# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.97549 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.183 0.274 0.271 0.070 0.104 0.032 0.021 0.007 0.027 0.010 0.002 2 H 0.243 0.146 0.248 0.159 0.048 0.074 0.040 0.009 0.022 0.007 0.004 3 H 0.241 0.237 0.181 0.169 0.070 0.034 0.026 0.007 0.028 0.004 0.001 4 H 0.232 0.142 0.181 0.254 0.051 0.052 0.046 0.010 0.022 0.007 0.003 5 H 0.257 0.202 0.169 0.177 0.067 0.027 0.051 0.010 0.031 0.006 0.002 6 H 0.267 0.176 0.215 0.155 0.045 0.047 0.047 0.008 0.028 0.007 0.004 7 H 0.253 0.185 0.277 0.129 0.055 0.026 0.030 0.008 0.026 0.008 0.003 8 S 0.396 0.155 0.223 0.083 0.031 0.023 0.028 0.008 0.036 0.012 0.005 9 S 0.308 0.111 0.229 0.221 0.020 0.012 0.070 0.004 0.015 0.003 0.006 10 G 0.035 0.011 0.049 0.029 0.063 0.011 0.122 0.536 0.004 0.138 0.002 11 R 0.095 0.235 0.519 0.037 0.048 0.020 0.008 0.002 0.029 0.006 0.002 12 E 0.365 0.077 0.429 0.063 0.009 0.031 0.005 0.001 0.006 0.003 0.011 13 N 0.298 0.134 0.173 0.159 0.082 0.065 0.032 0.025 0.022 0.010 0.001 14 L 0.540 0.132 0.183 0.084 0.024 0.016 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 15 Y 0.458 0.176 0.158 0.137 0.022 0.020 0.012 0.002 0.013 0.001 0.001 16 F 0.405 0.130 0.132 0.181 0.058 0.033 0.024 0.008 0.022 0.005 0.001 17 Q 0.409 0.155 0.176 0.163 0.034 0.011 0.030 0.003 0.015 0.002 0.001 18 G 0.322 0.100 0.171 0.091 0.103 0.030 0.079 0.063 0.014 0.024 0.002 19 M 0.225 0.271 0.263 0.138 0.039 0.029 0.010 0.001 0.023 0.001 0.001 20 W 0.341 0.250 0.238 0.097 0.026 0.020 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 21 D 0.346 0.162 0.173 0.169 0.034 0.052 0.034 0.006 0.018 0.004 0.002 22 E 0.339 0.182 0.255 0.081 0.032 0.042 0.022 0.002 0.041 0.002 0.001 23 T 0.671 0.047 0.138 0.109 0.009 0.008 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 24 E 0.415 0.095 0.104 0.253 0.024 0.042 0.036 0.009 0.019 0.003 0.001 25 L 0.184 0.166 0.222 0.319 0.028 0.012 0.044 0.001 0.022 0.001 0.001 26 G 0.152 0.063 0.135 0.031 0.212 0.018 0.089 0.175 0.014 0.109 0.002 27 L 0.103 0.438 0.317 0.042 0.018 0.050 0.017 0.001 0.014 0.001 0.001 28 Y 0.044 0.577 0.219 0.011 0.100 0.033 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 29 K 0.023 0.442 0.290 0.005 0.026 0.175 0.005 0.001 0.035 0.001 0.001 30 V 0.102 0.352 0.343 0.026 0.010 0.139 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 31 N 0.329 0.128 0.154 0.120 0.102 0.059 0.028 0.022 0.021 0.034 0.004 32 E 0.467 0.232 0.098 0.080 0.090 0.006 0.009 0.001 0.017 0.001 0.001 33 Y 0.220 0.168 0.121 0.367 0.036 0.056 0.022 0.002 0.007 0.001 0.001 34 V 0.092 0.638 0.124 0.046 0.047 0.012 0.006 0.001 0.035 0.001 0.001 35 D 0.075 0.181 0.461 0.047 0.038 0.108 0.043 0.002 0.037 0.005 0.003 36 A 0.347 0.180 0.222 0.090 0.076 0.040 0.010 0.006 0.018 0.007 0.003 37 R 0.410 0.225 0.151 0.122 0.031 0.022 0.018 0.002 0.015 0.002 0.001 38 D 0.227 0.158 0.159 0.174 0.083 0.075 0.066 0.013 0.039 0.006 0.002 39 T 0.368 0.123 0.169 0.242 0.041 0.013 0.023 0.004 0.013 0.004 0.001 40 N 0.174 0.118 0.191 0.222 0.061 0.082 0.079 0.026 0.030 0.016 0.002 41 M 0.209 0.174 0.223 0.304 0.017 0.014 0.037 0.001 0.019 0.001 0.001 42 G 0.089 0.065 0.079 0.056 0.291 0.010 0.111 0.195 0.007 0.095 0.001 43 A 0.061 0.481 0.248 0.018 0.158 0.015 0.005 0.002 0.011 0.001 0.001 44 W 0.100 0.670 0.114 0.015 0.053 0.024 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 45 F 0.037 0.681 0.111 0.005 0.142 0.007 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 46 E 0.128 0.723 0.050 0.022 0.021 0.022 0.013 