# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.37887 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.139 0.168 0.079 0.022 0.245 0.017 0.033 0.084 0.060 0.086 0.065 2 V 0.156 0.198 0.062 0.015 0.264 0.017 0.034 0.078 0.057 0.062 0.057 3 T 0.129 0.184 0.084 0.036 0.209 0.042 0.043 0.081 0.061 0.067 0.062 4 R 0.096 0.166 0.066 0.041 0.180 0.039 0.076 0.125 0.091 0.083 0.037 5 K 0.096 0.107 0.075 0.050 0.124 0.032 0.054 0.077 0.076 0.239 0.071 6 A 0.055 0.361 0.252 0.032 0.180 0.008 0.012 0.024 0.019 0.026 0.031 7 P 0.095 0.313 0.143 0.026 0.179 0.015 0.029 0.071 0.053 0.036 0.039 8 S 0.082 0.200 0.088 0.026 0.155 0.033 0.060 0.122 0.122 0.071 0.042 9 R 0.080 0.160 0.063 0.029 0.155 0.037 0.089 0.144 0.118 0.091 0.034 10 D 0.116 0.097 0.057 0.030 0.140 0.028 0.052 0.084 0.084 0.239 0.074 11 E 0.079 0.341 0.130 0.019 0.273 0.011 0.017 0.035 0.026 0.033 0.035 12 P 0.160 0.211 0.073 0.017 0.248 0.015 0.028 0.075 0.055 0.062 0.057 13 C 0.091 0.258 0.097 0.023 0.223 0.024 0.043 0.077 0.064 0.053 0.046 14 S 0.133 0.196 0.095 0.024 0.242 0.020 0.035 0.082 0.057 0.064 0.052 15 S 0.112 0.112 0.051 0.021 0.156 0.028 0.054 0.136 0.135 0.134 0.061 16 T 0.077 0.199 0.081 0.034 0.180 0.034 0.065 0.103 0.090 0.094 0.041 17 S 0.093 0.132 0.073 0.052 0.123 0.032 0.056 0.082 0.091 0.201 0.066 18 R 0.070 0.311 0.198 0.037 0.217 0.010 0.015 0.033 0.035 0.040 0.034 19 P 0.091 0.224 0.083 0.019 0.183 0.015 0.045 0.117 0.112 0.070 0.041 20 A 0.073 0.217 0.129 0.028 0.160 0.022 0.052 0.107 0.078 0.088 0.046 21 L 0.072 0.283 0.125 0.039 0.158 0.023 0.044 0.108 0.062 0.059 0.028 22 E 0.120 0.081 0.050 0.026 0.139 0.026 0.035 0.184 0.185 0.102 0.052 23 E 0.038 0.086 0.040 0.030 0.081 0.053 0.110 0.256 0.214 0.069 0.023 24 D 0.126 0.055 0.028 0.020 0.124 0.026 0.073 0.111 0.063 0.294 0.081 25 V 0.225 0.153 0.009 0.004 0.502 0.006 0.009 0.021 0.012 0.030 0.031 26 I 0.323 0.071 0.006 0.003 0.542 0.008 0.008 0.009 0.004 0.005 0.021 27 Y 0.245 0.114 0.031 0.008 0.524 0.012 0.011 0.011 0.004 0.006 0.035 28 H 0.277 0.084 0.011 0.003 0.563 0.003 0.004 0.007 0.003 0.006 0.040 29 V 0.248 0.133 0.007 0.001 0.577 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 0.021 30 K 0.257 0.185 0.033 0.002 0.434 0.003 0.004 0.004 0.002 0.004 0.074 31 Y 0.237 0.161 0.046 0.022 0.298 0.035 0.018 0.050 0.031 0.025 0.077 32 D 0.118 0.107 0.043 0.053 0.151 0.053 0.073 0.223 0.097 0.054 0.027 33 D 0.067 0.129 0.055 0.022 0.143 0.031 0.100 0.180 