# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.37887 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.818 0.122 0.048 0.009 0.002 0.001 0.001 2 V 0.481 0.227 0.162 0.099 0.027 0.005 0.001 3 T 0.702 0.193 0.080 0.019 0.004 0.001 0.001 4 R 0.505 0.245 0.140 0.079 0.026 0.005 0.001 5 K 0.678 0.217 0.075 0.024 0.005 0.001 0.001 6 A 0.422 0.249 0.158 0.112 0.048 0.010 0.001 7 P 0.522 0.245 0.136 0.069 0.022 0.006 0.001 8 S 0.339 0.239 0.190 0.138 0.072 0.020 0.001 9 R 0.407 0.268 0.170 0.103 0.040 0.011 0.001 10 D 0.440 0.288 0.139 0.091 0.033 0.009 0.001 11 E 0.362 0.254 0.175 0.127 0.061 0.019 0.001 12 P 0.259 0.228 0.208 0.167 0.099 0.037 0.002 13 C 0.230 0.214 0.213 0.204 0.108 0.029 0.002 14 S 0.432 0.327 0.137 0.075 0.023 0.006 0.001 15 S 0.408 0.236 0.169 0.121 0.054 0.011 0.001 16 T 0.571 0.227 0.127 0.057 0.015 0.003 0.001 17 S 0.680 0.207 0.082 0.024 0.006 0.001 0.001 18 R 0.554 0.286 0.099 0.047 0.012 0.002 0.001 19 P 0.569 0.273 0.113 0.034 0.009 0.002 0.001 20 A 0.464 0.292 0.140 0.080 0.022 0.002 0.001 21 L 0.478 0.327 0.110 0.067 0.016 0.002 0.001 22 E 0.609 0.256 0.093 0.032 0.007 0.001 0.001 23 E 0.518 0.289 0.126 0.050 0.015 0.002 0.001 24 D 0.248 0.382 0.199 0.127 0.035 0.008 0.001 25 V 0.016 0.046 0.119 0.269 0.398 0.148 0.005 26 I 0.043 0.137 0.303 0.276 0.164 0.069 0.008 27 Y 0.023 0.080 0.124 0.206 0.288 0.250 0.029 28 H 0.042 0.152 0.282 0.283 0.165 0.067 0.008 29 V 0.023 0.041 0.063 0.187 0.330 0.310 0.046 30 K 0.072 0.217 0.365 0.220 0.096 0.027 0.003 31 Y 0.052 0.078 0.125 0.333 0.285 0.119 0.007 32 D 0.358 0.310 0.222 0.082 0.022 0.006 0.001 33 D 0.633 0.285 0.063 0.014 0.003 0.001 0.001 34 Y 0.173 0.191 0.240 0.260 0.112 0.023 0.001 35 P 0.427 0.313 0.161 0.069 0.022 0.007 0.001 36 E 0.333 0.295 0.178 0.141 0.043 0.009 0.001 37 N 0.573 0.237 0.133 0.040 0.014 0.004 0.001 38 G 0.085 0.194 0.244 0.246 0.173 0.054 0.004 39 V 0.048 0.058 0.128 0.208 0.315 0.219 0.024 40 V 0.059 0.157 0.206 0.276 0.197 0.098 0.007 41 Q 0.129 0.314 0.277 0.182 0.073 0.023 0.002 42 M 0.035 0.056 0.118 0.274 0.338 0.167 0.012 43 N 0.170 0.330 0.238 0.168 0.066 0.025 0.004 44 S 0.164 0.250 0.204 0.239 0.110 0.031 0.003 45 R 0.425 0.300 0.167 0.078 0.023 0.007 0.001 46 D 0.159 0.267 0.319 0.157 0.070 0.025 0.003 47 V 0.027 0.047 0.072 0.182 0.321 0.307 0.044 48 R 0.039 0.115 0.227 0.295 0.203 0.106 0.016 49 A 0.100 0.234 0.265 0.194 0.125 0.068 0.015 50 R 0.033 0.083 0.164 