# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.1464 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.043 0.008 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.013 0.147 0.666 2 T 0.026 0.013 0.003 0.002 0.005 0.003 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.008 0.257 0.574 3 A 0.039 0.014 0.004 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.193 0.006 0.056 0.674 4 R 0.017 0.025 0.001 0.001 0.003 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.005 0.366 0.370 5 E 0.168 0.020 0.005 0.001 0.003 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.029 0.231 0.425 6 L 0.075 0.091 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.626 0.006 0.025 0.161 7 Y 0.019 0.046 0.004 0.001 0.007 0.003 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.568 0.007 0.061 0.270 8 A 0.012 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.805 0.007 0.013 0.139 9 N 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.671 0.008 0.056 0.215 10 V 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.032 0.029 0.012 0.743 0.007 0.020 0.106 11 V 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.008 0.004 0.859 0.002 0.028 0.061 12 L 0.008 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.038 0.015 0.042 0.010 0.068 0.064 0.054 0.034 0.414 0.008 0.070 0.153 13 G 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.007 0.004 0.005 0.007 0.007 0.005 0.592 0.005 0.063 0.278 14 D 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.013 0.048 0.008 0.011 0.007 0.006 0.004 0.091 0.006 0.228 0.533 15 D 0.040 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.151 0.025 0.101 0.649 16 S 0.036 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.009 0.471 0.435 17 L 0.148 0.019 0.005 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.039 0.319 0.386 18 N 0.117 0.073 0.003 0.001 0.004 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.032 0.209 0.482 19 D 0.152 0.025 0.011 0.002 0.013 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.037 0.185 0.487 20 C 0.186 0.031 0.038 0.005 0.003 0.008 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.023 0.177 0.386 21 R 0.051 0.022 0.006 0.002 0.007 0.011 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.427 0.012 0.178 0.257 22 I 0.014 0.021 0.008 0.003 0.014 0.008 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.188 0.006 0.071 0.634 23 I 0.010 0.015 0.002 0.001 0.003 0.010 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.776 0.005 0.041 0.105 24 F 0.015 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.246 0.005 0.112 0.572 25 V 0.012 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.621 0.003 0.049 0.285 26 D 0.020 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.356 0.008 0.141 0.430 27 E 0.090 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.308 0.020 0.111 0.429 28 V 0.088 0.097 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.316 0.016 0.101 0.361 29 F 0.055 0.101 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.619 0.012 0.044 0.148 30 K 0.043 0.091 0.007 0.001 0.005 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.015 0.009 0.005 0.265 0.018 0.058 0.462 31 I 0.040 0.064 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.017 0.018 0.011 0.004 0.323 0.016 0.035 0.449 32 E 0.057 0.072 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.004 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.390 0.021 0.083 0.341 33 R 0.053 0.034 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.008 0.015 0.004 0.001 0.002 0.003 0.003 0.072 0.013 0.137 0.609 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.991 35 G 0.055 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.026 0.219 0.575 36 E 0.525 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.013 0.088 0.334 37 R 0.033 0.018 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.003 0.071 0.773 38 E 0.035 0.009 0.003 0.001 0.019 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.008 0.100 0.735 39 N 0.037 0.014 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.003 0.068 0.780 40 L 0.110 0.057 0.005 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.004 0.002 0.002 0.198 0.010 0.085 0.507 41 Y 0.141 0.114 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.004 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.183 0.010 0.116 0.400 42 F 0.117 0.117 0.006 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.172 0.011 0.102 0.441 43 Q 0.103 0.163 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.020 0.077 0.475 44 G 0.167 0.047 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.045 0.072 0.594 45 M 0.284 0.043 0.051 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.060 0.024 0.136 0.383 46 W 0.072 0.042 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.010 0.111 0.638 47 D 0.052 0.063 0.008 0.005 0.010 0.005 0.006 0.002 0.016 0.013 0.005 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.112 0.012 0.121 0.561 48 E 0.045 0.042 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.007 0.129 0.676 49 T 0.058 0.050 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.016 0.348 0.454 50 E 0.352 0.055 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.038 0.218 0.271 51 L 0.079 0.084 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.010 0.200 0.542 52 G 0.038 0.080 0.013 0.002 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.014 0.219 0.453 53 L 0.097 0.212 0.016 0.001 0.003 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.012 0.105 0.440 54 Y 0.045 0.418 0.004 0.001 0.002 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.257 0.009 0.048 0.197 55 K 0.043 0.517 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.010 0.050 0.251 56 V 0.049 0.643 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.011 0.017 0.090 57 N 0.052 0.569 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.022 0.037 0.203 58 E 0.148 0.277 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.056 0.056 0.376 59 Y 0.325 0.220 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.050 0.051 0.047 0.254 60 V 0.068 0.145 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.016 0.043 0.651 61 D 0.047 0.136 0.013 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.013 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.043 0.027 0.168 0.521 62 A 0.146 0.136 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.174 0.018 0.067 0.434 63 R 0.031 0.128 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.007 0.441 0.336 64 D 0.179 0.164 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.095 0.303 0.179 65 T 0.275 0.360 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.029 0.036 0.236 66 N 0.066 0.135 0.032 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.032 0.312 0.310 67 M 0.172 0.092 0.025 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.273 0.058 0.103 0.266 68 G 0.078 0.106 0.028 0.004 0.005 0.005 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.316 0.026 0.157 0.251 69 A 0.030 0.054 0.024 0.002 0.004 0.003 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.583 0.014 0.062 0.204 70 W 0.007 0.026 0.003 0.001 0.002 0.004 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.805 0.004 0.039 0.098 71 F 0.006 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.870 0.003 0.026 0.060 72 E 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.926 0.001 0.015 0.045 73 A 0.009 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.751 0.009 0.042 0.159 74 Q 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.870 0.006 0.020 0.083 75 V 0.012 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.548 0.004 0.068 0.336 76 V 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.003 0.902 0.003 0.014 0.051 77 R 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.013 0.005 0.205 0.003 0.045 0.698 78 V 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.005 0.003 0.017 0.022 0.017 0.010 0.659 0.009 0.037 0.188 79 T 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.111 0.003 0.058 0.794 80 R 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.008 0.004 0.004 0.004 0.004 0.002 0.204 0.009 0.090 0.623