# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.70037 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.235 0.101 0.111 0.123 0.132 0.109 0.080 0.048 0.029 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 2 H 0.144 0.087 0.104 0.134 0.152 0.132 0.093 0.067 0.040 0.023 0.014 0.006 0.003 0.001 3 H 0.160 0.088 0.095 0.123 0.148 0.124 0.090 0.073 0.044 0.027 0.015 0.007 0.003 0.001 4 H 0.214 0.137 0.122 0.146 0.132 0.091 0.062 0.040 0.029 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 5 H 0.188 0.089 0.105 0.118 0.134 0.119 0.085 0.062 0.047 0.026 0.015 0.008 0.004 0.001 6 H 0.198 0.150 0.146 0.165 0.133 0.087 0.061 0.028 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 7 H 0.141 0.097 0.125 0.147 0.160 0.127 0.080 0.054 0.036 0.020 0.008 0.003 0.002 0.001 8 S 0.453 0.216 0.120 0.085 0.055 0.033 0.018 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 S 0.322 0.293 0.161 0.095 0.059 0.032 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 G 0.054 0.040 0.069 0.120 0.195 0.192 0.147 0.100 0.050 0.020 0.007 0.004 0.001 0.001 11 R 0.100 0.117 0.151 0.196 0.188 0.121 0.063 0.036 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 12 E 0.503 0.209 0.100 0.069 0.045 0.030 0.020 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 13 N 0.129 0.134 0.145 0.171 0.155 0.116 0.062 0.044 0.024 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 14 L 0.072 0.031 0.043 0.064 0.121 0.159 0.176 0.151 0.092 0.049 0.022 0.013 0.005 0.001 15 Y 0.113 0.109 0.129 0.173 0.179 0.120 0.069 0.052 0.027 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 16 F 0.202 0.092 0.094 0.127 0.140 0.111 0.076 0.064 0.042 0.027 0.013 0.007 0.003 0.001 17 Q 0.099 0.104 0.128 0.188 0.171 0.128 0.080 0.049 0.026 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 18 G 0.149 0.070 0.087 0.125 0.158 0.144 0.096 0.074 0.052 0.023 0.012 0.007 0.002 0.001 19 M 0.186 0.159 0.144 0.154 0.134 0.094 0.070 0.030 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 20 W 0.127 0.082 0.121 0.167 0.165 0.131 0.080 0.057 0.038 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 21 D 0.398 0.206 0.141 0.110 0.061 0.038 0.026 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.252 0.224 0.169 0.127 0.093 0.059 0.037 0.018 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 23 T 0.086 0.058 0.087 0.112 0.162 0.165 0.141 0.094 0.048 0.023 0.012 0.007 0.003 0.001 24 E 0.268 0.225 0.163 0.122 0.089 0.049 0.041 0.020 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 25 L 0.073 0.034 0.055 0.107 0.159 0.156 0.115 0.119 0.086 0.045 0.025 0.017 0.007 0.003 26 G 0.051 0.064 0.091 0.156 0.149 0.146 0.129 0.089 0.054 0.037 0.021 0.009 0.003 0.002 27 L 0.045 0.036 0.054 0.081 0.115 0.143 0.141 0.133 0.097 0.069 0.044 0.023 0.012 0.007 28 Y 0.030 0.025 0.028 0.040 0.071 0.101 0.111 0.132 0.151 0.114 0.096 0.062 0.026 0.013 29 K 0.026 0.022 0.033 0.062 0.087 0.097 0.110 0.125 0.124 0.112 0.094 0.066 0.027 0.014 30 V 0.011 0.009 0.012 0.018 0.031 0.050 0.077 0.109 0.143 0.186 0.159 0.115 0.051 0.028 31 N 0.030 0.036 0.045 0.041 0.061 0.084 0.119 0.128 0.122 0.128 0.096 0.057 0.039 0.014 32 E 0.108 0.111 0.108 0.132 0.125 0.093 0.092 0.081 0.071 0.039 0.022 0.009 0.006 0.002 33 Y 0.026 0.027 0.049 0.095 0.148 0.159 0.140 0.142 0.091 0.066 0.033 0.015 0.006 0.003 34 V 0.058 0.086 0.134 0.176 0.160 0.151 0.115 0.063 0.029 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 35 D 0.211 0.174 0.170 0.146 0.120 0.078 0.052 0.024 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 36 A 0.586 0.216 0.089 0.051 0.029 0.014 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 R 0.483 0.207 0.132 0.090 0.048 0.022 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 D 0.588 0.172 0.094 0.068 0.040 0.018 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 T 0.420 0.197 0.139 0.120 0.059 0.033 0.018 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 N 0.292 0.155 0.156 0.132 0.097 0.072 0.056 0.020 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 41 M 0.070 0.059 0.095 0.124 0.172 0.170 0.121 0.084 0.049 0.028 0.015 0.007 0.004 0.002 42 G 0.039 0.039 0.056 0.085 0.133 0.150 0.131 0.126 0.092 0.069 0.043 0.022 0.010 0.005 43 A 0.021 0.016 0.025 0.036 0.071 0.096 0.104 0.141 0.132 0.143 0.100 0.068 0.030 0.016 44 W 0.018 0.015 0.019 0.029 0.053 0.074 0.087 0.121 0.136 0.146 0.152 0.088 0.042 0.020 45 F 0.008 0.008 0.010 0.018 0.037 0.055 0.096 