# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.1464 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.010 0.011 0.129 0.126 0.081 0.004 0.035 0.045 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.057 0.012 0.127 0.046 0.106 0.199 0.001 2 T 0.009 0.015 0.029 0.058 0.316 0.003 0.031 0.059 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.019 0.033 0.063 0.036 0.131 0.184 0.002 3 A 0.015 0.016 0.110 0.046 0.184 0.003 0.033 0.129 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.055 0.015 0.272 0.031 0.039 0.039 0.001 4 R 0.028 0.051 0.079 0.164 0.094 0.016 0.103 0.274 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.003 0.045 0.008 0.060 0.015 0.017 0.028 0.002 5 E 0.059 0.075 0.029 0.077 0.385 0.004 0.050 0.118 0.004 0.001 0.004 0.005 0.011 0.005 0.034 0.025 0.046 0.015 0.030 0.018 0.004 6 L 0.122 0.125 0.114 0.168 0.108 0.002 0.024 0.073 0.004 0.001 0.006 0.007 0.027 0.012 0.103 0.009 0.048 0.012 0.016 0.016 0.004 7 Y 0.121 0.136 0.053 0.111 0.202 0.003 0.036 0.057 0.005 0.002 0.015 0.013 0.020 0.023 0.051 0.024 0.048 0.017 0.025 0.025 0.015 8 A 0.104 0.166 0.050 0.079 0.156 0.004 0.041 0.043 0.005 0.001 0.010 0.014 0.038 0.043 0.111 0.028 0.038 0.014 0.021 0.024 0.011 9 N 0.148 0.175 0.081 0.105 0.092 0.004 0.036 0.024 0.004 0.001 0.019 0.016 0.049 0.053 0.079 0.017 0.026 0.015 0.018 0.016 0.022 10 V 0.176 0.132 0.062 0.071 0.109 0.002 0.013 0.008 0.003 0.001 0.038 0.031 0.061 0.095 0.055 0.026 0.012 0.009 0.029 0.015 0.053 11 V 0.106 0.115 0.070 0.081 0.073 0.002 0.011 0.004 0.003 0.001 0.021 0.034 0.078 0.148 0.111 0.042 0.019 0.013 0.028 0.018 0.023 12 L 0.067 0.075 0.050 0.103 0.123 0.002 0.017 0.003 0.002 0.001 0.022 0.023 0.055 0.121 0.081 0.075 0.033 0.021 0.048 0.064 0.013 13 G 0.015 0.020 0.053 0.060 0.106 0.003 0.022 0.004 0.002 0.001 0.009 0.009 0.014 0.044 0.150 0.090 0.043 0.062 0.079 0.209 0.007 14 D 0.007 0.008 0.045 0.029 0.123 0.002 0.031 0.005 0.002 0.001 0.005 0.003 0.005 0.015 0.086 0.081 0.157 0.062 0.145 0.187 0.003 15 D 0.007 0.006 0.080 0.054 0.048 0.008 0.072 0.010 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.010 0.073 0.032 0.176 0.092 0.119 0.199 0.002 16 S 0.002 0.003 0.025 0.014 0.086 0.014 0.120 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.045 0.213 0.079 0.132 0.211 0.001 17 L 0.002 0.003 0.041 0.027 0.028 0.009 0.129 0.029 0.006 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.050 0.016 0.349 0.124 0.071 0.104 0.001 18 N 0.004 0.006 0.028 0.021 0.053 0.018 0.324 0.040 0.004 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.020 0.030 0.207 0.043 0.055 0.132 0.001 19 D 0.010 0.016 0.052 0.050 0.060 0.008 0.322 0.026 0.004 0.002 0.003 0.004 0.009 0.008 0.034 0.027 0.101 0.120 0.070 0.074 0.003 20 C 0.029 0.035 0.053 0.034 