0.059 0.168 0.047 34 Y 0.077 0.324 0.155 0.010 0.330 0.003 0.005 0.044 0.009 0.009 0.034 35 P 0.035 0.058 0.044 0.015 0.037 0.014 0.033 0.583 0.146 0.017 0.018 36 E 0.013 0.096 0.046 0.020 0.025 0.060 0.153 0.462 0.091 0.025 0.009 37 N 0.028 0.483 0.166 0.091 0.049 0.029 0.033 0.031 0.015 0.047 0.029 38 G 0.042 0.049 0.078 0.178 0.032 0.043 0.020 0.030 0.025 0.263 0.239 39 V 0.210 0.199 0.044 0.014 0.358 0.013 0.013 0.032 0.035 0.035 0.048 40 V 0.145 0.257 0.025 0.006 0.477 0.015 0.021 0.018 0.011 0.007 0.020 41 Q 0.330 0.113 0.027 0.002 0.448 0.003 0.004 0.007 0.004 0.008 0.055 42 M 0.172 0.251 0.041 0.008 0.388 0.016 0.014 0.023 0.011 0.023 0.053 43 N 0.120 0.294 0.172 0.009 0.307 0.007 0.006 0.012 0.008 0.011 0.054 44 S 0.134 0.116 0.019 0.009 0.159 0.011 0.017 0.194 0.248 0.060 0.033 45 R 0.013 0.057 0.037 0.021 0.027 0.060 0.105 0.328 0.275 0.063 0.014 46 D 0.075 0.065 0.028 0.011 0.100 0.011 0.056 0.228 0.093 0.277 0.054 47 V 0.103 0.281 0.053 0.015 0.166 0.012 0.022 0.131 0.051 0.123 0.043 48 R 0.061 0.343 0.139 0.020 0.213 0.010 0.009 0.133 0.035 0.010 0.027 49 A 0.016 0.032 0.013 0.006 0.025 0.010 0.029 0.693 0.159 0.012 0.006 50 R 0.020 0.018 0.011 0.007 0.017 0.011 0.067 0.609 0.130 0.097 0.012 51 A 0.056 0.050 0.010 0.004 0.090 0.009 0.015 0.518 0.151 0.077 0.020 52 R 0.058 0.045 0.012 0.010 0.111 0.019 0.042 0.515 0.144 0.027 0.017 53 T 0.097 0.089 0.028 0.011 0.195 0.015 0.103 0.330 0.070 0.039 0.022 54 I 0.383 0.058 0.009 0.004 0.273 0.004 0.025 0.112 0.027 0.057 0.048 55 I 0.093 0.275 0.053 0.009 0.371 0.020 0.033 0.073 0.024 0.015 0.035 56 K 0.245 0.175 0.046 0.004 0.329 0.005 0.012 0.065 0.020 0.022 0.078 57 W 0.108 0.066 0.010 0.005 0.144 0.008 0.010 0.231 0.327 0.060 0.030 58 Q 0.019 0.072 0.035 0.018 0.049 0.052 0.183 0.366 0.169 0.028 0.009 59 D 0.168 0.035 0.011 0.005 0.190 0.007 0.029 0.146 0.058 0.265 0.085 60 L 0.135 0.250 0.019 0.006 0.453 0.006 0.019 0.062 0.019 0.013 0.017 61 E 0.321 0.059 0.040 0.029 0.260 0.034 0.037 0.080 0.032 0.029 0.078 62 V 0.086 0.270 0.104 0.101 0.158 0.070 0.079 0.044 0.034 0.026 0.027 63 G 0.042 0.017 0.033 0.192 0.022 0.111 0.053 0.021 0.020 0.320 0.168 64 Q 0.096 0.365 0.035 0.007 0.370 0.013 0.019 0.012 0.009 0.034 0.040 65 V 0.226 0.081 0.001 0.001 0.678 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 66 V 0.202 0.077 0.005 0.001 0.698 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 67 M 0.349 0.057 0.012 0.001 0.535 