0.133 0.176 0.170 0.145 0.083 0.040 0.020 46 E 0.013 0.014 0.021 0.057 0.111 0.111 0.130 0.148 0.141 0.098 0.080 0.043 0.018 0.015 47 A 0.010 0.008 0.011 0.012 0.023 0.041 0.081 0.095 0.155 0.183 0.180 0.118 0.058 0.024 48 Q 0.024 0.030 0.057 0.114 0.154 0.150 0.138 0.145 0.088 0.049 0.028 0.014 0.007 0.003 49 V 0.009 0.009 0.017 0.028 0.056 0.086 0.117 0.163 0.188 0.176 0.089 0.041 0.016 0.007 50 V 0.048 0.064 0.088 0.152 0.171 0.167 0.117 0.096 0.053 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 51 R 0.168 0.202 0.188 0.144 0.103 0.069 0.069 0.025 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 52 V 0.045 0.054 0.116 0.178 0.227 0.171 0.104 0.060 0.028 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 53 T 0.360 0.224 0.153 0.112 0.078 0.037 0.022 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 R 0.503 0.227 0.116 0.070 0.044 0.020 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 R 0.505 0.211 0.113 0.084 0.046 0.022 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 T 0.537 0.202 0.115 0.067 0.043 0.018 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 A 0.238 0.178 0.183 0.177 0.120 0.058 0.029 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 58 R 0.403 0.190 0.132 0.119 0.075 0.043 0.024 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.481 0.250 0.118 0.060 0.039 0.022 0.019 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.168 0.152 0.151 0.154 0.143 0.095 0.056 0.039 0.025 0.008 0.004 0.002 0.002 0.001 61 Y 0.068 0.059 0.091 0.141 0.197 0.159 0.115 0.084 0.045 0.021 0.010 0.006 0.003 0.001 62 A 0.072 0.047 0.067 0.088 0.130 0.145 0.144 0.122 0.072 0.056 0.032 0.015 0.008 0.003 63 N 0.181 0.144 0.122 0.133 0.122 0.084 0.068 0.060 0.043 0.022 0.012 0.005 0.003 0.001 64 V 0.095 0.063 0.078 0.109 0.138 0.129 0.098 0.098 0.084 0.050 0.030 0.016 0.007 0.003 65 V 0.084 0.067 0.091 0.134 0.155 0.151 0.129 0.084 0.048 0.028 0.017 0.008 0.003 0.001 66 L 0.094 0.084 0.120 0.151 0.173 0.138 0.095 0.065 0.039 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 67 G 0.267 0.198 0.141 0.122 0.106 0.068 0.048 0.023 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 68 D 0.391 0.229 0.132 0.095 0.071 0.038 0.022 0.010 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.428 0.227 0.127 0.093 0.059 0.031 0.018 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 S 0.208 0.169 0.182 0.166 0.125 0.073 0.041 0.017 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.106 0.082 0.115 0.161 0.194 0.147 0.098 0.050 0.028 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 72 N 0.298 0.250 0.155 0.112 0.068 0.048 0.035 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 73 D 0.161 0.199 0.164 0.136 0.120 0.082 0.061 0.039 0.022 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 74 C 0.027 0.023 0.032 0.056 0.116 0.144 0.186 0.168 0.115 0.059 0.037 0.026 0.011 0.002 75 R 0.053 0.052 0.071 0.125 0.183 0.149 0.137 0.109 0.061 0.034 0.015 0.006 0.003 0.002 76 I 0.059 0.025 0.034 0.057 0.089 0.099 0.114 0.135 0.131 0.108 0.081 0.043 0.017 0.008 77 I 0.101 0.072 0.083 0.107 0.126 0.132 0.108 0.102 0.071 0.045 0.029 0.015 0.007 0.003 78 F 0.027 0.025 0.039 0.082 0.120 0.169 0.162 0.158 0.100 0.058 0.033 0.017 0.006 0.003 79 V 0.021 0.024 0.028 0.063 0.119 0.161 0.171 0.179 0.119 0.070 0.029 0.010 0.003 0.003 80 D 0.138 0.186 0.188 0.169 0.111 0.084 0.055 0.031 0.018 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 81 E 0.094 0.099 0.145 0.176 0.169 0.131 0.079 0.049 0.030 0.015 0.007 0.004 0.003 0.001 82 V 0.031 0.021 0.039 0.063 0.125 0.181 0.193 0.169 0.098 0.046 0.020 0.009 0.004 0.001 83 F 0.085 0.072 0.088 0.118 0.165 0.146 0.128 0.097 0.055 0.027 0.011 0.004 0.002 0.001 84 K 0.356 0.198 0.144 0.115 0.072 0.044 0.036 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 85 I 0.076 0.043 0.084 0.155 0.209 0.165 0.111 0.078 0.039 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 86 E 0.172 0.127 0.142 0.180 0.148 0.106 0.060 0.034 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 87 R 0.336 0.192 0.145 0.125 0.082 0.058 0.032 0.015 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 88 P 0.271 0.123 0.139 0.133 0.124 0.097 0.071 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 89 G 0.490 0.177 0.116 0.092 0.060 0.030 0.021 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.725 0.148 0.061 0.031 0.018 0.008 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001