# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.97549 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.094 0.071 0.214 0.282 0.026 0.082 0.019 0.017 0.008 0.005 0.038 0.037 0.072 0.006 0.010 0.016 2 H 0.022 0.115 0.143 0.243 0.036 0.173 0.022 0.027 0.015 0.009 0.046 0.039 0.073 0.008 0.009 0.020 3 H 0.030 0.102 0.083 0.383 0.024 0.077 0.014 0.038 0.022 0.006 0.096 0.036 0.050 0.007 0.013 0.019 4 H 0.037 0.105 0.126 0.260 0.022 0.136 0.022 0.027 0.033 0.014 0.046 0.081 0.048 0.007 0.013 0.022 5 H 0.052 0.107 0.149 0.286 0.016 0.074 0.018 0.022 0.020 0.008 0.077 0.045 0.081 0.005 0.013 0.028 6 H 0.047 0.089 0.144 0.311 0.027 0.113 0.016 0.025 0.017 0.008 0.047 0.059 0.061 0.006 0.009 0.022 7 H 0.040 0.061 0.122 0.147 0.029 0.273 0.013 0.028 0.013 0.008 0.092 0.058 0.085 0.005 0.012 0.016 8 S 0.011 0.043 0.022 0.037 0.228 0.064 0.118 0.011 0.011 0.007 0.175 0.067 0.045 0.147 0.003 0.010 9 S 0.013 0.043 0.037 0.066 0.005 0.018 0.006 0.323 0.004 0.001 0.043 0.058 0.040 0.003 0.336 0.006 10 G 0.008 0.026 0.085 0.052 0.003 0.018 0.007 0.003 0.222 0.083 0.017 0.037 0.049 0.003 0.004 0.386 11 R 0.630 0.017 0.057 0.049 0.012 0.036 0.018 0.004 0.005 0.002 0.028 0.025 0.090 0.008 0.008 0.010 12 E 0.014 0.103 0.356 0.157 0.003 0.082 0.006 0.038 0.004 0.003 0.060 0.047 0.091 0.002 0.017 0.017 13 N 0.020 0.056 0.061 0.196 0.014 0.254 0.014 0.005 0.030 0.012 0.045 0.086 0.160 0.005 0.003 0.038 14 L 0.040 0.036 0.060 0.152 0.021 0.052 0.022 0.015 0.003 0.001 0.241 0.054 0.275 0.012 0.009 0.008 15 Y 0.005 0.136 0.105 0.128 0.008 0.071 0.018 0.028 0.009 0.004 0.034 0.238 0.163 0.008 0.023 0.020 16 F 0.017 0.020 0.064 0.089 0.054 0.068 0.148 0.010 0.016 0.007 0.072 0.037 0.267 0.080 0.015 0.035 17 Q 0.047 0.072 0.158 0.121 0.003 0.033 0.009 0.089 0.007 0.002 0.060 0.058 0.178 0.005 0.128 0.029 18 G 0.027 0.036 0.089 0.140 0.004 0.090 0.010 0.003 0.062 0.045 0.040 0.069 0.223 0.005 0.007 0.148 19 M 0.143 0.050 0.090 0.118 0.006 0.097 0.008 0.005 0.004 0.001 0.083 0.060 0.298 0.005 0.007 0.025 20 W 0.012 0.159 0.148 0.189 0.007 0.076 0.012 0.011 0.004 0.002 0.058 0.082 0.202 0.008 0.010 0.022 21 D 0.012 0.115 0.160 0.228 0.011 0.058 0.020 0.006 0.009 0.002 0.028 0.051 0.243 0.007 0.013 0.036 22 E 0.016 0.038 0.142 0.108 0.041 0.124 0.090 0.010 0.006 0.001 0.055 0.036 0.251 0.032 0.009 0.040 23 T 0.016 0.030 0.072 0.073 0.008 0.148 0.018 0.111 0.004 0.003 0.130 0.068 0.225 0.007 0.076 0.011 24 E 0.008 0.112 0.024 0.041 0.044 0.032 0.139 0.008 0.083 0.013 0.071 0.063 0.066 0.232 0.007 0.058 25 L 0.131 0.050 0.103 0.136 0.001 0.012 0.006 0.111 0.004 0.001 0.015 0.026 0.058 0.001 0.335 0.010 26 G 0.010 0.014 0.509 0.084 0.001 0.033 0.003 0.001 0.032 0.070 0.008 0.011 0.041 0.001 0.001 0.181 27 L 0.369 0.022 0.063 0.427 0.005 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.009 0.032 0.001 0.002 0.005 28 Y 0.002 0.061 0.310 0.583 0.003 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 0.013 0.001 0.001 0.003 29 K 0.002 0.004 0.028 0.380 0.195 0.334 0.012 0.003 0.001 0.001 0.006 0.004 0.023 0.005 0.001 0.001 30 V 0.003 0.016 0.009 0.150 0.010 0.253 