0.265 0.263 0.157 0.035 51 A 0.019 0.031 0.047 0.113 0.282 0.405 0.103 52 R 0.052 0.122 0.232 0.265 0.206 0.104 0.019 53 T 0.097 0.259 0.276 0.210 0.104 0.048 0.006 54 I 0.064 0.127 0.191 0.250 0.220 0.137 0.011 55 I 0.058 0.085 0.122 0.284 0.287 0.148 0.017 56 K 0.271 0.396 0.228 0.077 0.021 0.006 0.001 57 W 0.135 0.169 0.204 0.313 0.147 0.030 0.001 58 Q 0.501 0.331 0.111 0.045 0.009 0.003 0.001 59 D 0.433 0.331 0.141 0.065 0.025 0.006 0.001 60 L 0.128 0.124 0.208 0.301 0.194 0.042 0.002 61 E 0.341 0.383 0.183 0.072 0.015 0.005 0.001 62 V 0.150 0.216 0.236 0.214 0.139 0.041 0.004 63 G 0.135 0.237 0.227 0.212 0.118 0.062 0.009 64 Q 0.075 0.153 0.223 0.241 0.185 0.100 0.023 65 V 0.030 0.058 0.103 0.176 0.256 0.274 0.103 66 V 0.014 0.023 0.043 0.091 0.180 0.383 0.266 67 M 0.014 0.019 0.027 0.055 0.124 0.365 0.397 68 L 0.028 0.042 0.055 0.113 0.184 0.292 0.286 69 N 0.036 0.051 0.065 0.115 0.199 0.314 0.220 70 Y 0.057 0.083 0.139 0.231 0.218 0.200 0.071 71 N 0.135 0.180 0.187 0.173 0.174 0.128 0.023 72 P 0.183 0.178 0.217 0.215 0.136 0.064 0.008 73 D 0.529 0.280 0.112 0.054 0.018 0.006 0.001 74 N 0.455 0.287 0.135 0.081 0.033 0.009 0.001 75 P 0.317 0.191 0.196 0.174 0.097 0.024 0.001 76 K 0.602 0.255 0.096 0.037 0.007 0.002 0.001 77 E 0.358 0.284 0.186 0.108 0.050 0.013 0.001 78 R 0.110 0.150 0.202 0.271 0.175 0.083 0.008 79 G 0.114 0.167 0.215 0.213 0.174 0.103 0.015 80 F 0.077 0.128 0.166 0.216 0.201 0.169 0.043 81 W 0.060 0.073 0.114 0.153 0.224 0.273 0.103 82 Y 0.055 0.092 0.115 0.202 0.215 0.237 0.086 83 D 0.117 0.142 0.180 0.198 0.177 0.143 0.043 84 A 0.075 0.082 0.102 0.188 0.248 0.251 0.054 85 E 0.148 0.280 0.298 0.164 0.073 0.033 0.004 86 I 0.089 0.102 0.158 0.283 0.253 0.110 0.006 87 S 0.247 0.272 0.226 0.173 0.066 0.016 0.001 88 R 0.668 0.236 0.072 0.020 0.004 0.001 0.001 89 K 0.721 0.193 0.065 0.017 0.004 0.001 0.001 90 R 0.710 0.215 0.053 0.018 0.003 0.001 0.001 91 E 0.452 0.260 0.178 0.084 0.022 0.003 0.001 92 T 0.547 0.270 0.138 0.034 0.009 0.001 0.001 93 R 0.268 0.327 0.188 0.170 0.042 0.005 0.001 94 T 0.559 0.283 0.109 0.037 0.011 0.002 0.001 95 A 0.210 0.225 0.224 0.229 0.092 0.020 0.001 96 R 0.336 0.263 0.231 0.122 0.040 0.008 0.001 97 E 0.257 0.378 0.215 0.108 0.034 0.007 0.001 98 L 0.111 0.106 0.146 0.256 0.257 0.117 0.006 99 Y 0.203 0.258 0.239 0.194 0.084 0.021 0.001 100 A 0.355 0.237 0.185 0.150 0.059 0.013 0.001 101 N 0.760 0.175 0.050 0.011 0.003 0.001 0.001