# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.97549 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.067 0.012 0.004 0.027 0.037 0.054 0.085 0.001 0.001 0.003 0.709 2 H 0.018 0.004 0.001 0.017 0.019 0.030 0.036 0.001 0.001 0.001 0.874 3 H 0.033 0.004 0.002 0.025 0.027 0.052 0.059 0.001 0.001 0.001 0.797 4 H 0.027 0.003 0.001 0.026 0.016 0.028 0.075 0.001 0.001 0.002 0.823 5 H 0.072 0.005 0.002 0.025 0.038 0.063 0.072 0.001 0.001 0.004 0.718 6 H 0.040 0.004 0.002 0.022 0.019 0.037 0.094 0.001 0.001 0.003 0.778 7 H 0.064 0.007 0.003 0.034 0.039 0.086 0.112 0.001 0.001 0.003 0.652 8 S 0.045 0.008 0.002 0.035 0.027 0.040 0.136 0.001 0.001 0.004 0.702 9 S 0.047 0.009 0.002 0.020 0.017 0.025 0.113 0.001 0.001 0.006 0.761 10 G 0.076 0.009 0.004 0.016 0.014 0.025 0.251 0.001 0.001 0.017 0.587 11 R 0.384 0.017 0.013 0.017 0.020 0.026 0.193 0.001 0.001 0.013 0.318 12 E 0.016 0.010 0.001 0.014 0.010 0.016 0.106 0.001 0.001 0.001 0.825 13 N 0.044 0.019 0.004 0.023 0.047 0.080 0.164 0.001 0.001 0.004 0.613 14 L 0.168 0.061 0.005 0.036 0.035 0.067 0.101 0.002 0.001 0.008 0.517 15 Y 0.051 0.085 0.005 0.037 0.057 0.086 0.245 0.002 0.001 0.005 0.428 16 F 0.093 0.090 0.008 0.035 0.043 0.071 0.132 0.003 0.001 0.008 0.517 17 Q 0.139 0.168 0.008 0.048 0.058 0.111 0.091 0.004 0.001 0.010 0.363 18 G 0.125 0.124 0.008 0.037 0.052 0.074 0.129 0.006 0.001 0.007 0.439 19 M 0.213 0.133 0.017 0.034 0.052 0.090 0.077 0.008 0.001 0.005 0.372 20 W 0.086 0.096 0.010 0.065 0.082 0.139 0.073 0.008 0.001 0.004 0.436 21 D 0.105 0.082 0.012 0.036 0.091 0.139 0.080 0.011 0.001 0.007 0.438 22 E 0.125 0.079 0.022 0.040 0.067 0.101 0.122 0.009 0.001 0.017 0.417 23 T 0.087 0.033 0.017 0.020 0.034 0.045 0.183 0.003 0.001 0.022 0.556 24 E 0.104 0.019 0.015 0.017 0.026 0.038 0.411 0.001 0.001 0.027 0.345 25 L 0.144 0.037 0.017 0.035 0.039 0.038 0.276 0.001 0.001 0.019 0.394 26 G 0.076 0.062 0.011 0.046 0.246 0.221 0.124 0.002 0.001 0.008 0.203 27 L 0.027 0.056 0.013 0.092 0.162 0.219 0.088 0.001 0.001 0.003 0.338 28 Y 0.006 0.026 0.002 0.095 0.325 0.433 0.025 0.001 0.001 0.001 0.085 29 K 0.004 0.013 0.001 0.046 0.278 0.349 0.028 0.001 0.001 0.001 0.281 30 V 0.007 0.031 0.001 0.076 0.214 0.485 0.021 0.001 0.001 0.001 0.164 31 N 0.032 0.045 0.003 0.091 0.112 0.354 0.072 0.001 0.001 0.004 0.286 32 E 0.104 0.054 0.004 0.076 0.076 0.112 0.114 0.002 0.001 0.005 0.453 33 Y 0.242 0.096 0.014 0.053 0.049 0.082 0.101 0.004 0.001 0.007 0.353 34 V 0.145 0.159 0.010 0.096 0.114 0.144 0.073 0.008 0.001 0.005 0.246 35 D 0.093 0.127 0.010 0.048 0.104 0.163 0.075 0.011 0.001 0.004 0.364 36 A 0.108 0.159 0.022 0.089 0.061 0.158 0.068 0.009 0.001 0.005 0.323 37 R 0.041 0.079 0.006 0.046 0.044 0.086 0.256 0.007 0.001 0.008 0.428 38 D 0.328 0.047 0.020 0.020 0.030 0.051 0.100 0.011 0.001 0.021 0.372 39 T 0.238 0.110 0.059 0.061 0.033 0.053 0.087 0.009 0.001 0.012 0.337 40 N 0.047 0.062 0.016 0.038 0.041 0.052 0.270 0.005 0.001 0.008 0.460 41 M 0.111 0.136 0.041 0.039 0.045 0.051 0.176 0.003 0.001 0.023 0.375 42 G 0.066 0.075 0.008 0.051 0.109 0.196 0.183 0.002 0.001 0.018 0.290 43 A 0.088 0.107 0.036 0.042 0.181 0.140 0.126 0.002 0.001 0.007 0.270 44 W 0.017 0.118 0.007 0.064 0.213 0.338 0.047 0.001 0.001 0.001 0.195 45 F 0.004 