# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.92123 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.403 0.168 0.044 0.102 0.082 0.058 0.062 0.037 0.023 0.014 0.008 2 H 0.420 0.218 0.050 0.109 0.078 0.040 0.035 0.022 0.014 0.009 0.005 3 H 0.314 0.217 0.050 0.123 0.095 0.058 0.063 0.036 0.023 0.013 0.007 4 H 0.320 0.164 0.047 0.126 0.109 0.067 0.074 0.044 0.026 0.014 0.008 5 H 0.258 0.166 0.067 0.149 0.109 0.081 0.078 0.041 0.029 0.015 0.007 6 H 0.206 0.172 0.066 0.150 0.119 0.087 0.097 0.047 0.030 0.018 0.008 7 H 0.154 0.111 0.044 0.135 0.129 0.123 0.144 0.074 0.047 0.026 0.013 8 S 0.304 0.189 0.069 0.134 0.094 0.066 0.063 0.033 0.025 0.015 0.008 9 S 0.350 0.234 0.074 0.124 0.089 0.046 0.041 0.021 0.011 0.006 0.003 10 G 0.403 0.178 0.053 0.104 0.080 0.053 0.061 0.033 0.019 0.011 0.005 11 R 0.124 0.138 0.058 0.145 0.137 0.132 0.127 0.065 0.039 0.023 0.011 12 E 0.409 0.190 0.107 0.132 0.066 0.037 0.032 0.016 0.007 0.004 0.001 13 N 0.353 0.128 0.095 0.145 0.091 0.072 0.060 0.028 0.016 0.009 0.004 14 L 0.044 0.039 0.046 0.090 0.101 0.148 0.183 0.127 0.102 0.073 0.046 15 Y 0.154 0.132 0.164 0.202 0.118 0.086 0.074 0.031 0.020 0.013 0.005 16 F 0.053 0.058 0.115 0.132 0.126 0.141 0.158 0.093 0.063 0.041 0.020 17 Q 0.117 0.093 0.115 0.153 0.131 0.110 0.118 0.064 0.049 0.033 0.016 18 G 0.284 0.122 0.096 0.136 0.089 0.083 0.086 0.042 0.033 0.020 0.009 19 M 0.073 0.071 0.067 0.118 0.104 0.126 0.157 0.086 0.090 0.067 0.041 20 W 0.058 0.054 0.039 0.086 0.093 0.118 0.175 0.130 0.112 0.078 0.057 21 D 0.256 0.197 0.122 0.161 0.107 0.055 0.047 0.023 0.016 0.011 0.006 22 E 0.168 0.150 0.079 0.137 0.124 0.083 0.099 0.063 0.043 0.031 0.024 23 T 0.137 0.087 0.039 0.105 0.101 0.125 0.143 0.098 0.077 0.054 0.035 24 E 0.431 0.191 0.076 0.150 0.071 0.036 0.022 0.010 0.007 0.004 0.002 25 L 0.044 0.046 0.036 0.096 0.111 0.140 0.166 0.141 0.106 0.073 0.043 26 G 0.082 0.091 0.041 0.127 0.137 0.119 0.156 0.092 0.079 0.048 0.028 27 L 0.016 0.020 0.028 0.052 0.057 0.064 0.129 0.129 0.188 0.178 0.140 28 Y 0.015 0.019 0.039 0.055 0.054 0.086 0.148 0.126 0.180 0.146 0.131 29 K 0.023 0.051 0.064 0.163 0.148 0.124 0.152 0.090 0.083 0.064 0.036 30 V 0.013 0.020 0.023 0.056 0.057 0.078 0.146 0.158 0.173 0.140 0.135 31 N 0.062 0.067 0.051 0.142 0.151 0.130 0.128 0.084 0.081 0.066 0.039 32 E 0.133 0.143 0.089 0.194 0.128 0.109 0.096 0.044 0.033 0.021 0.010 33 Y 0.040 0.055 0.044 0.172 0.158 0.147 0.144 0.089 0.074 0.046 0.030 34 V 0.006 0.007 0.009 0.014 0.018 0.030 0.086 0.159 0.232 0.236 0.205 35 D 0.031 0.103 0.089 0.253 0.234 0.097 0.090 0.044 0.029 0.019 0.010 36 A 0.006 0.008 0.016 0.017 0.018 0.033 0.079 0.111 0.207 0.240 0.265 37 R 0.091 0.129 0.080 0.291 0.205 0.078 0.063 0.024 0.019 0.012 0.006 38 D 0.076 0.058 0.040 0.082 0.080 0.078 0.141 0.136 0.130 0.096 0.082 39 T 0.074 0.090 0.053 0.165 0.157 0.143 0.128 0.067 0.055 0.044 0.024 40 N 0.181 0.159 0.079 0.175 0.127 0.089 0.088 0.041 0.032 0.018 0.010 41 M 0.011 0.011 0.014 0.025 0.034 0.056 0.125 0.171 0.207 0.195 0.151 42 G 0.053 0.067 0.064 0.122 0.127 0.116 0.139 0.082 0.097 0.084 0.050 43 A 0.005 0.010 0.021 0.028 0.035 0.064 0.142 0.158 0.197 0.183 0.157 44 W 0.011 0.021 0.047 0.083 0.085 0.105 0.143 0.126 0.143 0.136 0.099 45 F 0.002 0.003 0.011 0.011 0.013 