# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.0679 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.078 0.087 0.386 0.350 0.002 0.011 0.004 0.003 0.005 0.002 0.008 0.011 0.024 0.001 0.002 0.027 2 T 0.024 0.013 0.045 0.074 0.007 0.760 0.005 0.002 0.002 0.002 0.008 0.012 0.041 0.001 0.001 0.002 3 A 0.005 0.102 0.036 0.168 0.002 0.039 0.001 0.012 0.002 0.001 0.563 0.015 0.048 0.001 0.002 0.002 4 R 0.005 0.192 0.019 0.432 0.001 0.009 0.001 0.002 0.007 0.001 0.008 0.287 0.026 0.001 0.005 0.004 5 E 0.007 0.011 0.443 0.292 0.001 0.052 0.006 0.001 0.002 0.001 0.005 0.009 0.119 0.001 0.001 0.052 6 L 0.014 0.041 0.223 0.584 0.004 0.037 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.074 0.001 0.001 0.006 7 Y 0.002 0.078 0.077 0.766 0.008 0.033 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.003 0.001 0.004 8 A 0.003 0.015 0.048 0.878 0.001 0.024 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.001 0.002 0.003 9 N 0.003 0.027 0.089 0.808 0.005 0.041 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.005 10 V 0.012 0.018 0.032 0.846 0.008 0.047 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 11 V 0.001 0.063 0.042 0.521 0.245 0.068 0.015 0.007 0.002 0.002 0.006 0.009 0.007 0.011 0.001 0.002 12 L 0.006 0.069 0.043 0.553 0.019 0.074 0.006 0.148 0.003 0.001 0.022 0.005 0.012 0.001 0.032 0.005 13 G 0.006 0.068 0.065 0.267 0.068 0.157 0.021 0.023 0.074 0.128 0.035 0.023 0.016 0.007 0.003 0.039 14 D 0.241 0.097 0.035 0.119 0.015 0.231 0.006 0.048 0.012 0.009 0.102 0.033 0.030 0.002 0.013 0.006 15 D 0.021 0.182 0.097 0.094 0.014 0.097 0.006 0.016 0.026 0.015 0.252 0.118 0.039 0.003 0.005 0.016 16 S 0.052 0.061 0.045 0.045 0.093 0.216 0.036 0.010 0.007 0.006 0.108 0.236 0.048 0.022 0.007 0.008 17 L 0.010 0.059 0.067 0.021 0.051 0.061 0.082 0.056 0.006 0.002 0.252 0.119 0.110 0.039 0.048 0.016 18 N 0.012 0.077 0.041 0.039 0.012 0.035 0.073 0.109 0.042 0.020 0.081 0.175 0.093 0.024 0.126 0.042 19 D 0.077 0.061 0.151 0.049 0.005 0.014 0.039 0.032 0.136 0.020 0.034 0.039 0.105 0.024 0.061 0.154 20 C 0.286 0.040 0.308 0.132 0.001 0.017 0.008 0.015 0.028 0.006 0.015 0.023 0.045 0.003 0.029 0.045 21 R 0.078 0.022 0.602 0.227 0.001 0.014 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.005 0.011 0.001 0.001 0.025 22 I 0.040 0.009 0.172 0.483 0.037 0.214 0.007 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.014 0.002 0.001 0.004 23 I 0.002 0.144 0.065 0.737 0.008 0.016 0.001 0.012 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 24 F 0.001 0.013 0.016 0.615 0.032 0.259 0.004 0.005 0.007 0.006 0.014 0.008 0.015 0.001 0.001 0.003 25 V 0.013 0.066 0.081 0.349 0.012 0.186 0.002 0.030 0.004 0.002 0.166 0.039 0.044 0.001 0.002 0.002 26 D 0.008 0.105 0.017 0.205 0.004 0.271 0.002 0.009 0.013 0.007 0.074 