# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.70037 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.025 0.041 0.148 0.308 0.072 0.057 0.332 2 H 0.029 0.026 0.050 0.186 0.227 0.073 0.073 0.337 3 H 0.027 0.023 0.066 0.230 0.275 0.056 0.049 0.273 4 H 0.029 0.014 0.054 0.116 0.217 0.070 0.072 0.428 5 H 0.034 0.011 0.078 0.139 0.166 0.094 0.066 0.412 6 H 0.107 0.031 0.052 0.062 0.088 0.090 0.105 0.467 7 H 0.223 0.041 0.019 0.022 0.029 0.080 0.062 0.523 8 S 0.123 0.032 0.024 0.026 0.033 0.107 0.037 0.619 9 S 0.029 0.019 0.023 0.027 0.056 0.130 0.054 0.663 10 G 0.030 0.045 0.020 0.032 0.043 0.134 0.039 0.657 11 R 0.248 0.205 0.011 0.030 0.024 0.075 0.094 0.313 12 E 0.069 0.176 0.012 0.017 0.031 0.104 0.052 0.538 13 N 0.051 0.205 0.023 0.025 0.064 0.107 0.105 0.419 14 L 0.044 0.140 0.053 0.070 0.130 0.098 0.141 0.325 15 Y 0.032 0.193 0.075 0.082 0.146 0.072 0.082 0.319 16 F 0.044 0.098 0.085 0.121 0.188 0.059 0.102 0.303 17 Q 0.029 0.047 0.115 0.105 0.183 0.068 0.094 0.359 18 G 0.059 0.047 0.086 0.142 0.178 0.080 0.072 0.336 19 M 0.076 0.022 0.072 0.077 0.087 0.078 0.178 0.409 20 W 0.099 0.017 0.026 0.020 0.033 0.105 0.081 0.620 21 D 0.205 0.028 0.023 0.038 0.033 0.104 0.076 0.493 22 E 0.035 0.010 0.023 0.017 0.057 0.096 0.051 0.712 23 T 0.036 0.009 0.021 0.053 0.059 0.133 0.041 0.648 24 E 0.044 0.020 0.043 0.099 0.147 0.111 0.072 0.465 25 L 0.016 0.017 0.038 0.067 0.114 0.120 0.055 0.573 26 G 0.006 0.017 0.098 0.115 0.327 0.077 0.058 0.303 27 L 0.003 0.012 0.151 0.182 0.337 0.041 0.093 0.182 28 Y 0.003 0.012 0.294 0.208 0.267 0.027 0.061 0.128 29 K 0.007 0.011 0.304 0.258 0.242 0.024 0.055 0.100 30 V 0.019 0.009 0.280 0.144 0.244 0.033 0.103 0.169 31 N 0.025 0.016 0.212 0.179 0.228 0.054 0.055 0.230 32 E 0.015 0.016 0.144 0.132 0.205 0.106 0.037 0.344 33 Y 0.025 0.016 0.110 0.080 0.123 0.121 0.061 0.463 34 V 0.468 0.044 0.019 0.020 0.022 0.058 0.156 0.214 35 D 0.071 0.021 0.013 0.019 0.027 0.129 0.088 0.632 36 A 0.004 0.006 0.005 0.006 0.010 0.133 0.023 0.813 37 R 0.159 0.085 0.011 0.012 0.015 0.077 0.223 0.419 38 D 0.365 0.046 0.009 0.011 0.009 0.068 0.177 0.315 39 T 0.150 0.025 0.009 0.021 0.021 0.086 0.037 0.651 40 N 0.076 0.028 0.011 0.012 0.024 0.135 0.040 0.673 41 M 0.023 0.029 0.039 0.031 0.081 0.177 0.067 0.552 42 G 0.011 0.031 0.045 0.095 0.259 0.090 0.066 0.403 43 A 0.007 0.038 0.061 0.268 0.346 0.038 0.065 0.177 44 W 0.010 0.031 0.094 0.235 0.284 0.041 0.104 0.200 45 F 