# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.92123 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.009 0.001 0.028 0.018 0.035 0.122 0.004 0.001 0.044 0.674 2 H 0.062 0.010 0.002 0.025 0.017 0.032 0.130 0.004 0.001 0.042 0.676 3 H 0.055 0.010 0.001 0.018 0.017 0.028 0.120 0.004 0.001 0.045 0.703 4 H 0.064 0.010 0.001 0.016 0.023 0.036 0.133 0.004 0.001 0.060 0.652 5 H 0.026 0.006 0.001 0.021 0.023 0.035 0.144 0.001 0.001 0.083 0.660 6 H 0.023 0.009 0.002 0.022 0.019 0.033 0.162 0.003 0.001 0.079 0.647 7 H 0.224 0.016 0.001 0.016 0.014 0.016 0.109 0.007 0.001 0.051 0.547 8 S 0.233 0.017 0.001 0.010 0.009 0.013 0.103 0.004 0.001 0.053 0.557 9 S 0.009 0.011 0.001 0.012 0.006 0.014 0.120 0.001 0.001 0.027 0.800 10 G 0.035 0.064 0.001 0.016 0.022 0.037 0.121 0.004 0.001 0.048 0.651 11 R 0.143 0.109 0.002 0.014 0.069 0.032 0.110 0.011 0.001 0.052 0.457 12 E 0.070 0.100 0.003 0.021 0.030 0.042 0.108 0.005 0.001 0.044 0.576 13 N 0.081 0.108 0.003 0.024 0.034 0.077 0.100 0.006 0.001 0.051 0.515 14 L 0.070 0.076 0.009 0.036 0.057 0.082 0.118 0.007 0.003 0.054 0.488 15 Y 0.154 0.089 0.007 0.035 0.044 0.058 0.091 0.011 0.003 0.046 0.464 16 F 0.193 0.063 0.003 0.029 0.030 0.049 0.087 0.010 0.001 0.045 0.490 17 Q 0.055 0.047 0.003 0.033 0.034 0.052 0.106 0.005 0.001 0.042 0.622 18 G 0.037 0.051 0.002 0.036 0.044 0.088 0.098 0.006 0.001 0.046 0.591 19 M 0.062 0.033 0.003 0.029 0.071 0.073 0.104 0.005 0.001 0.120 0.499 20 W 0.038 0.030 0.006 0.037 0.078 0.075 0.117 0.005 0.003 0.128 0.483 21 D 0.130 0.051 0.003 0.025 0.032 0.046 0.099 0.010 0.002 0.039 0.563 22 E 0.227 0.031 0.015 0.019 0.023 0.036 0.094 0.012 0.007 0.082 0.454 23 T 0.115 0.021 0.002 0.022 0.018 0.039 0.129 0.005 0.001 0.034 0.615 24 E 0.033 0.021 0.001 0.028 0.027 0.101 0.110 0.004 0.001 0.039 0.636 25 L 0.012 0.022 0.002 0.049 0.099 0.094 0.122 0.002 0.001 0.039 0.559 26 G 0.015 0.053 0.001 0.087 0.125 0.315 0.064 0.002 0.001 0.075 0.263 27 L 0.029 0.049 0.001 0.045 0.202 0.180 0.069 0.004 0.001 0.079 0.341 28 Y 0.009 0.053 0.002 0.186 0.216 0.293 0.039 0.002 0.001 0.043 0.155 29 K 0.042 0.155 0.004 0.062 0.125 0.201 0.052 0.004 0.001 0.077 0.277 30 V 0.069 0.167 0.006 0.060 0.096 0.128 0.081 0.018 0.002 0.079 0.294 31 N 0.097 0.147 0.007 0.038 0.073 0.090 0.091 0.011 0.004 0.080 0.360 32 E 0.082 0.129 0.003 0.081 0.047 0.228 0.080 0.005 0.001 0.042 0.301 33 Y 0.050 0.089 0.005 0.056 0.059 0.085 0.093 0.007 0.001 0.071 0.484 34 V 0.037 0.049 0.009 0.122 0.139 0.175 0.080 0.007 0.003 0.066 0.313 35 D 0.078 0.055 0.004 0.044 0.056 0.107 0.080 0.005 0.001 0.184 0.386 36 A 0.037 0.034 0.007 0.044 0.049 0.055 0.119 0.005 0.002 0.164 0.483 37 R 0.084 0.052 0.004 0.040 0.031 0.037 0.099 0.010 0.003 0.043 0.598 38 D 0.205 0.052 0.007 0.022 0.012 0.028 0.088 0.012 0.004 0.073 0.498 39 T 0.082 0.031 0.002 0.039 0.037 0.051 0.109 0.005 0.001 0.050 0.593 40 N 0.059 0.032 0.002 0.038 0.034 0.083 0.106 0.003 0.001 0.061 0.582 41 M 0.016 0.033 0.002 0.048 0.085 0.115 0.134 0.003 0.001 0.041 0.522 42 G 0.020 0.047 0.002 0.053 0.095 0.215 0.111 0.003 0.001 0.065 0.389 43 A 0.006 0.023 0.001 0.037 0.297 0.441 0.035 0.001 0.001 0.028 0.129 44 W 0.012 0.024 0.002 0.056 0.190 0.371 0.049 0.002 0.001 0.063 0.230 45 F 0.008 0.019 0.003 