# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.43204 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.384 0.151 0.191 0.126 0.065 0.035 0.023 0.005 0.015 0.004 0.001 2 T 0.314 0.234 0.198 0.109 0.047 0.039 0.010 0.002 0.045 0.002 0.001 3 A 0.701 0.065 0.158 0.036 0.012 0.013 0.007 0.001 0.005 0.001 0.002 4 R 0.716 0.087 0.059 0.082 0.023 0.010 0.011 0.002 0.009 0.001 0.001 5 E 0.332 0.214 0.222 0.099 0.055 0.030 0.015 0.001 0.032 0.001 0.001 6 L 0.174 0.479 0.227 0.049 0.023 0.021 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 7 Y 0.116 0.581 0.156 0.033 0.068 0.022 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 8 A 0.070 0.552 0.137 0.040 0.159 0.019 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 9 N 0.034 0.653 0.164 0.017 0.074 0.031 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 10 V 0.021 0.729 0.164 0.007 0.033 0.033 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 11 V 0.027 0.612 0.224 0.009 0.028 0.073 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 12 L 0.035 0.563 0.251 0.035 0.046 0.026 0.008 0.001 0.034 0.001 0.001 13 G 0.020 0.032 0.061 0.023 0.194 0.018 0.067 0.222 0.009 0.352 0.001 14 D 0.113 0.173 0.258 0.172 0.124 0.045 0.047 0.012 0.031 0.023 0.001 15 D 0.225 0.143 0.181 0.235 0.086 0.028 0.041 0.013 0.019 0.028 0.001 16 S 0.203 0.214 0.171 0.190 0.088 0.045 0.033 0.013 0.027 0.015 0.001 17 L 0.278 0.290 0.203 0.126 0.033 0.028 0.011 0.002 0.023 0.002 0.004 18 N 0.274 0.120 0.209 0.185 0.052 0.034 0.077 0.013 0.016 0.016 0.002 19 D 0.138 0.080 0.114 0.241 0.092 0.046 0.186 0.063 0.022 0.017 0.001 20 C 0.101 0.446 0.260 0.089 0.057 0.012 0.015 0.003 0.015 0.001 0.001 21 R 0.064 0.584 0.224 0.019 0.052 0.030 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 22 I 0.025 0.620 0.262 0.008 0.023 0.052 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 23 I 0.031 0.796 0.097 0.008 0.032 0.019 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 24 F 0.045 0.371 0.351 0.010 0.071 0.116 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 25 V 0.591 0.144 0.141 0.040 0.033 0.022 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 26 D 0.627 0.083 0.080 0.071 0.088 0.015 0.019 0.003 0.010 0.003 0.001 27 E 0.514 0.178 0.074 0.123 0.056 0.020 0.016 0.002 0.015 0.001 0.001 28 V 0.580 0.278 0.079 0.028 0.015 0.009 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 29 F 0.512 0.291 0.081 0.044 0.046 0.014 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 30 K 0.322 0.344 0.140 0.062 0.072 0.026 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 31 I 0.205 0.396 0.237 0.070 0.025 0.033 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 32 E 0.292 0.221 0.313 0.069 0.030 0.038 0.009 0.001 0.022 0.003 0.002 33 R 0.026 0.293 0.424 0.009 0.026 0.030 0.008 0.001 0.181 0.002 0.001 34 P 0.204 0.004 0.714 0.027 0.003 0.011 0.005 0.001 0.003 0.002 0.028 35 G 0.025 0.006 0.035 0.018 0.030 0.009 0.026 0.734 0.002 0.116 0.001 36 E 0.262 0.154 0.365 0.131 0.040 0.021 0.007 0.002 0.011 0.004 0.001 37 R 0.209 0.211 0.299 0.119 0.051 0.044 0.023 0.004 0.033 0.007 0.001 38 E 0.385 0.154 0.252 0.105 0.036 0.030 0.014 0.002 0.015 0.003 