# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.37887 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.030 0.008 0.016 0.014 0.029 0.030 0.004 0.869 2 V 0.023 0.009 0.026 0.035 0.060 0.033 0.003 0.812 3 T 0.052 0.023 0.044 0.073 0.099 0.164 0.007 0.538 4 R 0.102 0.026 0.042 0.068 0.100 0.073 0.008 0.580 5 K 0.097 0.037 0.054 0.037 0.093 0.111 0.014 0.556 6 A 0.132 0.021 0.055 0.051 0.063 0.127 0.010 0.542 7 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 8 S 0.038 0.008 0.024 0.042 0.094 0.168 0.006 0.618 9 R 0.262 0.011 0.024 0.028 0.037 0.078 0.010 0.551 10 D 0.139 0.022 0.023 0.025 0.052 0.099 0.017 0.623 11 E 0.240 0.013 0.039 0.039 0.048 0.137 0.017 0.467 12 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.992 13 C 0.035 0.008 0.040 0.083 0.156 0.115 0.004 0.557 14 S 0.110 0.013 0.035 0.064 0.079 0.095 0.006 0.599 15 S 0.121 0.019 0.025 0.034 0.052 0.083 0.009 0.658 16 T 0.121 0.019 0.036 0.035 0.056 0.201 0.014 0.518 17 S 0.124 0.016 0.021 0.018 0.035 0.217 0.018 0.550 18 R 0.177 0.019 0.025 0.024 0.031 0.201 0.016 0.507 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 20 A 0.041 0.012 0.018 0.032 0.075 0.291 0.005 0.526 21 L 0.236 0.032 0.014 0.021 0.044 0.118 0.008 0.527 22 E 0.106 0.075 0.013 0.020 0.043 0.112 0.012 0.619 23 E 0.155 0.074 0.027 0.034 0.042 0.106 0.029 0.532 24 D 0.291 0.044 0.043 0.031 0.038 0.068 0.048 0.437 25 V 0.093 0.051 0.163 0.317 0.198 0.033 0.010 0.135 26 I 0.014 0.032 0.189 0.292 0.332 0.033 0.004 0.103 27 Y 0.010 0.007 0.102 0.389 0.434 0.008 0.001 0.049 28 H 0.005 0.007 0.210 0.178 0.424 0.010 0.002 0.164 29 V 0.004 0.002 0.183 0.356 0.385 0.011 0.001 0.058 30 K 0.002 0.001 0.134 0.240 0.446 0.020 0.001 0.156 31 Y 0.005 0.001 0.088 0.205 0.401 0.027 0.001 0.272 32 D 0.012 0.002 0.071 0.203 0.324 0.113 0.004 0.272 33 D 0.047 0.002 0.032 0.058 0.128 0.164 0.009 0.560 34 Y 0.070 0.004 0.031 0.044 0.078 0.295 0.013 0.465 35 P 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.020 0.001 0.967 36 E 0.034 0.008 0.018 0.023 0.047 0.297 0.008 0.565 37 N 0.238 0.022 0.033 0.022 0.039 0.122 0.066 0.459 38 G 0.638 0.010 0.027 0.039 0.059 0.040 0.069 0.117 39 V 0.092 0.016 0.200 0.150 0.139 0.117 0.008 0.278 40 V 0.004 0.002 0.037 0.458 0.402 0.017 0.001 0.080 41 Q 0.007 0.003 0.040 0.215 0.457 0.022 0.001 0.255 42 M 0.006 0.004 0.053 0.334 0.437 0.029 0.001 0.136 43 N 0.007 0.006 0.047 0.201 0.375 0.058 0.002 0.304 44 S 0.019 0.007 0.031 0.084 0.170 0.057 0.004 0.628 45 R 0.029 0.009 0.021 0.058 0.107 0.309 0.009 0.457 46 D 0.096 0.010 0.012 0.018 0.035 0.344 0.011 0.474 47 V 0.110 0.059 0.044 0.068 0.115 0.101 0.011 0.491 48 R 0.029 0.127 0.051 0.096 0.170 0.160 0.004 0.363 49 A 0.021 0.073 0.012 0.027 0.059 0.139 0.003 0.667 50 R 0.052 0.325 