0.252 0.003 0.091 0.025 0.002 0.001 0.011 0.011 0.017 0.011 0.023 0.091 0.050 0.070 0.108 0.075 0.008 21 R 0.052 0.041 0.346 0.125 0.047 0.004 0.014 0.032 0.002 0.001 0.006 0.008 0.021 0.016 0.132 0.012 0.044 0.019 0.030 0.041 0.009 22 I 0.064 0.070 0.019 0.048 0.392 0.003 0.020 0.024 0.002 0.001 0.013 0.020 0.042 0.038 0.028 0.102 0.025 0.015 0.039 0.018 0.014 23 I 0.092 0.086 0.216 0.193 0.048 0.001 0.010 0.018 0.001 0.001 0.010 0.014 0.050 0.030 0.162 0.008 0.015 0.006 0.016 0.019 0.005 24 F 0.064 0.084 0.036 0.116 0.309 0.002 0.014 0.041 0.003 0.001 0.014 0.017 0.023 0.026 0.023 0.077 0.031 0.032 0.040 0.035 0.012 25 V 0.054 0.045 0.094 0.087 0.138 0.003 0.022 0.076 0.005 0.001 0.006 0.007 0.014 0.012 0.160 0.017 0.198 0.011 0.021 0.027 0.004 26 D 0.034 0.060 0.031 0.060 0.213 0.012 0.184 0.194 0.004 0.002 0.002 0.003 0.008 0.006 0.048 0.020 0.056 0.020 0.014 0.029 0.001 27 E 0.057 0.060 0.101 0.174 0.120 0.008 0.050 0.143 0.004 0.001 0.003 0.003 0.009 0.005 0.080 0.012 0.089 0.021 0.023 0.034 0.003 28 V 0.065 0.060 0.041 0.073 0.293 0.003 0.052 0.122 0.007 0.001 0.010 0.013 0.016 0.006 0.020 0.021 0.069 0.032 0.063 0.025 0.006 29 F 0.043 0.070 0.151 0.134 0.120 0.008 0.063 0.101 0.004 0.002 0.002 0.004 0.009 0.004 0.086 0.016 0.070 0.028 0.027 0.056 0.002 30 K 0.029 0.045 0.057 0.172 0.290 0.012 0.053 0.049 0.005 0.001 0.003 0.003 0.007 0.004 0.037 0.019 0.065 0.033 0.037 0.074 0.003 31 I 0.027 0.020 0.068 0.083 0.287 0.004 0.034 0.020 0.003 0.001 0.003 0.003 0.006 0.002 0.059 0.020 0.127 0.030 0.126 0.074 0.003 32 E 0.012 0.013 0.068 0.101 0.150 0.002 0.070 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.082 0.016 0.097 0.071 0.071 0.224 0.001 33 R 0.002 0.001 0.023 0.035 0.047 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.015 0.026 0.250 0.564 0.001 34 P 0.001 0.001 0.008 0.004 0.027 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.802 0.032 0.030 0.070 0.001 35 G 0.001 0.001 0.011 0.009 0.012 0.036 0.694 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.046 0.055 0.030 0.068 0.001 36 E 0.002 0.002 0.031 0.026 0.061 0.002 0.059 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.021 0.090 0.105 0.336 0.230 0.001 37 R 0.002 0.003 0.047 0.039 0.062 0.003 0.020 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.046 0.022 0.119 0.056 0.190 0.362 0.001 38 E 0.003 0.005 0.039 0.038 0.095 0.007 0.076 0.051 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.040 0.035 0.238 0.058 0.103 0.199 0.001 39 N 0.005 0.008 0.040 0.051 0.090 0.011 0.125 0.100 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.006 0.054 0.045 0.136 0.070 0.113 0.132 0.002 40 L 0.008 0.010 0.062 0.049 0.067 0.011 0.109 0.145 0.003 0.001 0.004 0.003 0.006 0.008 0.045 0.035 0.179 0.063 0.091 0.098 0.002 41 