# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.37887 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.049 0.008 0.003 0.024 0.026 0.032 0.101 0.001 0.001 0.003 0.752 2 V 0.034 0.005 0.002 0.020 0.029 0.045 0.022 0.001 0.001 0.001 0.843 3 T 0.019 0.008 0.001 0.063 0.044 0.064 0.143 0.001 0.001 0.002 0.653 4 R 0.068 0.015 0.003 0.038 0.037 0.063 0.082 0.001 0.001 0.007 0.687 5 K 0.076 0.020 0.008 0.052 0.029 0.090 0.165 0.002 0.001 0.017 0.541 6 A 0.190 0.013 0.009 0.032 0.044 0.052 0.174 0.002 0.001 0.010 0.476 7 P 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.980 8 S 0.030 0.007 0.002 0.049 0.054 0.136 0.122 0.001 0.001 0.002 0.597 9 R 0.179 0.022 0.003 0.024 0.020 0.036 0.101 0.002 0.001 0.011 0.602 10 D 0.142 0.027 0.007 0.024 0.018 0.037 0.104 0.002 0.001 0.008 0.631 11 E 0.224 0.013 0.013 0.028 0.034 0.040 0.122 0.002 0.001 0.007 0.519 12 P 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.972 13 C 0.035 0.008 0.002 0.047 0.047 0.107 0.087 0.001 0.001 0.002 0.663 14 S 0.077 0.016 0.002 0.049 0.036 0.058 0.126 0.001 0.001 0.006 0.629 15 S 0.093 0.032 0.004 0.044 0.043 0.062 0.093 0.002 0.001 0.005 0.621 16 T 0.073 0.022 0.008 0.044 0.033 0.057 0.176 0.002 0.001 0.012 0.574 17 S 0.124 0.016 0.011 0.023 0.016 0.037 0.176 0.002 0.001 0.021 0.575 18 R 0.116 0.016 0.007 0.027 0.036 0.037 0.228 0.002 0.001 0.010 0.520 19 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.986 20 A 0.027 0.011 0.004 0.028 0.050 0.107 0.154 0.001 0.001 0.003 0.616 21 L 0.117 0.024 0.004 0.014 0.028 0.042 0.136 0.002 0.001 0.012 0.622 22 E 0.145 0.072 0.010 0.020 0.053 0.103 0.086 0.002 0.001 0.010 0.499 23 E 0.095 0.025 0.006 0.019 0.042 0.077 0.108 0.001 0.001 0.011 0.617 24 D 0.218 0.020 0.004 0.026 0.067 0.074 0.142 0.002 0.001 0.007 0.440 25 V 0.225 0.053 0.016 0.059 0.230 0.192 0.042 0.002 0.001 0.003 0.179 26 I 0.006 0.019 0.003 0.088 0.325 0.447 0.029 0.001 0.001 0.001 0.082 27 Y 0.002 0.003 0.001 0.031 0.482 0.458 0.005 0.001 0.001 0.001 0.018 28 H 0.003 0.005 0.001 0.068 0.351 0.479 0.010 0.001 0.001 0.001 0.083 29 V 0.001 0.003 0.001 0.072 0.421 0.454 0.007 0.001 0.001 0.001 0.040 30 K 0.001 0.001 0.001 0.033 0.338 0.469 0.012 0.001 0.001 0.001 0.145 31 Y 0.001 0.002 0.001 0.057 0.236 0.546 0.023 0.001 0.001 0.001 0.134 32 D 0.014 0.005 0.002 0.061 0.136 0.353 0.069 0.001 0.001 0.009 0.350 33 D 0.038 0.003 0.004 0.033 0.021 0.062 0.128 0.001 0.001 0.015 0.694 34 Y 0.282 0.009 0.010 0.020 0.097 0.057 0.182 0.002 0.001 0.022 0.321 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 36 E 0.017 0.002 0.002 0.021 0.048 0.165 0.160 0.001 0.001 0.002 0.583 37 N 0.119 0.004 0.001 0.013 0.014 0.017 0.148 0.001 0.001 0.018 0.666 38 G 0.463 0.011 0.004 0.015 0.128 0.105 0.042 0.001 0.001 0.011 0.219 39 V 0.095 0.013 0.026 0.074 0.095 0.112 0.138 0.001 0.001 0.006 0.438 40 V 0.008 0.004 0.001 0.060 0.408 0.379 0.020 0.001 0.001 0.001 0.119 41 Q 0.003 0.003 0.001 0.054 0.226 0.417 0.020 0.001 0.001 0.001 0.275 42 M 0.006 0.005 0.001 0.146 0.250 0.463 0.019 0.001 0.001 0.001 0.109 43 N 0.008 0.004 0.001 0.080 0.164 0.241 0.111 0.001 0.001 0.002 0.388 44 S 0.021 0.004 0.003 0.061 0.084 0.192 0.050 0.001 0.001 0.004 0.581 45 R 0.035 0.009 0.002 0.061 0.088 0.149 0.238 0.001 0.001 0.016 0.401 46 D 0.132 0.005 0.002 0.012 0.017 0.028 0.271 0.001 0.001 0.018 0.512 47 V 0.325 0.055 0.026 0.054 0.041 0.061 0.139 0.003 0.001 0.013 0.283 48 R 0.023 0.051 0.006 0.031 0.099 0.104 0.392 0.002 0.001 0.004 0.288 49 A 0.003 0.006 0.001 0.005 0.007 0.012 0.027 0.001 0.001 0.001 0.939 50 R 0.030 0.062 0.003 0.032 0.075 0.208 0.193 0.001 0.001 0.008 0.387 