0.001 0.021 0.001 0.001 47 A 0.007 0.581 0.079 0.003 0.315 0.003 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 48 Q 0.060 0.723 0.099 0.003 0.012 0.070 0.012 0.001 0.022 0.001 0.001 49 V 0.042 0.505 0.317 0.005 0.010 0.104 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 50 V 0.189 0.590 0.093 0.040 0.022 0.048 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 51 R 0.106 0.343 0.256 0.034 0.129 0.069 0.027 0.002 0.031 0.002 0.001 52 V 0.109 0.552 0.147 0.025 0.018 0.117 0.010 0.001 0.021 0.001 0.001 53 T 0.174 0.339 0.211 0.120 0.075 0.040 0.011 0.002 0.026 0.002 0.001 54 R 0.165 0.236 0.249 0.096 0.124 0.047 0.031 0.008 0.028 0.014 0.002 55 R 0.199 0.265 0.196 0.118 0.091 0.065 0.034 0.007 0.019 0.004 0.002 56 T 0.148 0.355 0.227 0.086 0.075 0.030 0.021 0.003 0.053 0.003 0.001 57 A 0.450 0.120 0.289 0.065 0.018 0.020 0.019 0.003 0.011 0.003 0.003 58 R 0.284 0.246 0.130 0.168 0.062 0.021 0.067 0.011 0.009 0.002 0.001 59 E 0.058 0.620 0.208 0.025 0.049 0.018 0.009 0.001 0.013 0.001 0.001 60 L 0.088 0.520 0.292 0.038 0.020 0.032 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 61 Y 0.048 0.684 0.079 0.054 0.103 0.011 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 62 A 0.003 0.575 0.061 0.005 0.344 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 63 N 0.009 0.775 0.106 0.005 0.049 0.038 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 64 V 0.004 0.818 0.125 0.001 0.014 0.018 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 65 V 0.038 0.619 0.204 0.006 0.017 0.080 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 66 L 0.080 0.243 0.465 0.090 0.029 0.048 0.017 0.001 0.022 0.002 0.003 67 G 0.057 0.051 0.088 0.037 0.273 0.025 0.048 0.144 0.015 0.258 0.002 68 D 0.272 0.108 0.272 0.183 0.054 0.039 0.024 0.009 0.020 0.012 0.006 69 D 0.221 0.079 0.111 0.377 0.064 0.045 0.055 0.019 0.017 0.009 0.003 70 S 0.339 0.194 0.172 0.106 0.076 0.030 0.029 0.008 0.035 0.007 0.002 71 L 0.403 0.154 0.183 0.193 0.015 0.019 0.015 0.001 0.014 0.001 0.002 72 N 0.431 0.064 0.094 0.203 0.077 0.017 0.062 0.022 0.014 0.013 0.002 73 D 0.276 0.063 0.064 0.347 0.031 0.016 0.170 0.017 0.013 0.002 0.001 74 C 0.072 0.274 0.378 0.106 0.086 0.030 0.030 0.005 0.017 0.002 0.001 75 R 0.147 0.391 0.289 0.042 0.024 0.051 0.036 0.001 0.017 0.001 0.001 76 I 0.032 0.591 0.258 0.008 0.009 0.080 0.013 0.001 0.008 0.001 0.001 77 I 0.124 0.562 0.161 0.010 0.081 0.051 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 78 F 0.027 0.256 0.399 0.011 0.050 0.196 0.004 0.001 0.056 0.001 0.001 79 V 0.724 0.105 0.073 0.026 0.004 0.057 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 80 D 0.841 0.052 0.036 0.034 0.014 0.006 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 81 E 0.839 0.074 0.024 0.033 0.012 0.006 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 82 V 0.878 0.047 0.034 0.028 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 83 F 0.524 0.202 0.080 0.109 0.039 0.016 0.017 0.001 0.011 0.001 0.001 84 K 0.234 0.493 0.125 0.015 0.029 0.043 0.029 0.001 0.031 0.001 0.001 85 I 0.148 0.240 0.330 0.020 0.004 0.240 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 86 E 0.296 0.193 0.220 0.210 0.007 0.053 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 87 R 0.019 0.285 0.197 0.006 0.113 0.023 0.004 0.001 0.343 0.009 0.001 88 P 0.070 0.003 0.792 0.017 0.003 0.026 0.003 0.001 0.002 0.003 0.081 89 G 0.038 0.011 0.058 0.035 0.055 0.014 0.054 0.643 0.006 0.085 0.001 90 E 0.162 0.209 0.425 0.084 0.048 0.022 0.013 0.006 0.021 0.008 0.002