# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.43204 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.462 0.200 0.146 0.109 0.063 0.019 0.002 2 T 0.555 0.271 0.095 0.050 0.021 0.007 0.001 3 A 0.246 0.208 0.234 0.187 0.084 0.037 0.005 4 R 0.222 0.248 0.239 0.180 0.076 0.032 0.004 5 E 0.142 0.182 0.198 0.201 0.166 0.091 0.019 6 L 0.037 0.039 0.057 0.134 0.255 0.342 0.136 7 Y 0.036 0.095 0.183 0.266 0.204 0.168 0.049 8 A 0.035 0.068 0.093 0.149 0.251 0.302 0.102 9 N 0.030 0.100 0.185 0.277 0.233 0.137 0.038 10 V 0.012 0.018 0.026 0.070 0.200 0.510 0.165 11 V 0.026 0.085 0.170 0.280 0.241 0.166 0.032 12 L 0.045 0.081 0.155 0.264 0.259 0.171 0.025 13 G 0.126 0.212 0.219 0.225 0.155 0.060 0.004 14 D 0.502 0.316 0.116 0.047 0.015 0.003 0.001 15 D 0.600 0.285 0.075 0.031 0.008 0.002 0.001 16 S 0.390 0.318 0.165 0.089 0.028 0.008 0.001 17 L 0.129 0.105 0.217 0.311 0.182 0.053 0.003 18 N 0.543 0.343 0.080 0.024 0.008 0.002 0.001 19 D 0.399 0.352 0.150 0.071 0.021 0.006 0.001 20 C 0.093 0.091 0.144 0.258 0.281 0.118 0.015 21 R 0.101 0.255 0.255 0.217 0.115 0.053 0.005 22 I 0.071 0.086 0.153 0.226 0.240 0.188 0.036 23 I 0.099 0.163 0.211 0.238 0.186 0.089 0.015 24 F 0.057 0.074 0.120 0.195 0.246 0.242 0.066 25 V 0.088 0.125 0.176 0.227 0.204 0.143 0.037 26 D 0.348 0.349 0.149 0.084 0.047 0.019 0.003 27 E 0.090 0.168 0.182 0.229 0.193 0.113 0.025 28 V 0.032 0.058 0.092 0.172 0.289 0.287 0.070 29 F 0.029 0.057 0.119 0.234 0.303 0.222 0.036 30 K 0.107 0.253 0.269 0.194 0.122 0.049 0.006 31 I 0.033 0.048 0.085 0.184 0.312 0.298 0.042 32 E 0.101 0.180 0.218 0.224 0.190 0.080 0.007 33 R 0.161 0.268 0.270 0.204 0.073 0.023 0.001 34 P 0.258 0.213 0.221 0.188 0.095 0.023 0.001 35 G 0.538 0.274 0.107 0.057 0.019 0.004 0.001 36 E 0.620 0.258 0.075 0.032 0.012 0.003 0.001 37 R 0.392 0.257 0.189 0.118 0.035 0.008 0.001 38 E 0.460 0.268 0.147 0.083 0.033 0.008 0.001 39 N 0.390 0.306 0.169 0.090 0.035 0.010 0.001 40 L 0.179 0.164 0.214 0.226 0.156 0.057 0.004 41 Y 0.185 0.205 0.226 0.206 0.124 0.050 0.003 42 F 0.283 0.235 0.198 0.164 0.089 0.028 0.002 43 Q 0.581 0.281 0.082 0.036 0.016 0.004 0.001 44 G 0.490 0.300 0.117 0.063 0.023 0.007 0.001 45 M 0.241 0.190 0.229 0.196 0.109 0.033 0.002 46 W 0.290 0.238 0.223 0.161 0.067 0.019 0.001 47 D 0.434 0.274 0.155 0.085 0.039 0.012 0.001 48 E 0.490 0.256 0.140 0.080 0.026 0.007 0.001 49 T 0.586 0.272 0.076 0.041 0.021 0.005 0.001 50 E 0.444 0.329 0.133 0.063 0.024 0.006 0.001 51 L 0.174 0.158 0.269 0.248 0.121 0.029 0.002 52 G 0.367 0.377 0.160 0.066 0.024 0.006 0.001 53 L 0.099 0.112 0.226 0.298 0.199 0.062 0.002 54 Y 0.395 0.348 0.157 0.068 0.026 0.005 0.001 55 K 0.391 0.358 0.148 0.073 0.024 0.005 0.001 56 V 0.137 0.117 0.205 0.282 0.208 0.050 0.002 57 N 0.492 0.327 0.120 0.045 0.015 0.002 0.001 58 E 0.608 0.306 0.063 0.018 0.004 0.001 0.001 59 Y 0.374 0.235 0.216 0.132 0.037 0.005 0.001 60 V 0.594 0.252 0.091 0.045 0.016 0.002 0.001 61 D 0.732 0.210 0.043 0.012 0.003 0.001 0.001 62 A 0.677 0.213 0.075 0.028 0.006 0.001 0.001 63 R 0.635 0.272 0.068 0.019 0.004 0.001 0.001 64 D 0.254 0.149 0.211 0.230 0.124 0.029 0.002 65 T 0.503 0.289 0.128 0.054 0.019 0.006 0.001 66 N 0.500 0.245 0.127 0.080 0.032 0.014 0.002 67 M 0.271 0.155 0.152 0.163 0.142 0.094 0.023 68 G 0.297 0.186 0.131 0.141 0.119 0.090 0.035 69 A 0.181 0.118 0.109 0.135 0.153 0.188 0.116 70 W 0.202 0.162 0.150 0.167 0.140 0.119 0.060 71 F 0.182 0.126 0.122 0.158 0.174 0.157 0.081 72 E 0.190 0.158 0.123 0.147 0.130 0.157 0.095 73 A 0.266 0.145 0.137 0.164 0.134 0.106 0.049 74 Q 0.335 0.271 0.170 0.120 0.059 0.035 0.011 75 V 0.205 0.162 0.158 0.181 0.156 0.111 0.027 76 V 0.178 0.123 0.146 0.215 0.198 0.119 0.021 77 R 0.346 0.301 0.181 0.098 0.049 0.023 0.002 78 V 0.336 0.186 0.166 0.173 0.094 0.040 0.005 79 T 0.604 0.218 0.094 0.054 0.022 0.008 0.001 80 R 0.691 0.183 0.068 0.038 0.014 0.005 0.001