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.037 68 L 0.279 0.091 0.018 0.019 0.345 0.051 0.043 0.026 0.017 0.031 0.081 69 N 0.248 0.141 0.042 0.010 0.401 0.009 0.013 0.011 0.007 0.026 0.092 70 Y 0.100 0.241 0.064 0.024 0.270 0.038 0.033 0.030 0.029 0.097 0.073 71 N 0.164 0.185 0.138 0.009 0.450 0.003 0.002 0.007 0.006 0.004 0.033 72 P 0.005 0.013 0.004 0.002 0.007 0.005 0.015 0.281 0.641 0.023 0.003 73 D 0.014 0.081 0.031 0.010 0.021 0.029 0.150 0.278 0.189 0.179 0.017 74 N 0.076 0.256 0.032 0.014 0.235 0.009 0.010 0.111 0.063 0.148 0.046 75 P 0.118 0.108 0.078 0.034 0.174 0.022 0.041 0.220 0.113 0.052 0.041 76 K 0.065 0.077 0.042 0.018 0.096 0.030 0.079 0.313 0.173 0.071 0.034 77 E 0.091 0.081 0.048 0.041 0.127 0.063 0.082 0.160 0.089 0.162 0.056 78 R 0.100 0.213 0.096 0.083 0.142 0.046 0.053 0.082 0.056 0.084 0.045 79 G 0.070 0.061 0.092 0.150 0.070 0.052 0.032 0.071 0.063 0.228 0.110 80 F 0.108 0.237 0.054 0.013 0.334 0.015 0.034 0.083 0.047 0.041 0.033 81 W 0.362 0.093 0.018 0.006 0.317 0.011 0.018 0.040 0.020 0.042 0.073 82 Y 0.091 0.332 0.081 0.020 0.317 0.029 0.028 0.037 0.016 0.013 0.036 83 D 0.314 0.079 0.019 0.008 0.448 0.006 0.006 0.034 0.016 0.023 0.048 84 A 0.174 0.137 0.008 0.003 0.558 0.007 0.014 0.051 0.027 0.008 0.013 85 E 0.316 0.090 0.033 0.005 0.400 0.006 0.031 0.047 0.010 0.011 0.052 86 I 0.311 0.104 0.022 0.012 0.263 0.012 0.018 0.066 0.030 0.054 0.107 87 S 0.092 0.188 0.068 0.056 0.203 0.068 0.066 0.113 0.060 0.044 0.041 88 R 0.135 0.116 0.063 0.034 0.155 0.036 0.058 0.156 0.089 0.096 0.062 89 K 0.107 0.202 0.060 0.019 0.255 0.023 0.046 0.113 0.068 0.060 0.047 90 R 0.176 0.163 0.044 0.018 0.295 0.020 0.035 0.097 0.055 0.048 0.050 91 E 0.139 0.162 0.059 0.022 0.206 0.033 0.065 0.107 0.061 0.076 0.070 92 T 0.166 0.209 0.056 0.013 0.351 0.010 0.016 0.061 0.028 0.037 0.053 93 R 0.110 0.161 0.063 0.028 0.166 0.044 0.065 0.173 0.079 0.066 0.043 94 T 0.128 0.225 0.114 0.011 0.251 0.012 0.024 0.101 0.038 0.038 0.058 95 A 0.126 0.075 0.016 0.009 0.129 0.014 0.016 0.289 0.225 0.067 0.034 96 R 0.033 0.063 0.034 0.024 0.068 0.057 0.099 0.391 0.176 0.041 0.015 97 E 0.183 0.057 0.018 0.008 0.230 0.011 0.046 0.194 0.074 0.126 0.054 98 L 0.207 0.185 0.017 0.006 0.432 0.006 0.024 0.063 0.016 0.019 0.026 99 Y 0.266 0.119 0.044 0.011 0.323 0.015 0.025 0.052 0.020 0.029 0.097 100 A 0.105 0.236 0.088 0.045 0.202 0.041 0.041 0.082 0.048 0.053 0.059 101 N 0.086 0.123 0.096 0.088 0.124 0.054 0.051 0.108 0.072 0.132 0.066