# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.43204 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.006 0.035 0.548 0.004 0.009 0.016 0.002 0.001 0.008 0.123 0.018 0.157 0.074 2 T 0.003 0.012 0.698 0.004 0.021 0.022 0.001 0.001 0.007 0.064 0.022 0.037 0.109 3 A 0.004 0.008 0.252 0.021 0.243 0.181 0.001 0.001 0.008 0.068 0.111 0.022 0.080 4 R 0.011 0.005 0.124 0.029 0.328 0.189 0.002 0.001 0.009 0.084 0.111 0.072 0.036 5 E 0.073 0.007 0.135 0.010 0.212 0.137 0.013 0.005 0.027 0.048 0.049 0.045 0.239 6 L 0.268 0.012 0.107 0.037 0.036 0.051 0.043 0.020 0.046 0.033 0.024 0.193 0.131 7 Y 0.368 0.005 0.088 0.049 0.009 0.022 0.047 0.022 0.071 0.018 0.014 0.115 0.171 8 A 0.365 0.002 0.083 0.043 0.006 0.022 0.061 0.035 0.091 0.023 0.018 0.089 0.161 9 N 0.300 0.002 0.053 0.036 0.003 0.014 0.093 0.114 0.145 0.014 0.010 0.122 0.094 10 V 0.225 0.002 0.025 0.011 0.004 0.013 0.182 0.212 0.167 0.005 0.006 0.045 0.105 11 V 0.222 0.007 0.027 0.026 0.005 0.008 0.179 0.198 0.194 0.007 0.015 0.069 0.045 12 L 0.118 0.025 0.120 0.017 0.013 0.011 0.121 0.151 0.191 0.027 0.075 0.045 0.086 13 G 0.011 0.013 0.522 0.016 0.011 0.007 0.008 0.017 0.083 0.151 0.105 0.021 0.036 14 D 0.001 0.008 0.513 0.006 0.029 0.007 0.001 0.001 0.008 0.331 0.078 0.008 0.009 15 D 0.001 0.011 0.231 0.003 0.108 0.023 0.001 0.001 0.002 0.365 0.244 0.006 0.006 16 S 0.001 0.025 0.275 0.003 0.159 0.035 0.001 0.001 0.003 0.200 0.286 0.003 0.009 17 L 0.002 0.024 0.439 0.003 0.176 0.063 0.001 0.001 0.006 0.192 0.068 0.011 0.015 18 N 0.002 0.012 0.132 0.039 0.137 0.074 0.002 0.003 0.010 0.231 0.339 0.008 0.013 19 D 0.002 0.005 0.110 0.012 0.055 0.042 0.002 0.002 0.016 0.158 0.576 0.010 0.009 20 C 0.011 0.008 0.549 0.010 0.041 0.054 0.006 0.011 0.082 0.106 0.042 0.019 0.060 21 R 0.038 0.021 0.180 0.024 0.016 0.051 0.025 0.044 0.268 0.076 0.027 0.177 0.055 22 I 0.064 0.012 0.080 0.009 0.009 0.054 0.078 0.107 0.301 0.016 0.016 0.020 0.234 23 I 0.091 0.023 0.101 0.060 0.005 0.054 0.077 0.132 0.139 0.029 0.011 0.236 0.042 24 F 0.055 0.008 0.223 0.015 0.020 0.084 0.032 0.053 0.214 0.026 0.028 0.041 0.201 25 V 0.029 0.004 0.182 0.036 0.045 0.342 0.008 0.015 0.072 0.060 0.097 0.031 0.080 26 D 0.039 0.004 0.109 0.064 0.115 0.398 0.005 0.004 0.022 0.094 0.067 0.034 0.047 27 E 0.065 0.003 0.066 0.016 0.101 0.420 0.009 0.003 0.020 0.043 0.068 0.111 0.073 28 V 0.104 0.005 0.050 0.013 0.037 0.292 0.015 0.007 0.045 0.015 0.053 0.032 0.333 29 F 0.297 0.007 0.045 0.041 0.013 0.118 0.017 0.006 0.017 0.017 0.018 0.335 0.069 30 K 0.180 0.006 0.082 0.013 0.017 0.125 0.017 0.006 0.047 0.018 0.033 0.110 0.346 31 I 0.134 0.011 0.119 0.005 0.017 0.102 0.023 0.010 0.040 0.028 0.065 0.132 0.315 32 E 0.086 0.034 0.205 0.062 0.027 0.091 0.011 0.005 0.027 0.086 0.183 0.084 0.100 33 R 0.007 0.007 0.472 0.005 0.030 0.036 0.002 0.001 0.009 0.170 0.161 0.056 0.046 34 P 0.001 0.004 0.145 0.005 0.028 0.020 0.001 0.001 0.003 0.083 0.697 0.003 0.010 35 G 0.001 0.009 0.198 0.005 0.021 0.024 0.001 0.001 0.003 0.212 0.513 0.009 0.004 36 E 0.002 0.025 0.474 0.002 0.049 0.040 0.001 0.001 0.006 0.278 0.064 0.020 0.038 37 R 0.005 0.052 0.502 0.006 0.059 0.060 0.002 0.001 0.012 0.139 0.070 0.033 0.060 38 E 0.007 0.027 0.336 0.016 0.086 0.171 0.003 0.002 0.023 0.123 0.109 0.035 0.062 39 N 0.011 0.019 0.277 0.019 0.115 0.206 0.004 0.002 0.017 0.100 0.096 0.063 0.070 40 L 0.011 0.020 0.220 0.007 0.141 