# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.70037 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.021 0.045 0.062 0.112 0.008 0.088 0.027 0.002 0.001 0.004 0.004 0.008 0.010 0.048 0.048 0.073 0.171 0.099 0.148 0.005 2 H 0.025 0.031 0.056 0.041 0.183 0.007 0.048 0.040 0.004 0.001 0.009 0.007 0.017 0.021 0.068 0.105 0.105 0.042 0.101 0.082 0.006 3 H 0.027 0.039 0.169 0.092 0.080 0.010 0.050 0.055 0.005 0.001 0.011 0.009 0.026 0.027 0.183 0.032 0.048 0.021 0.052 0.057 0.008 4 H 0.033 0.042 0.048 0.059 0.223 0.011 0.080 0.049 0.008 0.002 0.016 0.015 0.031 0.039 0.049 0.081 0.066 0.038 0.057 0.041 0.010 5 H 0.026 0.027 0.103 0.084 0.072 0.008 0.056 0.041 0.010 0.002 0.012 0.012 0.029 0.062 0.174 0.035 0.065 0.037 0.058 0.081 0.006 6 H 0.013 0.018 0.045 0.039 0.154 0.007 0.061 0.032 0.004 0.001 0.006 0.005 0.011 0.020 0.058 0.092 0.085 0.055 0.117 0.173 0.002 7 H 0.007 0.009 0.040 0.038 0.079 0.004 0.054 0.029 0.004 0.002 0.003 0.003 0.007 0.012 0.108 0.066 0.216 0.074 0.119 0.127 0.002 8 S 0.004 0.004 0.054 0.031 0.058 0.011 0.132 0.040 0.004 0.001 0.003 0.002 0.005 0.005 0.075 0.020 0.251 0.040 0.068 0.191 0.001 9 S 0.002 0.002 0.019 0.026 0.036 0.012 0.313 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.019 0.188 0.082 0.108 0.131 0.001 10 G 0.002 0.003 0.029 0.019 0.091 0.007 0.130 0.037 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.033 0.043 0.166 0.195 0.090 0.140 0.001 11 R 0.002 0.002 0.044 0.054 0.021 0.002 0.013 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.018 0.080 0.024 0.309 0.380 0.001 12 E 0.003 0.003 0.012 0.024 0.104 0.004 0.024 0.089 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.030 0.549 0.023 0.032 0.085 0.001 13 N 0.011 0.013 0.023 0.035 0.031 0.034 0.303 0.320 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.051 0.007 0.047 0.049 0.035 0.025 0.001 14 L 0.013 0.017 0.027 0.033 0.059 0.014 0.080 0.380 0.005 0.002 0.007 0.004 0.011 0.017 0.030 0.045 0.112 0.041 0.064 0.037 0.002 15 Y 0.033 0.027 0.065 0.043 0.074 0.011 0.064 0.354 0.008 0.004 0.005 0.004 0.013 0.026 0.086 0.035 0.063 0.025 0.031 0.022 0.005 16 F 0.050 0.065 0.062 0.065 0.083 0.025 0.092 0.215 0.025 0.006 0.014 0.008 0.025 0.030 0.051 0.028 0.065 0.027 0.037 0.023 0.004 17 Q 0.040 0.051 0.042 0.074 0.118 0.014 0.147 0.112 0.020 0.008 0.011 0.011 0.029 0.030 0.057 0.033 0.074 0.040 0.049 0.032 0.009 18 G 0.025 0.033 0.083 0.056 0.075 0.013 0.091 0.058 0.019 0.002 0.012 0.010 0.018 0.037 0.072 0.044 0.058 0.066 0.072 0.151 0.005 19 M 0.015 0.016 0.033 0.048 0.153 0.004 0.044 0.035 0.005 0.002 0.002 0.004 0.006 0.011 0.031 0.081 0.078 0.048 0.134 0.247 0.005 20 W 0.010 0.018 0.037 0.034 0.101 0.006 0.049 0.058 0.008 0.002 0.006 0.005 0.013 0.012 0.076 0.034 0.367 0.041 0.046 0.077 0.003 21 D 0.018 0.015 0.105 0.056 0.047 0.019 0.251 0.133 0.003 0.004 0.003 0.003 0.005 0.006 0.058 0.011 0.105 0.026 0.055 0.075 0.001 22 E 0.016 0.025 0.034 0.040 0.203 0.015 0.308 0.059 0.004 0.003 0.006 0.006 0.009 0.008 0.023 0.014 0.088 0.070 0.039 0.028 0.002 23 T 0.027 0.026 0.102 0.094 0.086 0.006 0.127 0.054 0.004 0.003 0.004 0.004 0.008 