0.006 0.036 0.073 0.328 0.376 0.024 0.061 0.096 46 E 0.004 0.021 0.038 0.159 0.579 0.017 0.078 0.103 47 A 0.004 0.013 0.045 0.402 0.412 0.016 0.024 0.084 48 Q 0.005 0.018 0.048 0.399 0.438 0.013 0.022 0.058 49 V 0.022 0.008 0.047 0.197 0.247 0.047 0.153 0.278 50 V 0.009 0.012 0.054 0.288 0.377 0.039 0.043 0.178 51 R 0.024 0.038 0.033 0.133 0.258 0.059 0.056 0.399 52 V 0.033 0.029 0.032 0.157 0.079 0.074 0.105 0.492 53 T 0.080 0.228 0.026 0.036 0.067 0.063 0.114 0.386 54 R 0.091 0.233 0.017 0.023 0.039 0.062 0.092 0.443 55 R 0.033 0.328 0.027 0.034 0.045 0.050 0.040 0.442 56 T 0.051 0.467 0.012 0.024 0.032 0.038 0.030 0.346 57 A 0.065 0.524 0.019 0.017 0.025 0.037 0.057 0.256 58 R 0.135 0.427 0.010 0.016 0.022 0.044 0.084 0.261 59 E 0.088 0.128 0.037 0.029 0.029 0.079 0.202 0.408 60 L 0.104 0.132 0.043 0.030 0.051 0.100 0.077 0.463 61 Y 0.187 0.045 0.032 0.024 0.034 0.079 0.119 0.480 62 A 0.041 0.031 0.038 0.035 0.054 0.125 0.041 0.635 63 N 0.033 0.024 0.038 0.022 0.055 0.111 0.048 0.670 64 V 0.047 0.013 0.066 0.057 0.052 0.123 0.049 0.593 65 V 0.088 0.015 0.070 0.041 0.070 0.130 0.053 0.535 66 L 0.075 0.014 0.031 0.019 0.031 0.115 0.074 0.642 67 G 0.077 0.041 0.022 0.011 0.022 0.109 0.074 0.644 68 D 0.119 0.030 0.019 0.015 0.019 0.125 0.075 0.597 69 D 0.043 0.020 0.036 0.046 0.048 0.116 0.061 0.630 70 S 0.205 0.017 0.023 0.022 0.042 0.101 0.113 0.476 71 L 0.187 0.007 0.014 0.013 0.019 0.127 0.061 0.573 72 N 0.021 0.011 0.042 0.041 0.064 0.161 0.041 0.619 73 D 0.010 0.011 0.042 0.019 0.078 0.110 0.058 0.673 74 C 0.005 0.014 0.135 0.187 0.179 0.096 0.061 0.323 75 R 0.004 0.019 0.363 0.145 0.200 0.033 0.095 0.141 76 I 0.007 0.017 0.294 0.151 0.178 0.039 0.084 0.229 77 I 0.010 0.022 0.386 0.193 0.192 0.031 0.031 0.137 78 F 0.040 0.071 0.252 0.105 0.163 0.054 0.086 0.229 79 V 0.051 0.084 0.095 0.060 0.106 0.088 0.159 0.357 80 D 0.054 0.103 0.069 0.072 0.089 0.117 0.126 0.370 81 E 0.021 0.111 0.081 0.123 0.262 0.073 0.076 0.254 82 V 0.040 0.069 0.048 0.102 0.201 0.076 0.094 0.368 83 F 0.024 0.047 0.051 0.244 0.363 0.041 0.047 0.184 84 K 0.042 0.034 0.039 0.127 0.217 0.059 0.105 0.379 85 I 0.019 0.005 0.056 0.239 0.238 0.076 0.057 0.311 86 E 0.037 0.002 0.045 0.071 0.126 0.075 0.024 0.619 87 R 0.477 0.003 0.008 0.030 0.024 0.036 0.105 0.316 88 P 0.019 0.001 0.003 0.002 0.005 0.084 0.010 0.876 89 G 0.032 0.002 0.008 0.008 0.012 0.089 0.021 0.828 90 E 0.016 0.002 0.027 0.042 0.077 0.105 0.034 0.696