# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.70037 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.300 0.077 0.112 0.412 2 H 0.025 0.024 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.018 0.017 0.014 0.002 0.006 0.003 0.003 0.004 0.273 0.118 0.088 0.391 3 H 0.013 0.017 0.004 0.001 0.003 0.003 0.006 0.003 0.002 0.002 0.005 0.001 0.010 0.007 0.005 0.004 0.436 0.062 0.084 0.330 4 H 0.027 0.015 0.006 0.002 0.009 0.012 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.009 0.004 0.263 0.056 0.097 0.458 5 H 0.047 0.011 0.013 0.001 0.037 0.019 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.233 0.100 0.110 0.401 6 H 0.079 0.025 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.099 0.123 0.548 7 H 0.488 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.039 0.050 0.384 8 S 0.030 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.020 0.122 0.775 9 S 0.012 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.023 0.104 0.751 10 G 0.009 0.053 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.032 0.175 0.653 11 R 0.187 0.424 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.054 0.077 0.050 0.179 12 E 0.054 0.420 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.047 0.069 0.091 0.306 13 N 0.051 0.309 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.002 0.202 0.144 0.049 0.220 14 L 0.076 0.179 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.282 0.114 0.074 0.247 15 Y 0.074 0.083 0.011 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.363 0.076 0.067 0.315 16 F 0.075 0.106 0.007 0.001 0.003 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.229 0.069 0.079 0.417 17 Q 0.038 0.070 0.013 0.001 0.006 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.055 0.088 0.542 18 G 0.073 0.065 0.016 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.059 0.111 0.506 19 M 0.276 0.046 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.204 0.048 0.351 20 W 0.160 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.113 0.087 0.564 21 D 0.113 0.047 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.079 0.083 0.559 22 E 0.014 0.014 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.065 0.084 0.701 23 T 0.041 0.009 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.158 0.053 0.127 0.578 24 E 0.126 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.002 0.012 0.005 0.002 0.002 0.167 0.081 0.109 0.443 25 L 0.027 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.003 0.003 0.164 0.062 0.151 0.560 26 G 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.485 0.043 0.082 0.362 27 L 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.777 0.039 0.033 0.126 28 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.769 0.028 0.034 0.151 29 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.874 0.030 0.011 0.060 30 V 0.010 0.005 0.003 0.001 0.010 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.632 0.098 0.035 0.182 31 N 0.045 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.529 0.055 0.055 0.294 32 E 0.025 0.009 0.001 0.001 0.006 0.007 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.217 0.036 0.099 0.591 33 Y 0.015 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.036 0.133 0.567 34 V 0.276 0.017 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.101 0.098 0.425 35 D 0.050 0.011 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.071 0.144 0.655 36 A 0.019 0.013 0.002 0.001 0.005 0.011 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.047 0.106 0.739 37 R 0.087 0.050 0.015 0.001 0.030 0.012 0.004 0.004 0.007 0.004 0.004 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.035 0.126 0.140 0.470 38 D 0.274 0.029 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.095 0.089 0.478 39 T 0.287 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.032 0.062 0.582 40 N 0.089 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.051 0.073 0.726 41 M 0.026 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.064 0.123 0.591 42 G 0.027 0.088 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.024 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.152 0.085 0.085 0.485 43 A 0.025 0.092 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.019 0.032 0.004 0.016 0.007 0.004 0.004 0.422 0.085 0.054 0.220 44 W 0.016 0.054 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.030 0.026 0.013 0.007 0.407 0.091 0.057 0.281 45 F 0.010 0.063 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.019 0.007 0.677 0.056 0.028 0.106 46 E 0.012 0.086 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.617 0.052 0.040 0.172 47 A 0.005 0.036 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.757 0.033 0.024 0.135 48 Q 0.022 0.053 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.775 0.047 0.016 0.076 49 V 0.022 0.029 0.006 0.001 0.003 0.006 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.489 0.135 0.054 0.241 50 V 0.015 0.024 0.009 0.001 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.603 0.062 0.040 0.233 51 R 0.043 0.062 0.005 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.219 0.039 0.084 0.535 52 V 0.114 0.025 0.007 0.001 0.007 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.154 0.068 0.511 53 T 0.053 0.119 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.135 0.095 0.501 54 R 0.122 0.098 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.036 0.064 0.634 55 R 0.077 0.107 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.050 0.065 0.631 56 T 0.164 0.142 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.055 0.068 0.509 57 A 0.121 0.197 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.062 0.063 0.519 58 R 0.173 0.300 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.035 0.069 0.369 59 E 0.171 0.112 0.012 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.049 0.125 0.072 0.440 60 L 0.184 0.045 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.097 0.107 0.463 61 Y 0.146 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.081 0.106 0.555 62 A 0.047 0.008 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.049 0.123 0.643 63 N 0.032 0.011 0.003 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.044 0.107 0.660 64 V 0.027 0.008 0.005 0.001 0.007 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.032 0.149 0.657 65 V 0.080 0.011 0.005 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.042 0.154 0.581 66 L 0.194 0.012 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.045 0.104 0.599 67 G 0.098 0.036 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.073 0.131 0.619 68 D 0.142 0.025 0.002 0.001 0.006 0.008 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.102 0.096 0.572 69 D 0.076 0.018 0.007 0.001 0.018 0.004 0.001 0.002 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.117 0.096 0.590 70 S 0.112 0.012 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.052 0.102 0.096 0.592 71 L 0.246 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.039 0.079 0.083 0.530 72 N 0.022 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.003 0.002 0.001 0.089 0.030 0.128 0.705 73 D 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.006 0.004 0.003 0.003 0.003 0.003 0.380 0.036 0.079 0.464 74 C 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.007 0.001 0.003 0.002 0.003 0.004 0.424 0.081 0.073 0.374 75 R 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.007 0.005 0.005 0.003 0.796 0.070 0.017 0.076 76 I 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.008 0.004 0.552 0.043 0.031 0.331 77 I 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.002 0.865 0.021 0.010 0.067 78 F 0.028 0.151 0.004 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.430 0.177 0.037 0.160 79 V 0.031 0.281 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.344 0.102 0.050 0.188 80 D 0.060 0.281 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.196 0.097 0.077 0.282 81 E 0.046 0.284 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.084 0.066 0.283 82 V 0.071 0.348 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.075 0.058 0.259 83 F 0.073 0.158 0.011 0.002 0.002 0.002 0.008 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.294 0.106 0.054 0.278 84 K 0.203 0.054 0.005 0.003 0.002 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.088 0.056 0.434 85 I 0.022 0.016 0.035 0.002 0.044 0.037 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.105 0.077 0.488 86 E 0.030 0.005 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.032 0.100 0.704 87 R 0.393 0.004 0.005 0.001 0.010 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.071 0.046 0.433 88 P 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.014 0.113 0.829 89 G 0.056 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.016 0.054 0.838 90 E 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.019 0.138 0.764