0.214 0.065 0.001 0.002 0.003 27 E 0.021 0.078 0.077 0.239 0.005 0.055 0.005 0.003 0.004 0.001 0.271 0.084 0.139 0.002 0.002 0.014 28 V 0.015 0.059 0.192 0.217 0.005 0.087 0.012 0.005 0.003 0.001 0.028 0.187 0.160 0.009 0.009 0.010 29 F 0.004 0.102 0.149 0.234 0.001 0.032 0.011 0.005 0.002 0.001 0.011 0.023 0.383 0.002 0.019 0.022 30 K 0.011 0.043 0.083 0.449 0.003 0.042 0.006 0.002 0.008 0.001 0.015 0.012 0.248 0.003 0.002 0.072 31 I 0.050 0.022 0.162 0.245 0.022 0.205 0.019 0.007 0.003 0.001 0.029 0.014 0.183 0.020 0.005 0.011 32 E 0.004 0.273 0.208 0.381 0.003 0.020 0.004 0.016 0.003 0.001 0.007 0.012 0.046 0.001 0.009 0.013 33 R 0.009 0.014 0.026 0.240 0.270 0.104 0.162 0.003 0.007 0.009 0.014 0.007 0.039 0.081 0.002 0.012 34 P 0.029 0.054 0.158 0.160 0.005 0.039 0.003 0.358 0.001 0.001 0.045 0.010 0.033 0.001 0.098 0.005 35 G 0.006 0.035 0.022 0.154 0.033 0.114 0.021 0.005 0.147 0.291 0.041 0.047 0.035 0.009 0.002 0.037 36 E 0.253 0.104 0.065 0.145 0.015 0.084 0.007 0.048 0.003 0.002 0.116 0.049 0.076 0.003 0.025 0.006 37 R 0.008 0.102 0.102 0.199 0.026 0.171 0.020 0.018 0.041 0.031 0.079 0.099 0.058 0.013 0.005 0.027 38 E 0.076 0.130 0.141 0.299 0.005 0.061 0.010 0.026 0.011 0.003 0.059 0.060 0.078 0.003 0.023 0.015 39 N 0.019 0.053 0.170 0.262 0.008 0.115 0.013 0.006 0.025 0.010 0.044 0.066 0.162 0.003 0.004 0.039 40 L 0.061 0.045 0.134 0.244 0.019 0.098 0.017 0.011 0.004 0.002 0.089 0.048 0.204 0.007 0.005 0.012 41 Y 0.008 0.112 0.102 0.228 0.025 0.138 0.016 0.027 0.007 0.004 0.045 0.101 0.157 0.007 0.011 0.013 42 F 0.009 0.042 0.051 0.139 0.137 0.061 0.151 0.018 0.011 0.007 0.076 0.033 0.100 0.134 0.011 0.019 43 Q 0.027 0.077 0.115 0.152 0.008 0.054 0.014 0.172 0.012 0.004 0.035 0.048 0.081 0.006 0.169 0.025 44 G 0.032 0.041 0.120 0.163 0.005 0.053 0.009 0.007 0.110 0.065 0.051 0.031 0.103 0.003 0.007 0.200 45 M 0.314 0.055 0.091 0.150 0.008 0.083 0.007 0.005 0.008 0.003 0.056 0.062 0.129 0.004 0.007 0.018 46 W 0.017 0.164 0.229 0.236 0.008 0.069 0.009 0.012 0.006 0.002 0.054 0.061 0.105 0.004 0.007 0.019 47 D 0.013 0.046 0.104 0.217 0.016 0.231 0.016 0.010 0.007 0.004 0.052 0.075 0.180 0.006 0.006 0.018 48 E 0.013 0.061 0.095 0.124 0.068 0.095 0.070 0.021 0.006 0.003 0.143 0.056 0.165 0.049 0.010 0.021 49 T 0.012 0.095 0.050 0.083 0.004 0.186 0.012 0.065 0.009 0.004 0.059 0.180 0.168 0.002 0.057 0.014 50 E 0.015 0.025 0.042 0.026 0.057 0.059 0.122 0.004 0.039 0.023 0.195 0.051 0.212 0.079 0.003 0.048 51 L 0.087 0.035 0.049 0.067 0.001 0.026 0.003 0.104 0.001 0.001 0.146 0.130 0.198 0.002 0.146 0.005 52 G 0.003 0.029 0.120 0.069 0.001 0.031 0.005 0.001 0.047 0.028 0.026 0.236 0.296 0.002 0.003 0.104 53 L 0.156 0.006 0.030 0.119 0.003 0.034 0.008 0.001 0.001 0.001 0.052 0.027 0.550 0.002 0.004 0.006 54 Y 0.002 0.046 