Y 0.012 0.012 0.045 0.042 0.093 0.013 0.123 0.175 0.005 0.001 0.003 0.004 0.008 0.013 0.037 0.053 0.136 0.054 0.101 0.067 0.002 42 F 0.011 0.011 0.048 0.063 0.054 0.011 0.129 0.095 0.015 0.005 0.003 0.005 0.009 0.017 0.076 0.035 0.182 0.063 0.080 0.089 0.002 43 Q 0.006 0.006 0.037 0.044 0.056 0.009 0.143 0.080 0.008 0.002 0.002 0.003 0.005 0.009 0.034 0.024 0.251 0.043 0.095 0.142 0.001 44 G 0.003 0.006 0.020 0.020 0.086 0.011 0.235 0.078 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.024 0.034 0.142 0.167 0.057 0.100 0.001 45 M 0.005 0.007 0.078 0.039 0.067 0.009 0.093 0.116 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.037 0.026 0.182 0.100 0.096 0.127 0.002 46 W 0.005 0.007 0.050 0.027 0.121 0.013 0.077 0.130 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.040 0.030 0.239 0.060 0.084 0.097 0.001 47 D 0.006 0.007 0.052 0.061 0.080 0.023 0.162 0.090 0.011 0.004 0.002 0.002 0.004 0.005 0.050 0.024 0.179 0.055 0.082 0.100 0.001 48 E 0.005 0.005 0.040 0.046 0.091 0.006 0.127 0.029 0.011 0.006 0.002 0.002 0.003 0.003 0.035 0.022 0.267 0.046 0.112 0.141 0.001 49 T 0.002 0.003 0.023 0.025 0.069 0.007 0.260 0.022 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.027 0.035 0.155 0.102 0.073 0.182 0.001 50 E 0.004 0.005 0.072 0.042 0.056 0.004 0.099 0.020 0.005 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.043 0.032 0.142 0.159 0.116 0.187 0.002 51 L 0.009 0.015 0.048 0.032 0.266 0.005 0.078 0.022 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.004 0.031 0.069 0.104 0.049 0.091 0.158 0.002 52 G 0.021 0.034 0.209 0.161 0.072 0.007 0.050 0.039 0.001 0.001 0.007 0.006 0.016 0.013 0.106 0.020 0.041 0.046 0.065 0.076 0.010 53 L 0.047 0.048 0.026 0.032 0.378 0.001 0.019 0.032 0.002 0.001 0.022 0.018 0.031 0.021 0.034 0.117 0.045 0.023 0.066 0.021 0.015 54 Y 0.062 0.060 0.261 0.147 0.037 0.004 0.018 0.046 0.001 0.001 0.012 0.015 0.054 0.038 0.162 0.010 0.023 0.006 0.017 0.019 0.006 55 K 0.040 0.069 0.020 0.070 0.343 0.005 0.040 0.063 0.003 0.001 0.010 0.014 0.023 0.028 0.038 0.091 0.037 0.039 0.032 0.024 0.010 56 V 0.050 0.046 0.103 0.097 0.106 0.003 0.035 0.066 0.005 0.001 0.012 0.012 0.028 0.018 0.224 0.020 0.072 0.016 0.041 0.039 0.006 57 N 0.027 0.028 0.080 0.132 0.104 0.009 0.067 0.061 0.004 0.002 0.004 0.005 0.009 0.009 0.083 0.035 0.075 0.046 0.089 0.125 0.004 58 E 0.015 0.010 0.025 0.037 0.314 0.006 0.067 0.021 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.046 0.035 0.227 0.046 0.055 0.080 0.001 59 Y 0.005 0.005 0.057 0.063 0.044 0.003 0.070 0.040 0.003 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.044 0.013 0.068 0.046 0.316 0.208 0.001 60 V 0.001 0.001 0.013 0.010 0.052 0.003 0.022 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.015 0.565 0.056 0.025 