0.048 0.304 0.404 0.028 0.002 0.001 0.041 0.143 46 E 0.010 0.014 0.001 0.046 0.263 0.462 0.028 0.002 0.001 0.035 0.138 47 A 0.006 0.012 0.002 0.042 0.331 0.388 0.024 0.001 0.001 0.038 0.154 48 Q 0.010 0.017 0.002 0.054 0.329 0.418 0.022 0.002 0.001 0.047 0.099 49 V 0.030 0.019 0.002 0.055 0.197 0.284 0.052 0.005 0.001 0.118 0.236 50 V 0.009 0.012 0.002 0.096 0.335 0.321 0.037 0.002 0.001 0.050 0.135 51 R 0.033 0.025 0.002 0.048 0.155 0.255 0.061 0.003 0.001 0.068 0.349 52 V 0.016 0.015 0.003 0.059 0.112 0.155 0.102 0.004 0.001 0.194 0.340 53 T 0.050 0.040 0.005 0.049 0.084 0.111 0.097 0.007 0.004 0.130 0.423 54 R 0.152 0.070 0.003 0.015 0.022 0.044 0.089 0.009 0.001 0.045 0.549 55 R 0.056 0.074 0.004 0.014 0.024 0.031 0.092 0.005 0.001 0.032 0.668 56 T 0.072 0.174 0.005 0.014 0.036 0.068 0.079 0.010 0.001 0.046 0.495 57 A 0.100 0.135 0.004 0.011 0.028 0.046 0.116 0.013 0.001 0.061 0.485 58 R 0.025 0.083 0.007 0.029 0.158 0.216 0.082 0.004 0.001 0.068 0.327 59 E 0.015 0.021 0.004 0.071 0.093 0.299 0.088 0.002 0.001 0.104 0.301 60 L 0.007 0.012 0.005 0.089 0.197 0.330 0.053 0.004 0.001 0.098 0.204 61 Y 0.010 0.008 0.002 0.100 0.170 0.252 0.037 0.003 0.001 0.113 0.304 62 A 0.007 0.004 0.001 0.099 0.322 0.248 0.031 0.001 0.001 0.061 0.225 63 N 0.003 0.003 0.001 0.188 0.195 0.327 0.031 0.001 0.001 0.060 0.190 64 V 0.007 0.002 0.001 0.203 0.224 0.250 0.035 0.001 0.001 0.058 0.218 65 V 0.019 0.003 0.001 0.221 0.239 0.241 0.044 0.002 0.001 0.059 0.169 66 L 0.024 0.004 0.001 0.133 0.083 0.122 0.096 0.003 0.001 0.059 0.475 67 G 0.052 0.008 0.001 0.081 0.030 0.068 0.136 0.006 0.001 0.059 0.558 68 D 0.034 0.007 0.001 0.020 0.017 0.030 0.149 0.003 0.001 0.079 0.659 69 D 0.022 0.009 0.003 0.032 0.023 0.036 0.156 0.002 0.001 0.066 0.649 70 S 0.203 0.025 0.002 0.024 0.030 0.042 0.106 0.009 0.002 0.062 0.496 71 L 0.301 0.013 0.002 0.013 0.011 0.016 0.105 0.006 0.001 0.051 0.480 72 N 0.046 0.016 0.001 0.025 0.018 0.051 0.145 0.002 0.001 0.032 0.663 73 D 0.014 0.016 0.001 0.043 0.036 0.140 0.110 0.002 0.001 0.037 0.601 74 C 0.012 0.014 0.002 0.049 0.161 0.146 0.101 0.002 0.001 0.064 0.449 75 R 0.017 0.017 0.001 0.117 0.171 0.216 0.062 0.002 0.001 0.061 0.336 76 I 0.017 0.016 0.001 0.079 0.177 0.208 0.058 0.002 0.001 0.035 0.406 77 I 0.005 0.022 0.003 0.203 0.234 0.277 0.036 0.001 0.001 0.026 0.192 78 F 0.065 0.143 0.003 0.070 0.126 0.182 0.046 0.006 0.001 0.065 0.293 79 V 0.112 0.124 0.004 0.054 0.126 0.131 0.071 0.018 0.002 0.066 0.290 80 D 0.045 0.062 0.010 0.052 0.110 0.115 0.095 0.005 0.004 0.064 0.438 81 E 0.074 0.051 0.003 0.082 0.067 0.322 0.077 0.006 0.001 0.064 0.254 82 V 0.045 0.027 0.002 0.054 0.089 0.177 0.082 0.007 0.001 0.079 0.437 83 F 0.008 0.010 0.002 0.122 0.206 0.374 0.039 0.002 0.001 0.041 0.195 84 K 0.015 0.004 0.001 0.050 0.154 0.257 0.042 0.001 0.001 0.086 0.390 85 I 0.005 0.002 0.002 0.049 0.214 0.197 0.072 0.002 0.001 0.072 0.385 86 E 0.016 0.002 0.001 0.092 0.100 0.144 0.082 0.002 0.001 0.055 0.506 87 R 0.315 0.002 0.001 0.016 0.020 0.038 0.073 0.003 0.001 0.081 0.451 88 P 0.006 0.001 0.001 0.010 0.007 0.011 0.086 0.001 0.001 0.014 0.864 89 G 0.058 0.004 0.001 0.007 0.008 0.013 0.107 0.001 0.001 0.022 0.779 90 E 0.042 0.009 0.001 0.011 0.032 0.022 0.141 0.003 0.001 0.046 0.694