# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.70037 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.006 0.004 0.064 0.055 0.095 0.074 0.001 0.001 0.005 0.655 2 H 0.009 0.002 0.002 0.030 0.024 0.047 0.015 0.001 0.001 0.001 0.871 3 H 0.012 0.005 0.002 0.156 0.208 0.264 0.047 0.001 0.001 0.003 0.303 4 H 0.029 0.005 0.001 0.077 0.062 0.109 0.036 0.001 0.001 0.002 0.679 5 H 0.042 0.011 0.001 0.235 0.154 0.232 0.044 0.001 0.001 0.002 0.278 6 H 0.016 0.010 0.001 0.095 0.099 0.161 0.088 0.001 0.001 0.005 0.524 7 H 0.019 0.008 0.002 0.061 0.032 0.079 0.037 0.001 0.001 0.003 0.756 8 S 0.026 0.011 0.001 0.056 0.033 0.067 0.236 0.001 0.001 0.005 0.563 9 S 0.127 0.009 0.003 0.027 0.017 0.033 0.121 0.002 0.001 0.021 0.639 10 G 0.231 0.037 0.013 0.052 0.027 0.048 0.098 0.003 0.001 0.010 0.483 11 R 0.089 0.035 0.015 0.046 0.035 0.065 0.227 0.002 0.001 0.007 0.478 12 E 0.005 0.005 0.001 0.011 0.004 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.958 13 N 0.037 0.045 0.002 0.046 0.037 0.087 0.197 0.003 0.001 0.007 0.540 14 L 0.303 0.093 0.011 0.063 0.037 0.058 0.078 0.003 0.001 0.006 0.346 15 Y 0.105 0.166 0.005 0.157 0.106 0.153 0.067 0.003 0.001 0.005 0.232 16 F 0.052 0.117 0.016 0.111 0.101 0.111 0.060 0.002 0.001 0.004 0.424 17 Q 0.046 0.169 0.004 0.175 0.084 0.161 0.047 0.003 0.001 0.004 0.308 18 G 0.055 0.121 0.007 0.151 0.095 0.152 0.080 0.005 0.001 0.006 0.328 19 M 0.048 0.105 0.007 0.095 0.045 0.117 0.099 0.006 0.001 0.005 0.473 20 W 0.051 0.081 0.011 0.094 0.067 0.161 0.069 0.004 0.001 0.007 0.455 21 D 0.054 0.085 0.005 0.047 0.064 0.076 0.132 0.004 0.001 0.011 0.521 22 E 0.116 0.078 0.015 0.043 0.025 0.049 0.155 0.004 0.001 0.012 0.502 23 T 0.164 0.143 0.005 0.075 0.094 0.118 0.100 0.004 0.001 0.006 0.292 24 E 0.136 0.091 0.007 0.067 0.080 0.129 0.115 0.007 0.001 0.013 0.355 25 L 0.076 0.147 0.028 0.086 0.108 0.141 0.044 0.003 0.001 0.005 0.361 26 G 0.028 0.050 0.004 0.094 0.205 0.309 0.070 0.005 0.001 0.006 0.231 27 L 0.049 0.040 0.021 0.114 0.125 0.156 0.073 0.003 0.001 0.006 0.412 28 Y 0.013 0.033 0.002 0.195 0.277 0.245 0.056 0.001 0.001 0.002 0.176 29 K 0.023 0.022 0.002 0.232 0.224 0.297 0.041 0.001 0.001 0.005 0.154 30 V 0.018 0.056 0.001 0.281 0.216 0.287 0.017 0.001 0.001 0.002 0.122 31 N 0.006 0.028 0.002 0.355 0.180 0.322 0.016 0.001 0.001 0.002 0.088 32 E 0.016 0.034 0.002 0.200 0.133 0.222 0.060 0.003 0.001 0.005 0.324 33 Y 0.051 0.023 0.010 0.202 0.103 0.229 0.085 0.003 0.001 0.006 0.288 34 V 0.029 0.018 0.003 0.076 0.081 0.131 0.176 0.004 0.001 0.009 0.472 35 D 0.040 0.012 0.005 0.031 0.020 0.041 0.044 0.001 0.001 0.006 0.800 36 A 0.039 0.018 0.003 0.028 0.014 0.026 0.153 0.002 0.001 0.005 0.712 37 R 0.184 0.021 0.005 0.015 0.018 0.023 0.330 0.005 0.001 0.020 0.379 38 D 0.058 0.039 0.004 0.012 0.007 0.011 0.042 0.001 0.001 0.004 0.822 39 T 0.030 0.055 0.004 0.016 0.027 0.041 0.290 0.003 0.001 0.009 0.525 40 N 0.303 0.031 0.006 0.012 0.010 0.014 0.270 0.003 0.001 0.026 0.325 41 M 0.287 0.142 0.012 0.023 0.026 0.039 0.103 0.005 0.001 0.012 0.351 42 G 0.143 0.070 0.021 0.040 0.101 0.133 0.092 0.008 0.001 0.019 0.373 43 A 0.080 0.041 0.040 0.059 0.141 0.193 0.087 0.003 0.001 0.008 0.349 44 W 0.022 0.026 0.005 0.050 0.148 0.271 0.049 0.002 0.001 0.004 0.424 45 