0.034 0.001 0.032 0.420 0.447 0.011 0.001 0.001 0.001 0.050 46 E 0.003 0.040 0.001 0.022 0.364 0.532 0.007 0.001 0.001 0.001 0.030 47 A 0.002 0.022 0.001 0.015 0.386 0.542 0.005 0.001 0.001 0.001 0.028 48 Q 0.003 0.018 0.001 0.011 0.436 0.503 0.006 0.001 0.001 0.001 0.021 49 V 0.003 0.020 0.001 0.011 0.335 0.578 0.005 0.001 0.001 0.001 0.046 50 V 0.002 0.010 0.001 0.010 0.387 0.547 0.006 0.001 0.001 0.001 0.036 51 R 0.003 0.009 0.002 0.017 0.356 0.460 0.015 0.001 0.001 0.001 0.136 52 V 0.008 0.016 0.005 0.015 0.302 0.407 0.030 0.002 0.001 0.001 0.214 53 T 0.009 0.011 0.005 0.030 0.229 0.332 0.070 0.002 0.001 0.003 0.311 54 R 0.019 0.006 0.007 0.017 0.056 0.109 0.056 0.001 0.001 0.005 0.723 55 R 0.030 0.009 0.005 0.035 0.061 0.084 0.163 0.001 0.001 0.008 0.605 56 T 0.032 0.003 0.002 0.006 0.023 0.022 0.071 0.001 0.001 0.004 0.836 57 A 0.033 0.010 0.003 0.009 0.019 0.037 0.056 0.001 0.001 0.005 0.828 58 R 0.033 0.017 0.002 0.015 0.054 0.131 0.284 0.001 0.001 0.012 0.451 59 E 0.216 0.024 0.003 0.018 0.083 0.101 0.170 0.001 0.001 0.010 0.375 60 L 0.112 0.099 0.010 0.042 0.255 0.220 0.047 0.003 0.001 0.003 0.208 61 Y 0.014 0.046 0.006 0.065 0.304 0.418 0.035 0.001 0.001 0.001 0.108 62 A 0.006 0.013 0.002 0.078 0.358 0.464 0.011 0.001 0.001 0.001 0.066 63 N 0.005 0.006 0.001 0.077 0.363 0.434 0.013 0.001 0.001 0.001 0.101 64 V 0.008 0.005 0.002 0.114 0.268 0.436 0.015 0.001 0.001 0.001 0.151 65 V 0.006 0.004 0.003 0.198 0.231 0.374 0.036 0.001 0.001 0.001 0.146 66 L 0.005 0.004 0.004 0.176 0.150 0.345 0.068 0.001 0.001 0.002 0.246 67 G 0.020 0.004 0.004 0.137 0.093 0.195 0.121 0.001 0.001 0.007 0.418 68 D 0.020 0.001 0.001 0.033 0.008 0.018 0.079 0.001 0.001 0.004 0.836 69 D 0.050 0.001 0.001 0.018 0.007 0.010 0.124 0.001 0.001 0.005 0.785 70 S 0.080 0.001 0.001 0.013 0.008 0.012 0.242 0.001 0.001 0.006 0.637 71 L 0.096 0.012 0.003 0.025 0.026 0.048 0.144 0.001 0.001 0.008 0.637 72 N 0.056 0.020 0.005 0.023 0.070 0.141 0.278 0.001 0.001 0.016 0.389 73 D 0.182 0.014 0.004 0.029 0.030 0.040 0.142 0.001 0.001 0.013 0.543 74 C 0.165 0.035 0.019 0.076 0.090 0.129 0.083 0.001 0.001 0.009 0.394 75 R 0.037 0.024 0.005 0.163 0.237 0.220 0.146 0.001 0.001 0.004 0.163 76 I 0.019 0.024 0.005 0.201 0.134 0.259 0.045 0.001 0.001 0.003 0.309 77 I 0.013 0.028 0.003 0.381 0.193 0.257 0.040 0.001 0.001 0.001 0.083 78 F 0.008 0.028 0.002 0.197 0.129 0.184 0.078 0.001 0.001 0.001 0.371 79 V 0.006 0.028 0.002 0.203 0.121 0.383 0.026 0.001 0.001 0.002 0.227 80 D 0.016 0.024 0.002 0.121 0.050 0.228 0.097 0.001 0.001 0.005 0.456 81 E 0.150 0.049 0.003 0.068 0.022 0.031 0.245 0.002 0.001 0.005 0.426 82 V 0.293 0.243 0.012 0.026 0.026 0.047 0.048 0.004 0.001 0.003 0.298 83 F 0.063 0.252 0.016 0.068 0.163 0.216 0.032 0.008 0.001 0.002 0.182 84 K 0.040 0.154 0.008 0.050 0.135 0.155 0.032 0.016 0.001 0.002 0.409 85 I 0.069 0.117 0.025 0.083 0.180 0.225 0.017 0.018 0.001 0.003 0.263 86 E 0.037 0.048 0.032 0.096 0.134 0.224 0.043 0.010 0.001 0.003 0.374 87 R 0.012 0.009 0.007 0.043 0.187 0.126 0.053 0.002 0.001 0.002 0.560 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 89 G 0.022 0.001 0.001 0.044 0.039 0.188 0.084 0.001 0.001 0.003 0.618 90 E 0.328 0.003 0.002 0.012 0.008 0.013 0.063 0.001 0.001 0.011 0.560