51 A 0.267 0.194 0.008 0.023 0.037 0.051 0.182 0.003 0.001 0.011 0.225 52 R 0.058 0.537 0.012 0.029 0.043 0.070 0.055 0.005 0.001 0.002 0.190 53 T 0.046 0.423 0.015 0.044 0.119 0.110 0.055 0.008 0.001 0.002 0.177 54 I 0.065 0.373 0.007 0.032 0.050 0.100 0.021 0.008 0.001 0.001 0.343 55 I 0.037 0.241 0.011 0.104 0.176 0.207 0.040 0.011 0.001 0.002 0.171 56 K 0.033 0.115 0.009 0.036 0.117 0.169 0.049 0.009 0.001 0.002 0.460 57 W 0.046 0.142 0.026 0.054 0.087 0.212 0.038 0.007 0.001 0.003 0.384 58 Q 0.070 0.092 0.010 0.035 0.068 0.144 0.091 0.006 0.001 0.006 0.478 59 D 0.131 0.027 0.005 0.015 0.012 0.030 0.102 0.004 0.001 0.006 0.668 60 L 0.565 0.060 0.030 0.046 0.037 0.059 0.040 0.007 0.001 0.007 0.150 61 E 0.071 0.054 0.013 0.053 0.081 0.075 0.191 0.008 0.001 0.004 0.449 62 V 0.056 0.038 0.030 0.074 0.092 0.108 0.076 0.004 0.001 0.007 0.515 63 G 0.042 0.007 0.009 0.144 0.158 0.330 0.074 0.001 0.001 0.016 0.219 64 Q 0.068 0.002 0.003 0.198 0.154 0.133 0.190 0.001 0.001 0.006 0.244 65 V 0.012 0.002 0.001 0.262 0.136 0.196 0.064 0.001 0.001 0.001 0.326 66 V 0.002 0.001 0.001 0.478 0.169 0.273 0.022 0.001 0.001 0.001 0.054 67 M 0.001 0.002 0.001 0.273 0.243 0.334 0.020 0.001 0.001 0.001 0.124 68 L 0.001 0.001 0.001 0.304 0.258 0.281 0.024 0.001 0.001 0.001 0.129 69 N 0.002 0.001 0.001 0.263 0.203 0.335 0.042 0.001 0.001 0.002 0.151 70 Y 0.004 0.003 0.002 0.093 0.167 0.245 0.132 0.001 0.001 0.005 0.347 71 N 0.005 0.001 0.002 0.071 0.177 0.167 0.255 0.001 0.001 0.010 0.311 72 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.982 73 D 0.003 0.001 0.001 0.016 0.004 0.014 0.549 0.001 0.001 0.006 0.406 74 N 0.214 0.003 0.002 0.007 0.017 0.007 0.178 0.001 0.001 0.066 0.505 75 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.989 76 K 0.006 0.004 0.002 0.014 0.029 0.087 0.414 0.001 0.001 0.006 0.437 77 E 0.399 0.013 0.001 0.010 0.024 0.024 0.107 0.001 0.001 0.027 0.394 78 R 0.176 0.220 0.009 0.033 0.078 0.055 0.087 0.003 0.001 0.013 0.325 79 G 0.130 0.038 0.012 0.041 0.130 0.204 0.093 0.005 0.001 0.008 0.339 80 F 0.085 0.045 0.042 0.134 0.182 0.169 0.079 0.003 0.001 0.005 0.258 81 W 0.006 0.005 0.001 0.078 0.302 0.403 0.016 0.001 0.001 0.001 0.187 82 Y 0.003 0.003 0.001 0.069 0.431 0.346 0.026 0.001 0.001 0.001 0.120 83 D 0.010 0.009 0.003 0.087 0.249 0.380 0.038 0.001 0.001 0.004 0.218 84 A 0.010 0.012 0.002 0.099 0.208 0.410 0.075 0.001 0.001 0.005 0.179 85 E 0.009 0.008 0.001 0.070 0.105 0.204 0.363 0.001 0.001 0.004 0.237 86 I 0.032 0.029 0.003 0.081 0.185 0.260 0.136 0.001 0.001 0.008 0.265 87 S 0.018 0.068 0.005 0.043 0.262 0.308 0.099 0.002 0.001 0.004 0.191 88 R 0.019 0.065 0.004 0.026 0.135 0.191 0.070 0.002 0.001 0.003 0.484 89 K 0.055 0.061 0.003 0.023 0.133 0.257 0.052 0.003 0.001 0.004 0.410 90 R 0.093 0.042 0.005 0.017 0.104 0.172 0.089 0.004 0.001 0.005 0.468 91 E 0.081 0.058 0.007 0.012 0.051 0.074 0.114 0.004 0.001 0.004 0.595 92 T 0.082 0.045 0.017 0.019 0.066 0.127 0.089 0.005 0.001 0.008 0.542 93 R 0.140 0.060 0.019 0.021 0.063 0.087 0.086 0.005 0.001 0.008 0.510 94 T 0.042 0.041 0.005 0.018 0.035 0.041 0.267 0.002 0.001 0.006 0.544 95 A 0.111 0.033 0.009 0.026 0.053 0.085 0.091 0.002 0.001 0.010 0.580 96 R 0.065 0.084 0.011 0.048 0.121 0.173 0.201 0.002 0.001 0.016 0.281 97 E 0.111 0.055 0.007 0.049 0.059 0.093 0.184 0.002 0.001 0.008 0.433 98 L 0.123 0.120 0.010 0.129 0.180 0.219 0.042 0.004 0.001 0.003 0.171 99 Y 0.031 0.096 0.008 0.082 0.221 0.316 0.044 0.004 0.001 0.002 0.196 100 A 0.028 0.056 0.006 0.133 0.178 0.313 0.036 0.004 0.001 0.002 0.244 101 N 0.033 0.025 0.004 0.082 0.135 0.226 0.077 0.004 0.001 0.004 0.412