0.027 0.077 0.136 0.208 0.246 0.265 46 E 0.012 0.034 0.072 0.201 0.182 0.144 0.133 0.078 0.069 0.046 0.030 47 A 0.005 0.006 0.020 0.018 0.019 0.039 0.093 0.121 0.209 0.267 0.204 48 Q 0.019 0.064 0.088 0.244 0.229 0.126 0.116 0.051 0.035 0.020 0.008 49 V 0.004 0.007 0.014 0.018 0.013 0.029 0.068 0.097 0.215 0.278 0.257 50 V 0.035 0.044 0.062 0.192 0.229 0.143 0.142 0.057 0.045 0.036 0.015 51 R 0.133 0.249 0.141 0.248 0.144 0.036 0.026 0.012 0.007 0.004 0.001 52 V 0.008 0.007 0.007 0.017 0.016 0.040 0.104 0.120 0.238 0.219 0.223 53 T 0.133 0.173 0.073 0.174 0.135 0.077 0.104 0.050 0.043 0.027 0.012 54 R 0.136 0.186 0.121 0.202 0.135 0.069 0.069 0.037 0.024 0.015 0.008 55 R 0.217 0.123 0.064 0.127 0.105 0.115 0.106 0.055 0.043 0.027 0.017 56 T 0.231 0.318 0.056 0.143 0.094 0.050 0.055 0.024 0.016 0.009 0.004 57 A 0.408 0.144 0.046 0.120 0.102 0.060 0.051 0.033 0.019 0.011 0.006 58 R 0.114 0.109 0.085 0.183 0.168 0.145 0.104 0.042 0.028 0.016 0.007 59 E 0.030 0.065 0.074 0.231 0.193 0.143 0.128 0.061 0.041 0.022 0.010 60 L 0.003 0.005 0.012 0.017 0.025 0.055 0.153 0.195 0.216 0.174 0.146 61 Y 0.010 0.041 0.092 0.224 0.240 0.131 0.109 0.059 0.047 0.031 0.016 62 A 0.001 0.003 0.014 0.015 0.016 0.034 0.088 0.133 0.240 0.250 0.204 63 N 0.014 0.036 0.060 0.285 0.295 0.105 0.102 0.041 0.034 0.019 0.008 64 V 0.002 0.003 0.006 0.007 0.006 0.015 0.049 0.102 0.248 0.291 0.271 65 V 0.027 0.057 0.046 0.191 0.176 0.125 0.150 0.077 0.071 0.050 0.029 66 L 0.008 0.016 0.016 0.025 0.022 0.045 0.107 0.158 0.222 0.218 0.164 67 G 0.147 0.225 0.058 0.203 0.159 0.080 0.061 0.030 0.018 0.013 0.006 68 D 0.369 0.220 0.040 0.119 0.088 0.042 0.050 0.031 0.020 0.013 0.007 69 D 0.415 0.171 0.029 0.092 0.084 0.054 0.051 0.036 0.030 0.024 0.014 70 S 0.245 0.304 0.051 0.160 0.102 0.049 0.045 0.019 0.013 0.008 0.004 71 L 0.054 0.059 0.025 0.093 0.091 0.137 0.159 0.125 0.116 0.080 0.061 72 N 0.306 0.258 0.078 0.159 0.092 0.049 0.032 0.012 0.007 0.004 0.002 73 D 0.190 0.214 0.064 0.284 0.144 0.059 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 74 C 0.011 0.006 0.008 0.015 0.021 0.036 0.087 0.146 0.214 0.221 0.235 75 R 0.048 0.137 0.083 0.339 0.247 0.076 0.043 0.014 0.008 0.004 0.001 76 I 0.012 0.017 0.067 0.055 0.041 0.057 0.105 0.094 0.208 0.203 0.141 77 I 0.036 0.056 0.087 0.219 0.228 0.121 0.124 0.051 0.041 0.026 0.010 78 F 0.021 0.067 0.062 0.073 0.058 0.082 0.153 0.127 0.157 0.126 0.075 79 V 0.018 0.023 0.033 0.093 0.112 0.159 0.186 0.131 0.108 0.085 0.051 80 D 0.223 0.138 0.185 0.184 0.111 0.054 0.047 0.023 0.017 0.012 0.004 81 E 0.041 0.057 0.070 0.206 0.202 0.155 0.142 0.063 0.038 0.018 0.007 82 V 0.011 0.010 0.020 0.027 0.028 0.040 0.101 0.109 0.220 0.229 0.205 83 F 0.005 0.013 0.039 0.076 0.103 0.145 0.207 0.150 0.130 0.086 0.046 84 K 0.019 0.078 0.317 0.226 0.172 0.065 0.056 0.029 0.020 0.012 0.004 85 I 0.008 0.012 0.024 0.030 0.040 0.067 0.187 0.203 0.181 0.150 0.099 86 E 0.052 0.043 0.067 0.113 0.114 0.104 0.170 0.120 0.105 0.079 0.034 87 R 0.206 0.170 0.165 0.182 0.108 0.060 0.050 0.026 0.016 0.011 0.004 88 P 0.142 0.109 0.067 0.116 0.109 0.134 0.142 0.079 0.052 0.033 0.018 89 G 0.500 0.205 0.040 0.081 0.061 0.033 0.032 0.020 0.014 0.009 0.004 90 E 0.450 0.192 0.054 0.094 0.068 0.046 0.041 0.023 0.017 0.011 0.005