0.297 0.003 0.002 0.028 0.053 0.097 0.038 0.082 41 Y 0.014 0.027 0.210 0.011 0.119 0.245 0.003 0.002 0.023 0.069 0.156 0.051 0.070 42 F 0.011 0.020 0.252 0.009 0.101 0.181 0.002 0.001 0.013 0.112 0.212 0.031 0.054 43 Q 0.005 0.012 0.372 0.007 0.050 0.078 0.001 0.001 0.009 0.192 0.227 0.024 0.024 44 G 0.003 0.015 0.400 0.004 0.041 0.056 0.001 0.001 0.008 0.236 0.187 0.020 0.029 45 M 0.003 0.024 0.581 0.003 0.029 0.049 0.001 0.001 0.007 0.148 0.088 0.037 0.032 46 W 0.004 0.046 0.492 0.004 0.062 0.063 0.001 0.001 0.009 0.130 0.083 0.023 0.084 47 D 0.003 0.025 0.449 0.008 0.103 0.079 0.001 0.001 0.008 0.125 0.107 0.047 0.044 48 E 0.003 0.016 0.234 0.005 0.180 0.136 0.001 0.001 0.009 0.119 0.235 0.016 0.046 49 T 0.003 0.012 0.319 0.009 0.068 0.072 0.001 0.001 0.009 0.198 0.271 0.017 0.020 50 E 0.004 0.014 0.454 0.006 0.038 0.070 0.001 0.001 0.009 0.201 0.138 0.039 0.025 51 L 0.010 0.023 0.387 0.006 0.044 0.100 0.003 0.001 0.013 0.120 0.191 0.013 0.090 52 G 0.021 0.033 0.327 0.028 0.040 0.117 0.006 0.002 0.020 0.109 0.121 0.137 0.039 53 L 0.025 0.012 0.234 0.007 0.088 0.230 0.005 0.003 0.027 0.053 0.056 0.026 0.234 54 Y 0.044 0.021 0.160 0.045 0.059 0.256 0.011 0.005 0.036 0.056 0.074 0.168 0.065 55 K 0.043 0.022 0.175 0.009 0.069 0.230 0.010 0.004 0.040 0.039 0.088 0.084 0.187 56 V 0.033 0.028 0.327 0.012 0.041 0.152 0.005 0.002 0.025 0.068 0.090 0.054 0.164 57 N 0.008 0.022 0.446 0.009 0.050 0.127 0.002 0.001 0.011 0.108 0.107 0.080 0.030 58 E 0.002 0.011 0.165 0.003 0.125 0.179 0.001 0.001 0.005 0.110 0.351 0.004 0.043 59 Y 0.002 0.014 0.353 0.003 0.069 0.100 0.001 0.001 0.003 0.195 0.214 0.039 0.008 60 V 0.001 0.013 0.215 0.002 0.110 0.189 0.001 0.001 0.003 0.145 0.294 0.005 0.023 61 D 0.001 0.017 0.320 0.003 0.077 0.140 0.001 0.001 0.004 0.130 0.287 0.011 0.009 62 A 0.001 0.014 0.165 0.003 0.185 0.274 0.001 0.001 0.004 0.106 0.222 0.010 0.016 63 R 0.002 0.016 0.187 0.005 0.095 0.220 0.001 0.001 0.005 0.091 0.349 0.011 0.016 64 D 0.005 0.026 0.321 0.007 0.091 0.172 0.001 0.001 0.012 0.151 0.157 0.019 0.035 65 T 0.006 0.014 0.268 0.018 0.056 0.153 0.002 0.002 0.013 0.177 0.225 0.034 0.031 66 N 0.025 0.026 0.274 0.015 0.066 0.108 0.005 0.004 0.030 0.129 0.178 0.040 0.100 67 M 0.044 0.021 0.350 0.033 0.033 0.062 0.009 0.007 0.043 0.149 0.098 0.073 0.078 68 G 0.088 0.018 0.249 0.055 0.022 0.052 0.016 0.012 0.047 0.121 0.084 0.118 0.119 69 A 0.165 0.017 0.155 0.022 0.029 0.049 0.030 0.018 0.050 0.054 0.045 0.098 0.268 70 W 0.222 0.023 0.116 0.047 0.022 0.036 0.032 0.024 0.062 0.046 0.039 0.161 0.171 71 F 0.214 0.011 0.115 0.039 0.019 0.030 0.024 0.015 0.047 0.049 0.050 0.131 0.256 72 E 0.142 0.009 0.185 0.058 0.015 0.020 0.020 0.010 0.055 0.089 0.086 0.128 0.183 73 A 0.139 0.008 0.185 0.093 0.016 0.020 0.021 0.007 0.041 0.121 0.114 0.073 0.163 74 Q 0.267 0.006 0.093 0.063 0.011 0.013 0.029 0.005 0.029 0.057 0.050 0.265 0.111 75 V 0.374 0.006 0.033 0.015 0.011 0.008 0.035 0.008 0.027 0.013 0.011 0.060 0.399 76 V 0.459 0.006 0.029 0.051 0.004 0.005 0.044 0.014 0.019 0.011 0.005 0.266 0.088 77 R 0.368 0.004 0.037 0.018 0.004 0.005 0.045 0.009 0.033 0.010 0.005 0.155 0.306 78 V 0.216 0.009 0.113 0.007 0.005 0.008 0.043 0.008 0.049 0.018 0.016 0.171 0.337 79 T 0.076 0.035 0.344 0.032 0.005 0.008 0.011 0.002 0.035 0.087 0.027 0.157 0.181 80 R 0.005 0.008 0.632 0.004 0.012 0.011 0.001 0.001 0.010 0.142 0.028 0.066 0.079