 0.112 0.087 0.054 0.027 79 G 0.183 0.125 0.055 0.109 0.082 0.081 0.114 0.093 0.078 0.052 0.027 80 F 0.020 0.027 0.043 0.093 0.099 0.138 0.191 0.138 0.122 0.083 0.045 81 W 0.026 0.029 0.052 0.085 0.093 0.105 0.156 0.143 0.128 0.108 0.074 82 Y 0.008 0.013 0.019 0.038 0.063 0.088 0.184 0.202 0.178 0.133 0.075 83 D 0.016 0.028 0.051 0.095 0.119 0.100 0.171 0.160 0.123 0.086 0.050 84 A 0.015 0.008 0.024 0.036 0.050 0.079 0.181 0.177 0.190 0.147 0.094 85 E 0.079 0.114 0.141 0.250 0.171 0.090 0.088 0.034 0.020 0.008 0.005 86 I 0.008 0.006 0.020 0.018 0.034 0.037 0.129 0.179 0.202 0.190 0.178 87 S 0.032 0.047 0.109 0.180 0.169 0.127 0.145 0.079 0.057 0.038 0.016 88 R 0.058 0.150 0.340 0.194 0.095 0.067 0.055 0.018 0.012 0.007 0.003 89 K 0.048 0.101 0.174 0.198 0.164 0.129 0.103 0.045 0.022 0.012 0.006 90 R 0.317 0.207 0.137 0.128 0.071 0.047 0.048 0.024 0.012 0.007 0.003 91 E 0.271 0.122 0.129 0.150 0.104 0.079 0.083 0.036 0.016 0.008 0.003 92 T 0.164 0.213 0.238 0.146 0.081 0.054 0.054 0.025 0.014 0.008 0.004 93 R 0.080 0.089 0.138 0.146 0.137 0.133 0.144 0.065 0.037 0.021 0.009 94 T 0.213 0.299 0.245 0.150 0.051 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 95 A 0.071 0.050 0.094 0.154 0.147 0.143 0.156 0.098 0.049 0.028 0.010 96 R 0.102 0.111 0.174 0.176 0.121 0.107 0.107 0.057 0.026 0.015 0.005 97 E 0.023 0.060 0.210 0.244 0.174 0.124 0.088 0.042 0.020 0.010 0.004 98 L 0.012 0.008 0.039 0.022 0.034 0.080 0.177 0.183 0.181 0.168 0.097 99 Y 0.029 0.075 0.135 0.201 0.156 0.118 0.135 0.071 0.045 0.024 0.011 100 A 0.040 0.030 0.091 0.067 0.081 0.088 0.173 0.148 0.125 0.091 0.064 101 N 0.217 0.178 0.165 0.191 0.114 0.053 0.041 0.020 0.012 0.006 0.004