0.007 0.044 0.025 0.072 0.070 0.118 0.116 0.005 24 E 0.024 0.028 0.086 0.118 0.173 0.004 0.049 0.023 0.003 0.002 0.004 0.005 0.008 0.005 0.041 0.026 0.127 0.042 0.078 0.151 0.004 25 L 0.052 0.071 0.060 0.092 0.189 0.004 0.121 0.019 0.003 0.001 0.006 0.007 0.013 0.011 0.036 0.046 0.092 0.029 0.045 0.090 0.009 26 G 0.062 0.099 0.078 0.083 0.146 0.004 0.089 0.034 0.002 0.001 0.012 0.011 0.025 0.026 0.103 0.039 0.053 0.040 0.038 0.039 0.014 27 L 0.101 0.150 0.102 0.120 0.141 0.003 0.024 0.030 0.002 0.001 0.016 0.018 0.033 0.038 0.057 0.065 0.023 0.013 0.020 0.015 0.030 28 Y 0.159 0.212 0.037 0.047 0.144 0.002 0.009 0.025 0.003 0.001 0.022 0.024 0.060 0.112 0.050 0.045 0.006 0.005 0.007 0.004 0.025 29 K 0.214 0.250 0.032 0.063 0.074 0.002 0.004 0.020 0.003 0.001 0.018 0.023 0.062 0.106 0.072 0.020 0.003 0.004 0.006 0.003 0.021 30 V 0.220 0.248 0.025 0.052 0.111 0.001 0.004 0.012 0.004 0.001 0.022 0.019 0.057 0.102 0.051 0.038 0.004 0.004 0.007 0.004 0.014 31 N 0.172 0.188 0.048 0.066 0.101 0.003 0.015 0.015 0.006 0.002 0.019 0.016 0.048 0.072 0.141 0.029 0.017 0.008 0.012 0.010 0.011 32 E 0.071 0.096 0.055 0.093 0.128 0.008 0.080 0.022 0.008 0.003 0.017 0.015 0.035 0.052 0.093 0.060 0.049 0.040 0.032 0.038 0.007 33 Y 0.026 0.031 0.059 0.060 0.130 0.006 0.064 0.017 0.005 0.003 0.005 0.006 0.011 0.016 0.101 0.063 0.093 0.087 0.080 0.133 0.004 34 V 0.012 0.011 0.039 0.052 0.085 0.003 0.025 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.035 0.038 0.082 0.056 0.165 0.370 0.002 35 D 0.009 0.009 0.036 0.044 0.119 0.005 0.036 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.030 0.018 0.443 0.053 0.053 0.110 0.001 36 A 0.009 0.011 0.037 0.036 0.063 0.016 0.312 0.069 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.024 0.006 0.277 0.034 0.038 0.057 0.001 37 R 0.017 0.011 0.055 0.047 0.073 0.012 0.124 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.006 0.085 0.164 0.156 0.157 0.001 38 D 0.009 0.008 0.034 0.038 0.152 0.004 0.034 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.012 0.209 0.059 0.189 0.182 0.001 39 T 0.006 0.008 0.065 0.059 0.055 0.004 0.104 0.054 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 0.007 0.443 0.038 0.044 0.069 0.001 40 N 0.008 0.011 0.066 0.046 0.081 0.006 0.466 0.029 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.015 0.008 0.150 0.019 0.025 0.055 0.001 41 M 0.015 0.024 0.073 0.140 0.083 0.002 0.267 0.018 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.017 0.019 0.113 0.074 0.054 0.082 0.004 42 G 0.066 0.077 0.068 0.038 0.320 0.002 0.066 0.021 0.001 0.001 0.005 0.007 0.013 0.008 0.023 0.033 0.034 0.123 0.040 0.050 0.005 43 A 0.116 0.158 0.249 0.181 0.099 0.001 0.013 0.015 0.001 0.001 0.006 0.007 0.018 0.008 0.041 0.011 0.013 0.008 0.018 0.030 0.007 44 W 0.109 0.219 0.016 0.035 0.482 0.001 0.009 0.011 0.001 0.001 0.009 0.010 0.032 0.008 0.013 0.015 0.008 0.004 0.004 0.003 0.010 45 F 0.233 0.289 0.132 0.178 0.040 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.006 0.005 0.014 0.007 0.058 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.007 46 E 0.137 0.258 0.021 0.125 0.367 