# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.92123 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.003 0.001 0.013 0.021 0.044 0.051 0.001 0.001 0.001 0.843 2 H 0.010 0.001 0.001 0.008 0.009 0.018 0.056 0.001 0.001 0.001 0.897 3 H 0.016 0.001 0.001 0.006 0.004 0.008 0.063 0.001 0.001 0.001 0.902 4 H 0.028 0.001 0.001 0.007 0.006 0.010 0.068 0.001 0.001 0.001 0.879 5 H 0.031 0.002 0.001 0.009 0.012 0.018 0.063 0.001 0.001 0.001 0.864 6 H 0.034 0.002 0.001 0.010 0.011 0.020 0.086 0.001 0.001 0.001 0.835 7 H 0.099 0.002 0.001 0.013 0.018 0.036 0.092 0.001 0.001 0.002 0.738 8 S 0.032 0.003 0.001 0.008 0.010 0.016 0.173 0.001 0.001 0.002 0.755 9 S 0.042 0.006 0.001 0.011 0.014 0.019 0.179 0.001 0.001 0.009 0.719 10 G 0.125 0.009 0.003 0.016 0.016 0.026 0.175 0.001 0.001 0.031 0.597 11 R 0.303 0.009 0.010 0.019 0.018 0.031 0.231 0.001 0.001 0.008 0.370 12 E 0.008 0.003 0.001 0.005 0.006 0.009 0.100 0.001 0.001 0.001 0.868 13 N 0.045 0.019 0.002 0.027 0.050 0.144 0.132 0.001 0.001 0.004 0.576 14 L 0.149 0.060 0.003 0.038 0.040 0.086 0.079 0.002 0.001 0.004 0.539 15 Y 0.059 0.097 0.003 0.042 0.102 0.129 0.152 0.002 0.001 0.008 0.406 16 F 0.094 0.131 0.004 0.030 0.054 0.093 0.116 0.004 0.001 0.007 0.467 17 Q 0.162 0.171 0.005 0.032 0.046 0.091 0.101 0.006 0.001 0.007 0.378 18 G 0.181 0.110 0.012 0.031 0.037 0.051 0.112 0.012 0.001 0.013 0.441 19 M 0.188 0.101 0.041 0.046 0.040 0.070 0.103 0.009 0.001 0.006 0.395 20 W 0.101 0.084 0.016 0.077 0.054 0.101 0.103 0.005 0.001 0.006 0.452 21 D 0.037 0.068 0.005 0.037 0.045 0.086 0.144 0.005 0.001 0.005 0.569 22 E 0.066 0.057 0.003 0.037 0.028 0.059 0.103 0.006 0.001 0.006 0.635 23 T 0.084 0.046 0.005 0.032 0.033 0.048 0.212 0.007 0.001 0.008 0.524 24 E 0.215 0.047 0.008 0.038 0.036 0.047 0.235 0.005 0.001 0.017 0.353 25 L 0.206 0.080 0.025 0.052 0.041 0.051 0.142 0.005 0.001 0.014 0.384 26 G 0.128 0.033 0.009 0.181 0.158 0.170 0.072 0.005 0.001 0.027 0.219 27 L 0.042 0.023 0.040 0.161 0.077 0.106 0.084 0.002 0.001 0.003 0.461 28 Y 0.017 0.011 0.001 0.418 0.176 0.259 0.041 0.001 0.001 0.004 0.072 29 K 0.006 0.015 0.001 0.128 0.108 0.112 0.101 0.001 0.001 0.001 0.526 30 V 0.007 0.024 0.001 0.376 0.121 0.294 0.024 0.001 0.001 0.003 0.150 31 N 0.023 0.034 0.002 0.218 0.078 0.163 0.148 0.002 0.001 0.014 0.319 32 E 0.149 0.027 0.004 0.245 0.104 0.100 0.099 0.003 0.001 0.018 0.250 33 Y 0.063 0.047 0.011 0.131 0.062 0.076 0.135 0.004 0.001 0.005 0.466 34 V 0.062 0.042 0.008 0.329 0.118 0.170 0.066 0.002 0.001 0.011 0.192 35 D 0.028 0.030 0.004 0.087 0.059 0.097 0.092 0.006 0.001 0.005 0.592 36 A 0.074 0.043 0.006 0.178 0.089 0.183 0.044 0.004 0.001 0.004 0.376 37 R 0.022 0.029 0.003 0.082 0.029 0.046 0.359 0.004 0.001 0.009 0.416 38 D 0.191 0.028 0.006 0.043 0.016 0.027 0.220 0.006 0.001 0.023 0.439 39 T 0.294 0.057 0.014 0.073 0.021 0.036 0.121 0.004 0.001 0.020 0.360 40 N 0.050 0.035 0.018 0.040 0.016 0.017 0.551 0.003 0.001 0.017 0.254 41 M 0.180 0.078 0.014 0.045 0.024 0.049 0.263 0.003 0.001 0.027 0.317 42 G 0.141 0.140 0.009 0.054 0.028 0.062 0.143 0.007 0.001 0.026 0.391 43 A 0.073 0.166 0.040 0.054 0.078 0.080 0.173 0.003 0.001 0.007 0.326 44 W 0.035 0.209 0.007 0.053 0.136 0.154 0.121 0.002 0.001 0.004 0.278 45 F 0.028 0.227 