0.171 0.001 61 D 0.001 0.002 0.012 0.016 0.065 0.012 0.154 0.100 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.027 0.040 0.043 0.156 0.349 0.001 62 A 0.001 0.001 0.033 0.005 0.011 0.001 0.018 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.732 0.068 0.029 0.036 0.001 63 R 0.001 0.001 0.008 0.007 0.016 0.032 0.446 0.298 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.111 0.021 0.015 0.027 0.001 64 D 0.002 0.005 0.016 0.024 0.047 0.012 0.336 0.204 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.022 0.079 0.068 0.092 0.061 0.001 65 T 0.009 0.008 0.063 0.064 0.059 0.007 0.050 0.146 0.007 0.002 0.002 0.001 0.005 0.003 0.039 0.014 0.303 0.069 0.069 0.080 0.001 66 N 0.017 0.022 0.040 0.059 0.124 0.010 0.160 0.131 0.008 0.004 0.003 0.005 0.006 0.009 0.018 0.033 0.162 0.039 0.078 0.072 0.002 67 M 0.024 0.038 0.075 0.097 0.094 0.007 0.103 0.146 0.007 0.004 0.003 0.004 0.009 0.009 0.048 0.022 0.159 0.045 0.041 0.064 0.002 68 G 0.034 0.092 0.069 0.101 0.117 0.010 0.072 0.189 0.005 0.004 0.004 0.003 0.009 0.007 0.045 0.023 0.101 0.036 0.024 0.052 0.003 69 A 0.111 0.190 0.055 0.104 0.163 0.005 0.039 0.106 0.004 0.002 0.009 0.011 0.026 0.013 0.023 0.021 0.044 0.016 0.030 0.018 0.008 70 W 0.207 0.282 0.086 0.086 0.123 0.002 0.015 0.064 0.003 0.001 0.006 0.008 0.020 0.007 0.028 0.009 0.023 0.008 0.010 0.007 0.005 71 F 0.272 0.315 0.069 0.092 0.077 0.002 0.012 0.042 0.002 0.001 0.007 0.009 0.021 0.008 0.020 0.006 0.019 0.004 0.005 0.006 0.009 72 E 0.238 0.373 0.038 0.109 0.073 0.002 0.010 0.021 0.003 0.001 0.007 0.014 0.033 0.011 0.023 0.004 0.013 0.003 0.006 0.006 0.012 73 A 0.236 0.427 0.026 0.045 0.133 0.001 0.014 0.011 0.001 0.001 0.009 0.009 0.028 0.008 0.015 0.007 0.006 0.004 0.004 0.006 0.009 74 Q 0.292 0.293 0.106 0.160 0.040 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.009 0.009 0.023 0.005 0.016 0.002 0.005 0.003 0.005 0.005 0.014 75 V 0.224 0.205 0.017 0.025 0.393 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.010 0.012 0.023 0.006 0.008 0.015 0.008 0.007 0.013 0.005 0.013 76 V 0.141 0.146 0.213 0.224 0.042 0.002 0.008 0.007 0.001 0.001 0.005 0.007 0.021 0.006 0.114 0.003 0.011 0.004 0.012 0.027 0.007 77 R 0.051 0.047 0.015 0.047 0.658 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.005 0.004 0.008 0.003 0.014 0.024 0.030 0.017 0.026 0.028 0.006 78 V 0.049 0.045 0.171 0.168 0.127 0.001 0.020 0.009 0.001 0.001 0.005 0.005 0.013 0.004 0.156 0.010 0.045 0.021 0.056 0.088 0.004 79 T 0.026 0.032 0.052 0.093 0.363 0.002 0.031 0.013 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.027 0.025 0.046 0.042 0.080 0.149 0.003 80 R 0.022 0.020 0.110 0.142 0.194 0.004 0.031 0.017 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.002 0.065 0.017 0.116 0.048 0.086 0.113 0.002