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.005 0.007 0.017 0.006 0.008 0.015 0.003 0.002 0.002 0.002 0.009 47 A 0.325 0.417 0.039 0.080 0.067 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.004 0.026 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 48 Q 0.211 0.308 0.067 0.195 0.140 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.003 0.003 0.012 0.003 0.016 0.007 0.002 0.004 0.003 0.004 0.008 49 V 0.217 0.388 0.023 0.063 0.248 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.002 0.010 0.008 0.002 0.006 0.003 0.002 0.005 50 V 0.163 0.214 0.202 0.188 0.099 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 0.003 0.063 0.003 0.004 0.003 0.004 0.007 0.006 51 R 0.105 0.172 0.037 0.155 0.423 0.001 0.013 0.013 0.002 0.001 0.003 0.003 0.011 0.003 0.011 0.011 0.007 0.010 0.006 0.009 0.004 52 V 0.106 0.112 0.102 0.184 0.235 0.002 0.023 0.017 0.002 0.003 0.003 0.003 0.009 0.004 0.083 0.010 0.025 0.034 0.018 0.022 0.002 53 T 0.050 0.058 0.156 0.243 0.195 0.002 0.037 0.018 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.051 0.009 0.029 0.030 0.027 0.080 0.001 54 R 0.047 0.044 0.035 0.057 0.394 0.004 0.068 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.014 0.074 0.121 0.042 0.045 0.001 55 R 0.025 0.024 0.203 0.151 0.116 0.008 0.089 0.042 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.076 0.006 0.096 0.065 0.036 0.051 0.001 56 T 0.019 0.019 0.071 0.094 0.248 0.005 0.089 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.013 0.070 0.077 0.091 0.142 0.001 57 A 0.018 0.015 0.072 0.072 0.220 0.003 0.033 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.039 0.016 0.113 0.085 0.107 0.166 0.001 58 R 0.009 0.009 0.062 0.116 0.094 0.004 0.042 0.048 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 0.011 0.215 0.036 0.082 0.225 0.001 59 E 0.011 0.013 0.028 0.028 0.123 0.010 0.139 0.129 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.022 0.013 0.308 0.047 0.050 0.066 0.001 60 L 0.014 0.014 0.062 0.068 0.058 0.017 0.214 0.237 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.046 0.009 0.094 0.054 0.049 0.047 0.001 61 Y 0.020 0.026 0.046 0.049 0.199 0.011 0.136 0.122 0.009 0.005 0.006 0.003 0.008 0.008 0.030 0.025 0.094 0.079 0.081 0.042 0.001 62 A 0.020 0.020 0.100 0.091 0.075 0.009 0.124 0.081 0.008 0.003 0.004 0.004 0.011 0.009 0.078 0.024 0.145 0.025 0.058 0.106 0.004 63 N 0.023 0.027 0.050 0.073 0.174 0.013 0.138 0.052 0.006 0.003 0.006 0.004 0.012 0.009 0.035 0.040 0.089 0.093 0.065 0.084 0.005 64 V 0.017 0.022 0.054 0.064 0.126 0.009 0.067 0.040 0.003 0.002 0.005 0.004 0.010 0.010 0.052 0.064 0.128 0.074 0.136 0.108 0.005 65 V 0.010 0.012 0.084 0.059 0.087 0.005 0.042 0.026 0.005 0.002 0.004 0.004 0.009 0.013 0.077 0.047 0.088 0.104 0.155 0.164 0.003 66 L 0.009 0.007 0.051 0.040 0.112 0.004 0.042 0.012 0.003 0.001 0.003 0.003 0.005 0.008 0.036 0.044 0.135 0.049 0.157 0.279 0.001 67 G 0.006 0.006 0.042 0.050 0.086 0.004 0.070 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.042 0.022 0.249 0.064 0.100 0.234 0.001 68 D 0.005 0.006 0.041 0.030 0.095 0.005 0.130 0.017 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.029 