# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.97549 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.016 0.002 0.020 0.023 0.028 0.108 0.005 0.001 0.045 0.675 2 H 0.087 0.013 0.001 0.016 0.021 0.027 0.098 0.005 0.001 0.042 0.691 3 H 0.085 0.011 0.001 0.014 0.019 0.025 0.104 0.004 0.001 0.035 0.702 4 H 0.063 0.011 0.001 0.017 0.018 0.026 0.093 0.003 0.001 0.034 0.735 5 H 0.043 0.010 0.001 0.023 0.021 0.028 0.127 0.002 0.001 0.061 0.684 6 H 0.040 0.013 0.001 0.020 0.023 0.034 0.148 0.003 0.001 0.054 0.665 7 H 0.158 0.030 0.001 0.012 0.017 0.022 0.074 0.005 0.001 0.038 0.644 8 S 0.239 0.033 0.001 0.015 0.022 0.027 0.078 0.005 0.001 0.049 0.530 9 S 0.025 0.025 0.001 0.010 0.016 0.026 0.125 0.001 0.001 0.033 0.735 10 G 0.078 0.082 0.002 0.014 0.023 0.045 0.106 0.006 0.001 0.059 0.584 11 R 0.184 0.103 0.003 0.019 0.047 0.046 0.114 0.009 0.001 0.062 0.412 12 E 0.052 0.092 0.002 0.018 0.039 0.052 0.108 0.004 0.001 0.038 0.594 13 N 0.088 0.119 0.004 0.029 0.046 0.077 0.105 0.007 0.001 0.074 0.451 14 L 0.097 0.101 0.009 0.031 0.061 0.068 0.132 0.010 0.003 0.080 0.407 15 Y 0.191 0.159 0.008 0.021 0.033 0.040 0.086 0.012 0.003 0.049 0.399 16 F 0.255 0.098 0.003 0.014 0.027 0.038 0.066 0.018 0.002 0.038 0.441 17 Q 0.091 0.119 0.004 0.022 0.042 0.049 0.100 0.010 0.002 0.043 0.520 18 G 0.078 0.090 0.003 0.034 0.065 0.129 0.080 0.012 0.001 0.058 0.450 19 M 0.050 0.042 0.003 0.058 0.112 0.131 0.090 0.010 0.001 0.075 0.428 20 W 0.020 0.026 0.007 0.057 0.116 0.125 0.119 0.004 0.002 0.061 0.463 21 D 0.053 0.044 0.008 0.024 0.070 0.058 0.113 0.008 0.003 0.062 0.555 22 E 0.389 0.033 0.008 0.019 0.034 0.045 0.059 0.017 0.004 0.074 0.318 23 T 0.169 0.030 0.002 0.013 0.022 0.026 0.123 0.004 0.001 0.035 0.574 24 E 0.024 0.038 0.002 0.027 0.026 0.070 0.105 0.003 0.001 0.029 0.676 25 L 0.014 0.062 0.002 0.037 0.083 0.102 0.134 0.003 0.001 0.035 0.527 26 G 0.026 0.077 0.002 0.060 0.147 0.368 0.053 0.008 0.001 0.052 0.207 27 L 0.018 0.073 0.002 0.055 0.233 0.153 0.084 0.003 0.001 0.066 0.311 28 Y 0.016 0.065 0.005 0.112 0.234 0.257 0.048 0.003 0.002 0.075 0.184 29 K 0.046 0.169 0.009 0.053 0.110 0.119 0.065 0.007 0.004 0.063 0.356 30 V 0.132 0.232 0.007 0.032 0.076 0.102 0.048 0.018 0.004 0.065 0.286 31 N 0.124 0.180 0.005 0.028 0.056 0.081 0.074 0.010 0.002 0.101 0.340 32 E 0.033 0.202 0.006 0.052 0.067 0.105 0.066 0.006 0.002 0.061 0.401 33 Y 0.035 0.105 0.007 0.047 0.064 0.111 0.095 0.010 0.003 0.109 0.415 34 V 0.044 0.121 0.015 0.054 0.104 0.100 0.089 0.011 0.004 0.069 0.389 35 D 0.091 0.036 0.004 0.064 0.068 0.099 0.095 0.010 0.002 0.144 0.386 36 A 0.045 0.023 0.008 0.059 0.064 0.070 0.101 0.005 0.003 0.125 0.497 37 R 0.047 0.024 0.008 0.054 0.038 0.035 0.128 0.005 0.004 0.069 0.588 38 D 0.145 0.014 0.019 0.046 0.025 0.054 0.097 0.013 0.007 0.100 0.481 39 T 0.121 0.010 0.003 0.022 0.026 0.030 0.146 0.005 0.001 0.031 0.605 40 N 0.056 0.017 0.002 0.050 0.029 0.065 0.147 0.005 0.001 0.037 0.592 41 M 0.014 0.024 0.002 0.099 0.100 0.096 0.178 0.002 0.001 0.021 0.463 42 G 0.012 0.022 0.002 0.103 0.108 0.361 0.084 0.003 0.001 0.045 0.259 43 A 0.011 0.033 0.004 0.085 0.290 0.215 0.088 0.002 0.001 0.052 0.219 44 W 0.013 0.020 0.002 0.112 0.296 0.313 0.044 0.002 0.001 0.064 0.134 45 F 0.018 0.015 0.001 