0.174 0.226 0.002 0.019 0.004 0.004 0.001 0.001 0.023 0.055 0.430 0.002 0.003 0.010 55 K 0.003 0.011 0.023 0.261 0.014 0.101 0.019 0.002 0.002 0.001 0.012 0.027 0.492 0.014 0.003 0.015 56 V 0.002 0.004 0.006 0.016 0.001 0.102 0.006 0.004 0.001 0.001 0.082 0.029 0.734 0.004 0.006 0.003 57 N 0.003 0.049 0.008 0.026 0.002 0.024 0.006 0.009 0.007 0.001 0.119 0.082 0.621 0.009 0.014 0.019 58 E 0.028 0.079 0.039 0.092 0.001 0.009 0.009 0.003 0.009 0.001 0.031 0.136 0.414 0.014 0.022 0.115 59 Y 0.023 0.013 0.383 0.018 0.001 0.024 0.025 0.001 0.002 0.001 0.004 0.020 0.350 0.007 0.018 0.111 60 V 0.025 0.050 0.366 0.112 0.002 0.022 0.014 0.006 0.001 0.001 0.042 0.010 0.267 0.006 0.021 0.058 61 D 0.007 0.012 0.009 0.008 0.003 0.717 0.009 0.001 0.002 0.002 0.012 0.042 0.160 0.006 0.002 0.007 62 A 0.004 0.012 0.005 0.008 0.005 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.806 0.009 0.116 0.014 0.004 0.003 63 R 0.001 0.049 0.011 0.009 0.001 0.009 0.004 0.006 0.003 0.001 0.006 0.803 0.043 0.005 0.036 0.013 64 D 0.007 0.004 0.074 0.005 0.002 0.015 0.095 0.001 0.005 0.001 0.013 0.011 0.618 0.017 0.024 0.107 65 T 0.093 0.052 0.147 0.036 0.002 0.014 0.019 0.033 0.003 0.002 0.069 0.037 0.378 0.010 0.056 0.051 66 N 0.024 0.016 0.086 0.036 0.007 0.122 0.052 0.004 0.015 0.015 0.040 0.081 0.392 0.059 0.010 0.041 67 M 0.035 0.022 0.079 0.090 0.002 0.029 0.008 0.020 0.002 0.001 0.110 0.044 0.496 0.004 0.045 0.012 68 G 0.005 0.023 0.023 0.076 0.002 0.045 0.012 0.002 0.008 0.010 0.038 0.186 0.541 0.005 0.004 0.021 69 A 0.010 0.006 0.020 0.063 0.004 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.033 0.023 0.795 0.005 0.005 0.004 70 W 0.002 0.028 0.042 0.143 0.002 0.023 0.007 0.004 0.003 0.001 0.027 0.071 0.619 0.009 0.004 0.016 71 F 0.005 0.005 0.016 0.058 0.001 0.021 0.010 0.002 0.002 0.001 0.023 0.030 0.810 0.004 0.007 0.007 72 E 0.003 0.015 0.030 0.086 0.001 0.011 0.004 0.001 0.002 0.001 0.020 0.027 0.779 0.003 0.004 0.015 73 A 0.004 0.009 0.020 0.105 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.025 0.794 0.001 0.004 0.007 74 Q 0.003 0.025 0.067 0.182 0.002 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.648 0.004 0.001 0.025 75 V 0.010 0.009 0.046 0.186 0.016 0.089 0.037 0.002 0.001 0.001 0.021 0.011 0.490 0.069 0.004 0.008 76 V 0.002 0.157 0.099 0.180 0.001 0.011 0.008 0.014 0.001 0.001 0.010 0.023 0.423 0.003 0.054 0.013 77 R 0.005 0.015 0.036 0.462 0.006 0.053 0.008 0.002 0.016 0.003 0.007 0.007 0.256 0.003 0.003 0.118 78 V 0.107 0.033 0.221 0.165 0.038 0.048 0.037 0.006 0.002 0.001 0.035 0.015 0.234 0.032 0.005 0.021 79 T 0.008 0.151 0.095 0.185 0.045 0.177 0.036 0.054 0.004 0.004 0.023 0.039 0.114 0.021 0.031 0.011 80 R 0.010 0.099 0.067 0.237 0.034 0.070 0.040 0.047 0.018 0.011 0.130 0.020 0.111 0.020 0.037 0.049