# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.1464 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.001 0.019 0.864 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.024 0.039 0.001 0.034 0.012 2 T 0.001 0.006 0.881 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.021 0.039 0.004 0.006 0.035 3 A 0.003 0.012 0.259 0.014 0.101 0.367 0.002 0.002 0.048 0.076 0.053 0.015 0.049 4 R 0.006 0.007 0.115 0.034 0.128 0.458 0.003 0.004 0.043 0.046 0.070 0.060 0.026 5 E 0.021 0.008 0.110 0.007 0.127 0.279 0.008 0.012 0.082 0.022 0.039 0.032 0.252 6 L 0.039 0.011 0.235 0.067 0.035 0.160 0.008 0.009 0.125 0.038 0.026 0.141 0.104 7 Y 0.111 0.008 0.215 0.071 0.031 0.094 0.018 0.005 0.050 0.056 0.061 0.061 0.219 8 A 0.154 0.007 0.147 0.095 0.032 0.069 0.021 0.011 0.063 0.057 0.058 0.140 0.147 9 N 0.305 0.004 0.085 0.042 0.011 0.054 0.050 0.031 0.054 0.031 0.028 0.097 0.207 10 V 0.364 0.004 0.040 0.011 0.008 0.036 0.100 0.066 0.092 0.010 0.008 0.128 0.131 11 V 0.287 0.009 0.054 0.028 0.009 0.038 0.081 0.099 0.133 0.015 0.018 0.110 0.119 12 L 0.123 0.023 0.188 0.023 0.017 0.034 0.032 0.043 0.105 0.077 0.090 0.093 0.151 13 G 0.011 0.011 0.330 0.009 0.007 0.011 0.003 0.004 0.041 0.300 0.182 0.048 0.044 14 D 0.004 0.015 0.421 0.003 0.018 0.013 0.001 0.001 0.009 0.306 0.153 0.014 0.042 15 D 0.003 0.030 0.304 0.004 0.065 0.023 0.001 0.001 0.006 0.278 0.248 0.021 0.018 16 S 0.003 0.036 0.365 0.003 0.103 0.031 0.001 0.002 0.004 0.214 0.187 0.015 0.036 17 L 0.003 0.019 0.262 0.007 0.152 0.035 0.001 0.001 0.002 0.159 0.329 0.008 0.022 18 N 0.002 0.009 0.077 0.014 0.070 0.033 0.001 0.001 0.001 0.207 0.574 0.009 0.004 19 D 0.005 0.020 0.178 0.009 0.066 0.052 0.001 0.001 0.002 0.198 0.418 0.014 0.035 20 C 0.027 0.020 0.457 0.016 0.038 0.044 0.003 0.002 0.007 0.124 0.073 0.040 0.150 21 R 0.053 0.015 0.186 0.021 0.010 0.036 0.008 0.002 0.016 0.062 0.021 0.496 0.072 22 I 0.109 0.015 0.075 0.011 0.012 0.045 0.018 0.005 0.023 0.014 0.018 0.039 0.617 23 I 0.138 0.009 0.081 0.194 0.015 0.051 0.019 0.005 0.025 0.027 0.018 0.369 0.050 24 F 0.119 0.007 0.079 0.018 0.010 0.051 0.020 0.004 0.034 0.024 0.024 0.081 0.531 25 V 0.134 0.008 0.170 0.041 0.018 0.074 0.012 0.003 0.023 0.026 0.023 0.164 0.303 26 D 0.129 0.005 0.149 0.113 0.025 0.069 0.011 0.002 0.019 0.032 0.033 0.258 0.155 27 E 0.120 0.008 0.087 0.020 0.038 0.144 0.010 0.003 0.029 0.031 0.039 0.180 0.292 28 V 0.127 0.011 0.105 0.046 0.049 0.189 0.012 0.003 0.022 0.025 0.047 0.068 0.295 29 F 0.128 0.008 0.136 0.037 0.032 0.093 0.009 0.002 0.021 0.031 0.037 0.356 0.110 30 K 0.116 0.014 0.163 0.014 0.020 0.066 0.007 0.001 0.018 0.031 0.050 0.110 0.391 31 I 0.072 0.031 0.288 0.015 0.030 0.072 0.006 0.002 0.014 0.057 0.074 0.134 0.205 32 E 0.019 0.027 0.419 0.011 0.019 0.035 0.003 0.001 0.015 0.134 0.102 0.107 0.108 33 R 0.005 0.011 0.579 0.004 0.012 0.015 0.001 0.001 0.006 0.162 0.083 0.044 0.075 34 P 0.001 0.005 0.216 0.005 0.025 0.017 0.001 0.001 0.002 0.142 0.562 0.008 0.015 35 G 0.001 0.007 0.166 0.002 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.283 0.506 0.011 0.004 36 E 0.002 0.038 0.658 0.002 0.012 0.011 0.001 0.001 0.004 0.193 0.036 0.012 0.031 37 R 0.003 0.052 0.668 0.003 0.015 0.029 0.001 0.001 0.009 0.122 0.035 0.026 0.038 38 E 0.004 0.042 0.527 0.012 0.045 0.088 0.001 0.001 0.009 0.113 0.088 0.023 0.048 39 N 0.010 0.029 0.374 0.023 0.096 0.132 0.002 0.001 0.009 0.098 0.127 0.043 0.053 40 L 0.023 0.035 0.244 