0.097 0.258 0.381 0.038 0.002 0.001 0.051 0.139 46 E 0.004 0.006 0.001 0.069 0.282 0.429 0.029 0.001 0.001 0.028 0.152 47 A 0.002 0.003 0.001 0.044 0.326 0.522 0.013 0.001 0.001 0.018 0.071 48 Q 0.003 0.002 0.001 0.032 0.304 0.566 0.013 0.001 0.001 0.013 0.068 49 V 0.003 0.002 0.001 0.024 0.346 0.422 0.022 0.001 0.001 0.031 0.149 50 V 0.003 0.002 0.001 0.028 0.379 0.405 0.027 0.001 0.001 0.021 0.135 51 R 0.006 0.003 0.001 0.027 0.212 0.380 0.040 0.001 0.001 0.036 0.295 52 V 0.010 0.003 0.001 0.015 0.194 0.242 0.066 0.001 0.001 0.061 0.408 53 T 0.028 0.014 0.001 0.018 0.110 0.162 0.119 0.001 0.001 0.056 0.492 54 R 0.070 0.029 0.001 0.018 0.059 0.102 0.087 0.001 0.001 0.063 0.568 55 R 0.049 0.035 0.002 0.012 0.043 0.064 0.122 0.002 0.001 0.051 0.619 56 T 0.069 0.128 0.003 0.012 0.031 0.063 0.098 0.003 0.001 0.052 0.540 57 A 0.052 0.084 0.004 0.015 0.054 0.078 0.112 0.003 0.001 0.099 0.499 58 R 0.018 0.070 0.004 0.032 0.131 0.200 0.105 0.002 0.001 0.106 0.332 59 E 0.008 0.048 0.004 0.041 0.153 0.302 0.079 0.002 0.001 0.074 0.289 60 L 0.007 0.043 0.003 0.056 0.317 0.418 0.038 0.002 0.001 0.034 0.081 61 Y 0.006 0.012 0.001 0.064 0.220 0.544 0.024 0.001 0.001 0.051 0.078 62 A 0.002 0.013 0.001 0.135 0.394 0.336 0.023 0.001 0.001 0.031 0.065 63 N 0.002 0.003 0.001 0.147 0.264 0.467 0.026 0.001 0.001 0.035 0.055 64 V 0.008 0.003 0.002 0.128 0.261 0.367 0.046 0.001 0.001 0.045 0.139 65 V 0.026 0.002 0.001 0.232 0.180 0.240 0.062 0.003 0.001 0.045 0.208 66 L 0.037 0.003 0.002 0.168 0.101 0.113 0.074 0.003 0.001 0.048 0.450 67 G 0.082 0.007 0.001 0.070 0.030 0.048 0.096 0.006 0.001 0.021 0.638 68 D 0.095 0.013 0.001 0.036 0.015 0.024 0.129 0.003 0.001 0.034 0.648 69 D 0.039 0.010 0.002 0.022 0.025 0.028 0.164 0.003 0.001 0.054 0.653 70 S 0.253 0.029 0.005 0.013 0.019 0.035 0.139 0.010 0.001 0.053 0.442 71 L 0.377 0.017 0.002 0.007 0.013 0.019 0.052 0.007 0.001 0.026 0.479 72 N 0.090 0.019 0.001 0.019 0.043 0.049 0.118 0.002 0.001 0.029 0.629 73 D 0.004 0.013 0.001 0.022 0.046 0.153 0.097 0.001 0.001 0.031 0.632 74 C 0.002 0.013 0.001 0.050 0.277 0.203 0.115 0.001 0.001 0.058 0.280 75 R 0.004 0.014 0.001 0.091 0.271 0.452 0.038 0.001 0.001 0.034 0.095 76 I 0.006 0.030 0.001 0.114 0.255 0.261 0.056 0.001 0.001 0.053 0.223 77 I 0.006 0.059 0.004 0.239 0.270 0.241 0.028 0.002 0.001 0.042 0.109 78 F 0.042 0.228 0.008 0.143 0.105 0.184 0.039 0.006 0.003 0.072 0.169 79 V 0.096 0.241 0.008 0.062 0.073 0.098 0.053 0.011 0.003 0.098 0.257 80 D 0.039 0.132 0.007 0.061 0.093 0.114 0.081 0.006 0.002 0.115 0.351 81 E 0.026 0.112 0.006 0.092 0.115 0.270 0.055 0.005 0.002 0.073 0.244 82 V 0.017 0.027 0.004 0.065 0.198 0.305 0.053 0.005 0.001 0.053 0.274 83 F 0.014 0.008 0.001 0.068 0.251 0.397 0.038 0.003 0.001 0.035 0.185 84 K 0.012 0.004 0.001 0.091 0.229 0.260 0.053 0.001 0.001 0.049 0.299 85 I 0.007 0.003 0.002 0.062 0.237 0.241 0.094 0.001 0.001 0.038 0.316 86 E 0.044 0.002 0.001 0.035 0.068 0.137 0.096 0.002 0.001 0.056 0.559 87 R 0.180 0.002 0.001 0.027 0.039 0.054 0.069 0.002 0.001 0.036 0.589 88 P 0.017 0.001 0.001 0.008 0.011 0.016 0.107 0.001 0.001 0.009 0.831 89 G 0.019 0.004 0.001 0.014 0.014 0.037 0.131 0.001 0.001 0.024 0.757 90 E 0.037 0.006 0.001 0.024 0.034 0.060 0.132 0.002 0.001 0.033 0.672