0.002 0.025 0.220 0.317 0.035 0.002 0.001 0.002 0.140 46 E 0.052 0.249 0.002 0.045 0.159 0.299 0.023 0.004 0.001 0.002 0.165 47 A 0.048 0.230 0.006 0.030 0.257 0.256 0.026 0.004 0.001 0.002 0.141 48 Q 0.039 0.125 0.003 0.040 0.429 0.281 0.017 0.003 0.001 0.002 0.061 49 V 0.026 0.113 0.009 0.037 0.323 0.332 0.016 0.004 0.001 0.001 0.138 50 V 0.014 0.016 0.001 0.043 0.363 0.527 0.004 0.001 0.001 0.001 0.031 51 R 0.011 0.016 0.002 0.032 0.237 0.354 0.029 0.003 0.001 0.001 0.316 52 V 0.030 0.015 0.006 0.074 0.231 0.384 0.020 0.002 0.001 0.002 0.236 53 T 0.011 0.009 0.002 0.056 0.189 0.243 0.110 0.001 0.001 0.001 0.377 54 R 0.015 0.004 0.001 0.029 0.043 0.096 0.040 0.001 0.001 0.002 0.769 55 R 0.018 0.009 0.003 0.043 0.044 0.078 0.179 0.001 0.001 0.005 0.620 56 T 0.050 0.006 0.002 0.016 0.013 0.024 0.286 0.001 0.001 0.004 0.598 57 A 0.034 0.024 0.001 0.022 0.014 0.048 0.046 0.001 0.001 0.004 0.806 58 R 0.023 0.062 0.002 0.016 0.030 0.051 0.255 0.001 0.001 0.007 0.554 59 E 0.217 0.083 0.002 0.008 0.016 0.016 0.336 0.001 0.001 0.009 0.312 60 L 0.193 0.567 0.003 0.008 0.040 0.055 0.021 0.004 0.001 0.002 0.107 61 Y 0.079 0.410 0.015 0.035 0.129 0.160 0.028 0.005 0.001 0.003 0.138 62 A 0.032 0.245 0.010 0.041 0.326 0.214 0.016 0.005 0.001 0.001 0.110 63 N 0.057 0.160 0.003 0.067 0.242 0.325 0.018 0.012 0.001 0.002 0.115 64 V 0.043 0.104 0.004 0.107 0.303 0.212 0.017 0.011 0.001 0.001 0.197 65 V 0.017 0.043 0.008 0.242 0.189 0.286 0.037 0.005 0.001 0.002 0.171 66 L 0.034 0.023 0.008 0.309 0.152 0.271 0.032 0.003 0.001 0.007 0.160 67 G 0.024 0.011 0.006 0.132 0.034 0.071 0.086 0.007 0.001 0.006 0.622 68 D 0.058 0.004 0.006 0.065 0.014 0.030 0.099 0.002 0.001 0.003 0.720 69 D 0.015 0.001 0.002 0.020 0.008 0.010 0.165 0.001 0.001 0.004 0.774 70 S 0.089 0.002 0.004 0.021 0.010 0.020 0.278 0.001 0.001 0.008 0.568 71 L 0.182 0.017 0.004 0.073 0.029 0.062 0.172 0.001 0.001 0.015 0.447 72 N 0.035 0.027 0.002 0.034 0.043 0.059 0.353 0.001 0.001 0.023 0.423 73 D 0.182 0.028 0.003 0.030 0.020 0.040 0.315 0.002 0.001 0.019 0.361 74 C 0.335 0.091 0.015 0.043 0.052 0.084 0.157 0.004 0.001 0.010 0.209 75 R 0.085 0.042 0.008 0.122 0.276 0.249 0.126 0.002 0.001 0.010 0.078 76 I 0.016 0.046 0.022 0.088 0.120 0.147 0.042 0.003 0.001 0.002 0.514 77 I 0.014 0.013 0.001 0.216 0.262 0.451 0.011 0.001 0.001 0.002 0.030 78 F 0.010 0.037 0.002 0.097 0.175 0.182 0.092 0.003 0.001 0.001 0.401 79 V 0.006 0.023 0.001 0.314 0.143 0.443 0.009 0.001 0.001 0.002 0.058 80 D 0.012 0.032 0.002 0.125 0.128 0.226 0.110 0.001 0.001 0.006 0.356 81 E 0.056 0.039 0.003 0.133 0.172 0.167 0.097 0.002 0.001 0.011 0.319 82 V 0.078 0.087 0.007 0.085 0.126 0.215 0.107 0.002 0.001 0.008 0.285 83 F 0.065 0.060 0.007 0.102 0.313 0.290 0.038 0.001 0.001 0.007 0.116 84 K 0.024 0.032 0.002 0.049 0.307 0.354 0.021 0.002 0.001 0.002 0.206 85 I 0.025 0.026 0.004 0.048 0.217 0.384 0.015 0.003 0.001 0.001 0.278 86 E 0.021 0.012 0.001 0.046 0.226 0.431 0.029 0.001 0.001 0.002 0.232 87 R 0.006 0.003 0.001 0.012 0.086 0.077 0.073 0.001 0.001 0.001 0.740 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.991 89 G 0.016 0.001 0.001 0.021 0.057 0.126 0.080 0.001 0.001 0.006 0.691 90 E 0.448 0.004 0.002 0.014 0.029 0.038 0.054 0.001 0.001 0.005 0.406