0.004 39 N 0.283 0.178 0.231 0.102 0.094 0.047 0.021 0.005 0.032 0.006 0.002 40 L 0.402 0.224 0.211 0.080 0.031 0.025 0.006 0.001 0.018 0.001 0.002 41 Y 0.397 0.229 0.169 0.108 0.038 0.024 0.010 0.002 0.019 0.002 0.001 42 F 0.390 0.186 0.149 0.117 0.054 0.031 0.020 0.003 0.045 0.005 0.001 43 Q 0.186 0.082 0.254 0.306 0.029 0.018 0.094 0.005 0.019 0.006 0.001 44 G 0.041 0.011 0.038 0.026 0.041 0.008 0.092 0.555 0.003 0.186 0.001 45 M 0.206 0.203 0.337 0.144 0.045 0.028 0.012 0.003 0.016 0.004 0.001 46 W 0.257 0.192 0.324 0.099 0.035 0.041 0.014 0.003 0.025 0.006 0.002 47 D 0.294 0.135 0.270 0.118 0.050 0.060 0.027 0.002 0.036 0.007 0.002 48 E 0.581 0.070 0.136 0.136 0.025 0.019 0.011 0.002 0.013 0.003 0.004 49 T 0.327 0.113 0.124 0.328 0.035 0.024 0.022 0.006 0.015 0.005 0.001 50 E 0.188 0.153 0.333 0.071 0.047 0.044 0.040 0.004 0.107 0.010 0.001 51 L 0.456 0.046 0.367 0.082 0.008 0.013 0.013 0.001 0.007 0.002 0.006 52 G 0.204 0.025 0.118 0.080 0.066 0.039 0.069 0.282 0.006 0.110 0.001 53 L 0.395 0.172 0.256 0.105 0.028 0.023 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 54 Y 0.552 0.183 0.146 0.054 0.023 0.017 0.008 0.001 0.015 0.002 0.001 55 K 0.579 0.092 0.126 0.079 0.047 0.037 0.018 0.002 0.016 0.003 0.001 56 V 0.459 0.108 0.084 0.283 0.022 0.016 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 57 N 0.436 0.088 0.182 0.114 0.040 0.027 0.072 0.007 0.028 0.007 0.001 58 E 0.598 0.065 0.113 0.143 0.017 0.020 0.027 0.003 0.009 0.003 0.001 59 Y 0.286 0.090 0.155 0.334 0.024 0.039 0.035 0.005 0.028 0.004 0.001 60 V 0.514 0.078 0.235 0.097 0.016 0.020 0.019 0.002 0.014 0.003 0.002 61 D 0.386 0.083 0.177 0.194 0.024 0.057 0.047 0.003 0.024 0.005 0.001 62 A 0.613 0.044 0.151 0.122 0.015 0.016 0.018 0.004 0.011 0.004 0.002 63 R 0.566 0.061 0.134 0.153 0.020 0.025 0.021 0.005 0.011 0.003 0.001 64 D 0.356 0.139 0.176 0.194 0.029 0.047 0.022 0.004 0.030 0.003 0.001 65 T 0.594 0.117 0.151 0.074 0.018 0.013 0.015 0.002 0.012 0.002 0.001 66 N 0.503 0.088 0.124 0.126 0.053 0.036 0.041 0.007 0.014 0.006 0.001 67 M 0.335 0.235 0.123 0.208 0.044 0.014 0.015 0.002 0.021 0.001 0.001 68 G 0.366 0.184 0.168 0.055 0.135 0.023 0.031 0.013 0.016 0.008 0.001 69 A 0.250 0.459 0.135 0.053 0.052 0.027 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 70 W 0.221 0.340 0.243 0.046 0.066 0.044 0.005 0.001 0.034 0.001 0.001 71 F 0.269 0.301 0.224 0.073 0.050 0.043 0.007 0.001 0.030 0.001 0.001 72 E 0.298 0.214 0.183 0.156 0.056 0.025 0.037 0.003 0.025 0.002 0.001 73 A 0.161 0.113 0.143 0.116 0.221 0.017 0.076 0.082 0.013 0.057 0.001 74 Q 0.140 0.277 0.233 0.103 0.133 0.035 0.043 0.009 0.019 0.006 0.001 75 V 0.116 0.497 0.261 0.039 0.032 0.035 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 76 V 0.089 0.634 0.175 0.019 0.041 0.022 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 77 R 0.045 0.459 0.331 0.016 0.050 0.071 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 78 V 0.101 0.545 0.218 0.031 0.042 0.029 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 79 T 0.094 0.447 0.225 0.051 0.099 0.032 0.010 0.001 0.039 0.002 0.001 80 R 0.146 0.288 0.263 0.072 0.115 0.042 0.028 0.003 0.036 0.005 0.002