F 0.018 0.012 0.002 0.034 0.290 0.469 0.024 0.001 0.001 0.002 0.150 46 E 0.009 0.024 0.002 0.043 0.210 0.419 0.034 0.001 0.001 0.002 0.256 47 A 0.016 0.010 0.001 0.030 0.363 0.456 0.012 0.001 0.001 0.001 0.113 48 Q 0.008 0.021 0.001 0.031 0.319 0.494 0.020 0.001 0.001 0.001 0.105 49 V 0.009 0.025 0.001 0.017 0.384 0.408 0.009 0.001 0.001 0.001 0.147 50 V 0.006 0.029 0.001 0.022 0.321 0.519 0.008 0.001 0.001 0.001 0.093 51 R 0.016 0.074 0.002 0.018 0.242 0.373 0.049 0.002 0.001 0.003 0.222 52 V 0.061 0.117 0.002 0.022 0.193 0.317 0.029 0.001 0.001 0.002 0.255 53 T 0.048 0.166 0.005 0.021 0.155 0.268 0.063 0.008 0.001 0.006 0.259 54 R 0.078 0.115 0.012 0.012 0.042 0.061 0.043 0.005 0.001 0.004 0.627 55 R 0.071 0.136 0.009 0.014 0.032 0.055 0.126 0.006 0.001 0.004 0.547 56 T 0.125 0.115 0.009 0.011 0.032 0.043 0.154 0.010 0.001 0.013 0.487 57 A 0.103 0.176 0.014 0.011 0.017 0.029 0.072 0.004 0.001 0.005 0.568 58 R 0.059 0.167 0.011 0.014 0.017 0.034 0.161 0.007 0.001 0.004 0.525 59 E 0.211 0.139 0.008 0.016 0.025 0.036 0.095 0.008 0.001 0.013 0.450 60 L 0.193 0.234 0.015 0.020 0.025 0.030 0.068 0.008 0.001 0.006 0.400 61 Y 0.140 0.225 0.022 0.033 0.038 0.062 0.059 0.009 0.001 0.005 0.409 62 A 0.111 0.226 0.018 0.069 0.059 0.107 0.069 0.012 0.001 0.005 0.324 63 N 0.081 0.126 0.006 0.033 0.049 0.063 0.055 0.016 0.001 0.005 0.566 64 V 0.211 0.088 0.022 0.047 0.040 0.072 0.032 0.008 0.001 0.005 0.476 65 V 0.048 0.044 0.007 0.049 0.050 0.070 0.116 0.007 0.001 0.005 0.604 66 L 0.053 0.024 0.023 0.053 0.044 0.069 0.082 0.003 0.001 0.009 0.641 67 G 0.035 0.028 0.006 0.046 0.025 0.063 0.111 0.003 0.001 0.005 0.679 68 D 0.048 0.010 0.004 0.020 0.013 0.026 0.054 0.001 0.001 0.008 0.815 69 D 0.122 0.018 0.004 0.024 0.021 0.019 0.121 0.001 0.001 0.014 0.656 70 S 0.105 0.027 0.008 0.025 0.020 0.030 0.306 0.002 0.001 0.012 0.465 71 L 0.187 0.075 0.006 0.073 0.056 0.112 0.160 0.004 0.001 0.012 0.314 72 N 0.096 0.103 0.003 0.046 0.069 0.094 0.192 0.005 0.001 0.010 0.382 73 D 0.160 0.047 0.006 0.054 0.026 0.033 0.142 0.007 0.001 0.009 0.516 74 C 0.287 0.060 0.008 0.076 0.088 0.084 0.069 0.005 0.001 0.009 0.314 75 R 0.025 0.022 0.007 0.409 0.171 0.142 0.088 0.002 0.001 0.008 0.126 76 I 0.004 0.010 0.007 0.152 0.057 0.078 0.061 0.001 0.001 0.001 0.629 77 I 0.001 0.003 0.001 0.753 0.056 0.141 0.012 0.001 0.001 0.002 0.031 78 F 0.003 0.013 0.001 0.257 0.035 0.092 0.109 0.001 0.001 0.003 0.486 79 V 0.005 0.009 0.001 0.533 0.054 0.168 0.047 0.001 0.001 0.001 0.182 80 D 0.004 0.022 0.001 0.139 0.072 0.103 0.092 0.001 0.001 0.005 0.562 81 E 0.028 0.033 0.002 0.100 0.043 0.079 0.219 0.002 0.001 0.008 0.488 82 V 0.147 0.076 0.001 0.066 0.058 0.086 0.074 0.001 0.001 0.004 0.486 83 F 0.054 0.191 0.007 0.058 0.193 0.225 0.039 0.003 0.001 0.010 0.220 84 K 0.056 0.246 0.009 0.031 0.133 0.116 0.040 0.006 0.001 0.002 0.361 85 I 0.134 0.178 0.004 0.027 0.206 0.229 0.013 0.003 0.001 0.001 0.205 86 E 0.081 0.222 0.009 0.024 0.110 0.164 0.038 0.020 0.001 0.008 0.323 87 R 0.105 0.094 0.012 0.016 0.119 0.096 0.091 0.010 0.001 0.003 0.453 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 89 G 0.027 0.006 0.003 0.013 0.039 0.100 0.168 0.005 0.001 0.018 0.620 90 E 0.707 0.003 0.021 0.004 0.005 0.006 0.038 0.001 0.001 0.011 0.206