0.002 0.072 0.002 0.001 0.397 0.023 0.057 0.002 0.003 0.001 31 N 0.002 0.102 0.004 0.054 0.002 0.062 0.004 0.008 0.030 0.015 0.075 0.561 0.072 0.002 0.005 0.003 32 E 0.052 0.037 0.028 0.110 0.004 0.027 0.006 0.005 0.007 0.002 0.181 0.106 0.384 0.003 0.010 0.037 33 Y 0.022 0.047 0.339 0.069 0.002 0.021 0.010 0.001 0.006 0.001 0.018 0.102 0.246 0.010 0.006 0.100 34 V 0.015 0.048 0.450 0.180 0.001 0.011 0.011 0.003 0.001 0.001 0.007 0.018 0.203 0.002 0.024 0.026 35 D 0.003 0.009 0.030 0.025 0.003 0.610 0.007 0.001 0.002 0.001 0.009 0.009 0.262 0.002 0.001 0.025 36 A 0.008 0.012 0.006 0.025 0.011 0.017 0.007 0.006 0.001 0.001 0.740 0.010 0.134 0.020 0.002 0.003 37 R 0.002 0.131 0.013 0.021 0.001 0.014 0.004 0.012 0.003 0.001 0.009 0.671 0.060 0.006 0.044 0.008 38 D 0.004 0.005 0.048 0.011 0.007 0.023 0.119 0.002 0.007 0.002 0.022 0.016 0.577 0.028 0.022 0.107 39 T 0.083 0.043 0.161 0.022 0.004 0.018 0.024 0.046 0.002 0.001 0.070 0.036 0.349 0.013 0.075 0.052 40 N 0.019 0.018 0.065 0.021 0.020 0.087 0.126 0.006 0.020 0.029 0.044 0.067 0.230 0.193 0.012 0.045 41 M 0.054 0.036 0.083 0.054 0.002 0.019 0.010 0.068 0.003 0.001 0.091 0.038 0.291 0.005 0.230 0.015 42 G 0.011 0.043 0.069 0.126 0.001 0.032 0.009 0.002 0.054 0.019 0.039 0.167 0.280 0.003 0.005 0.140 43 A 0.146 0.008 0.102 0.146 0.004 0.037 0.009 0.003 0.001 0.001 0.022 0.025 0.479 0.003 0.005 0.006 44 W 0.003 0.067 0.156 0.350 0.003 0.055 0.005 0.003 0.001 0.001 0.019 0.035 0.285 0.004 0.001 0.011 45 F 0.006 0.013 0.024 0.329 0.002 0.083 0.007 0.003 0.002 0.001 0.025 0.033 0.464 0.002 0.003 0.003 46 E 0.002 0.039 0.054 0.392 0.001 0.018 0.002 0.001 0.002 0.001 0.023 0.031 0.420 0.001 0.002 0.011 47 A 0.004 0.008 0.028 0.296 0.001 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 0.024 0.583 0.001 0.001 0.004 48 Q 0.001 0.033 0.070 0.334 0.004 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.499 0.003 0.001 0.008 49 V 0.004 0.009 0.021 0.285 0.008 0.186 0.015 0.002 0.001 0.001 0.035 0.016 0.392 0.018 0.003 0.004 50 V 0.001 0.147 0.052 0.152 0.001 0.011 0.005 0.007 0.001 0.001 0.014 0.034 0.543 0.002 0.022 0.009 51 R 0.004 0.012 0.019 0.392 0.007 0.053 0.008 0.001 0.008 0.002 0.007 0.007 0.416 0.005 0.002 0.057 52 V 0.052 0.046 0.234 0.147 0.011 0.033 0.026 0.006 0.002 0.001 0.025 0.015 0.349 0.025 0.010 0.020 53 T 0.008 0.097 0.075 0.192 0.019 0.180 0.046 0.022 0.005 0.005 0.023 0.048 0.201 0.026 0.031 0.021 54 R 0.020 0.108 0.092 0.277 0.008 0.057 0.013 0.026 0.010 0.002 0.082 0.013 0.164 0.005 0.047 0.077 55 R 0.057 0.138 0.227 0.275 0.008 0.024 0.015 0.006 0.017 0.019 0.022 0.049 0.055 0.006 0.005 0.078 56 T 0.043 0.020 0.080 0.051 0.017 0.549 0.021 0.006 0.002 0.003 0.028 0.027 0.136 0.006 0.006 0.006 57 A 0.005 0.057 0.026 0.051 0.002 0.036 0.003 0.016 0.003 0.001 0.679 0.032 0.076 0.002 0.005 0.006 58 R 0.011 0.234 0.022 0.135 0.001 0.009 0.003 0.003 0.013 0.002 0.014 0.477 0.052 0.001 0.011 0.013 59 E 0.017 0.018 0.431 0.165 0.001 0.050 0.008 0.001 0.003 0.001 0.008 0.015 0.190 0.001 0.003 0.091 60 L 0.021 0.051 0.459 0.289 0.001 0.051 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.101 