# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.43204 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.047 0.030 0.019 0.002 0.005 0.005 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.013 0.147 0.639 2 T 0.021 0.038 0.004 0.001 0.004 0.009 0.002 0.001 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.006 0.192 0.669 3 A 0.026 0.036 0.003 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.009 0.078 0.750 4 R 0.025 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.008 0.441 0.429 5 E 0.202 0.057 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.017 0.434 0.246 6 L 0.158 0.423 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 0.007 0.033 0.208 7 Y 0.072 0.155 0.008 0.001 0.011 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.541 0.008 0.049 0.142 8 A 0.039 0.106 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.633 0.007 0.047 0.151 9 N 0.013 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.844 0.003 0.016 0.069 10 V 0.008 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.859 0.003 0.017 0.065 11 V 0.005 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.002 0.885 0.002 0.010 0.062 12 L 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 0.005 0.012 0.006 0.807 0.005 0.017 0.113 13 G 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.002 0.002 0.004 0.006 0.003 0.531 0.009 0.065 0.345 14 D 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.008 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.082 0.002 0.044 0.838 15 D 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.054 0.003 0.124 0.794 16 S 0.046 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 0.009 0.277 0.626 17 L 0.349 0.016 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.034 0.150 0.333 18 N 0.083 0.057 0.004 0.002 0.003 0.006 0.002 0.001 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.006 0.315 0.441 19 D 0.058 0.026 0.008 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.011 0.088 0.776 20 C 0.337 0.037 0.020 0.003 0.002 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.036 0.048 0.428 21 R 0.134 0.010 0.010 0.003 0.002 0.001 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.611 0.009 0.120 0.079 22 I 0.021 0.022 0.011 0.001 0.006 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.457 0.002 0.092 0.376 23 I 0.006 0.015 0.001 0.002 0.011 0.016 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.872 0.002 0.009 0.044 24 F 0.009 0.035 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.544 0.004 0.077 0.313 25 V 0.006 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.812 0.003 0.028 0.125 26 D 0.008 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.339 0.005 0.134 0.476 27 E 0.072 0.039 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.190 0.008 0.296 0.387 28 V 0.094 0.177 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.243 0.011 0.060 0.408 29 F 0.077 0.234 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.493 0.011 0.050 0.125 30 K 0.090 0.237 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.296 0.015 0.069 0.268 31 I 0.063 0.207 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.009 0.006 0.329 0.016 0.027 0.297 32 E 0.038 0.207 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.314 0.019 0.060 0.329 33 R 0.058 0.104 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.015 0.015 0.003 0.003 0.003 0.003 0.002 0.212 0.018 0.077 0.454 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.992 35 G 0.020 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.013 0.137 0.700 36 E 0.274 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.027 0.055 0.601 37 R 0.064 0.031 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.008 0.097 0.729 38 E 0.063 0.016 0.011 0.001 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.011 0.085 0.725 39 N 0.062 0.030 0.003 0.001 0.003 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.066 0.006 0.128 0.671 40 L 0.162 0.045 0.013 0.002 0.004 0.004 0.013 0.005 0.001 0.002 0.005 0.001 0.010 0.004 0.002 0.002 0.116 0.018 0.121 0.470 41 Y 0.128 0.137 0.004 0.002 0.002 0.003 0.003 0.003 0.005 0.012 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.215 0.012 0.098 0.364 42 F 0.096 0.157 0.008 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.027 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.016 0.091 0.418 43 Q 0.099 0.191 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.114 0.028 0.066 0.480 44 G 0.172 0.057 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.061 0.053 0.591 45 M 0.232 0.034 0.064 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.074 0.034 0.177 0.365 46 W 0.024 0.014 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.003 0.069 0.797 47 D 0.035 0.036 0.004 0.002 0.013 0.009 0.006 0.002 0.002 0.002 0.006 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.107 0.009 0.150 0.607 48 E 0.062 0.026 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.011 0.127 0.660 49 T 0.071 0.046 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.012 0.278 0.498 50 E 0.183 0.048 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.026 0.127 0.520 51 L 0.089 0.101 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.013 0.137 0.602 52 G 0.118 0.061 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.028 0.315 0.399 53 L 0.158 0.155 0.012 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.015 0.082 0.463 54 Y 0.074 0.200 0.010 0.002 0.007 0.004 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.151 0.014 0.119 0.400 55 K 0.068 0.178 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.049 0.014 0.259 0.411 56 V 0.100 0.477 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.062 0.014 0.060 0.270 57 N 0.099 0.398 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.006 0.009 0.001 0.060 0.029 0.107 0.277 58 E 0.199 0.248 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.064 0.051 0.398 59 Y 0.267 0.282 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.028 0.180 0.216 60 V 0.042 0.179 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 0.108 0.629 61 D 0.041 0.212 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.016 0.312 0.386 62 A 0.314 0.111 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.063 0.064 0.402 63 R 0.164 0.187 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.027 0.156 0.442 64 D 0.269 0.083 0.100 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.043 0.070 0.389 65 T 0.122 0.152 0.009 0.004 0.002 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.014 0.143 0.396 66 N 0.110 0.108 0.021 0.001 0.004 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.025 0.157 0.482 67 M 0.195 0.164 0.013 0.002 0.002 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.174 0.030 0.047 0.357 68 G 0.084 0.097 0.015 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.003 0.156 0.021 0.150 0.443 69 A 0.127 0.064 0.027 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.035 0.039 0.003 0.002 0.182 0.022 0.130 0.352 70 W 0.100 0.116 0.008 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.013 0.014 0.002 0.081 0.009 0.002 0.001 0.292 0.015 0.061 0.273 71 F 0.069 0.157 0.007 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.062 0.041 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.249 0.012 0.085 0.298 72 E 0.064 0.189 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.111 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.013 0.060 0.369 73 A 0.086 0.145 0.010 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.047 0.057 0.472 74 Q 0.195 0.045 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.076 0.252 0.263 75 V 0.102 0.029 0.061 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.022 0.129 0.515 76 V 0.018 0.023 0.004 0.007 0.051 0.027 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.661 0.006 0.032 0.148 77 R 0.021 0.019 0.005 0.001 0.043 0.045 0.060 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.005 0.228 0.006 0.066 0.474 78 V 0.015 0.017 0.002 0.001 0.002 0.008 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.005 0.006 0.588 0.005 0.035 0.281 79 T 0.013 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.008 0.004 0.011 0.011 0.008 0.004 0.394 0.007 0.136 0.359 80 R 0.025 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.190 0.008 0.071 0.663