0.036 0.051 0.173 0.055 0.008 0.300 51 A 0.084 0.479 0.061 0.056 0.101 0.024 0.012 0.185 52 R 0.035 0.510 0.052 0.085 0.092 0.025 0.014 0.189 53 T 0.105 0.411 0.063 0.059 0.115 0.031 0.020 0.197 54 I 0.081 0.309 0.115 0.075 0.114 0.014 0.018 0.274 55 I 0.042 0.180 0.190 0.201 0.197 0.043 0.011 0.135 56 K 0.040 0.088 0.104 0.107 0.110 0.072 0.011 0.467 57 W 0.037 0.095 0.128 0.092 0.157 0.045 0.012 0.433 58 Q 0.041 0.049 0.053 0.057 0.070 0.274 0.018 0.440 59 D 0.150 0.027 0.024 0.023 0.028 0.146 0.027 0.574 60 L 0.225 0.078 0.099 0.073 0.089 0.053 0.029 0.354 61 E 0.073 0.036 0.059 0.102 0.076 0.326 0.009 0.319 62 V 0.024 0.014 0.033 0.036 0.064 0.024 0.004 0.803 63 G 0.050 0.023 0.138 0.131 0.290 0.069 0.010 0.289 64 Q 0.091 0.008 0.141 0.180 0.142 0.159 0.007 0.273 65 V 0.017 0.006 0.227 0.120 0.226 0.017 0.003 0.385 66 V 0.007 0.003 0.421 0.225 0.266 0.026 0.001 0.051 67 M 0.002 0.001 0.431 0.160 0.220 0.010 0.001 0.175 68 L 0.002 0.001 0.555 0.110 0.241 0.020 0.001 0.070 69 N 0.005 0.001 0.213 0.139 0.258 0.034 0.002 0.348 70 Y 0.016 0.003 0.224 0.107 0.217 0.160 0.005 0.269 71 N 0.033 0.003 0.058 0.075 0.083 0.338 0.011 0.399 72 P 0.018 0.001 0.009 0.007 0.013 0.039 0.005 0.908 73 D 0.024 0.003 0.007 0.006 0.011 0.625 0.009 0.314 74 N 0.313 0.005 0.003 0.006 0.008 0.388 0.029 0.247 75 P 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.986 76 K 0.015 0.016 0.014 0.019 0.036 0.330 0.004 0.566 77 E 0.278 0.031 0.014 0.018 0.021 0.313 0.011 0.313 78 R 0.269 0.242 0.051 0.030 0.070 0.047 0.032 0.258 79 G 0.196 0.085 0.145 0.036 0.085 0.045 0.040 0.368 80 F 0.093 0.037 0.348 0.143 0.092 0.065 0.006 0.216 81 W 0.012 0.024 0.115 0.168 0.243 0.030 0.005 0.402 82 Y 0.020 0.019 0.108 0.268 0.380 0.047 0.003 0.155 83 D 0.015 0.028 0.104 0.164 0.237 0.091 0.004 0.357 84 A 0.024 0.029 0.064 0.323 0.358 0.049 0.004 0.150 85 E 0.021 0.056 0.038 0.214 0.293 0.168 0.004 0.206 86 I 0.034 0.108 0.029 0.201 0.377 0.038 0.006 0.206 87 S 0.020 0.252 0.057 0.144 0.370 0.031 0.006 0.120 88 R 0.048 0.156 0.030 0.087 0.208 0.038 0.013 0.420 89 K 0.065 0.125 0.023 0.067 0.147 0.051 0.015 0.507 90 R 0.073 0.100 0.017 0.040 0.061 0.100 0.020 0.589 91 E 0.111 0.139 0.026 0.035 0.054 0.105 0.023 0.507 92 T 0.107 0.210 0.038 0.036 0.053 0.095 0.017 0.444 93 R 0.090 0.192 0.049 0.049 0.068 0.050 0.010 0.492 94 T 0.066 0.171 0.018 0.025 0.043 0.235 0.011 0.431 95 A 0.106 0.305 0.025 0.033 0.054 0.088 0.015 0.374 96 R 0.061 0.343 0.037 0.033 0.053 0.108 0.016 0.350 97 E 0.087 0.183 0.024 0.025 0.027 0.201 0.018 0.434 98 L 0.124 0.457 0.085 0.072 0.082 0.029 0.016 0.135 99 Y 0.053 0.443 0.084 0.090 0.138 0.028 0.012 0.152 100 A 0.060 0.267 0.125 0.101 0.148 0.029 0.010 0.261 101 N 0.048 0.143 0.087 0.095 0.155 0.042 0.018 0.411