0.001 0.001 0.009 61 Y 0.003 0.116 0.115 0.722 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.004 62 A 0.003 0.008 0.060 0.906 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 63 N 0.001 0.011 0.101 0.859 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 64 V 0.002 0.009 0.015 0.934 0.005 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 65 V 0.001 0.046 0.015 0.672 0.178 0.065 0.004 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 66 L 0.004 0.080 0.030 0.586 0.044 0.072 0.004 0.135 0.003 0.001 0.018 0.004 0.005 0.001 0.011 0.002 67 G 0.004 0.040 0.030 0.163 0.188 0.286 0.029 0.037 0.030 0.106 0.036 0.019 0.009 0.011 0.003 0.011 68 D 0.111 0.137 0.025 0.098 0.019 0.158 0.007 0.143 0.016 0.009 0.189 0.029 0.017 0.002 0.033 0.006 69 D 0.027 0.272 0.080 0.140 0.005 0.037 0.005 0.015 0.075 0.033 0.109 0.154 0.019 0.001 0.006 0.022 70 S 0.187 0.035 0.085 0.044 0.040 0.318 0.021 0.005 0.009 0.010 0.044 0.126 0.055 0.006 0.005 0.011 71 L 0.014 0.032 0.049 0.019 0.034 0.117 0.022 0.022 0.003 0.001 0.478 0.067 0.111 0.017 0.008 0.007 72 N 0.006 0.226 0.020 0.043 0.011 0.024 0.029 0.079 0.020 0.007 0.067 0.313 0.063 0.021 0.060 0.012 73 D 0.030 0.083 0.132 0.105 0.004 0.011 0.038 0.022 0.120 0.006 0.019 0.029 0.094 0.019 0.076 0.213 74 C 0.134 0.012 0.617 0.085 0.001 0.011 0.012 0.006 0.015 0.003 0.005 0.011 0.031 0.003 0.013 0.041 75 R 0.088 0.021 0.543 0.295 0.001 0.011 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.011 0.001 0.002 0.015 76 I 0.022 0.006 0.084 0.708 0.015 0.128 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 0.002 0.012 0.001 0.001 0.004 77 I 0.002 0.077 0.080 0.786 0.016 0.016 0.001 0.009 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 78 F 0.001 0.007 0.009 0.510 0.054 0.368 0.003 0.006 0.002 0.004 0.017 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 79 V 0.004 0.020 0.016 0.137 0.017 0.247 0.003 0.021 0.004 0.002 0.420 0.049 0.054 0.002 0.002 0.001 80 D 0.002 0.198 0.008 0.134 0.001 0.034 0.001 0.013 0.010 0.005 0.060 0.433 0.091 0.001 0.005 0.002 81 E 0.018 0.046 0.087 0.336 0.002 0.037 0.004 0.001 0.014 0.001 0.037 0.083 0.261 0.002 0.002 0.069 82 V 0.036 0.015 0.514 0.126 0.001 0.054 0.008 0.001 0.002 0.001 0.013 0.028 0.176 0.005 0.003 0.019 83 F 0.004 0.146 0.278 0.374 0.001 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.156 0.001 0.006 0.010 84 K 0.003 0.023 0.061 0.750 0.003 0.044 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.069 0.001 0.001 0.037 85 I 0.032 0.017 0.110 0.364 0.013 0.266 0.009 0.005 0.001 0.001 0.042 0.009 0.119 0.005 0.003 0.005 86 E 0.001 0.315 0.107 0.492 0.005 0.020 0.003 0.011 0.001 0.001 0.004 0.011 0.022 0.001 0.002 0.004 87 R 0.006 0.014 0.016 0.305 0.328 0.096 0.104 0.004 0.004 0.004 0.012 0.006 0.033 0.062 0.002 0.007 88 P 0.016 0.058 0.120 0.137 0.011 0.053 0.005 0.410 0.002 0.001 0.048 0.012 0.029 0.002 0.090 0.006 89 G 0.008 0.051 0.023 0.108 0.041 0.095 0.033 0.011 0.163 0.285 0.046 0.042 0.031 0.016 0.005 0.044 90 E 0.305 0.094 0.064 0.087 0.021 0.075 0.013 0.062 0.005 0.004 0.109 0.043 0.060 0.005 0.044 0.009