0.024 0.294 0.069 0.089 0.156 0.001 69 D 0.005 0.004 0.080 0.042 0.052 0.010 0.126 0.037 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.039 0.015 0.235 0.056 0.092 0.196 0.001 70 S 0.007 0.008 0.048 0.034 0.197 0.008 0.206 0.025 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.017 0.018 0.148 0.073 0.084 0.114 0.001 71 L 0.012 0.013 0.085 0.077 0.074 0.004 0.089 0.021 0.005 0.003 0.003 0.003 0.005 0.003 0.039 0.014 0.174 0.068 0.178 0.131 0.002 72 N 0.011 0.008 0.075 0.076 0.104 0.005 0.190 0.012 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.002 0.028 0.010 0.272 0.016 0.035 0.142 0.002 73 D 0.013 0.026 0.047 0.050 0.081 0.005 0.492 0.005 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.006 0.022 0.020 0.037 0.103 0.031 0.040 0.004 74 C 0.052 0.052 0.059 0.023 0.232 0.002 0.079 0.008 0.001 0.001 0.018 0.014 0.027 0.027 0.070 0.114 0.042 0.056 0.064 0.050 0.010 75 R 0.047 0.072 0.406 0.092 0.037 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.012 0.010 0.033 0.025 0.171 0.022 0.006 0.009 0.012 0.014 0.017 76 I 0.074 0.098 0.015 0.014 0.404 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.022 0.028 0.054 0.065 0.015 0.158 0.005 0.003 0.008 0.003 0.024 77 I 0.069 0.110 0.091 0.070 0.017 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.018 0.023 0.071 0.124 0.371 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 78 F 0.155 0.132 0.010 0.028 0.331 0.001 0.003 0.009 0.002 0.001 0.016 0.028 0.041 0.074 0.010 0.120 0.004 0.004 0.009 0.009 0.012 79 V 0.130 0.147 0.049 0.093 0.077 0.001 0.003 0.017 0.002 0.001 0.007 0.009 0.021 0.058 0.319 0.023 0.016 0.006 0.009 0.008 0.004 80 D 0.150 0.204 0.057 0.105 0.145 0.006 0.041 0.059 0.001 0.002 0.007 0.008 0.016 0.012 0.064 0.025 0.050 0.008 0.013 0.025 0.003 81 E 0.116 0.154 0.058 0.091 0.132 0.009 0.136 0.094 0.001 0.003 0.004 0.004 0.009 0.006 0.060 0.012 0.045 0.028 0.019 0.016 0.003 82 V 0.072 0.136 0.063 0.136 0.159 0.008 0.111 0.113 0.003 0.004 0.005 0.005 0.011 0.006 0.026 0.020 0.044 0.032 0.021 0.021 0.006 83 F 0.158 0.191 0.104 0.097 0.188 0.004 0.037 0.077 0.002 0.004 0.003 0.003 0.008 0.004 0.036 0.009 0.023 0.015 0.014 0.015 0.006 84 K 0.165 0.152 0.060 0.132 0.230 0.007 0.030 0.068 0.005 0.004 0.006 0.005 0.019 0.007 0.028 0.012 0.018 0.013 0.011 0.013 0.015 85 I 0.092 0.135 0.111 0.245 0.180 0.006 0.024 0.028 0.002 0.005 0.006 0.003 0.013 0.007 0.039 0.020 0.023 0.024 0.022 0.010 0.005 86 E 0.068 0.129 0.090 0.095 0.225 0.003 0.051 0.013 0.004 0.003 0.007 0.008 0.026 0.009 0.062 0.014 0.034 0.059 0.047 0.043 0.010 87 R 0.072 0.027 0.104 0.104 0.111 0.001 0.009 0.004 0.003 0.001 0.003 0.002 0.005 0.005 0.017 0.016 0.022 0.049 0.143 0.301 0.001 88 P 0.004 0.004 0.021 0.050 0.182 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.011 0.474 0.030 0.037 0.140 0.001 89 G 0.003 0.007 0.032 0.015 0.048 0.002 0.570 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.026 0.008 0.111 0.060 0.027 0.078 0.001 90 E 0.004 0.002 0.113 0.097 0.052 0.001 0.045 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.015 0.117 0.072 0.169 0.291 0.001