0.014 0.130 0.224 0.005 0.002 0.014 0.070 0.107 0.060 0.074 41 Y 0.023 0.051 0.268 0.008 0.121 0.197 0.005 0.003 0.024 0.057 0.106 0.043 0.094 42 F 0.016 0.027 0.349 0.014 0.089 0.136 0.004 0.003 0.018 0.098 0.120 0.046 0.081 43 Q 0.004 0.012 0.266 0.012 0.058 0.085 0.001 0.001 0.008 0.183 0.299 0.034 0.036 44 G 0.002 0.011 0.234 0.006 0.042 0.052 0.001 0.001 0.003 0.231 0.383 0.013 0.022 45 M 0.004 0.024 0.519 0.005 0.048 0.068 0.001 0.001 0.008 0.155 0.104 0.039 0.025 46 W 0.006 0.045 0.414 0.003 0.061 0.119 0.002 0.001 0.012 0.141 0.101 0.019 0.078 47 D 0.004 0.031 0.468 0.007 0.055 0.115 0.001 0.001 0.006 0.121 0.134 0.029 0.029 48 E 0.003 0.019 0.290 0.011 0.068 0.120 0.001 0.001 0.004 0.165 0.260 0.025 0.034 49 T 0.002 0.015 0.271 0.007 0.047 0.115 0.001 0.001 0.002 0.193 0.310 0.011 0.025 50 E 0.005 0.014 0.311 0.008 0.050 0.190 0.001 0.001 0.004 0.181 0.160 0.044 0.031 51 L 0.013 0.019 0.349 0.012 0.053 0.202 0.002 0.001 0.007 0.089 0.120 0.022 0.111 52 G 0.021 0.024 0.254 0.026 0.047 0.210 0.003 0.001 0.012 0.100 0.108 0.152 0.043 53 L 0.044 0.015 0.183 0.018 0.053 0.301 0.008 0.002 0.024 0.039 0.046 0.025 0.243 54 Y 0.062 0.014 0.162 0.069 0.067 0.234 0.009 0.003 0.020 0.045 0.063 0.188 0.064 55 K 0.089 0.014 0.082 0.019 0.079 0.252 0.017 0.005 0.033 0.030 0.054 0.085 0.242 56 V 0.042 0.016 0.209 0.028 0.059 0.227 0.015 0.011 0.048 0.062 0.075 0.060 0.148 57 N 0.019 0.011 0.316 0.032 0.068 0.123 0.006 0.005 0.030 0.099 0.147 0.099 0.045 58 E 0.006 0.013 0.286 0.004 0.056 0.101 0.002 0.002 0.029 0.191 0.240 0.019 0.050 59 Y 0.002 0.030 0.507 0.003 0.031 0.053 0.001 0.001 0.023 0.188 0.117 0.018 0.027 60 V 0.002 0.048 0.594 0.002 0.018 0.043 0.001 0.001 0.020 0.193 0.043 0.017 0.020 61 D 0.001 0.013 0.824 0.001 0.008 0.026 0.001 0.001 0.006 0.094 0.010 0.003 0.015 62 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.064 0.827 0.001 0.001 0.001 0.017 0.075 0.001 0.001 63 R 0.001 0.003 0.023 0.001 0.127 0.479 0.001 0.001 0.001 0.016 0.345 0.002 0.001 64 D 0.002 0.003 0.084 0.001 0.262 0.520 0.001 0.001 0.001 0.034 0.071 0.003 0.018 65 T 0.013 0.009 0.123 0.012 0.101 0.424 0.001 0.001 0.004 0.118 0.124 0.042 0.028 66 N 0.078 0.011 0.116 0.018 0.117 0.176 0.003 0.001 0.004 0.072 0.208 0.025 0.171 67 M 0.147 0.006 0.089 0.085 0.062 0.122 0.005 0.001 0.008 0.090 0.148 0.109 0.130 68 G 0.273 0.003 0.079 0.031 0.008 0.065 0.011 0.001 0.006 0.069 0.068 0.090 0.296 69 A 0.373 0.001 0.028 0.006 0.001 0.016 0.008 0.001 0.002 0.005 0.007 0.370 0.182 70 W 0.717 0.001 0.005 0.014 0.001 0.009 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.069 0.165 71 F 0.701 0.001 0.003 0.015 0.001 0.010 0.011 0.001 0.002 0.002 0.001 0.211 0.044 72 E 0.678 0.001 0.004 0.028 0.001 0.007 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.236 73 A 0.678 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.114 74 Q 0.559 0.001 0.008 0.009 0.001 0.003 0.012 0.001 0.003 0.002 0.002 0.219 0.182 75 V 0.500 0.001 0.012 0.008 0.003 0.004 0.009 0.001 0.003 0.001 0.002 0.130 0.325 76 V 0.269 0.003 0.046 0.097 0.007 0.017 0.014 0.001 0.010 0.015 0.023 0.402 0.096 77 R 0.141 0.010 0.108 0.010 0.010 0.014 0.007 0.001 0.012 0.031 0.057 0.092 0.506 78 V 0.047 0.017 0.336 0.006 0.004 0.006 0.004 0.001 0.020 0.052 0.013 0.285 0.207 79 T 0.014 0.017 0.544 0.006 0.003 0.003 0.002 0.001 0.016 0.067 0.019 0.079 0.229 80 R 0.005 0.025 0.619 0.007 0.013 0.014 0.001 0.001 0.017 0.139 0.037 0.063 0.059